J********n
发帖数: 534 | 1 Original article:
Synthetic Lethal Interaction between Oncogenic KRAS Dependency and STK33
Suppression in Human Cancer Cells
115 citation in Scopus.
Refuting article from Amgen:
STK33 Kinase Activity Is Nonessential in KRAS-Dependent Cancer Cells |
|
|
O******e
发帖数: 4845 | 3 呵呵，搞得好像我跟饶益多大交情似的。
你们讨论吧，我闪。。。 |
|
|
d*****r
发帖数: 2583 | 5 习惯了一个人的都是这样子的, 我以前做实验忙的时候一个人在实验室每天呆到12点以
后还很开心,
现在在公司想呆多晚也完全随自己, 完全跟着感觉走.
但是我觉得像peoplem和Oncogene那样有一家人要考虑就不行了. |
|
S**********l
发帖数: 3835 | 6 oncogene这个老油条就跟美国白女给小费似的，一个劲儿说'you did a great job'，
然后签一块钱的消费。不对，这油条还更差，连一块钱都不给，有的时候还要吃霸王餐。 |
|
a****k
发帖数: 1130 | 7 这个要反驳一下，俺的所有伪币都是从oncogene那儿赊来的哦，到现在还没还上呢 :P
餐。 |
|
S**********l
发帖数: 3835 | 8 oncogene这个老油条就跟美国白女给小费似的，一个劲儿说'you did a great job'，
然后签一块钱的消费。不对，这油条还更差，连一块钱都不给，有的时候还要吃霸王餐。 |
|
a****k
发帖数: 1130 | 9 这个要反驳一下，俺的所有伪币都是从oncogene那儿赊来的哦，到现在还没还上呢 :P
餐。 |
|
J***s
发帖数: 175 | 10 还有oncogene版主，版主当选有2012奖金，sunnyday当选有1000奖金
发帖和上站次数均在200以上的ID都去给他俩投票吧 |
|
d*****r
发帖数: 2583 | 11 嗯，你知道，我跟Oncogene的区别就是我的评论常常故意带有感情色彩和倾向性，
他随时都保持比较客观和公正性．． |
|
Z******5
发帖数: 435 | 12 08年有一篇号称cell年度十佳第一的文章就是用这个技术结合RNAi高通量筛选，一下子
找到了十几个oncogene.
Please cite this article in press as: Zender et al., An Oncogenomics-Based
In Vivo RNAi Screen Identifies Tumor Suppressors in Liver Cancer,
Cell (2008), doi:10.1016/j.cell.2008.09.061 |
|
H*Q
发帖数: 725 | 13 will send you 2 baozi as my appreciation
Oncogene. 2012 Feb 20. doi: 10.1038/onc.2012.36. [Epub ahead of print]
Upregulation of Trop-2 quantitatively stimulates human cancer growth.
Trerotola M, Cantanelli P, Guerra E, Tripaldi R, Aloisi AL, Bonasera V,
Lattanzio R, Lange RD, Weidle UH, Piantelli M, Alberti S.
Source
Unit of Cancer Pathology, Department of Oncology and Experimental Medicine,
CeSI, Foundation University 'G. d'Annunzio', Chieti Scalo, Italy.
email, h********[email protected]
thanks. |
|
M*****n
发帖数: 16729 | 14 俺给你指个明路吧。
为什么说这个有点挤了，因为俺们这儿的human genetics近几年已经找了几个作这个的AP faculty了。俺们division去年刚刚也找了一个新faculty作这个的。
你要继续作science，就要找新的underdeveloped field。眼光不要光放在大牛身上，
注意一下年轻的小牛，比如peoplem，oncogene这些人在干什么。
大牛的弟子无数，你得跟师兄师姐们竞争。如果投到小牛门下，你说不定是开山大弟子
，前景广阔。
这种东西其实应该是你的mentor给你指导的。mentor不光是指导你做实验，也应该指导
你怎么develop science career. |
|
g*****n
发帖数: 241 | 15 谢谢两位的建议。
To aardlbx: 表型我在线虫里面已经有了，我们实验室是做线虫遗传的，所以没法按照
做mouse model的实验室的方法去研究肿瘤抑制（我也希望能做到这样的结果，只可惜
实验室条件不允许）。你所谓的完全的mechanism是指什么？找到负调控的机制，比如
找到ubiquitin ligase吗？
To Oncogene: 我之所以想试试Science，是因为我们实验室以前有过一篇类似的发表在
Dev Cell上，而且那篇论文只是在线虫里面做。我这次的课题还延伸到了人里面，证明
