d****7
发帖数: 109 | 1 Non-strand specific就不用说了，最简单了，照着protocol来，没啥问题，问题在于
strand specific:
1. strand-specific or not 不影响mapping，因为不管用什么protocol，出来的reads
map到哪条strand都算。再算gene expression的时候才会用到strand information，
具体怎么count reads to gene, 这个要取决于你的strand specific library prep
protocol
2. 拿tophat/bowtie来说，mapping的时候有一个选项--library-type，这个怎么选都
不影响mapping，但是一定要注意，接下来用cuffilink/cuffdiff和htseq-count之类的
，这个--library-type一定要添对了，这个影响gene expression的counting
3. 如何选--library-type？总的来说，如果先测序的reads(R1 reads)是从first-
strand (first st... 阅读全帖 |
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A**H
发帖数: 4797 | 2 有一百个样品。每一个样品的实际值是1，2，3，或者4。观察值范围变动大概是0.5到
12左右，也就是说，对于实际值是2的样品，有可能观察到1.8或者5.1。我想要的是一
个方法能有效的把样品分到四组，对应于实际值1，2，3，4
有几种测量方法，每一种都会得到这么一个样子的数据
实际值 观测值
2 3.4133
2 3.3333
2 3.0588
3 6.9932
4 7.0595
3 6.5312
2 6.4757
1 1.2419
4 10.337
2 6.0229
2 7.2705
4 8.1558
1 0.7025
怎么评判哪种测量方法好
大概可以看到观测值随着实际值增大而增大，correlation也支持这一点
补充：
我可以使用几种不同的测量方法（或者说计算方法），比如说甲乙丙三种方法，我想知
道哪种方法能让我更好的判断某个样品的实际值属于四组里面的哪一个小组（也就是实
际值是1，2，3，或者4）
给出的数据是一部分，... 阅读全帖 |
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A**H
发帖数: 4797 | 3 贴两个方法的data summary:
Method X:
> summary(r1$V2) #--- group for expected value = 1
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
1.019 1.694 2.095 2.110 2.451 3.435
> summary(r2$V2) #--- group for expected value = 2
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
1.892 3.235 3.865 4.215 4.917 9.557
> summary(r3$V2) #--- group for expected value = 3
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
5.122 6.438 7.031 7.491 8.155 10.760
> summary(r4$V2) #--- group f... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 4 paper thanks!
Am J Respir Crit Care Med. 2016 Jul 1;194(1):97-105. doi: 10.1164/rccm.
201510-2115OC.
Circulating Cell Death Biomarkers May Predict Survival in Human Lung
Transplantation.
Hashimoto K1,2, Besla R1, Zamel R1, Juvet S1, Kim H1, Azad S1, Waddell TK1,
Cypel M1, Liu M1, Keshavjee S1.
please send the papers to email: [email protected]/* */
thanks a lot! |
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发帖数: 1 | 5 Tumour Biol. 2016 Jul 27. [Epub ahead of print]
Overexpression of long non-coding RNA TUG1 predicts poor prognosis and
promotes cancer cell proliferation and migration in high-grade muscle-
invasive bladder cancer.
Iliev R1, Kleinova R1, Juracek J1,2, Dolezel J3, Ozanova Z1, Fedorko M4,
Pacik D4, Svoboda M1,2, Stanik M5, Slaby O6,7.
