O**********a
发帖数: 317 | 1 很简单，我给你个protocol：
1. 要配15%的胶，注意组蛋白分子量10多K，不要跑出去了。
2. 酸抽：收集细胞，PBS洗干净；用TEB buffer（TritonX100 extraction buffer：
PBS＋0.5% TritonX100（v/v）＋2mM PMSF），冰上裂解10分钟，每10X10^6个细胞用
1ml TEB buffer。6500 g，4度离心10分钟，去掉上清，pellet就是nuclei。加0.2N
HCl（in水溶液），重悬起来，转轮上4度过夜，每10X10^6个细胞用250ul 0.2N HCl。
第二天6500 g4度离心10分钟，保留上清，就是histone。盐酸中的组蛋白，保存在－20
度、biorad测蛋白浓度，都没问题，不用TCA沉淀。
3. 一般取2-5ul，直接加SDS loading buffer就可以跑胶。不用改pH值。加了loading
buffer溴酚蓝会变色，因为pH太低，不过无所谓。跑胶转膜，ponceau S染色就能看到
清晰的三条组蛋白带（H3、H2A／2B，H4），一般还能看到上面一条组蛋白H1。weste... 阅读全帖 |
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R****n
发帖数: 708 | 2 最近有个项目要检测H3 modification和DNA modification的关系，做一些前期的试验
。准备pulldown histone, reversecrolink, 收集DNA做Dot blot.
直到SONICATION这一步都行,Chromatin reverse crosslink后 DNA在agar gel H3 在
page gel上都有信号。 但是pulldown后没有信号。主要基于 Farnham protocol。
他的ChIP buffer就是RIPA,beads也没有block,这个没问题么？有些别的protocol用
salmon DNA block beads,salmon DNA的methylation会影响 DNA methylation dot
blot结果吧？ |
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z*******6
发帖数: 679 | 3 这只是我粗浅的感慨而已...
不知道你了解NET吗？简单说一下，就是neutrophil（也有其他细胞被报道）在收到各
种刺激，细菌病毒，ROS什么的，就会经过一些列酶解的过程释放自己的DNA和histone
到体外，然后形成一个很大的trap，这里同时有high concentration的各种杀菌酶，比
如neutrophil elastase，MPO等等，然后可以将细菌真菌trap同时杀死... 在这个过程
中，出了那些酶类，其实histone fragments本身就具有很强的杀菌能力，号称把
histone fragments（不是whole histone）加到简单的saline之类的buffer里面，细菌
就会被杀死...
这些就是让我感叹neutrophil像最前线的战士一样，尽自己最大的努力阻止外界各种
microbe，最后死的时候还会爆发一下小宇宙，发出histone fragments和NET这种厉害
的武器...
PS 昨天那个review看的真的很不淡定，感叹host和microbe互相竞争同时促进进化...
各种细菌也进化出对付NET的方法，比如说有的就可以... 阅读全帖 |
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A********e
发帖数: 354 | 4 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 5 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
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Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
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O***n
发帖数: 13127 | 6 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
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125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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a****o
发帖数: 1786 | 7 这是鸡生蛋还是蛋生鸡的问题
前些年有些人提出histone code
认为histone modificaitons编码了regulation informaiton of transcription
但是有些人认为，histone modification是transcription factor recruitment和转录
的结果，虽然histone modificaitons对维持这种状态又作用，但不是动因 |
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n***g
发帖数: 5027 | 8 这个总结不错：
申请精华帖：我了解的Epigenetics牛人一览
我是从C.D.Allis，Danny Reinberg，Tony Kouzarides，Yi Zhang， Yang Shi这几个
人发的文章看起的，这几个人基本上就是目前做表观遗传最牛的一批人了。然后你看看
他们文章citation里面出现频率比较高的人名，那往往就是大牛了，然后一点一点扩展
。个人感觉看CNS及其子刊还是王道。另外推荐一个很好的网站，http://www.epidna.com/ 可以查这个领域最top的lab，也可以查该领域最新的论文。
# ^2 P/ }, _0 h" U8 m) P6 b
; l* o$ y- |- V5 g0 I0 T然后在申请选校的过程中，我也逐渐了解到一些
epigenetics领域的big names和rising stars。所以我感觉看各个牛校的faculty也是
了解一个领域的好学校好lab的方法。我的做法是每看一个学校，就把相关领域做
epigenetics的faculty留下来，然后以后看CNS时或者Journal club上看到熟悉的名字
，就重点关注下。$ ... 阅读全帖 |
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a****o
发帖数: 1786 | 9 1. Optimal crossing has a wide range, usually it does not matter, check
published paper for a reasonable time.
