r***e
发帖数: 2539 | 1 学习了！谢谢。
另外谁能科普一下histone modification and chromatin remodelling。感觉这个东西
是global的，什么机制能决定去修饰哪个基因附近的epigenetics。
BAF complex in cancer最近也很热啊。
GWS |
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t*******y
发帖数: 36 | 2 楼主感兴趣的话可以看看UCSF Jonathan Weissman实验室，听说他们实验室根据cas9搞
的cas9a（activation)和cas9i (repression)效果还不错，暂时主要应用在genomic
screen上。我觉得以后用来做真核的synthetic biology非常好。同样在UCSF 的
Wendell Lim前一阵子把一些基本的基因调控原件应用在免疫细胞里面，效果还不错，
以后基于synthetic biology的基因治疗可能也有很好的发展....
搬到mit的james colins 也很好。
纯从转录调控说，个人感觉e coli 和 yeast 差别不是特别大，从 yeast 到其他的真
和模式生物差别非常大。虽然yeast同样有histone,但是对转录调控的影响比较简单。
在yeast里大概影响转录调控的variables都了解的差不多了，直接manipulate这些
variables的工具也相对齐全。在其他真核系统里，定量的研究感觉上还都是停留在对
一个gene的特定promoter的研究，从这个gene上发现的规律放到其他gene上面基本... 阅读全帖 |
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b*****m
发帖数: 438 | 3 Pls send email to [email protected]
/* */ Thanks a lot!
All the following papers needed are published on Molecular Cell, 21 May 2015
issue.
1. Calibrating ChIP-Seq with Nucleosomal Internal Standards to Measure
Histone Modification Density Genome Wide
Adrian T. Grzybowski | Zhonglei Chen | Alexander J. Ruthenburg
2. Toward Whole-Transcriptome Editing with CRISPR-Cas9
Dirk Heckl | Emmanuelle Charpentier
3. Single-Cell Transcriptomics Enters the Age of Mass Production
Jan Philipp Junker | Al... 阅读全帖 |
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D***a
发帖数: 516 | 4 一个nucleosome上有两个H3，那这两个H3 N端tail上的修饰是否一样？ |
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j***z
发帖数: 105 | 6 Yes. Check out this one:
Asymmetrically modified nucleosomes. Cell. 2012 Sep 28;151(1):181-93. |
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j*********o
发帖数: 237 | 10 先多谢了！！
Tao Deng,Ph.D
Email: [email protected]
/* */
Research Fellow
National Cancer Institute
National Institutes of Health
Summary of Research Experience:
Deep understanding of epigenetic regulations, including DNA methylation,
histone modifications and chromatin dynamics
Rich experience on mouse embryonic stem cell manipulation
Full hands-on experience on Next-generation sequencing
Selected Publication:
1. Deng T*, Zhu ZI*, Zhang S, Postnikov Y, Huang D, Horrsch M, Furusawa T,
Beckers J,... 阅读全帖 |
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v********a
发帖数: 646 | 11
哪篇文章啊，谢谢
Rinn JL, M. Kertesz, J. Wang, S. Brunghman, H. Goodnough, B. Wong, M. Cleary
, J.A. Helms, E. Segal, H.Y. Chang. (2007) Functional Demarcation of Active
and Silent Chromatin Domains in Human HOX Loci by Non-Coding RNAs. Cell. Jun
29;129(7):1311-23.
F. Lan, P.E. Bayliss, J.L. Rinn, J.R. Whetstine, J.K. Wang, S. Chen, S.
Iwase, T.M. Roberts, H.Y. Chang, and Y. Shi (2007). A histone H3 lysine 27
demethylase regulates animal posterior development. Nature Oct 11;449(7163):
689-94 (online 9... 阅读全帖 |
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j******i
发帖数: 939 | 12 为啥不能发Nature啊 大多数CNS文章也就这么回事 免疫的东西本来发高分就比较容易
我不做免疫的 我的理解是tet做为去甲基化酶的功能被研究的多了 但是其histone
deacetylation的功能是比较新的 尤其是在炎症反应这块 |
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j*b
发帖数: 341 | 13 读了一下文章， 有五篇文章做出过蛋白激酶活性（四篇老中一片老韩）
最先说PEP能当ATP用的，就是这篇文章的作者本人。
跟风跟到马蹄上了？？
PKM2 phosphorylates MLC2 and regulates cytokinesis of tumour cells. Nat
Commun. 2014
SAICAR induces protein kinase activity of PKM2 that is necessary for
sustained proliferative signaling of cancer cells.
