E*****e
发帖数: 54 | 1 paper上说的不是太详细，只是说screen with a siRNA library targeting 21000
human
genes. 请问这个具体怎么操作的？ 这个library拿到手是2万多个管子吗？然后一个个
的做transfection？
这个工作量太大了吧？ |
s******s
发帖数: 13035 | 2 有人做好了，都是trangenic rnai，robot操作的，普通实验室就不要想了
【在 E*****e 的大作中提到】
: paper上说的不是太详细，只是说screen with a siRNA library targeting 21000
: human
: genes. 请问这个具体怎么操作的？ 这个library拿到手是2万多个管子吗？然后一个个
: 的做transfection？
: 这个工作量太大了吧？
|
z****g
发帖数: 3340 | 3 一般是micoplate version and reverse transfection.普通实验室在现在这个大环境
下恐怕完不起,并且后期N多data处理也不是普通实验室能干的活.
【在 E*****e 的大作中提到】
: paper上说的不是太详细，只是说screen with a siRNA library targeting 21000
: human
: genes. 请问这个具体怎么操作的？ 这个library拿到手是2万多个管子吗？然后一个个
: 的做transfection？
: 这个工作量太大了吧？
|
n******n
发帖数: 8 | 4
好像是在96孔板里面，操作的时候都是用机械臂取样的，转染可以用反向转染，一般普
通实验室确实没办法操作，通常有辅助中心一类的吧，1个月差不多能做一遍吧
【在 E*****e 的大作中提到】
: paper上说的不是太详细，只是说screen with a siRNA library targeting 21000
: human
: genes. 请问这个具体怎么操作的？ 这个library拿到手是2万多个管子吗？然后一个个
: 的做transfection？
: 这个工作量太大了吧？
|
K**********e
发帖数: 188 | 5 得有一个机器人才行。
我们实验室有4个课题是这样的，动不动老板就叫嚣要把全基因组RNAi筛一遍。针对每
个基因都有3个不同的siRNA。除了针对基因的，也有针对小RNA的库
还分成很多sub库，比如跟细胞周期有关的库，跟damage有关的 等等。并不一定每次都
得筛2万多基因 |
d*p
发帖数: 534 | 6 siRNA，合成的，不能做pool screeing，所以全基因组的必须要有机械臂。
shRNA，在病毒载体上，可pool screeing. 全基因组的，可分成多个pool，你收到的是
plasmid mixture。普通实验室都可以做，只要你能拿到这个library. |
c********r
发帖数: 1125 | 7 俺们实验室原来的那个就是siRNA的genome RNAi筛选，有机械臂。
但是我觉得前期的优化和后期的数据处理都是问题。比如设计好的程序来尽量减少假阳
性，总之需要一定编程能力的人是最好，否则只能针对一些很简单的表形。
比如今年nature有一篇EMBL的mitocheck的那个筛选，人力物力巨大，但是我们组至少
就发现他们在某些表形上漏了很多candidates。。。当然没有完美的东东啦。。
后期数据处理分析需要服务器，数据库等等。。。总之需要的技术支持不少。
那个筛选开始的时候我们学校还没有BIO-screen facility center,所以所有的程序优
化，数据处理基本都是一个PHD做的。。。
现在学校有辅助中心了，工作量小了很多，他们也买了很多LIBRARY,药物的，化合物的
，部分基因组的等等。
当然最重要的还是要有钱。。。老板当年为了做这个筛选四处要钱都抓狂了。。。我还
记得我刚进实验室的时候老板跟我说："靠，现在总算有钱来实施我的雄伟计划X了。。
哦哈哈哈"...汗 |
b****r
发帖数: 17995 | 8 这种技术很promising，我很看好
今后十几年的以-ome结尾的工作应该会成为主流
俺决定投身其中 |