2. You need treat your sample with RNase before running on agarose gel,
otherwise most you see is RNA
3. Promoters are generally depleted of histone and coding regions have high
level of histone. It is not a good choice to use histone. You can detect
histone association even without crossing.
sonicate |
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a********k
发帖数: 2273 | 10 花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell. 2008 Sep
5;134(5):828-42. PubMed PMID: 18775315; PubMed Central PMCID: PMC2570342.
Cai L, Makhov AM, Bear JE. F-actin... 阅读全帖 |
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S******i
发帖数: 71 | 11 1
Lysine Glutarylation Is a Protein Posttranslational Modification Regulated
by SIRT5.
Cell Metab. 2014 Apr 1;19(4):605-17. doi: 10.1016/j.cmet.2014.03.014.
2.
Lysine 2-hydroxyisobutyrylation is a widely distributed active histone mark.
Nat Chem Biol. 2014 May;10(5):365-70. doi: 10.1038/nchembio.1497.
3
Identification of 67 histone marks and histone lysine crotonylation as a new
type of histone modification.
Cell. 2011 Sep 16;146(6):1016-28. doi: 10.1016/j.cell.2011.08.008.
4
The first identific... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 12 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
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Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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d**********u
发帖数: 4124 | 13 ☆─────────────────────────────────────☆
CaMKII (不作postdog) 于 (Thu Aug 20 12:39:18 2009, 美东) 提到:
发信人: CaMKII (不作postdog), 信区: Biology
标 题: 最新一期Cell两篇北大的文章（尚永丰&汤超）
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 20 12:38:55 2009, 美东)
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(09)00710-7
Cell, Volume 138, Issue 4, 660-672, 21 August 2009
doi:10.1016/j.cell.2009.05.050
LSD1 Is a Subunit of the NuRD Complex and Targets the Metastasis Programs in
Breast Cancer
Yan Wang1,Hua Zhang1,Yupeng Chen1,Yimin Sun1,Fen Yang1,Wenhua ... 阅读全帖 |
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M*****e
发帖数: 279 | 14 If you are interested in cell proliferation, phosphorylated Histone H3 S10
antibody is better.
Ki67 is not M-phase specific. Histone H3 pS10 is relatively M-phase specific.
You can use 1:50 to 1:100 for Histone H3 pS10 on Formalin fixed paraffin
embedded tissue section. You can recycle the antibody (add sodium azide) and
re-use it later. |
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S**********e
发帖数: 1789 | 15 看了这个教授的主页，竟然公布了自己review的文章，题目，杂志名称都有，是不是违反职业道德呢？
Editorial Activities
Journal Peer Reviewer
2009 International Journal of Cancer. (Article) E-cadgerin
transcriptional down-regulation by epigenetic and microRNA-200 family
alterations is related to mesenchymal and drug-resistant phenotypes in human
breast cancer cells, IJC-09-1835.
2009 Molecular Cancer Therapeutics. (Article) Role of reactive oxygen
species in the ability of H-Ras to enhance cell death induced by histone
deacetylase inhibit... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 16 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 17 This is so great and thank you very much.
1. the Antibody is at least decent---this gene has been chipped many many
times by many labs; and I confirmed the ChIP using QPCR...