my Email: [email protected]/* */
Thank you very much. |
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a*********n
发帖数: 390 | 6 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: xigua2017 (死不回国的西瓜), 信区: Faculty
标 题: 现在的学生没有任何忠诚度可言
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 15 14:26:25 2017, 美东)
去年进实验室的两个老中PHD，一个1月转学去了R1，另一个信誓旦旦说一定好好做实验
，结果文章刚投出去，今天告诉我暑假后转学去了另一个R1读PHD。气死我了，真是浪
费钱和生命！ |
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a*****l
发帖数: 244 | 7 最近找教职， 从这里学习了很多，现在拿到正式offer letter了，准备写几个短文回
报一下。我是生物医学，用细胞老鼠做实验那种，主要申请medical school和basic
science department教职，所以经验也就是局限在这个方面。
第一篇：不说专业的排名都是耍流氓
先谈一下大学分类，
感觉大家普遍说的前30，前50，tier 1，tier 2 很没有参考价值，所以抛砖引玉提出
一些看法。
如果不介意说专业，那引用 US News专业排名还是有参考价值的；
如果不想说出自己的专业，研究性大学我觉得可以这么分：
第一类：藤校加几个顶尖私立：MIT，斯坦福 等
第二类：顶级公立和知名私立：U Michigan，UC Berkeley ，U Chicago等
（分的再粗一点第一类和第二类可以合并）
第三类*：不属于一和二，但属于Association of American Universities（AAU）的60
所大学。个人觉得学校能进AAU就保证了研究实力。一些US News上排名很靠前的教学型
大学或college都不是AAU （但这些学校本科教学很强），所以... 阅读全帖 |
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a*****l
发帖数: 244 | 8 一个职位出来，少则50个，多则300多个人申请，进shortlist之后看interview和fit，
那进shortlist之前呢，就要看亮点了。亮点不外乎以下几类：
1 文章（子刊或者业内公认杂志），并且要有数量，主要看博士后期间的。第一作者文
章来说，一篇CNS比不过两篇子刊。三篇PNAS或者circulation 或者J Neuroscience都
比一篇CNS管用。 打酱油的文章最好也有几篇，看着比较collaborative。
2 基金，最好可以带走的那种。不能带走的基金也可以表明这个candidate还是写得了
东西拿得到钱的。
3 博士后老板知名或者有威望。
4 研究方向热门，或者使用的技术有特点。
5 Search committee对candidate有personal 印象，比如开会听过报告或poster，一起
吃过饭等。
这5个亮点，只要有一两个就可能进shortlist。进了shortlist就看SKype和onsite
interview的表现以及研究方向是不是和系里fit了。
不招没有transferable grant的一般都是比较没钱的R1或者R2。好... 阅读全帖 |
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a*****l
发帖数: 244 | 9 一个职位出来，少则50个，多则300多个人申请，进shortlist之后看interview和fit，
那进shortlist之前呢，就要看亮点了。亮点不外乎以下几类：
1 文章（子刊或者业内公认杂志），并且要有数量，主要看博士后期间的。第一作者文
章来说，一篇CNS比不过两篇子刊。三篇PNAS或者circulation 或者J Neuroscience都
比一篇CNS管用。 打酱油的文章最好也有几篇，看着比较collaborative。
2 基金，最好可以带走的那种。不能带走的基金也可以表明这个candidate还是写得了
东西拿得到钱的。
3 博士后老板知名或者有威望。
4 研究方向热门，或者使用的技术有特点。
5 Search committee对candidate有personal 印象，比如开会听过报告或poster，一起
吃过饭等。
这5个亮点，只要有一两个就可能进shortlist。进了shortlist就看SKype和onsite
interview的表现以及研究方向是不是和系里fit了。
不招没有transferable grant的一般都是比较没钱的R1或者R2。好... 阅读全帖 |
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d****n
发帖数: 397 | 10 要不你给我发个站内信，把你写的input file给我，我改改看。
你给的那个是z-matrix.可是高斯里面，没有analytical gradient的优化，
用
C
C 1 R1
C 2 R2 1 A1
C 3 R3 2 A2
H 14 R3 10 A3 1 D1
.....
Variable
R1=1.552639
R2=1.537535
R3=1.356474
...
D1=-45
这样才能保证用的是internal coordinates优化，否则高斯还是用cartisian
coordinate,看输出结果就可以看出来是这样的，我也不知道为什么，即便你用opt=z-
matrix也没有用，很奇怪。 |
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k****o
发帖数: 728 | 11 我考虑过这个因素。他前面还说了其他的结构，X2 Si (R1)R2，后面的1,2用来label不
同的R。但是X3 Si R2里R无需label，要label也应该是R1才对。
。 |
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b*******g
发帖数: 1309 | 12 sometimes people want to keep consistent, R2 mostly refers to C18, and R1 is
methyl.
In T3, there is no R1, only R2 exits. |
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F****I
发帖数: 270 | 13 为什么这个不能重新定义？为什么带r12的explicitly correlated wavefunction的
antisymmetrizer的形式和Slater determiant的antisymmetrizer的形式是不同的？
是说 A[ r12 phi_1(r1) phi_2(r2)]，（或者把r12换成sqrt[x(1)^2+x(2)^2+y(1)^2+y
(2)^2]） 定义A':=r12*A，称作一个新的antisymmetrizer?
