d*****i 发帖数: 3905 | 1 用lentivirus deliver shRNA, infect后puromycin select 2到3周,先做RT-PCR,显
示最高knockdown efficiency有70%,细胞冻了后解冻做WB,显示protein几乎没啥变化
。Antibody可以detect FLAG-tagged的protein,所以觉得antibody似乎问题不大。
大家都啥建议??Thx |
a*****n 发帖数: 2835 | 2 解冻以后的细胞再做一个RT-PCR看看
另外确认一下抗体能识别内源的蛋白
【在 d*****i 的大作中提到】 : 用lentivirus deliver shRNA, infect后puromycin select 2到3周,先做RT-PCR,显 : 示最高knockdown efficiency有70%,细胞冻了后解冻做WB,显示protein几乎没啥变化 : 。Antibody可以detect FLAG-tagged的protein,所以觉得antibody似乎问题不大。 : 大家都啥建议??Thx
|
s******y 发帖数: 28562 | 3 我听说有些公司的lentivirus vector 久了就会被inactivated
【在 d*****i 的大作中提到】 : 用lentivirus deliver shRNA, infect后puromycin select 2到3周,先做RT-PCR,显 : 示最高knockdown efficiency有70%,细胞冻了后解冻做WB,显示protein几乎没啥变化 : 。Antibody可以detect FLAG-tagged的protein,所以觉得antibody似乎问题不大。 : 大家都啥建议??Thx
|
d*****i 发帖数: 3905 | 4 怎么确认识别内源蛋白??
【在 a*****n 的大作中提到】 : 解冻以后的细胞再做一个RT-PCR看看 : 另外确认一下抗体能识别内源的蛋白
|
d*****i 发帖数: 3905 | 5 mRNA跟WB cell大概早了两个passag。被inactivate mRNA level不会回去?只在
protein level?
【在 s******y 的大作中提到】 : 我听说有些公司的lentivirus vector 久了就会被inactivated
|
s******y 发帖数: 28562 | 6 我的意思是在你把细胞冷冻然后又解冻的过程中,那个lentiviral based shRNA 失效
不表达了。所以有可能在你检测WB的时候mRNA level 已经上升到原来的水平了。建议
你把同一批细胞拿来同时测mRNA and protein level.
【在 d*****i 的大作中提到】 : mRNA跟WB cell大概早了两个passag。被inactivate mRNA level不会回去?只在 : protein level?
|
w*****r 发帖数: 2061 | 7 不都整合到genome了?
【在 s******y 的大作中提到】 : 我的意思是在你把细胞冷冻然后又解冻的过程中,那个lentiviral based shRNA 失效 : 不表达了。所以有可能在你检测WB的时候mRNA level 已经上升到原来的水平了。建议 : 你把同一批细胞拿来同时测mRNA and protein level.
|
s******y 发帖数: 28562 | 8 lentiviral shRNA vector 的promoter是可以被silence 的
我建议你先用RT-PCR 重新检查一次,先确定不是这些原因再说。
【在 w*****r 的大作中提到】 : 不都整合到genome了?
|
c*******7 发帖数: 314 | 9 ft,为啥要puro select两到三周阿?太长了,2天就可以。2-3周我整个试验都做完了
。建议重新做一次,用早期的细胞看knockdown,我一般select完了立刻做wb。我的细
胞一直keep在半量的puro里面,3个礼拜之后好几个shRNA的knockdown明显就减弱了,
从90%降到50%knockdown |
d*****i 发帖数: 3905 | 10 试过2天的,RT-PCR显示没两周的KD高。你是测得RT-PCR还是WB啊?
【在 c*******7 的大作中提到】 : ft,为啥要puro select两到三周阿?太长了,2天就可以。2-3周我整个试验都做完了 : 。建议重新做一次,用早期的细胞看knockdown,我一般select完了立刻做wb。我的细 : 胞一直keep在半量的puro里面,3个礼拜之后好几个shRNA的knockdown明显就减弱了, : 从90%降到50%knockdown
|
|
|
i*****g 发帖数: 11893 | 11 puro selection no guarantee stable knockdown
puro只要一点点 就可以保证细胞活下来
但是,表达一点点,未必能有足够量 miRNA shRNA production |
l**********1 发帖数: 5204 | |
Z******5 发帖数: 435 | 13 我们现在就碰到类似的问题了。过表达一个病毒膜蛋白,瞬转和刚刚建好的stable
cell,用qPCR和WB都能检测到。但是传过十几代后,qPCR检测还是表达非常高,而WB就
检测不到了。 |
q***7 发帖数: 144 | 14 你如果用的是Qiagen 或其他公司的柱子提的RNA,那你有没有考虑过RNA样品中的洗液
的影响?