2. I have been suspecting we may have the library overload problem or over-
amplification issue(if that makes sense). The core really followed the
histone protocol and was meant to get 20-30M reads, and it did for Histone
markers and Input DNA. However, for my TF, the 1st is 9M with 9% mappable
reads (I expect less bind ev... 阅读全帖 |
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m***c
发帖数: 177 | 18 No matter how many reads you got from your core (raw data), only mapped
reads tell trues. From your mapper reads, you got the results that are in
line with your previous experiments. This tells you that the mapped reads in
your experiment makes sense. The minimum total number of mapped reads for a
chip seq shouldn't be a fixed number and it varies upon the genome and the
binding protein or histone markers that you are studying. Usually, histone
maker requires more mapped reads because histone ma... 阅读全帖 |
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c****1
发帖数: 1095 | 19 前一段时间太忙了，没空来看论坛。今天接着讨论下。
我做了time course，从5min到4hr都做了。这些目的基因的induction的曲线变化不明
显。
你说检测histone的修饰，但是，histone的修饰，最终的readout还是gene 表达的变化
。如果现在看不到表达方面的变化，那检测histone有什么意义呢？
neuron |
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z********e
发帖数: 253 | 20 哪位评价下?
http://www.ipscell.com/2014/09/what-do-sperm-have-to-do-with-br
What do sperm have to do with brain tumors?
Posted on September 21, 2014
H3.3 knockoutSometimes in science there are unexpected threads tying
seemingly very different things together.
Unraveling the knots in these threads can lead to new insights into
important developmental processes and mechanisms of disease.
My lab studies epigenomic and transcription factors including a molecule
called histone variant H3.3 (more here on H... 阅读全帖 |
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E**********t
发帖数: 56 | 21 The information you need is not "inside", actually you could easily find
them "outside", like PubMed...
First of all, there is nothing wrong with publishing papers on high profile
journals, if POSSIBLE. Secondly, so far as his scientific research is
concerned, from histone methylation to histone demethylation, till his
recent Nature paper about the DNA demethylation, I would say he has always
been leading the way rather than going with the flow. Finally, he probably
is the person "缺乏仁厚之心以及人情味" i |
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g********i
发帖数: 207 | 22 histone H3 is good. histone H1 is not good coz sometimes it is also located
in cytoplasm. |
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E*******2
发帖数: 131 | 23 我正在做ChIP-qPCR， anti acetyl Histone H3 and H4, 将来也会考虑做anti
methylation histones，现在遇到的问题
是，找不到合适的control gene primers. Millipore 公司提供的chip kits里用的
GAPDH。 但是我们领域有几篇文章是用
的beta globin和beta tubulin。我的老板说用我们领域已发表的。然后我查了一下他
们用的primer sequences，有意思的
是他们用的是小鼠，但是primer sequences和大鼠的基因是完全匹配的，而和小鼠有1
－2个碱基不匹配。并且beta
globin的primer在大鼠基因中扩增的是hemoglobin epsilone2，而在小鼠中最可能扩增
的是hemoglobin y， beta－like
embryonic chain。 我的问题是，如果我选择beta globin做为我的control gene，我
是否应该重新设计primer，还是说
我可以直接用人家发表的primer sequence？但是他们用的是sybr |
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g*******f
发帖数: 427 | 24 最近对这个histone acetylation and deacetylation 调控基因表达挺有兴趣，就这个
HDAC好像很多文章的结论 contradictive . 不知道该怎么follow 了，是不是这方面很
难研究啊，还请有做这方面的牛兄弟给点意见。
刚发现澳大利亚一个组的一篇JBC文章，看摘要觉得挺有趣的，可是看全文发现被撤销了
VOLUME 284 (2009) PAGES 35101–35112
DOI 10.1074/jbc.A209.061903
Histone deacetylase-1 is enriched at the platelet-derived
growth factor-D promoter in response to interleukin-1
and forms a cytokine-inducible gene-silencing complex
with NF-B p65 and interferon regulatory factor-1.