另外可以用Laplace展开之类的技术把r12=r12^2*1/r12=(r1^2+r2^2-2r1r2cos theta_
12) \sum_l r_<^l /r_>^{l+1} P_l (cos theta_12). P_l(cos theta_12)= 4pi/(2l+1
) \sum_{m=-l}^l (-1)^m Y_l^-m Y_l^m 写成一个单体乘积的无穷级数 |
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h**********c
发帖数: 4120 | 15 如何处理这样的精度?
double r1 = 1.0*2.0 + 1.0*2.0 + 1.0 *2.0;
double r10 = r1/sqrt(1.0+1.0+1.0)/sqrt(2.0*2.0+2.0*2.0+2.0*2.0);
VC++ 2010 express, Vista 64 结果
r10 = 1.0000000000000002；
求acos(r10)的时候溢出，用float也一样戴一个尾巴。
这样的运算怎样避免溢出？
非express 版也有这个问题吗？
没有试别的compler. |
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m*********g
发帖数: 6 | 16 不一定相关吧。你完全可以从两个independent的分布中分别得到各自的variance,然后
任意给定一个相关水平（假设是常熟），你就可以simulate出两个随机变量，level相
关，但他们的variance是来自独立分布的。不知道我有没有理解错你的问题？还是你想
问的是r1 r2相关，r1^2 ,r2^2是否相关？ |
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p****2
发帖数: 119 | 17 人家说说，您就当真了？另外，您不是从R1出来的吧？非R1出来的传统上在美国经济学或者商学院是找不到decent工作的，回北京或者上海的确是正道。不过您要是WSNV，在美国市场上靠AA还兴许有点优势。 |
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j**********n
发帖数: 390 | 18 It is more commonly seen as:
R2 = a + b*R1 + c*V*R1 + d*V + error |
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s*****a
发帖数: 353 | 19 两种办法，第一，生成一个很长的序列，前面很多个直接扔掉,asymtotically
stationary
第二，算一下前面两个值的自相关矩阵，依照这个矩阵生成前两个数
random('norm',[0,0],[R0,R1;R1,R0]) |
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r****r
发帖数: 306 | 20 a*x + b*y = r1
a*x^2 + b*y^2 = r2
a*x^3 + b*y^3 = r3
a*x^4 + b*y^4 = r4
r1, r2, r3, r4 known.
Is there any quick way to get values of a, b, x and y?
Thanks a lot. |
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b***r
发帖数: 149 | 21 问这个circuit的gain
我当时的回答：
if it is ideal op-amp
=〉equal potential at + and - terminals
=> + terminal virtual ground
=> (Vin-0)/R1 = (0-Vout)/R2
=> Vout = - (R2/R1) * Vin
then the interviewer asked me if i was sure that the gain is negative?
i said if the op-amp is ideal, then yes. however, this configuration forms a
positive feedback. if the output voltage increases a bit, the + positive
also increases a bit, then the output increases more. therefore, this
circuit can oscillate.
he put it aside an |
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c*******l
发帖数: 4801 | 22 大概是V1和V2呢，差不多， R1/R2提供静态工作点
V1输入个AC信号，V2这点的输入需要限流，这个R3就是限流用的
所以V1进来的AC信号骑在Vs用R1/R2 divide后的DC上。
V2应该是V1被R3和V2的输入阻抗的分压 |
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z*******e
发帖数: 15 | 23 Hi all,
I need to plot such types of graph in two-dimension, for example, it
could be the union of all R_rho, 0=< rho <=1, P=constant,
R_rho = {R1 <= log(1+ rho^2*P), R2 <= log(1+ (1-rho^2)*P),
R1+R2 <= log(1+ P+ 2*rho*P)}
I would like to observe the boundary of the final region.
How could I plot this boundary? I tried matlab, using command "area", but
the whole area is colored.
Are there any better ways or tools to finish this?
