f********g
发帖数: 6 | 1 You don't need kinase if the vector/fragment the linker is ligated to has 5'p
on its end, which usually is the case. When you use restriction enzyme to
generate the new end from the linker, you also generate the 5'p on the end. I
think people who are using kinase are ligating oligos to de-phosphorylated
vector etc, in that case you need to add 5'p to your annealed oligos.
我以前anneal以后直接用来做连接，从来没有问题。而且anneal过程中我没有加过kinase |
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c*******n
发帖数: 1648 | 2 or annealed disorders
which is opposite to quenched ones
Is athermal solvent of a polymer a kind of annealed disorders for polymer?
THanks! |
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J********i
发帖数: 50662 | 3 嗯，高温annealing靠谱
我需要做个实验来提高 MEMS 器件SiO2/SiO2 bonding的强度. 似乎anneal 是很有效的
方法。但我对于细节不大了解（temperature,time duration, pressure on the wafer
...)。有什么书or paper有实验细节可以参考.希望有实验物理，MEMS方向大牛给与指
导。 |
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C********s
发帖数: 495 | 4 【 以下文字转载自 JobMarket 讨论区 】
发信人: Cerberuses (不干嘛), 信区: JobMarket
标 题: 招一位 thermal treatment engineer (RTP, anneal, etc)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jul 2 15:18:06 2012, 美东)
工作地点在湾区
上市公司, competitive package
需要PhD + 5年业界经验
最好兼具device physics的经验
觉得自己沾边的就给我发pm吧，还有更多细节 |
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s*****e
发帖数: 172 | 5 请问：PS-b-MMA 镀膜 annealing的时候，为什么要在真空箱里面？比如170 degree
under vacuum.
如果不是在真空环境下，比如说暴露在高温空气中，对镀膜结果会有何影响？会不会
styrene 或 MMA发生一些化学反应？会是何样的反应？
谢谢！ |
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j*******e
发帖数: 586 | 6 Is there any guru here having PDF version of this paper:
Kirkpatrick, S., Gelatt, C.D., & Vecchi, M.P. (1983). Optimization by
Simulated Annealing. _Science, 220_, 671-680.
Tx! |
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s*****e
发帖数: 172 | 8 请问：PS-b-MMA 镀膜 annealing的时候，为什么要在真空箱里面？比如170 degree
under vacuum.
如果不是在真空环境下，比如说暴露在高温空气中，对镀膜结果会有何影响？会不会
styrene 或 MMA发生一些化学反应？会是何样的反应？
谢谢！ |
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T********k
发帖数: 94 | 9 我需要做个实验来提高 MEMS 器件SiO2/SiO2 bonding的强度. 似乎anneal 是很有效的
方法。但我对于细节不大了解（temperature,time duration, pressure on the wafer
...)。有什么书or paper有实验细节可以参考.希望有实验物理，MEMS方向大牛给与指
导。 |
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T********k
发帖数: 94 | 10 我需要做个实验来提高 MEMS 器件SiO2/SiO2 bonding的强度. 似乎anneal 是很有效的
方法。但我对于细节不大了解（temperature, duration, pressure on the wafer...)
。有什么书or paper有实验细节可以参考.希望有实验物理，MEMS方向大牛给与指导。 |
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p***e
发帖数: 402 | 11 这个东东呀...
个人建议:
抽真空,加热呗;或者用激光加热呗.然后用XRD,Raman,FTIR等表征一下,分析anneal前后
结构有什么不同呗.
.) |
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i******r
发帖数: 1175 | 12 鱉完成的這量子計算模擬落後有10年了吧。量子計算領先梯隊裏沒有中國團隊。沒有一
樣重要研究成果是中國人的。
Timeline[edit]
Main article: Timeline of quantum computing
In 1959 Richard Feynman in his lecture "There's Plenty of Room at the Bottom
" states the possibility of using quantum effects for computation.