尤其是RNA浓度低的样品。因为要调成和浓度高的样品一样的总量,所以要加的比较高
的体积。这样在反转录体系中这个低样品的洗液就多,抑制反转录酶的活性很强。所以
你虽然放了一样多的总RNA,但是大多都没有被反转录。当你所qPCR时,你这个样品的
Ct值会很高,意思就是表达很低。所以就是给你表达低的假现象。你做qPCR时,可以留
意一些低浓度样品的Ct值。很多人发表的qPCR的文章后来表明结果相反,有一些原因是
这些研究者没有考虑这个原因。
这是我给另外一个贴子的回复
Qiagen柱子提取的RNA总是含很多的洗液。后面会影响到反转录酶的活性。如果每个样
品的浓度不一样,你做qPCR时,要调成一样的浓度,这样你做反转录的每一个样品的反
应液里含有的洗液浓度就不一样。不一样的洗液浓度,抑制反转录酶的程度也不一样。
这样你最后出来的qPCR结果肯定不准确。有的样品里表达低,可能是因为洗液多而抑制
了反转录酶造成的,而不是真正的表达低。如果你同一组的样品,有的表达高,有的表
达低,一般都是这个原因造成的. 建议你试一试这个公司的KIT,而且还可以同时检测
小RNA。便宜又好用
http://www.greenbioresearch.com/mitotal-rnamini-using-qiagen-ki |
s*****g 发帖数: 7857 | 15 我们实验室也有类似情况。开始还行,后来就不行了。
我也懒得查了,就还用电转了,死的多,就死吧,转完能筛选活下来的(需要一段时间
长起来)一般都还可以。就是费时间而已。最好的情况是一个细胞系转了,因为不好选
单细胞克隆(悬浮,死细胞太多),就混养了。这还养了两三年,一直knockdown90%。
但也有不好的细胞系knockdown40%。 |
I***a 发帖数: 13467 | |
d****i 发帖数: 2346 | |
q***7 发帖数: 144 | 18 好多人的Knockdown用qPCR检测时,其实检测到的低表达(高CT值)其实大部分都是由
于里面的洗液抑制了反转录而导致CDNA量少而造成的。尤其是KNOCKDOWN样品的低浓度
时,尤其是如此。可以试一下这个公司的RNA提取盒。可以同时提mRNA和小RNA。
http://www.greenbioresearch.com/mitotal-rnamini-using-qiagen-ki |
d****i 发帖数: 2346 | 19
读了Qi的那篇Cell文章,感觉CRISPRi还是跟转染效率有关,对于转染困难的细胞估计
还是不太好。位置也需要优化,Fig7里面7个只有2个稍微好点。
不过跟RNAi相比特异性很好!
【在 l**********1 的大作中提到】 : 都哪个年代了还shRNA : why not try CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic : Repeats) : http://www.addgene.org/crispr/qi/ : http://optforce.wordpress.com/2012/07/13/crispr-potential-knock : http://www.mpi-marburg.mpg.de/randau/research.html : more 考古下买卖提的旧帖 : http://www.mitbbs.com/mitbbs_article_t.php?board=Biology&gid=31
|
l**********1 发帖数: 5204 | 20 mark.
【在 d****i 的大作中提到】 : : 读了Qi的那篇Cell文章,感觉CRISPRi还是跟转染效率有关,对于转染困难的细胞估计 : 还是不太好。位置也需要优化,Fig7里面7个只有2个稍微好点。 : 不过跟RNAi相比特异性很好!
|
|
|
a********a 发帖数: 428 | 21 嗯,本来想在老鼠上试试的,看了fig7后还是决定放弃了,
等着版本更新!
【在 d****i 的大作中提到】 : : 读了Qi的那篇Cell文章,感觉CRISPRi还是跟转染效率有关,对于转染困难的细胞估计 : 还是不太好。位置也需要优化,Fig7里面7个只有2个稍微好点。 : 不过跟RNAi相比特异性很好!
|
d****i 发帖数: 2346 | 22
也不是不可行,跟RNAi刚出来一样,都需要优化,一开始有点被神化了。
【在 a********a 的大作中提到】 : 嗯,本来想在老鼠上试试的,看了fig7后还是决定放弃了, : 等着版本更新!
|
m*****z 发帖数: 1451 | 23 转染效率matters a lot
【在 d****i 的大作中提到】 : : 也不是不可行,跟RNAi刚出来一样,都需要优化,一开始有点被神化了。
|
g*********5 发帖数: 2533 | |
S*********s 发帖数: 304 | 25 CRISPRi真核细胞还是不行的
真核细胞DNA有高级结构
还是knockout
【在 d****i 的大作中提到】 : : 也不是不可行,跟RNAi刚出来一样,都需要优化,一开始有点被神化了。
|