了这样的调控在人里面也是保守的，所以想试试更高的杂志。但如果不行的话我个人更
倾向于Dev Cell。但也想听听版上前辈和同僚的意见。
再次感谢 |
|
n*********0
发帖数: 1543 | 16 说生物学没有进展，或进展缓慢是不是有点太妄自菲薄了？
DNA双螺旋发现还是60年前的事情。那时候DNA还是蛋白质是遗传物质还在争论。现在我
们对生命的认识深入了多少？
癌症是什么样的疾病，没有DNA的研究，能知道他是什么性质的疾病么？从一无所知，
到现在各种oncogen, tumor suppressor等的发现。个体genome sequencing已经提上了
日程。
从AIDS发现最初的绝症到今天因为protease inhibitors, nucleotide analogs等药物
的研制发展成为可控的慢性病，也就三十年时间。
从历史的高度看，生物学在进百年间，发生了爆炸式的进展。
当然，作者第一点是正确的，生物依赖其他学科技术的发展。那是生物本身实验科学的
性质决定的。
后面科研体制的弊端，
很多博后研究生的frustration, 是老板选题和个人风格的问题。是存在，甚至某种意
义上相当普遍。但是一叶障目，不见森林了。
是，文章水货多，沙金俱在。
但是，实践会让真金显现流传。 |
|
b******s
发帖数: 1089 | 17 正是因为这些使我想回国。看看周围的老板，也都算是功成名就。藤校教授，出身正统
，文章也不错。可是就是没什么钱。都紧吧紧吧的。唯一感觉财大气粗的就是那几个学
霸级的，而且很多是这两年上了HHMI才正式变阔绰的。
不过即便想回国也是问题很多。首先就是能不能申请到理想的位置。千青我现在已经是
不想了。但是百人看起来也不容易了。科大新进的百人也是有nature加nature子刊的。
前两年你回去的时候不是还有靠PNAS拿到百人的吗。国内形势是一年比一年紧。我记得
前年你回去之后说科大进人的原则是一片大文章加一片中等的。现在恐怕比这还要高了。
我同学10年回武大，正教授而已。他有一作六篇：一篇jbc,两篇mbc,两篇Oncogene,一
篇jcb，还有其他挂名若干。现在说不准更高。上次给他电话，他说至少得有两片10分
以上的才可以冲冲正教授。 |
|
n********k
发帖数: 2818 | 18 对第三很好奇，但是完全不懂的说，有股份吗:））。
对一二都很感兴趣，但是觉得有点民科的说（oncogene让我说的哈）。。。有机会去北
京找你聊。。。
BTW, seriously, how to define happiness or any consensus on that? |
|
K**4
发帖数: 1015 | 19 http://scholar.google.com/citations?view_op=top_venues
Title h5-index h5-median
1. Nature 295 427
2. New England Journal of Medicine 274 450
3. Science 265 388
4. RePEc 259 356
5. arXiv 256 367
6. The Lancet 205 313
7. Social Science Research Network 205 290
8. Cell 195 279
9. Proceedings of the National Academy of Sciences 189 237
10. Nature Genetics 174 268
11. Journal of Clinical Oncology 173... 阅读全帖 |
|
a*********n
发帖数: 2526 | 20 想用lentivirus作knockdown, 不知道有多危险，据说lentivirus可以转染皮肤上的细
胞致癌，尤其是转染一些oncogene. |
|
a***r
发帖数: 58 | 21 要看这个Transgenic X 的oncogenic 机理以及 ChK1 KI 的机理. 如果 Transgenic X
是通过促进增值而导致 lung cancer的话, 它们会比正常的细胞更容易凋亡. 此时,
lung cancer 的进展速度可能取决于抗凋亡突变的产生. 而Chk 1的缺陷可能更加剧了
Trangenic X 细胞的脆弱性，从而其能生存的时间不足与让其获得抗凋亡的突变。这也
许是一种可能性吧。 |
|
n********k
发帖数: 2818 | 22 absolutely! Oncogene should read this one:)))....I think it would be cool to
use synthetic biology approaches to understand/perturb the network in the
model of c.elegant responding to developmental/environmental cues |
|
l***i
发帖数: 108 | 23 揭发问题的是oncogene的第一作者liang？
School
probation
Medical
.S |
|
j***x
发帖数: 1469 | 24 1.EMBO J. 2012 Mar 30;31(9):2207-21. doi: 10.1038/emboj.2012.63.
EBV and human microRNAs co-target oncogenic and apoptotic viral and human
genes during latency.
Riley KJ, Rabinowitz GS, Yario TA, Luna JM, Darnell RB, Steitz JA.
