s*******1
发帖数: 188 | 1 看到一些文章用RT-PCR来验证CRISPR/CAS9敲除基因效率，而有的文章则展示测序结果
来证明。
请问对于这两种方法哪种更好？
CRISPRi是RT-PCR，CRISPR KO则用测序？ |
a*********n
发帖数: 390 | 2 对的
【在 s*******1 的大作中提到】
: 看到一些文章用RT-PCR来验证CRISPR/CAS9敲除基因效率，而有的文章则展示测序结果
: 来证明。
: 请问对于这两种方法哪种更好？
: CRISPRi是RT-PCR，CRISPR KO则用测序？
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s*******1
发帖数: 188 | 3 用RT-PCR来检测CRISPR KO是否可以？ |
l*******1
发帖数: 16217 | 4 Real time PCR 理论上可以
ddPCR最好 |
j****n
发帖数: 3370 | 5 没试过
有两个小疑问
ko除非用hr把整个cds干掉 不然即使ko了 transcriotion不受影响吧 nhej一般也就几
个bp的变化
如果只ko掉一个allele 会显著影响基因的表达吗？印象中 一些highly regulate gene
一个copy或者两个copy 转录水平没啥区别
【在 s*******1 的大作中提到】
: 用RT-PCR来检测CRISPR KO是否可以？
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l*******1
发帖数: 16217 | 6 这个其实和测cancer cell 中的 mutation frequency 是一个原理 |
a*********n
发帖数: 390 | 7 1. 会造成frame shift或者stop codon
2. 是的，杂合子不能算ko，要经过一次减数分裂才行，或者直接ko两个allele
gene
【在 j****n 的大作中提到】
: 没试过
: 有两个小疑问
: ko除非用hr把整个cds干掉 不然即使ko了 transcriotion不受影响吧 nhej一般也就几
: 个bp的变化
: 如果只ko掉一个allele 会显著影响基因的表达吗？印象中 一些highly regulate gene
: 一个copy或者两个copy 转录水平没啥区别
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m*****e
发帖数: 129 | 8 有没有ko不掉的基因？ 我最近有一个基因总是做不出ko的line
【在 a*********n 的大作中提到】
: 1. 会造成frame shift或者stop codon
: 2. 是的，杂合子不能算ko，要经过一次减数分裂才行，或者直接ko两个allele
:
: gene
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j****n
发帖数: 3370 | 9 frameshift或者stop codon影响translation 但对transcription没有影响 蛋白活性肯
定没了 但mrna水平未必会有大的差别
除非设计的qpcr primer刚好在deletion区域 但nhej随机性太大 根本无法预测
【在 a*********n 的大作中提到】
: 1. 会造成frame shift或者stop codon
: 2. 是的，杂合子不能算ko，要经过一次减数分裂才行，或者直接ko两个allele
:
: gene
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j****n
发帖数: 3370 | 10 essential gene肯定ko不掉啊 hh
或者对生长影响很大的 也很难ko
【在 m*****e 的大作中提到】
: 有没有ko不掉的基因？ 我最近有一个基因总是做不出ko的line
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i*********0
发帖数: 915 | |
a*********n
发帖数: 390 | 12 有，原因很多，要看具体情况，当然最直接的办法是多做几遍
【在 m*****e 的大作中提到】
: 有没有ko不掉的基因？ 我最近有一个基因总是做不出ko的line
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a*********n
发帖数: 390 | 13 对，不建议qpcr检测ko
【在 j****n 的大作中提到】
: frameshift或者stop codon影响translation 但对transcription没有影响 蛋白活性肯
: 定没了 但mrna水平未必会有大的差别
: 除非设计的qpcr primer刚好在deletion区域 但nhej随机性太大 根本无法预测
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l*******1
发帖数: 16217 | |
m*****e
发帖数: 129 | 15 嗯，谢谢了！
【在 j****n 的大作中提到】
: essential gene肯定ko不掉啊 hh
: 或者对生长影响很大的 也很难ko
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m*****e
发帖数: 129 | 16 嗯，谢谢！
【在 a*********n 的大作中提到】
: 有，原因很多，要看具体情况，当然最直接的办法是多做几遍
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