b******h 发帖数: 2715 | 1 %mem=8gb
%nproc=8
%chk=firstcoordinates.chk
# opt=maxcyc=300 td(triplets,nstate=6,root=1) b3lyp/genecp
Title Card Required
1 3
C -0.893744 -0.839754 2.682360
C 0.130643 -0.406188 3.540921....
可是error report showes
** ERROR IN INITNF. NUMBER OF VARIABLES ( 0) **
** INCORRECT (SHOULD BE BETWEEN 1 AND 50) **
不知道如何改我的syntax, 如果number of variables 是在syntax里的话。
谢谢! |
d****n 发帖数: 397 | 2 不要用cartisian coordinates,改用Z-matrix(internal coordinates)试试。
【在 b******h 的大作中提到】 : %mem=8gb : %nproc=8 : %chk=firstcoordinates.chk : # opt=maxcyc=300 td(triplets,nstate=6,root=1) b3lyp/genecp : Title Card Required : 1 3 : C -0.893744 -0.839754 2.682360 : C 0.130643 -0.406188 3.540921.... : 可是error report showes : ** ERROR IN INITNF. NUMBER OF VARIABLES ( 0) **
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b******h 发帖数: 2715 | 3 Thanks dragon. I am working on it |
b******h 发帖数: 2715 | 4 still can't work.
By the way,how to convert cartesian into z-matrix.From the website, it's
like need a special softeware to convert.
I doult if my "zmatrix" is the z-matrix you mean. would u please show me an
example.
thanks |
d****n 发帖数: 397 | 5 %chk=test.chk
#p opt td(root=1,triplets,nstate=6) b3lyp/3-21g gfinput
test
0 3
H
H 1 R
Variables
R=1.0
an
【在 b******h 的大作中提到】 : still can't work. : By the way,how to convert cartesian into z-matrix.From the website, it's : like need a special softeware to convert. : I doult if my "zmatrix" is the z-matrix you mean. would u please show me an : example. : thanks
|
b******h 发帖数: 2715 | 6 dragon,
问点弱智问题:
1 提示符“#p” 和 “#” 是一回事么?我以前从老板那里拿的模板就是“#”
(见顶楼)
2 你给的syntax里%chk=test.chk,我的是fistcoordinates.chk,应该没有问题的,对
不?
3 你上次给我的模板是
#p td ub3lyp/basis geom=check guess=read gfinput
请问basis要换成自己用的basis set 如我用的6-31g(d,p)吗? 还是和gfinput 配套使
用的就是”basis“ as basis set?
4 #p 可以改成“#”吧? 真的不知道这些提示符是不是不同的supercomputer
要求不同的。
多谢,多谢。如果不太麻烦你的话,能不能,打电话给你问一下呀?实在是五月十六号
就要对committee做presentation决定能不能写thesis授学位了。
再谢! |
d****n 发帖数: 397 | 7 呵呵,看出来你没怎么用过gaussian。#p,和#是控制print多少的,不影响计算。
file.chk是check point file的filename. ".chk"是文件格式。
basis是指你用的basis。如果是“6-31g"就用method/6-31g
gfinput是让gaussian打印出basis information,用来核对高斯用的基组是不是你想要
的基组。
你可以找一个你学理论化学的同学,如果他/她用过高斯,你可以让他/她教教你。
那个z-matrix和caritsian coordiantes之间变换,高斯里面就可以做。
还有上面的都是些小问题。不要紧,你如果不是做理论化学的,也不用太care吧。让你
同学帮你算出来,不就行了。
你用的TD(root=1),我试了,因为没有analytical gradient,所以要用numerical
methods.这样不能用cartisian coordinates,否则,就会报“too many variables"的
错误。
如果你改成z-matrix,那样就不会报这种错误了。
这个具体原因我也不知道,可能是高斯里面的bug.
【在 b******h 的大作中提到】 : dragon, : 问点弱智问题: : 1 提示符“#p” 和 “#” 是一回事么?我以前从老板那里拿的模板就是“#” : (见顶楼) : 2 你给的syntax里%chk=test.chk,我的是fistcoordinates.chk,应该没有问题的,对 : 不? : 3 你上次给我的模板是 : #p td ub3lyp/basis geom=check guess=read gfinput : 请问basis要换成自己用的basis set 如我用的6-31g(d,p)吗? 还是和gfinput 配套使 : 用的就是”basis“ as basis set?
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b******h 发帖数: 2715 | 8 明白了,就是半年前才和另外一个老板合作计算部分,我是做合成的。
其实合作老板也不会做自由基的计算,再加上manual
里没有input sample。他估计也要重新学,要不他怎么老是让我做过渡态的计算,而合
成的老板又一直催促要自由基生成的光波长度。他还说不重要。就我夹中间受气好了:
-)
谢谢 |
b******h 发帖数: 2715 | 9 C
C 1 1.552639
C 2 1.537535 1 103.891428
C 3 1.356474 2 111.7238
H 14 1.096030 10 146.846989 1 -45.