Mary Y. Liu and Levon M. Khachigian
This art |
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J***2
发帖数: 444 | 25 1.Histone H3 Thr-3 Phosphorylation by Haspin Positions Aurora B at
Centromeres in Mitosis
Fangwei Wang, Jun Dai, John R. Daum, Ewa Niedzialkowska, Budhaditya
Banerjee, P. Todd Stukenberg, Gary J. Gorbsky, and Jonathan M. G. Higgins
Published online August 12 2010; 10.1126/science.1189435 (Science
Express Reports)
2.Survivin Reads Phosphorylated Histone H3 Threonine 3 to Activate the
Mitotic Kinase Aurora B
Alexander E. Kelly, Cristina Ghenoiu, John Z. Xue, Christian Zierhut,
Hiroshi |
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a****o
发帖数: 1786 | 26 you should check occupancy of GTFs such as TFIIA, IIB, IID or coactivators
such as Mediator, SAGA etc.
Or find if there are any binding motif of transcription factors and ChIP
them.
They are all better indicators than Pol2 for promoter.
You can also check histone density and mofifications. Histone density in
promoter regions are generally lower than that in coding region. |
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G********e
发帖数: 528 | 27 I'm not confused either, but find quite a few studies by other people.
Either apoptosis induce H2AX phosphorylation or H2AX phosphorylation
regulate apoptosis.
J Biol Chem. 2000 Mar 31;275(13):9390-5.
Initiation of DNA fragmentation during apoptosis induces phosphorylation of
H2AX histone at serine 139.
DNA Repair (Amst). 2006 May 10;5(5):575-90. Epub 2006 Mar 29.
DNA-PK phosphorylates histone H2AX during apoptotic DNA fragmentation in
mammalian cells.
Molecular Cell, Volume 23, Issue 1, 121-132... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 28 circuit有人做了吧，用opticgenetics控制larva的游动方向。
关于epigenetics的话fish有没有imprinting这种现象?要做的话做什么呢?Histone
modification? DNA methylation?Histone modification还好说，因为整套系统相对比
较保守的，但DNA methylation 上因为genome GC含量的不同fish和mammal差的还是挺
多的。您有什么好的idea呢？
又快
一个
fis
/r
非常
optomot |
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s*****t
发帖数: 107 | 29 TF的chIP 和Histon的chiP不一样。
Upsate的 protocol只适用于Histon的chIP不能用于TF的chIP
我建议你try一下Themo 的kit，他家是用酶切的。 |
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s*****t
发帖数: 107 | 30 TF的chIP 和Histon的chiP不一样。
Upsate的 protocol只适用于Histon的chIP不能用于TF的chIP
我建议你try一下Themo 的kit，他家是用酶切的。 |
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L****S
发帖数: 76 | 31 考虑同时染CD44/CD24 和HISTONE （DURAL IMMUNOSTAINING）， 但是CD44/CD24 是膜
蛋白，实验室以有的透膜方法 （TRITON, ACETONE,SAPONIN) 都尝试了，但是无论用哪
种方法， 透膜后，CD44/CD24 所剩无几。 但是不透膜，又染不出HISTONE。
大虾们有什么好的PROTOCOL 吗？
拜谢。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 32 想入非非。这么一点信息就可以预测了，那帮做histone marker的都关门算了。
我这么说吧，你把什么methylation, histone, SNV, SNP, 其他各种marker
全加进去，算出来一个能解释90%的expression，我认为是没问题的，不过任然