Mol Cell. 2014
PKM2 regulates chromosome segregation and mitosis progression of tumor cells
. Mol Cell. 2014
PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell. 2012
Pyruvate kinase M2 reg... 阅读全帖 |
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O**********a
发帖数: 317 | 14 嗯。
PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell.
Fig 3A 这要能是真的，11公就能得奖。 |
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l*********d
发帖数: 31 | 15 Hi could you please forward me the invite? I have been working with histone
acetylation / epigenetic regulation. Would be very interested. I can be also
reached by [email protected]
/* */
I tried message you but your inbox is full.
Thanks!
message. |
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h******u
发帖数: 602 | 16 I will email you.
histone
also
/* */ |
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O**********a
发帖数: 317 | 17 Cancer里面突变的epigenetics因子，跟catalytic activity有关的不多。多是蛋白本
身的。所以histone修饰更多的是fine tuning
epigenetics里面，BRD4 DOT1L的inhibitor可以治疗。 |
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O**********a
发帖数: 317 | 18 Cancer里面突变的epigenetics因子，跟catalytic activity有关的不多。多是蛋白本
身的。所以histone修饰更多的是fine tuning
epigenetics里面，BRD4 DOT1L的inhibitor可以治疗。 |
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O**********a
发帖数: 317 | 19 Yang, W., Xia, Y., Hawke, D., Li, X., Liang, J., Xing, D., Aldape, K.,
Hunter, T., Yung, W., Lu, Z. PKM2 phosphorylates Histone H3 and promotes
gene transcription and tumorigenesis. Cell. 2012 Aug 17;150(4):685-96.
呵呵。这个烂人居然去了上海生化所。 |
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l********n
发帖数: 260 | 20 为什么都说histone siRNA KD效果不好？
这货确实实验做的很不信服
跟去世的刘停息一样 |
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O********4
发帖数: 113 | 21 histone mRNA在细胞周期里起伏很大，native mRNA 在S期前大量合成但在S期后被很
快降解，所以这类不稳定的mRNA 用RNAi KD 效果不好。
这类PKM 本来是催化小分子的膦酸化，但nuclear PKM2 进了核就成了protein kinase
来听上去比较神奇，不知道人们是否认为这个结果不靠谱。 |
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g****0
发帖数: 425 | 23 比如说histone modification。 转染的质粒在细胞中会有这些修饰吗？谢谢。 |
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w***7
发帖数: 1637 | 24 呵呵, 你真有种.
发信人: OwlofMinerva (密涅瓦的猫头鹰), 信区: Biology
标 题: 杨巍维@上海生化所
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Sep 19 23:36:18 2015, 美东)
Yang, W., Xia, Y., Hawke, D., Li, X., Liang, J., Xing, D., Aldape, K.,
Hunter, T., Yung, W., Lu, Z. PKM2 phosphorylates Histone H3 and promotes
gene transcription and tumorigenesis. Cell. 2012 Aug 17;150(4):685-96.
呵呵。这个烂人居然去了上海生化所。 |
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A******y
发帖数: 2041 | 28 No need for acidic extraction. Sonication will do. Using abcam chip grand
HH3 antibody 1/10,000 will give you less than 1 sec exposure. |
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c*****u
发帖数: 439 | 31 loading buffer 直接煮，蛋白胶都能看到。如果你做不出来，只能是你western有问题
。 |
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O**********a
发帖数: 317 | 32 有DNA混在里面不会拖尾么
我还是喜欢酸抽，干净啊，跑出来的条带好看 |
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f*********9
发帖数: 258 | 33 如果做histone marker，做过三万的组织细胞核，做了H3K9 用的是diagenode 的kit，
测序完了，结果不错 |
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g*********3
发帖数: 177 | 34 LZ的实验结果不一定可靠。
只说两个数字0.1% Vs.3%.