427525
...
is this the Z-matrix coordination?
why there still " No Z-matrix found on checkpoint file.
Cartesian coordinates read from the checkpoint file:
firstcoordinates.chk"
how can I make my computational file to be checkpoint file? thanks. |
d****n 发帖数: 397 | 10 要不你给我发个站内信,把你写的input file给我,我改改看。
你给的那个是z-matrix.可是高斯里面,没有analytical gradient的优化,
用
C
C 1 R1
C 2 R2 1 A1
C 3 R3 2 A2
H 14 R3 10 A3 1 D1
.....
Variable
R1=1.552639
R2=1.537535
R3=1.356474
...
D1=-45
这样才能保证用的是internal coordinates优化,否则高斯还是用cartisian
coordinate,看输出结果就可以看出来是这样的,我也不知道为什么,即便你用opt=z-
matrix也没有用,很奇怪。
【在 b******h 的大作中提到】 : C : C 1 1.552639 : C 2 1.537535 1 103.891428 : C 3 1.356474 2 111.7238 : H 14 1.096030 10 146.846989 1 -45. : 427525 : ... : is this the Z-matrix coordination? : why there still " No Z-matrix found on checkpoint file. : Cartesian coordinates read from the checkpoint file:
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b******h 发帖数: 2715 | 11 谢谢,dragon.我觉得这次好像对了
Excitation energies and oscillator strengths:
Excited State 1: Singlet-A 3.4295 eV 361.52 nm f=0.0002
129 ->132 0.66560
This state for optimization and/or second-order correction.
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI
density.
Excited State 2: Singlet-A 3.9319 eV 315.33 nm f=0.0078
130 ->132 0.10718
131 ->132 0.69085
Excited State 3: Singlet-A 4.0723 eV 304.46 nm f=0.0382
130 ->132 0.68169
130 ->133 0.10295
131 ->132 -0.10422
Excited State 4: Singlet-A 4.2712 eV 290.28 nm f=0.0006
130 ->133 -0.13070
131 ->133 0.66724
Excited State 5: Singlet-A 4.4027 eV 281.61 nm f=0.0035
130 ->133 0.67224
131 ->133 0.15647
Excited State 6: Singlet-A 4.5989 eV 269.60 nm f=0.0042
125 ->132 0.11173
126 ->132 0.67040
129 ->132 0.10461
这是起始物分子的(A)。
我的syntax 是写的:
%mem=8gb
%nproc=8
Will use up to 8 processors via shared memory.
%chk=firstcoordinates.chk
Default route: MaxDisk=25GB
-------------------------------------
# td(singlets,nstate=6) b3lyp/lanl2dz
请再帮我看看这个模型建对了没有?
太谢谢dragon和先前给我发reference的朋友了,即使这个结果不太对,我也觉得自己
上路了。
鞠躬谢~~~~ |
d****n 发帖数: 397 | 12 这个。。。。,我没有办法帮你看,我不知道你研究的是什么分子,
还有你要确定从1X(ground state)->2(first Excited state).这个跃迁能够给出
dissociation的结果,( B(radical)+C(radical)).你可以看看文献上怎么说的,或者
你扫描第一激发态的势能面看看,是什么情况,否则我也不知道你算的是不是你想要的
。 |
d****n 发帖数: 397 | 13 还有你这次算成功的原因是你没有用optimization(opt),对于single point
calculation,可以不用internal coordinates.
估计你一开始是误解了我的意思,我是说基态要优化,然后用优化过的基态构型,做
TDDFT计算。
【在 b******h 的大作中提到】 : 谢谢,dragon.我觉得这次好像对了 : Excitation energies and oscillator strengths: : Excited State 1: Singlet-A 3.4295 eV 361.52 nm f=0.0002 : 129 ->132 0.66560 : This state for optimization and/or second-order correction. : Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI : density. : Excited State 2: Singlet-A 3.9319 eV 315.33 nm f=0.0078 : 130 ->132 0.10718 : 131 ->132 0.69085
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b******h 发帖数: 2715 | 14 OK, I will do that. Thanks |
b******h 发帖数: 2715 | 15 上面的分子在算三线态时,所有f=0, 是否说明三线态的激发态是不存在的?
谢谢 |
d****n 发帖数: 397 | 16 因为你的基态multiplicity是1,激发态的multiplicity是3,所以应该是跃迁禁阻(在
不考虑LS coupling的情况下)。
【在 b******h 的大作中提到】 : 上面的分子在算三线态时,所有f=0, 是否说明三线态的激发态是不存在的? : 谢谢
|
b******h 发帖数: 2715 | 17 那我那个单线态的计算结果也有问题不是?因为单线和双线都是激发态不是?那都应该
是0 3. |