d******o
发帖数: 37 | 1 请教版上的大侠，设计了3条siRNA， KD效率分别为 siRNA#1～70%， siRNA#2～60% 和
siRNA#50%。
请问：
1.）这种情况下，为了进一步提高KD效率， 有没有必要把三个pool到一起？（pool不
是就不好排除off-target或其他non-specific effects了么？）
2.）pool后转染的终浓度跟单个siRNA的终浓度一样么？
3.）如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话，pool到一起会提高KD效率么，还
是SiRNA#1的70%的效率被稀释了？
本人菜鸟，盼班上的牛牛解惑！
不甚感激！ |
w***a
发帖数: 4361 | 2 off target跟浓度很有关系，三条siRNA混一起，
如果终浓度跟单条一样，off target可能是最小的。
当然这个都是case by case，得看具体的sequence。
【在 d******o 的大作中提到】
: 请教版上的大侠，设计了3条siRNA， KD效率分别为 siRNA#1～70%， siRNA#2～60% 和
: siRNA#50%。
: 请问：
: 1.）这种情况下，为了进一步提高KD效率， 有没有必要把三个pool到一起？（pool不
: 是就不好排除off-target或其他non-specific effects了么？）
: 2.）pool后转染的终浓度跟单个siRNA的终浓度一样么？
: 3.）如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话，pool到一起会提高KD效率么，还
: 是SiRNA#1的70%的效率被稀释了？
: 本人菜鸟，盼班上的牛牛解惑！
: 不甚感激！
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d******o
发帖数: 37 | 3 多谢回复！
如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话，那pool后的KD效率会不会<70%? |
s******s
发帖数: 13035 | 4 如果pool的时候饱和了rnai的体系，最大的可能是越pool越差
【在 d******o 的大作中提到】
: 请教版上的大侠，设计了3条siRNA， KD效率分别为 siRNA#1～70%， siRNA#2～60% 和
: siRNA#50%。
: 请问：
: 1.）这种情况下，为了进一步提高KD效率， 有没有必要把三个pool到一起？（pool不
: 是就不好排除off-target或其他non-specific effects了么？）
: 2.）pool后转染的终浓度跟单个siRNA的终浓度一样么？
: 3.）如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话，pool到一起会提高KD效率么，还
: 是SiRNA#1的70%的效率被稀释了？
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w***a
发帖数: 4361 | 5 完全有可能啊，如果另外两条siRNA太烂了的话。
当然也有出现synergistic effect的可能性。你得试了才知道。
话说回来，一般70% KD就不错了，你干嘛还非得费死劲折腾到80%以上去呢？
【在 d******o 的大作中提到】
: 多谢回复！
: 如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话，那pool后的KD效率会不会<70%?
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s**u
发帖数: 9035 | 6 不要混合，选一个最好的，
能稳定在70%就不错了。月折腾越浪费时间。
SiRNA不要反复冻融，封装好。
【在 d******o 的大作中提到】
: 请教版上的大侠，设计了3条siRNA， KD效率分别为 siRNA#1～70%， siRNA#2～60% 和
: siRNA#50%。
: 请问：
: 1.）这种情况下，为了进一步提高KD效率， 有没有必要把三个pool到一起？（pool不
: 是就不好排除off-target或其他non-specific effects了么？）
: 2.）pool后转染的终浓度跟单个siRNA的终浓度一样么？
: 3.）如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话，pool到一起会提高KD效率么，还
: 是SiRNA#1的70%的效率被稀释了？
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w********r
发帖数: 1431 | 7 看过一片文章，说pool到一起反而不好。
要避免off target还是做rescue吧
【在 d******o 的大作中提到】
: 请教版上的大侠，设计了3条siRNA， KD效率分别为 siRNA#1～70%， siRNA#2～60% 和
: siRNA#50%。
: 请问：
: 1.）这种情况下，为了进一步提高KD效率， 有没有必要把三个pool到一起？（pool不
: 是就不好排除off-target或其他non-specific effects了么？）
: 2.）pool后转染的终浓度跟单个siRNA的终浓度一样么？
: 3.）如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话，pool到一起会提高KD效率么，还
: 是SiRNA#1的70%的效率被稀释了？
: 本人菜鸟，盼班上的牛牛解惑！
: 不甚感激！
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w********r
发帖数: 1431 | 8 看过一片文章，说pool到一起反而不好。
要避免off target还是做rescue吧
【在 d******o 的大作中提到】
: 请教版上的大侠，设计了3条siRNA， KD效率分别为 siRNA#1～70%， siRNA#2～60% 和
: siRNA#50%。
: 请问：
: 1.）这种情况下，为了进一步提高KD效率， 有没有必要把三个pool到一起？（pool不
: 是就不好排除off-target或其他non-specific effects了么？）
: 2.）pool后转染的终浓度跟单个siRNA的终浓度一样么？
: 3.）如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话，pool到一起会提高KD效率么，还
: 是SiRNA#1的70%的效率被稀释了？
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C********4
发帖数: 308 | 9 能不能做成shRNA再一起转呢
shRNA是不是更好 |