可以参考Abcam及其他抗体的说明书，一般你的input%能达到0.3%就已经非常牛叉了。(
我这里说的是histone的)，对于TF，我基本没有见过有人敢报出input% (因为实在太低
了，不过也不要紧，得和mock比较)。
你的mock都有0.1%之高，说明你的mock IP有太多input DNA，除了楼上说的sonication
不完全，还有wash是不是extensive的等等其他因素。（可以google好好看看chip
protocol）。
你的IP有3%，这个简直是让我震惊。。。。同样存在我上一段解释的问题，另外你是不
是overcrosslink了等其他因素
你的这些数字如果是给真正做ChIP的人review，会有涉嫌造假的嫌疑。还是先好好优化
下chip条件（除了有mock，还得有IgG，negative primer等等其他一起比较），chip-
qpcr不是一个容易的活儿，论坛上以前讨论过的。 |
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a******r
发帖数: 786 | 35 我做的histone一般都在0.1%- 2%之间
negative 好像必须小于0.01%要不然算渣 |
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g*********3
发帖数: 177 | 36 恩 参考ambiencr的回复，和我的数字基本一致。
histone这种和DNA绕在一起的蛋白，才有2%。 那种动不动TF就有2%（见过一个日本哥
们report 10%的），数据要么就是故意造假，要么就是不怎么clean。
能够诚实摆出来relative enrichment还算好的。不过TF 2%的时候（我本人做过各种优
化，基本对于TF很难达到这么多，何况有谁真正count过TF在某个时刻在某个基因上结
合的个数），这种enrichment又有多少可信度呢。 |
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g*********3
发帖数: 177 | 37 恩 参考ambiencr的回复，和我的数字基本一致。
histone这种和DNA绕在一起的蛋白，才有2%。 那种动不动TF就有2%（见过一个日本哥
们report 10%的），数据要么就是故意造假，要么就是不怎么clean。
能够诚实摆出来relative enrichment还算好的。不过TF 2%的时候（我本人做过各种优
化，基本对于TF很难达到这么多，何况有谁真正count过TF在某个时刻在某个基因上结
合的个数），这种enrichment又有多少可信度呢。 |
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发帖数: 1 | 38 还有，测序深度的问题。
histone marker 测多少reads？TF测多少reads？
谢谢！ |
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c*********r
发帖数: 1312 | 39 多谢回复！
海胆里就是ChIP-seq这一类的实验做得太少了，没有赶上近几年NGS的大潮，data很少
。。。
Eric的哪篇science？他在science上有好几篇文章，大多是零几年的文章。他的离去真
的可惜啊。。。
“GRN要的好其实目前还是在非人/非mouse”
现在哪些动物里的GRN做的比较好？
promoter
histone |
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b********s
发帖数: 9 | 40 【 以下文字转载自 JobMarket 讨论区 】
发信人: banthracis (熠奕), 信区: JobMarket
标 题: 南方科技大学Patel实验室招聘结构生物学博后与技术员
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Apr 19 00:13:22 2016, 美东)
Postdoctoral and Technician Positions in the Dinshaw J. Patel lab
in the Department of Biology, SUSTC, Shenzhen.
Dinshaw J. Patel is a member of the United States National Academy of
Sciences. The Patel structural biology lab is set to open on March 1, 2016
in the Department of Biology at the South University of Science and
Technology of China (SUSTC) in S... 阅读全帖 |
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c********b
发帖数: 363 | 41 我做的植物细胞，在植物里面一般都是说取多少gram的叶子或者苗做起始材料，到了核
这一步不像你们那样再计数的，所以我也不知道该怎么回答。我一般放NEB的MNase，5-
10g的起始材料，拿到核以后放5000-10000 gel units。
我做RNA-IP是拿特异抗体处理，非特异抗体做negative control。如果是一般的WB，
histone和ADK kinase分别做marker。如果是RNA，就是U2或者U6。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 42 transcription factor? histon?
nanodrop通常不能测chipdna浓度这么低的东西
NaCl |
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b******k
发帖数: 2321 | 43 Faculty and Postdoctoral Positions at the Life Sciences Institute, Zhejiang
University
The Institute
The Life Sciences Institute of Zhejiang University (LSI-ZJU) was founded in
2009. Dr. Xin-Hua Feng was appointed as the founding director and Dr. Kun-
Liang Guan as the co-director. Located in the scenic city of Hangzhou, LSI
is now a world’s leading center of biological and biomedical research in
China.
As the first special academic zone of ZJU, LSI runs its own graduate program
and enjoys unpar... 阅读全帖 |
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b********g
发帖数: 46 | 44 非常感谢大家热心的回复。
能够成功提取出chromatin是一件令人高兴的事情，不能够证明他是native state实在
是因为不知道该怎么证明。我认为native state必须是在一定的离子浓度，多巴胺, 和
一定蛋白浓度下的。然而这些信息是缺乏的。同时，在做冷冻电镜时，除了chromatin
associated proteins, 其他蛋白是需要除去的。否则，他们会妨碍，阻隔imaging.