Thanks. |
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e******r
发帖数: 623 | 24 【 以下文字转载自 Programming 讨论区 】
发信人: explorer (球风华丽作风硬朗，唯一缺点：太像梅西！), 信区: Programming
标 题: 问几句汇编指令(assembly language)
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Apr 20 23:46:32 2010, 美东)
在看一个callout的程序,有几句实在看不懂,请高人指点一下:
1. mov ip, #0x000000FF
orr ip, ip, #0x0000FF00
orr ip, ip, #0x00FF0000
orr ip, ip, #0xFF000000
这几句是在做什么?是把"0xFFFFFFFF"赋值给ip吗?为什么不能直接写成 mov ip, #
0xFFFFFFFF?
2. tst r1, r2, lsl r4
r1, r2和r4是寄存器,但是tst怎么有三个operands?
3. mov r2, r2, lsl r4
基本同上,怎么mov会有三个operands?这句指令是什么意思?
谢谢了,能提供答案的我会发包子 |
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E*****a
发帖数: 757 | 25 不直观。所以sim了一下。老了
sim完之后再思考给出解答：
平衡态条件：on time charging的charge=off time discharging的charge
假设V1=supply, V2=cap voltage
1.on time: charge cap的电流是(V1-V2)/R1-V2/R2
2.off time: discharging cap的电流是V2/R2
因为是50% duty,on time 电流= off time 电流
所以(V1-V2)/R1-V2/R2=V2/R2, 解得：V2=V1/3
即电容电压稳态是1/3的电源电压。diode drop忽略。如果不忽略，就是1/3的V1-Vd |
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B**********a
发帖数: 94 | 26 What are the advantages and disadvantages of using a resistor divider for
this interface?
what characteristics set the lower limit for total divider resistance (R1+R2
)?
what characteristics set the upper limit for total divider resistance (R1+R2
)?
what characteristics set the relative ratio of the divider resistances? |
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B**********a
发帖数: 94 | 27 what characteristics set the lower limit for total divider resistance (R1+R2
)?
what characteristics set the upper limit for total divider resistance (R1+R2
)?
想知道这两个问题的答案。 |
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g****t
发帖数: 31659 | 28 你这个不叫证明阿...
三角形电阻不是很常见的么.
你怎么知道不会有五角星的.
至少你的证明这些情况都能归并成
R1+R2+...
和1/R1+1/R2+...类似的东西.
证明：
电阻网络的电阻是一些电阻的串并联的结果；而串联和并联都是任意电阻增加总电阻就
增加的。 |
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L*M
发帖数: 8 | 29 Anyone who has Mathematica or maple, lease help me solve following equations:
(Yc-Y0)**2 + (Xc-X0)**2 = r**2
(Y1-Y0)**2 + (X1-X0)**2 = (r-r1)**2
(Y2-Y0)**2 + (X2-X0)**2 = (r-r2)**2
r, X0, Y0 are variables. r1, r2, X1, Y1, X2, Y2, Xc, Yc are paremeters.
TIA |
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L*M
发帖数: 8 | 30 Anyone who has Mathematica, maple, or other tools, lease help me solve
following equations:
(Yc-Y0)**2 + (Xc-X0)**2 = r**2
(Y1-Y0)**2 + (X1-X0)**2 = (r-r1)**2
(Y2-Y0)**2 + (X2-X0)**2 = (r-r2)**2
r, X0, Y0 are variables. r1, r2, X1, Y1, X2, Y2, Xc, Yc are paremeters. |
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k*****l
发帖数: 177 | 31 两球半经 R1 R2
球心距离 d< R1+R2 |
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n***s
发帖数: 1257 | 32 Let X be a Random Variable and f be a Borel measuable function from R1 to R1
. What's the condition for X and f(X) to be independent?
Thanks |
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R*********r
发帖数: 1855 | 33 不需要这么强的条件。以重心为原点，三个支点为R1，R2，R3，则只要 R1+R2+R3=0，
且重心和三个支点四点不共线即可。这个结论对非均匀板也成立。 |
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w**a
发帖数: 1024 | 34 substituting
f = exp(r*x)
into the homogeneous equation
f'' = a2 *f + a3*f'
and you get
r^2 = a2 + a3*r
and solve for 'r'; if you get two distinct roots, say, r1, and r2
the solution is
f0 = c1 * exp(r1*x) + c2*exp(r2*x)
if you get repeated root, say, r0
then the solution is
f0 = c1*exp(r0*x) + c2*x*exp(r0*x)
all the roots can be complex-valued.