In 1980 Paul Benioff described quantum mechanical Hamiltonian models of
computers[57] and the Russian mathematician Yuri Manin motivated the
development of quantum computers.[58]
In 1981, at a conference co-organized by MIT and IBM, physicist ... 阅读全帖 |
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b****t
发帖数: 114 | 13 Hi all,
I got this error, when I compiled a tex file.
l.714 ...to random search and simulated annealing}
?
! Illegal parameter number in definition of \reserved@a.
2
l.714 ...to random search and simulated annealing}
?
! Illegal parameter number in definition of \reserved@a.
1
l.714 ...to random search and simulated anneal |
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x*****e
发帖数: 309 | 14 贴个我的做法吧，成功率很高，供参考。
1、引物退火溶液Annealing buffer: NaCl 100 mM, Hepes 50 mM, pH 7.4
(1ml: NaCl 2M 50ul, HEPES 1M 50ul, 加水至1 ml，pH试纸调pH)
2、引物浓度约=28.3ug/OD, 加入94ul Annealing Buffer 至终浓度 0.3 mg/ml
3、加入上下游引物各10 ul，Annealing Buffer 30 ul，90度4分钟，70度10分钟，然
后放到500 ml装有70度热水的烧杯中，室温冷却后连接或-20度保存。
4、连接质粒，加入2ul退火后的产物，1 ul T4 DNA ligase buffer, 1ul pSR/BglII+
HindIII 线性质粒, 5 ul 水，1 ul T4 Ligase. 连接（16度过夜或室温30－120分钟）。
5、加入1 ul Bgl II 至连接产物中，37度消化30分钟，转化感受态细胞。
6、挑取转换子，提质粒，酶切鉴定，注意阴性克隆切出条带大概1kb（227，248和
281bp条带差异不明显，故对 |
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c********b
发帖数: 363 | 15 Well, I can share some more of my experience with you.
1, Check out the anneal temperature. If no band here, but your positive
control showed no problem for RT, then I would suspect that PCR failed in
your RACE. You can try touch-down PCR or use 2-step PCR (68 degree for
annealing and extension.
2, Increase your PCR cycles. If the annealing temperature is not perfect,
increasing cycle numbers will help. I normally used 36-40 cycles for 2-step
PCR, in some difficult cases. Also, I tried many diff... 阅读全帖 |
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N2
发帖数: 81 | 16 primers:
Forward primer: the matched part should be 30-35mer, tm~65C,
Reverse primer: should be >30-35er, could be 40-55mer if you don't have a
tail, the long the better, matched base pairs have tm around 65.
cycles:
using phusion polymerase, add 5% DMSO(2.5ul/50ul), annealing temperature>=
68C.
For the long primer pcr, the main problem is the primer dimer and the second
structure of the primer. So you need a long matched length to give space to
increase the annealing temperature and break any p... 阅读全帖 |
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N****n
发帖数: 294 | 17 Can you raise your primers annealing temperature by extending a few more
bases? I had the experience with shorter primer and lower annealing
temperature without success. Increasing the length of primer as well as the
annealing temperature solved the problem. Good luck |
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s********e
发帖数: 425 | 18 之所以把FPGA compiler这个组名列出来，是因为他们问的问题主要是针对他们每天做
的工作提出的问题。所以可能这些问题只针对这个组有参考性。另外也可以看出一个规
律就是，各个组是针对自己每天都做什么东西来问问题的。
面试是两个人问的。
首先是他们简要介绍了一下他们要做的工作，就是做基于FPGA的LabView。
然后一个人问了一个Behavior question: Given a specific example of how your
debug your code.