没用， 换个细胞系得推翻重来。 |
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z***d
发帖数: 131 | 33 1.发现Overexpression of 蛋白A会导致gene B表达增高；
2.文献报道蛋白A是一个Non-histone chromatin remodeling protein，它能displace
HADC，从而增加acetyl-H3K9在另两个target genes(C and D)promoter regions处的结
合。
3.另有报道Gene B的表达受HDAC调控。
因此，我的Hypothesis是蛋白A也是通过相似的方式（displace HADC，增加acetyl-
H3K9在genes B promoter regions处的结合)来引起基因B的高表达。
可是今天的Acetyl-H3K9/K14 ChIP结果正好和假设完全相反：在蛋白A高表达的细胞中
，acetyl-H3K9在genes B promoter region和RPL 30 intron 2 (Positive control）
处的结合率显著降低。
疑问：1. 有acetyl-H3K9在promoter region处的结合率下降，但基因表达却开启的例
子吗？
2. 由于蛋白A本身又可以和Hi... 阅读全帖 |
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A******y
发帖数: 2041 | 34 For number 1, if you are worry about reviewers, you have to do two things: 1
. Mass spec will tell you where the modification is. 2. For your gene of
interest, you can use different but well know histone acetylation or
methylation marker doing chromatin IP. Both require experience and special
training to do them right though. Even if you can find specific actylated
ab for the resiude, reviewers will ask for these two experiments for a good
journal. As for as I know, histone H3 K9 Chip is ve... 阅读全帖 |
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A******y
发帖数: 2041 | 35 If that's what you want to do, you have to do both positive mutant (Lysine
to arginine) and negative mutant. Although, how many copies of histone H3
are there in human? I know for histone H4 there are more than 14 different
coding regions. |
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t*d
发帖数: 1290 | 36 Wen Yuan et al.
Dense Chromatin Activates Polycomb Repressive Complex 2 to Regulate H3
Lysine 27 Methylation
Science 24 August 2012; Vol. 337, No. 6097
同期评论中提到，H3K27 上的修饰比其他 histone 为点的修饰更 epigenetics，因为
这个为点的修饰可以在母细胞分裂时被复制到两个子细胞中。
难道不是所有的 histone 修饰都可以被复制吗？否则怎么能叫 epigenetics 呢？了解
的请讲讲，多谢了！ |
|
g*********3
发帖数: 177 | 37 我比较同意你说的三大块~ 另外ENCODE稍微做了下和各种SNP的overlapping，另外试着
test了一些很basic的假说~
ENCODE的histone antibody个人认为是可靠的，他们有好几篇paper(包括此前的专门一
篇test antibody的paper)是专门test antibody specificity的，基于WB和MS，QPCR..
.我觉得就差不多了~
我觉得你说的数据差异大，应该是生物学的本质...
另外，我们可能还需要更多的数据来告诉那些combinations of histone marks才是真
正的informative...这个在ENCODE里才刚刚开始~ |
|
C********4
发帖数: 308 | 38 PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell
这篇文章中用到knock down组蛋白Histone H3，能kd得干干净净，再把mutant H3导回
去，用western检测。这是非常牛逼，天下第一的技术，全世界只有这个实验室能做到
。哈哈哈哈。 |
|
A******y
发帖数: 2041 | 39 I know your Histone H4 has 14 copies. They are all encoding for the same
protein with different promoters. Why do you need 14 copies of histone H4
genes? |
|
s******s
发帖数: 13035 | 40 如果你说的是fix以后用Mnase一类的，这玩意儿做histone很好用。
如果不是bind histone的factor, 确实很可能保护的太小。 |
|
A******y
发帖数: 2041 | 41 That's like saying all histone deacetylases are deacetylase and you want all