Then you guess a special solution to the original equation
f'' = a1 + a2*f + a3*f'
say：
f1 = -a1/a2;
then the final solution is
f = f0 － a1/a2;
const |
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b*******s
发帖数: 954 | 35 对不起，弱弱的问一个，对一个快40的千老而言，
“For those in the 40s, faculty is a better career. In 5 yrs, you might
have your first R1 and set for life.”
这样的比例有多高啊。
ago. Thats when the Americans started to look for talents from abroad in
fields like physics and biology. Why set yourself up in this place? For
those 20s or 30s, try not to make up your mind in the 40s. For those in the
40s, faculty is a better career. In 5 yrs, you might have your first R1
and set for life. Hang on a little longer might pay off |
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M****a
发帖数: 577 | 36 这医院做的很不地道哎，如果不能集体投到NYP的门下，至少也应该安排两年过渡期，
让今年的R1毕业了才关门（不过这样R3就得干R1的活，教学质量会有影响），要不就提
前两年打招呼，让大家早有准备。
这种有财政困难的医院看来要尽量避免。 |
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yf
发帖数: 272 | 37 If it's R0 resection, no need for chemo, if it's R1 or R2 resection,
adjuvant chemoradiation(fluopyramidine based chemo with concurrent radiation)
R0= No cancer at resection margins, R1= Microscopic residual cancer, R2=
Macroscopic residual cancer or M1 resection,
1 cycle before and 2 cycles after chemoradiation
Capecitabine 750-1000 mg/m PO BID on Days 1-14
Cycled every 28 days
With radiation
Capecitabine 625-825 mg/m PO BID on Days 1-5 or 1-7
Weekly for 5 weeks |
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yf
发帖数: 272 | 38 If it's R0 resection, no need for chemo, if it's R1 or R2 resection,
adjuvant chemoradiation(fluopyramidine based chemo with concurrent radiation)
R0= No cancer at resection margins, R1= Microscopic residual cancer, R2=
Macroscopic residual cancer or M1 resection,
1 cycle before and 2 cycles after chemoradiation
Capecitabine 750-1000 mg/m PO BID on Days 1-14
Cycled every 28 days
With radiation
Capecitabine 625-825 mg/m PO BID on Days 1-5 or 1-7
Weekly for 5 weeks |
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h*******p
发帖数: 54 | 39 9/14/2017
New York Medical College - Radiology Resident PGY2/R1 Position Available
The Diagnostic Radiology Residency Program at New York Medical College/
Westchester Medical Center has an opening for a R1 (PGY2) Diagnostic
Radiology Residency position available September 13, 2017.
Please reference the following link for comprehensive information regarding
our residency program: http://www.nymc.edu/departments/academic-departments/school-of-medicine/radiology/
Candidates with all of the followin... 阅读全帖 |
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h*******p
发帖数: 54 | 40 RAD只从PGY-2/R1开始，PGY-1要做一年Prelim-med，prelim-surgery或transitional
year。所以没有PGY-1的position.