我举了一个写Simulated Annealing算法时候的例子。
另一个人熟悉Simulated Annealing，于是他就继续问我你用这个算法解决的是什么问
题。
然后其中一人说，我们做这个工作既要对硬件知识有所掌握，又要对软件了解。所以他
们开始问一些硬件方面的概念型问题，比如什么叫Synchronize circuit（有个global
clock），什么决定了Max clock frequency（longest combinational logic path），
如果pipeline一个circ... 阅读全帖 |
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d*******s
发帖数: 208 | 19 俺的
CHASE CASH PLUS 5%
CHASE UNITED (50K MILES + NO ANNEAL FEE FOR FIRST YEAR)
CITI DIVIDENT 5%
CITI PPE (NON ANNEAL FEE)
AMEX BLUE CASH
AMEX HILTON HHONORS
DISCOVER MORE |
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f********y
发帖数: 20 | 20 下面这些文章都是仇旻（2011年已经号称全职回浙大，但是瑞典的组这两年仍然继续招
收硕士博士生）,领导的瑞典课题组的2013-2014年度部分文章，即拿大千人，又以瑞典
国籍(仇旻本人已放弃中国国籍）拿到中国的杰青，是不是有点明目张胆了。。。
All-optical switching of silicon disk resonator based on photothermal effect
in metal-insulator-metal absorber
Thermal radiation dynamics in two parallel plates: The role of near field
Ultra-narrow-band light dissipation by a stack of lamellar silver and
alumina
Whispering gallery mode nanodisk resonator based on layered metal-dielectric
waveguide
Lithography-free broadband v... 阅读全帖 |
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P*****J
发帖数: 1745 | 21 这个去midwayusa转一圈就知道显然不对啊。我记得读到过退过火的蛋壳也可以把颈部
清理干净，不过军队验收5.56需要看弹壳口的退火环，所以M855, M193之类的都留着。
http://www.midwayusa.com/product/3317382405/blackgun-industries
"The 223 Remington loaded from BlackGun Industries is loaded with a 55 grain
M193 projectile in new Lake City 5.56x45mm NATO brass to 223 Remington
pressure specifications. Lake City brass is produced to Military
Specifications and is known for its high quality and consistency. This brass
does have the crimped in primer. All of the components th... 阅读全帖 |
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a****l
发帖数: 245 | 22 【 以下文字转载自 EnglishChat 讨论区 】
发信人: anneal (anneal), 信区: EnglishChat
标 题: 老板对一首词句感兴趣, 谁能帮忙翻译一下?
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Nov 7 10:37:25 2008)
清水白石下寒沙,自逍遥。 斗转星移天地暗,弹指老。 一笑白首问苍穹, 无拘束,休碌碌 |
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B*****n
发帖数: 135 | 23
照你的说法, 冷却煺火 (simulated annealing) 这个纯粹的物理过程应用在社会/自然
科学的许多组合问题上是不是也很不严肃呢? 推而广之, 基因算法乃至 工神经网络
在生命工程领 外的应用也是大可商榷的了... come on, 我相信你对熵的概念确有
极深的领会, 但因此而为自己建一个学科堡垒恐怕并不是最好的科学研究的方法.
毕竟科学都是相通的... 就象
simulated annealing, 貌似纯物理过程, 实则为马尔可夫
理 的体现... 而马尔可夫链在社会学中的应用极为普遍 (著 的如马寅初的人口理
论). 这说明咋一看风牛马不及的现象, 也许本质上并非那么遥远. 你自己在另一篇
post中称对社会科学知之不多, 却敢于把应用熵模型的有效性一笔抹杀, 是不是也有
点不太严肃呢? 模型的本质并不是要去解释被套用的现象, 而是去解释被摹拟的
现象. 如果应用熵概念必须在严格符合熵之所以产生的条件下, 那么牛奶挤出来只能
给牛喝, 鸡蛋煎好了也只能给鸡吃 (抱歉如果这里有点 carried away :)
这个自然好... 在下洗耳恭听 (bol |
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b******k
发帖数: 1874 | 24 好像直接合成oligo，然后anneal，再链接就行。不过我也没有具体干过。我看的文章也
没有具体说怎么样anneal的。。。。 |
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b******k
发帖数: 1874 | 25 so, if i am going to ligate two tandem short fragments (say, 50bp each):
synthesize 50nt oligo of Sense and antisense (with 5' phosphate group modifi
cation),
anneal them by boiling and cooling naturally,
then ligate the annealed fragments (ideally, with synthesizd 3' overhang fro
m first one, and 5' overhang from 2nd)by conventional T4 ligase system?
thanks. |
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G*****h
发帖数: 320 | 26 Just for clarification:
First, melting temperature does not equal annealing temperature.