2.Cell Mol Life Sci. 2012 May 1. [Epub ahead of print]
Virus-mediated inhibition of natural cytotoxicity receptor recognition.
Seidel E, Glasner A, Mandelboim O.
3
RNA Biol. 2012 Jun 1;9(6). [Epub ahead of print]
Battle of the midgets: Innate microRNA Networking.
Elias S,... 阅读全帖 |
|
r***e
发帖数: 2539 | 25 应该是紧张或者疲劳造成的免疫力下降:)
安全要注意，但是一般不用带口罩，当然如果有oncogene要格外小心点，不过我们天天
弄，也没长疱疹啊。 |
|
l*******i
发帖数: 153 | 26 现在基因治疗的第一问题都存在争议：安全性第一还是有效性第一？
参加过几次欧洲基因治疗的会议，很多人focus有效性上，但是最近的几个clinical
trial都是死在安全性上。
德国的WAS trial，10个孩子中现在4个都有大问题。几年前的CGD trial，两例病人两
年后都出现问题。
这些主要与目前用的病毒载体有关系，一是病毒载体的bcakbone本身有强的promoter/
enhancer的作用，而且病毒载体有偏向于插入TSS附近，一旦整合进基因组中，就很可
能影响neighboring gene的表达，这也是为啥造成oncogene激活的很重要一个原因。尽
管现在开发了第三代病毒载体（SIN）,但是这个效应还是存在。
第二，random insertion的问题。现在的技术方法，并不能保证病毒载体的单拷贝或两
拷贝插入基因组中，在造血干细胞上，甚至连确切的拷贝数都难于计算，只能用平均拷
贝数平评价。这样，在动物身上安全，translated 到人身上，整合就不一定就是相似
的模式；第一次试验和第二次试验 insertion profile也不一样。结果，有点像撞运气。
... 阅读全帖 |
|
l*******i
发帖数: 153 | 27 现在基因治疗的第一问题都存在争议：安全性第一还是有效性第一？
参加过几次欧洲基因治疗的会议，很多人focus有效性上，但是最近的几个clinical
trial都是死在安全性上。
德国的WAS trial，10个孩子中现在4个都有大问题。几年前的CGD trial，两例病人两
年后都出现问题。
这些主要与目前用的病毒载体有关系，一是病毒载体的bcakbone本身有强的promoter/
enhancer的作用，而且病毒载体有偏向于插入TSS附近，一旦整合进基因组中，就很可
能影响neighboring gene的表达，这也是为啥造成oncogene激活的很重要一个原因。尽
管现在开发了第三代病毒载体（SIN）,但是这个效应还是存在。
第二，random insertion的问题。现在的技术方法，并不能保证病毒载体的单拷贝或两
拷贝插入基因组中，在造血干细胞上，甚至连确切的拷贝数都难于计算，只能用平均拷
贝数平评价。这样，在动物身上安全，translated 到人身上，整合就不一定就是相似
的模式；第一次试验和第二次试验 insertion profile也不一样。结果，有点像撞运气。
... 阅读全帖 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 28 只统计一作或者通信作者
北大的：
陈宇航 结构 有Nature x2
刘合力 结构 Cell
李晴 基因调控，Cell, PLoS Genet., Nature (co-1st)
陈匡时,无法确认
清华：
肖百龙 膜蛋白生化 Nat Chem Biol.J Neurosci. Biochem J
王一国 信号传导 PNAS, Nature, EMBO
王耿, 细胞生物（蛋白和RNA localization), Cell, MBC
钱锋, 制药业， 文章无法确认。
向烨, 结构， PNAS x2, J Viral, Mol Cell, Structure, EMBO
科大：
柳素玲（AP of UMich)，乳腺癌, PLoS Genet, Cancer Res x3, PNAS, Breast Cancer
Re, The breast journal, Oncogene, Anticancer Research x2, Breast Cancer
Research and Treatment,
丁勇, 植物生理，Nat Comm, Plant Cell x2, Plan... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 29 阿富汗和索马里人 战争难民的 在瑞典 挪威的都自豪她/他们的国家代表菜呢 当地
的电视台
每周三的少数民族节目 特集里的
这里人对tg有些莫名的怕怕 就怕Moskva Peking Berlin 新轴心国吧 啊 ?