papers got it wrong to retract their papers. Hint: I think more than half
of them are not deacetylases, neverless "histone" deacetylases. |
|
n***y
发帖数: 114 | 42 你都把基因knockdown了，enrichment当然变低了。我觉得应该测knockdown之后neuron
activity的变化，那些target gene rna 是多久之后测得，就像楼上说的，可能会影
响反应速度的灵敏度。如果是结合histone，能不能测一下histone的修饰。 |
|
t**l
发帖数: 109 | 43 如果你真觉得yield太低，试试用同样的方法做histone H3 的CHIP。如果连HISTONE
CHIP都低，那么就是你自己CHIP的问题。yield低有可能也是抗体和cell 本身的问题，
比如做实验的时间，需要一些cytokine pre-treatment之类,也学你的TF只有在某个特
定的signaling pathway激活的2个小时候才bind DNA，或者就是你的抗体不好。 |
|
x********e
发帖数: 35261 | 44 当然有人在做
UM的Yukiko做的中心体，JHU的Xin做的是histone,手段很多。
永生链/histone最根本的问题是要unidirectonal replication |
|
n********e
发帖数: 72 | 45 RT，方向是研究表观遗传（histone modification, histone variants, nucleosome
positioning）, 然后透过NGS手段研究分析做得比较好的实验室。
多谢！ |
|
l****y
发帖数: 486 | 46 我谈一下我的看法：
要看一个 target/pathway/process/field 对癌症(或者任何其他一种疾病）是不是重
要，可以看两点最直接了到的：
1. 它里面的core component在这个疾病是不是有大量的突变。
2. 直接针对它的药是不是能把病治好。
Cancer immunology的热完全就是靠第二点。其实直接调控免疫的基因在癌症里突变很
少，但人家的药就是管用，不服都不行。
而cancer epigenetics的热主要是因为第一点，因为大家发现有很多epigenetic
regulator, such as histone modifiers, chromatin remodelers 甚至histone自己（
这就好比哪天大家发现actin在癌症里也有大量突变一样）在癌症里有大量突变。从这
个角度讲，它绝对不是fine tune cancer,它是major driver.另外，直接针对
epigenetics的药也有promising的。 |
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l****y
发帖数: 486 | 47 我谈一下我的看法：
要看一个 target/pathway/process/field 对癌症(或者任何其他一种疾病）是不是重
要，可以看两点最直接了到的：
1. 它里面的core component在这个疾病是不是有大量的突变。
2. 直接针对它的药是不是能把病治好。
Cancer immunology的热完全就是靠第二点。其实直接调控免疫的基因在癌症里突变很
少，但人家的药就是管用，不服都不行。
而cancer epigenetics的热主要是因为第一点，因为大家发现有很多epigenetic
regulator, such as histone modifiers, chromatin remodelers 甚至histone自己（
这就好比哪天大家发现actin在癌症里也有大量突变一样）在癌症里有大量突变。从这
个角度讲，它绝对不是fine tune cancer,它是major driver.另外，直接针对
epigenetics的药也有promising的。 |
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m******t
发帖数: 109 | 48 histone WB 和 microRNA
最近做histone WB，没有条带。请问大家是如何做的。我估计v提取不好。另外，跑胶
，转膜都有啥说道，请指点。
microRNA命名太混乱了。每个microRNA有好几个。有的文章只说mir124， 到底指哪个?? |
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g*****n
发帖数: 241 | 49 线虫里有没有non polyadenylated mRNA呢？
其他生物的histone的mRNA是没有的，但线虫的histone貌似也有polyA
谢谢 |
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g*********3
发帖数: 177 | 50 1. TFBS如果你指的是ChIP-seq peak calling，这个已经相当准确了，要说有False
positve，那也是实验的问题（input, IgG.etc），而不是实验的问题。至于promoter
prediction(你应该是指基于histone marker chip-seq)，结论同上，不过你看histone
peak和TSS有非常非常好的overlapping。
2. 这些algorithm在哪里都可以用。你提到的annotation of variant有不少group在做
，不过intersection dataset是关键，urchin里有没有这样好的dataset是疑问。
3. 刚好我对Eric的成果很了解，和我的领域很类似，他的那片science及其经典，可惜
已经仙逝。
GRN要的好其实目前还是在非人/非mouse，在人和mouse也就能扯扯概念，主要是数据有
限，sample不能操控。
在urchin这种生物里做，能容易些，但是意义有限，产生的impact不大。 |
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