眼见为实。目前chromatin领域内，最好的研究工具是（冷冻）电镜了。自从Olins夫妇
和chris woodcock发现了bead-on-a-string structure后，30 nm chromatin 的存在与
否一直是热门话题。体外重构的Li-zhu style double double helix无疑是令人眼前一
亮的研究。然而，ping zhu 最近发表的一篇30-nm chromatin fiber in Hela cells的
研究，并不是让人信服。他用的是目前最好的in situ 电镜成像法（cryo section,
Focus Ion beam minin... 阅读全帖 |
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R****n
发帖数: 708 | 45 我quickly update一下，做了一个已知的DNA和histone modfication的组合（1个ctl,2
个KD），一次就成了。一抗用的是自己的buffer,二抗用公司的kit。信号非常强，都集
中在核内，这个和预期相符。其中一个KD，确实看到较少的foci.基本和下面这个一样。
https://www.youtube.com/watch?v=RFTbb5xd6iQ
有两个问题，
1）视频2：40时候，cover glass是用什么粘上去的？
2）我最后上mounting media的时候，有时候会有模模糊糊的一层影响DAPI的信号，但
是其他红光没影响，有时候同一批有的好有的不好。而且封片前都用水洗一下的，因为
有人告诉我是盐。肯定不是mounting media的问题，都是新的。 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 46 Chip-seq看上去就是先把蛋白质和DNA绑一起，然后切开，在用抗体把蛋白质沉淀，这
样和蛋白质在一起的DNA就也分离出来了，然后测序，map回reference genome，就可以
知道这种蛋白质唯一genome的什么位置了。我的理解对吗？
通过Chip-seq测histone modification，比如H3K4me3， 就是找一种和modify过的
H3K4me3结合的抗体，做Chip seq然后map会reference genome，就能知道在genome的什
么位置发生了H3K4me3的modification，我的理解正确吗？通过数有多少个被捕捉的DNA
片段，就能知道在一群细胞里，大概有多少发生了这种modification，就是信号的强度
？我的理解对吗？ |
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e*********6
发帖数: 3453 | 47 Chip-seq看上去就是先把蛋白质和DNA绑一起，然后切开，在用抗体把蛋白质沉淀，这
样和蛋白质在一起的DNA就也分离出来了，然后测序，map回reference genome，就可以
知道这种蛋白质唯一genome的什么位置了。我的理解对吗？
通过Chip-seq测histone modification，比如H3K4me3， 就是找一种和modify过的
H3K4me3结合的抗体，做Chip seq然后map会reference genome，就能知道在genome的什
么位置发生了H3K4me3的modification，我的理解正确吗？通过数有多少个被捕捉的DNA
片段，就能知道在一群细胞里，大概有多少发生了这种modification，就是信号的强度
？我的理解对吗？ |
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l********e
发帖数: 415 | 48 Genome wide epigenetics 基本是扯。最明显的就是enhancer的histone mark, 靠这个
预测出来的enhancer至少有一半是无法验证的。至于3C 4C hiC, 就基本是胡扯了。 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 49 补充一下问题，比如在图片识别领域，大部分情况下，人工识别的结果就可以当成一个
ground truth的数据，各种prediction，就可以拿人工识别的结果测准确率。在
epigenetic领域，比如基因表达，histone modification，promoter enhancer都不能
被当成这种ground truth，是不是RNA-seq的结果可以被当成ground truth？
作为ground truth的结果，还不能太少，纯实验的结果样本太少，所以我现在才很疑惑
这个问题。不然用一个不可靠的东西预测另一个不可靠的东西，这不太靠谱 |
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l********e
发帖数: 415 | 50 从这个意义上说，是的，RNA-seq 可以作为ground truth.
当然比较抠门的人还会说RNA-seq signal不等于transcriptionally active ... 措辞
注意一下就行了
: 补充一下问题，比如在图片识别领域，大部分情况下，人工识别的结果就可以当
成一个
: ground truth的数据，各种prediction，就可以拿人工识别的结果测准确率。在
: epigenetic领域，比如基因表达，histone modification，promoter enhancer
都不能
: 被当成这种ground truth，是不是RNA-seq的结果可以被当成ground truth？
: 作为ground truth的结果，还不能太少，纯实验的结果样本太少，所以我现在才
很疑惑
: 这个问题。不然用一个不可靠的东西预测另一个不可靠的东西，这不太靠谱
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