this week if EURO common bond project lets 默大妈断德国国内的politic 气的话
发信人: Oncogene (何时问天), 信区: Biology
标 题: Re: 生物千老，两孩，帝都千青与州立大学（100名后）tenure tr
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 27 23:42:23 2012, 美东)
正解！我从来都觉得作为中国人挺自豪的，如果我不回国，我以后也会让我的孩子们感
到同样的自豪。只有内心自卑的人才会整天觉得被歧视。 |
|
n********k
发帖数: 2818 | 30 Any similar report before and how novel and well dissected? Big boss? tRNA/
small but non-miRNA/siRNA regulation is still very hot...If it is well
executed study and very novel, it could go as high as you could ever
imagine/like....there was a cell paper on tRNA as a potential oncogene
several ys ago but no follow up so far...I actually have noticed one miRNA-
like sncRNA of tRNA origin in my own research and considering how abundant
and extremely dramatic the change is, I suspect it would be v... 阅读全帖 |
|
x*****4
发帖数: 27 | 31 什么时候说话都拿证据出来，拿数字说话。
要不别说，要说把话说清楚。口吐秽语，没头没脑的骂一句就跑，这都是让别人鄙视的
原因。不像个爷们。
5年前你就是这份奏性。那时候没有NEVERTHINK，全版属你最二逼。当时我在版上没少
敲打你吧。
后来认识了你的一个师兄（别说我胡吹，你们几个我都间接认识，ONCOGENE可以去问你
川大的师兄我是谁，DEMONER应该大致知道我吧，我还主动问过你要不要找工作）转行
做我们这一行的，现在我还记得饭桌上他提起你时的那一脸不屑（我当时还搞错了，以
为你是武大的）。我记得当时我是这么说的，我说他还年轻，前面的路可能一直算比较
顺，所以觉得多难的路自己都走的通，5年后你再看他，没准比我们还右。
其实你倒是比5年前明白事一点。虽然嘴巴还是死硬。
我可以再等你5年，到时候让你现在的每一个帖子扇你自己的嘴巴。我没有百分之百的
胜算，但是你这样的我见过太多了，概率上我敢赌。 |
|
a*****x
发帖数: 901 | 32 审查过类似的项目。有很多TMEM都是很robust的oncogene，有些是离子通道，有些是
transporter。建议你还是把每个transmembrane的aa sequence 分别blast一下，看有
什么类似的。然后做些简单的flux assay就可以验证是不是transport类似的东西。以
前有个项目，就只有中间两个helix和N2 transporter比较接近，结果transporting的
物质和N2一样。 |
|
Z**********g
发帖数: 222 | 33 1.不能简单得认为DNA是上帝，主宰生命的一切。DNA得以可控的方式时空特异的表达成
蛋白，才有价值。Genotype完全不等于phenotype。这里面涉及到epigenetics，
microenviroment，还有gene expression noise。完全一样的Genotype，Epi-genotype
和microenviroment都会导致不一样的phenotype，可知noise也会对细胞命运起决定作
用。再联系到肿瘤，我们可以认为，一些重要的基因突变可能起始了肿瘤发生。但是这
过程中，epigenome重新洗牌，microenviroment重新洗牌，别忘了还有noise。等这些
重新洗牌之后，起始肿瘤的突变基因在肿瘤生长维持中作用还有那么大吗？想想
oncogene和tumor suppressor领域吧，几十年了，发现很多基因了，但真正革新了肿瘤
治疗吗？就说targeted therapy，真正有决定意义上疗效的有吗？大多数是无关痛痒的
一点改善而已。所以我们可能得换角度看肿瘤了。
2.关于druggability，很显然，很多非enzyme（尤其是kina... 阅读全帖 |
|
|
B*****e
发帖数: 1005 | 35 我知道oncogene,他不知道我，我就是来灌水的。 |
|
D*a
发帖数: 6830 | 36 那按规矩排包子～
楼主申请oncogene报销一下。。。 |
|
y***i
发帖数: 11639 | 37 又受到peoplem关于Nature事件的update，他说“I was quite exhausted these days
and really need to catch up on sleep today”。所以这个显然是体力精力耗尽。
所以100%事出有因，我完全没有责备的立场。
不过我觉得这封信本身不妥当，这个意见我还是得说明。要不要大家表达一下各自看
法。要是看法接近，请oncogene接触提醒peoplem一下，问他是否想回转一下表达意见
的方式。 |
|
G*****h
发帖数: 320 | 38 发现自己总共挣了 78.80 伪币现金，不多。
大部分是 Oncogene 发的奖励（还是做 cancer 的有钱！！！）
但不清楚这伪币能干些什么（除了看见大家送来送去以外）？
和包子有什么关系？ |
|
h******y
发帖数: 351 | 39 对于上皮细胞，最近有人发现利用feeder cells（主要是MEFs）和ROCK Inhibitor可以
有效immortalize。但是对于MEFs，光用ROCK Inhibitor可能不行。除了常用的SV40T和
HPV16 E6/E7，也可以用其他oncogene，例如c-Myc，Ras，BmiI，CDK4等等。因为MEFs
是原代细胞，转染效率很低，通常大家都用lenti，retro，或者电转。 |
|
i*****i
发帖数: 154 | 40 有些时候杂志会改format。
当然endnote里面的模板基本上都不能直接套用，或多或少的都需要修改一些。
Oncogene从2012年开始改format，采用类似nature的format。Endnote里面的style差着
太远了，最后没办法，用Nature的模板，自己做了一个。 |
|
v***a
发帖数: 1242 | 41 原来如此！吐槽之一的杂志就是oncogene，看来撞上了。谢谢！ |
|
c**k
发帖数: 1228 | 42 cong! oncogene, or jcs? |
|
c**k
发帖数: 1228 | 43 cong! oncogene, or jcs? |
|
|
l**********1
发帖数: 5204 | 45 奇了 怪了 没啥人曝这条吗 快一周了 哈
09/05/2012
Glasgow’s Beatson Institute investigating circumstances of Cell retraction
for inappropriate images
with 6 comments
The Beatson Institute for Cancer Research in Glasgow, Scotland is looking
into how inappropriate images ended up in a Cell paper that has just been
retracted.