The optimal annealing temperature in a PCR is:
T(opt) = 0.3 x Tm(primer) + 0.7 x Tm(product) -14.9
Second, the most accurate algorithm to calculate Tm is based on the nearest-
neighbor interaction model:
Tm (°C) =dH/(dS + R x ln(c/4)) - 273.15 + 16.6 x log[salt]
(Note: dH and dS = deltaH and deltaS)
where dH and dS are the enthalpy and entropy for the helix formation of an
oligonucleotide duplex, respectivel |
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c******r
发帖数: 3778 | 27 。。。DNA变性？DNA变性又不影响酶切，也不影响PCR，只要不断就可以啊。反正一降
温不就重新anneal了吗？如果担心可以慢慢降温啊，比如放60度10分钟。不要95度然后
直接放冰上，那个会影响DNA的annealing。
不过加热好不好使我真的没直接试验过 |
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s******s
发帖数: 13035 | 28 annealing太低，IDT算出来的都是不准的，建议用gradiant试一下52/55/57,
尤其多加Mg效果就类似降低annealing。另外用pfu你的延伸时间太短了。
建议用Taq+pfu, 注意hot start
94*2 － （94*0.5 -> 52/55/57*0.5 ->72*2) *35 cycle -4C |
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T**********t
发帖数: 1604 | 29 1. 可以跑胶看size吧，DNA ladder是双链的。看你的sample跑得位置和ladder是否一
致。不过如果你的DNA片段太小可能不容易判断。
2. 我觉得重新anneal就好了吧，除非你的ssDNA本身有复杂的二级结构，否则加热退火
之后anneal成dsDNA应该问题不大。重做PCR感觉很多此一举似的。不过我也没有做过类
似的sample处理，不知道实际做起来会不会是影响很大。 |
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c******r
发帖数: 3778 | 30 用第二种25bp的再试一下。PCR改用三步，annealing temperature改用60度，64度分别
试一下。68做有点太高了。一般都建议是Tm减5度的。
这个pcr看起来比较直接啊，不行就多试几个不同的pcr annealing temperature就可以啦 |
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G*****h
发帖数: 320 | 31 2-kb with 44% GC should not be too difficult. Below are what I can think of
at the moment:
1) There may be a very difficult secondary structure in the sequence (such
as an inverted repeat). If there is
indeed an inverted repeat, you have to run two separate PCR and then ligate
your two product together.
2) Some other secondary structure problems can be resolved by designing
longer primers, so you can have a
higher annealing temperature to overcome the problem.
3) Your template DNA is degraded, s... 阅读全帖 |
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c********b
发帖数: 363 | 32 I just synthesized one by myself. Mine is 408 bp. I ordered 8 primers (
contains short complementary sequence one after another). The first 4 (
forward, reverse, forward, reverse to cover the first half of the sequence)
primers and the last 4 primers were put into 2 PCRs for annealing and
filling. The PCR products were then put into a new PCR for annealing and
filling. Then used the first forward primer and the last reverse primer for
a regular PCR. Gel purified the product, cloning. One day's j... 阅读全帖 |
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q*****d
发帖数: 445 | 33 这篇文章的方法我怎么看不明白呢？如果我看明白了，就是它有明显的错误，但我相信
NBT是不可能有错误的，尤其是这位大神实验室经常出一些Nature, Science的，所以说
还是我没有看明白。现在还是直奔主题吧！问题幼稚，还望大神们多多指教！
文章链接在这里：http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n3/full/nbt.1526.html
我们是想用它的方法进行细胞转座子分析，看看细胞内的转座子都跑哪里去了。因此我
想follow他们的LM-PCR方法。
原文272页的Pyrosequencing说到：把转座子的左边用BfaI切，右边用NlaIII切，然后
与合成的linker连接：引物的设计如下：
To make the BfaI linker, the following oligonucleotide sequences were
annealed together using standard protocols, top strand 5’-
GTAATACGACTCACTATAGGGCTCCGCTTAAGGGAC-3’ and bott... 阅读全帖 |
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D***a
发帖数: 516 | 34 pcr产物用annealing后t7 endonuclease切？
比如：能切开的是杂合，不能切开的是WT或homozygous mutant。再把这个不确定的和
