s******s
发帖数: 13035 | 1 一个DNA sample, 前面处理比较强 99C啥的，估计有部分或者全部变成ssDNA了
请教两个问题
1. 有什么精确标准的办法确认是不是ssDNA，还是大多数仍然dsDNA
2. 接下来要deep-seq. 我知道可以重新加热慢慢降温重新anneal，或者用
hex nucleotide做prime做一轮PCR，恢复成dsDNA. 请问哪一个方法好一点？
如果后者，应该用什么polymerase, 或者有现成protocol么？ |
T**********t
发帖数: 1604 | 2 1. 可以跑胶看size吧，DNA ladder是双链的。看你的sample跑得位置和ladder是否一
致。不过如果你的DNA片段太小可能不容易判断。
2. 我觉得重新anneal就好了吧，除非你的ssDNA本身有复杂的二级结构，否则加热退火
之后anneal成dsDNA应该问题不大。重做PCR感觉很多此一举似的。不过我也没有做过类
似的sample处理，不知道实际做起来会不会是影响很大。 |
s******s
发帖数: 13035 | 3 谢谢。因为是seq的sample, 大小是一个smear, 几百bp到几kb，所以没法看大小。
同样，因为有的片断有几kp，我不是太放心这种大小的片断anneal效率怎么样，
有同学有经验么
【在 T**********t 的大作中提到】
: 1. 可以跑胶看size吧，DNA ladder是双链的。看你的sample跑得位置和ladder是否一
: 致。不过如果你的DNA片段太小可能不容易判断。
: 2. 我觉得重新anneal就好了吧，除非你的ssDNA本身有复杂的二级结构，否则加热退火
: 之后anneal成dsDNA应该问题不大。重做PCR感觉很多此一举似的。不过我也没有做过类
: 似的sample处理，不知道实际做起来会不会是影响很大。
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T**********t
发帖数: 1604 | 4 把大片段再打碎一点，都控制在几百bp就不用担心anneal的效率了。 |