Here’s the notice for the paper by Lynne Marshall, Niall S. Kenneth, and
Robert J. White:
This article has been retracted: please see Elsevier Policy on Article
Withdrawal http://www.elsevi... 阅读全帖 |
|
l*****n
发帖数: 24 | 46 马维骏
博士，研究员，博士生导师，教授
药物基因组学研究组组长
研究方向
从基因表达调控角度进行疾病的致病机理和药物防治研究，重点研究疾病发生
和药物作用下表达调控改变的早期应答基因。在生物体主要生理、病理、药理过程的早
期阶段，早期应答基因(ERG)的表达对其发展起关键作用。这些基因的快速表达具有即
早期急性动力学特征。不仅是转录调控，转录后水平调控同样对基因快速、瞬时表达起
重要作用，这是许多即早应答基因(IRG)的特征。大多数即早基因依赖其mRNA非编码区
的顺式作用元件实现转录后水平的调控。为了深入了解其复杂机制，有必要鉴别表达调
控异常的早期应答基因，系统分析验证各种顺式作用RNA调控元件、结合蛋白及其相互
作用。本实验室重点关注免疫应答及癌症发生相关早期应答基因的转录后调控在疾病发
生和药物防治过程中的影响和作用规律，探索它们在疾病诊治和药物研发方面的应用。
主要包括：
1. 免疫应答或癌症发生相关基因非编码区RNA顺式作用元件的鉴别与特性研究；
2. 即早基因在药物应答过程中的转录后水平调控；
3. 受信号转... 阅读全帖 |
|
d**e
发帖数: 2420 | 47 看到方舟子建议在钓鱼岛建气象站，建生态站，研究海洋岛屿生态学。
岛屿生态学主要是作什么，有什么研究价值。
PS: Oncogene版主，
这个帖子若违反版规，请告知，我自己来删。 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 48 恩 最佳是捞现成的flox的老鼠跟不同的cre和疾病gene交 省了十年工夫 哈
LZ
if you want to know more about this topic,
pls refer one old post:
同主题阅读：Re: 据说做果蝇和线虫的都是相亲相爱大家庭，有人现身说法一下
[版面:生物学][首篇作者：Dua] , 2012年08月23日
that post reply:
发信人: Oncogene (何时问天), 信区: Biology
标 题: Re: 据说做果蝇和线虫的都是相亲相爱大家庭，有人现身说法一下
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 24 11:37:30 2012, 美东)
其实还有一个很重要的原因，就是以前很多实验室一个老鼠就可以维持好多人好多年
的科研，所以别人来要，总是要担心自己的生计。很正常。
现在做knockout transgenic knockin啥的越来越容易，而且JAX也在努力收集散养在
各个实验室的老鼠系，IKMC正在试图做遍所有基因的KO，所以这个问题会慢慢得到解决。
=======
发信人: Dua... 阅读全帖 |
|
a****k
发帖数: 1130 | 49 谢谢sunny~~还有ahche，bearbaby ,oncogene....就不一一感谢了哦
包子明天继续发，发到某人倾家荡产为止，呵呵 |
|
A******y
发帖数: 2041 | 50 If I remember correctly, Hsp90 can mask mutations to a single phenotype in
fruit fly. It is considered as an evolution advantage and addictive gene
for cancer (oncogene addiction).
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9845070
I think the Hsp90 axis is a good target for many Hsp client protein driven
cancer but not all. |
|