我带的很多米国医学生都会问我哪有这些信息，他们转我们科的时候还没match上。也
有很多做完PGY-1想转入RAD的到处问哪儿有PGY2/R1的position。当然大都是老美或者
别的国家的IMG。我当年在这个版上找如何能match上RAD，搜到的文章都是很久前的。
得到的结论就是RAD很竞争，不可能。其实不是不可能，是根本不知道哪儿找信息。
所以我特别把三个很重要的网站每天更新的RAD新position放在这儿。想着只要能帮到
任何CMG都是好事。那
些想做RAD没match上的人就没必要花钱去residentswap网站找位置了。
brightfish你要看着不舒服可以不看。只要能帮助任何潜在的人都是好事。
当然如果版主或大家认为我这帖子在这儿碍事大可以直接删掉，我就不再发了。 |
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m*****5
发帖数: 438 | 41 第二部分是校园情景对话和学术讲座。我本人认为3&5是最容易拿分的题目，其次是第4
题。第6题本
着能说多少是多少的原则，不求有功，但求无过。我把每道题的解题思路给大家说一下：
Task 3：在给出的 notice/announcement/policy中，必有一句‘题眼’。换句话说，
新的
notice到底是有关什么，what is the CHANGE about?。 譬如下面一段announcement:
[With the decrease of students interested in the evening class, the
university decided to discontinue it. This decision was made because the
number of students for the evening class has declined for the past few
years and more students prefer to study with an experienced faculty
member. Stude... 阅读全帖 |
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IJ
发帖数: 494 | 42 suppose you have monthly returns: R1, R2, ..., Rn
annualized return will be:
[(1+R1)*(1+R2)*...*(1+Rn)]^(12/n)-1
any |
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s****y
发帖数: 390 | 43 max 好像是没有用
不过去了max，还有min
R1 or R2 vol goes up 的话，min(R1,R2) 是 go up么？如果R是simple return, R 是
lognormal |
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c**********s
发帖数: 295 | 44 when vol goes up, mean(min(r1,r2)) goes down, vol(min(r1,r2)) goes up, of
course we need to make assumption on rho(s1,s2)
a:
1) when vol is low you short vol, when vol is high it is possible you will
long vol (assuming correlation between s1 and s2 is not -1)
2) you long vol
b:
1) you short skew
2) you long skew
c: i need to read more on heston but in SABR
1) when vol is low you short alpha, but again it could turn when vol goes up
2) you long alpha |
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c***h
发帖数: 80 | 45 don't quite understand ur question
value of 2 yr zero-coupon bond should be 1/(1+r1)(1+r2) , assuming r1 is
the interest rate for 1st yr, and r2 is for second year
seems |
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g***S
发帖数: 20 | 46 I know QRM's Regime Shift model, not sure it is same as regime switching or
not.
Basically let r1 and r2 be two short rate limit
when simulate short rate,
when r
when r>r2, use BK model
when between use square root model. |
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o*****n
发帖数: 2098 | 47 zero(r1)
zero(r2)
loop(r4){
loop(r2){
inc(r1)
zero(r2)
}
inc(r2)
}
?? |
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w**********y
发帖数: 1691 | 48 行吧.俺自己看明白了..terminology啊....
你说的股票volatility实际上是 说它的return的standard deviation...而return的定
义是
(St-S0)/S0..我误以为是St-S0的standard deviation了.
所以我的式子应该变成..
总收益=(w/s1)*X1+((1-w)/s2))*X2=w*r1+w*r2,
where r1=(X1-S1)/S1;r2=(X2-S2)/S2.
那么,总收益的variance=(w)^2*0.2^2+(1-w)^2*0.3^2+(w)(1-w)*0.2*0.3
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w*******x
发帖数: 489 | 49 这个上面的：
http://www.codechef.com/MARCH12/problems/CIELQUAK
2x2,2x3的手算很容易。给出的那个例子7x7，就感觉没解析解了。只能MC吗，这题？10
^18x8这么大的怎么搞？
code run 的时间限制８秒。
The country in which Chef Ciel lives has many earthquakes. Since Ciel's
restaurant is far away from an evacuation center, Ciel is afraid of
earthquakes. So, Ciel would like to know the probability that Ciel can reach
from Ciel's restaurant to the evacuation center when an earthquake occurs.
Your task is calculating the probability under the following assumptions.... 阅读全帖 |
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s***e
发帖数: 911 | 50
首先这两个线段不一定有交点. 我来作个完全的推导:
线段一定义了一个矢量:
L1=((x2-x1),(y2-y1))
线段二定义另外一个适量:
L2=((x2'-x1'),(y2'-y1'))
线段一上的任何一个点R(p)可以这样确定:
R1(p)=(x1,y1)+p*L1
其中p是个参量,在[0,1]间变化. p=0就对应端点(x1,y1);p=1对应(x2,y2)
同理线段二上任何一点被确定为:
R2(q)=(x1',y1')+q*L2
对某个特殊的值(p,q), R1(p)=R2(q). 我们就来求这对(p,q)存在的条件. 如果(p,q)
存在,并且都在[0,1]内, 这两线段就相交,反之就不交. 于是就得两个方程:
(x1-x2)+p*(x2-x1)-q*(x2'-x1')=0
(y1-y2)+p*(y2-y1)-q*(y2'-y1')=0
这就是个二维线性方程组, 你解(p,q)就可以乐... |
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