已知WT的再次annealing， 切不开的是WT，切开的homozygous mutant。 |
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c******x
发帖数: 438 | 35 1.Time-resolved SAXS, WAXS, and DSC study of the annealing of poly (aryl
ether ether ketone) (PEEK) from the galssy state
C. Fougnies etal, Macromolecules, 1997, 30*5) 1385-1391
2) Annealing effects on the crystallinity of polyetheretherketone (PEEK) and
its carbon fiber composite
Gunilla M. K. Ostberg etal
Journal of Applied Polymer Science
Volume 33, Issue 1, pages 29–39, January 1987
Thanks |
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s********e
发帖数: 425 | 36 【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
发信人: sunnystate (路一直都在), 信区: JobHunting
标 题: [新鲜面经]intern NI(National Instruments) FPGA compiler 组
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 6 16:09:55 2012, 美东)
之所以把FPGA compiler这个组名列出来，是因为他们问的问题主要是针对他们每天做
的工作提出的问题。所以可能这些问题只针对这个组有参考性。另外也可以看出一个规
律就是，各个组是针对自己每天都做什么东西来问问题的。
面试是两个人问的。
首先是他们简要介绍了一下他们要做的工作，就是做基于FPGA的LabView。
然后一个人问了一个Behavior question: Given a specific example of how your
debug your code.
我举了一个写Simulated Annealing算法时候的例子。
另一个人熟悉Simulated Annealing，于是他就继续问我你用这个算法解决的是什么问
题。
... 阅读全帖 |
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z**h
发帖数: 224 | 37 not thickness. suppose you PS layer ontop of PMMA layer. then you run
relflecivity. then you anneal the sample and run relfectivity again. if the PS
and PMMA mix together, will the critical angle change compared to the non
annealed one? |
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f**d
发帖数: 768 | 38 这是一本计算神经科学的优秀著作，全文拷贝这里（图和公式缺），有兴趣的同学可以
阅读
如需要，我可以分享PDF文件（－－仅供个人学习，无商业用途）
From Computer to Brain
William W. Lytton
From Computer to Brain
Foundations of Computational Neuroscience
Springer
William W. Lytton, M.D.
Associate Professor, State University of New York, Downstato, Brooklyn, NY
Visiting Associate Professor, University of Wisconsin, Madison
Visiting Associate Professor, Polytechnic University, Brooklyn, NY
Staff Neurologist., Kings County Hospital, Brooklyn, NY
In From Computer to Brain: ... 阅读全帖 |
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m**********e
发帖数: 12525 | 39 目前流行的有fine tuning理论，认为人类是孤立的，宇宙中不存在其它智能
生命
其实现在有许多证据认定整个自然界是fine tuning的，而不是个annealing解 |
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s******y
发帖数: 28562 | 40 好像我以前记得别人说过的，说是谷歌的那个量子计算机其实不是严格意义的
量子计算机，因为它的那个量子部件只能用来对某些特定的特殊问题用quantum
annealing来进行模拟计算，而且绝大部分计算都是用普通计算部件来做的。所以
学术界很多人认为那个机器最多只能称为一个使用了量子辅助加速部件的普通
计算机而根本不能称为一个量子计算机。
真正意义的量子计算机目前只是一个雏形，在中美欧都有人在做。在美国水平最高的其
实是在IBM, 而Google 根本就是哗众取宠。中国的水平也很高，其中科大是水平最高的
，南大也不错，清华和国防科大也有人在做。
另外，上面有人说的郭光灿不是潘建伟那个系的，他和潘虽然都在科大，但是两人的关
系是直接竞争者，他们两个摊子是完全独立的。郭主要做的其实是量子光学，和潘做的
东西有重叠也有不同。 |
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m********5
发帖数: 17667 | 41 没看paper, 但是科大宣传它这个是经典量子计算啊，和quantum annealing那种不同，
不然别人都几千个qubits，它这个算个屁啊
它这个速度才0.2MIPS比8086还不如啊 |
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发帖数: 1 | 43 THIS IS INDIA’S CHINA WAR, ROUND TWO
The absurd myth of an ‘unprovoked Chinese aggression’ in 1962 has
fermented in India a persistent longing for revenge
BY NEVILLE MAXWELL
15 JUL 2017 / UPDATED ON 25 JUL 2017
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91Comments
Indian Army soldiers of the Gorkha Regiment patrol the India-China border.
Photo: AFP
Indian Army soldiers of the Gorkha Regiment patrol the India-China border.
Photo: ... 阅读全帖 |
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s****e
发帖数: 638 | 44 帮我搬家的卡车司机说，卡车司机有一项能力类似3D俄罗斯方块。如何把形状各异的
散货尽可能省空间的塞到卡车车厢里。 让重量分配均匀，有时要加些constraint，比
如拉3-4家人的货要考虑路线，谁家的先装后卸等等。 这本身是NP-hard问题, 但可以
转化为有现成解法的3D placement，比如最简单用simulated annealling 可以做到接
近最优。这类问题人觉得难，对电脑来说不难。 loading dock 感觉不是很难的问题
。 |
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m**********e
发帖数: 12525 | 46 说明你黄脸婆显然是个有技巧的人
上床很容易，但是下床确实件技术活，弄不好被人杀全家的都有
下床不能quench,必须annealing |
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m**********e
发帖数: 12525 | 47 这是个屁问题，就是定义一个potential,然后寻找Potential的global min，
可以用annealing，也可以用GA，多如牛毛，
你妈的，也就码农还当个屁
了。 |
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t**x
发帖数: 20965 | 48 人家在中国治病救人
靠服务人民挣钱
今年2月底在美国佛罗里达召开的生物技术领域最有影响力的“全球基因组生物学
与技术进展”（AGBT）大会上，美国科学院院士、北京大学长江讲座及千人计划
教授、北京大学生物动态光学成像中心（BIOPIC）主任谢晓亮代表北大BIOPIC-北医三
院生殖医学研究团队报告了一项最新的单细胞基因组扩增技术成果，首次实现了人类胚
胎在植入女性子宫前的遗传诊断，该技术有望大幅提高辅助生殖（试管婴儿）成功率，
并在其他产前诊断领域具有广泛的应用前景。
该团队由北京大学BIOPIC的谢晓亮实验室、汤富酬实验室及北京大学第三附属医院生殖
医学中心乔杰实验室组成。 他们将谢晓亮哈佛大学实验室去年底发表在《科学》上的
MALBAC（multiple annealing and looping-based amplification cycles) 技术应用
于临床，从而确立了基于单细胞基因组高通量测序的植入前基因诊断新方法。 据外媒
报道，该报告引起与会同行的高度关注并获得了多家媒体报道，冷泉港实验室的
Gholson Lyon 评价说谢晓亮教授的报告... 阅读全帖 |
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A****s
发帖数: 932 | 49 以下的结论符合你“熟练使用”的定义吗？
In summary, the samples consist of chemically complex copper metal rich in
tin and a range of minor and trace elements. They were made using different
working sequences, carefully adjusted to the different properties required
by the two objects, and with considerably higher annealing temperatures than
those used for pure copper. This demonstrates that the metal smiths
understood clearly the specific properties and requirements of tin bronze,
as opposed to the more commonly us... 阅读全帖 |
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c********g
发帖数: 15629 | 50 13-8 stainless alloy (UNS S13800) is a martensitic precipitation-hardening
stainless steel that has excellent strength, high hardness, superior
toughness, and good corrosion resistance. Compared to other ferrous-base
materials alloy 13-8 offers a high level of useful mechanical properties
under severe environmental conditions. Alloy 13-8 is used in Aerospace
components, landing gear, nuclear reactor components, petrochemical industry
, injection molding equipment etc. Alloy 13-8 in the annealed ... 阅读全帖 |
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