u**********d
发帖数: 573 | 1 upstate，现在被millipore受够了，这些典型的histone modification的抗体挺好用的。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 2 我一直做遗传，ENCODE的东西不说天天用，一直还是用得挺多的，还真没听过谁吹
ENCODE有那么重要，感觉比HGP差老鼻子了。这就是个工具吧，但是确实是个非常有必
要的工具，不然对经常搞DNA的人太痛苦了。以前这些genome 水平的data这个做一点那
个做一点，都是乱糟糟的，然后乱糟糟地整合在一起，错误百出，互相之间很多不
match。如果你没有专门玩DNA，可能对这个问题体会没有我们深，take it for
granted了。
再加上encode还加上了很多功能性基因组的东西，比如大量wetlab来源的基因组水平的
ChIP（包括各种细胞内的各种转录因子，histone modification，DNAmethylation等等
）,基因表达，已知的基因多态/突变 全部相当准确地整合到了一起，我觉得对于只要
是和DNA有关的研究都会很有帮助的，后续的cancer genome，信号转导，干细胞和分化
等等都会大大受益，更别说我们这些本来就是做遗传的人了。
2个亿，我觉得非常非常值得。
有1 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 3 是这篇么。。 我没细去追这些东西
An assessment of histone-modification antibody quality
Thea A Egelhofer1, 16 Aki Minoda2, 3, 16 R David Hawkins4, 5 Jason D Lieb14,
15
Nature Structural & Molecular Biology
Received 07 June 2010 Accepted 09 November 2010 Published online 05 December
2010
http://www.nature.com/nsmb/journal/v18/n1/full/nsmb.1972.html
还在奇怪为啥会发在这么高的杂志。。
.. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 4 那只是一个Biochem field 的最基本的代表刊物而已
当然楼主 搞Bioinfomratics IEEE Boinformatics annual conference oral
presentation at least one time which is safe for next career.
pls refer one mentor of this field:
his official web site:
http://www.jaist.ac.jp/~bao/
(english only)
and one 2011 IEEE conference presentaion:
Le, N.T., Ho, T.B. (2011).
Reconstruction of histone modification network from next-generation
sequencing data, IEEE International Conference on Bioinformatics and
Bioengineering BIBE 2011 , Tai... 阅读全帖 |
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f*******o
发帖数: 150 | 5 Philadelphia, PA, September 19, 2012 – With the eyes of the world firmly
fixed on Stockholm and the upcoming announcement of the 2012 Nobel Prize
recipients, the IP & Science business of Thomson Reuters, the world leader
in intelligent information for businesses and professionals, announced its
2012 “Nobel-class” Citation Laureates today.
Annually, Thomson Reuters citation analysts mine proprietary data from the
company’s research platform, Web of Knowledge?, to identify the most
influential res... 阅读全帖 |
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i****g
发帖数: 3896 | 6 这个去年是不是一个都没预测对？
Philadelphia, PA, September 19, 2012 – With the eyes of the world firmly
fixed on Stockholm and the upcoming announcement of the 2012 Nobel Prize
recipients, the IP & Science business of Thomson Reuters, the world leader
in intelligent information for businesses and professionals, announced its
2012 “Nobel-class” Citation Laureates today.
Annually, Thomson Reuters citation analysts mine proprietary data from the
company’s research platform, Web of Knowledge?, to identify the mos... 阅读全帖 |
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c*******0
发帖数: 190 | 7 CHEMISTRY
Louis E. Brus
Samuel Latham Mitchill Professor
Department of Chemistry
Columbia University
New York, New York, USA
For discovery of colloidal semiconductor nanocrystals (quantum dots)
Akira Fujishima
President, Tokyo University of Science
Special University Professor Emeritus, University of Tokyo
Supreme Advisor, Kanagawa Academy of Science and Technology
Tokyo, Japan
For the discovery of photocatalytic properties of titanium dioxide (the
Honda-Fujishima Effect)
Masatake Haruta
Adjunct... 阅读全帖 |
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l********e
发帖数: 415 | 8 简单答案 最好都做
如果实在不能都做,
问问自己
1) in vivo还是in vitro? in vitro用什么系统? in vivo用什么系统?
2) 有没有好的antibody?
个人觉得chip-seq不好做. TF的Chip-seq不比histone modification的chip-seq 需要
很好的Ab和很多的cell, 多数只能在cell line/primary cell做. |
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l*******i
发帖数: 153 | 9 VC可以提高MEF的reprogramming的效率，不是因为其抗氧化性，而是其histone
modification的能力，因为1）VC处理的MEF与未处理的MEF相比，其ROS水平并没下降；
2）其他的ROS scavenger并不能提高reprogramming的效率。
人的ESC和小鼠的有本质的不同，这可能是VC对人的fibroblast reprogramming没有效
果的原因。
，维
reprogr
repr |
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 flowchat工程计算学已经进入了 Histone modification and cytosine methylation
of Genome, 新的交叉学科 系统人工基因组生物信息学 已经诞生了吧 Lol
pls refer
>XXX lab studys causal relationships between gene regulation and cellular >
behaviors, by developing computational and experimental methods on >network
modeling, stem cell engineering, epigenomic and single-cell >analyses.
>Cell, 149: 1381-1391
>http://bioinformatics.bioen.illinois.edu/index.html |
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l**********1
发帖数: 5204 | 11 flowchat工程计算学已经进入了 Histone modification and cytosine methylation
of Genome, 新的交叉学科 系统人工基因组生物信息学 已经诞生了吧 Lol
pls refer
>XXX lab studys causal relationships between gene regulation and cellular >
behaviors, by developing computational and experimental methods on >network
modeling, stem cell engineering, epigenomic and single-cell >analyses.
>Cell, 149: 1381-1391
>http://bioinformatics.bioen.illinois.edu/index.html |
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z*******6
发帖数: 679 | 12 刚看了最新的Zychlinsky JCB九月的review，只是感叹生物界的神奇，就像武林高手，
临死前总会爆发小宇宙，回光返照的力量还是很绝大的！
但是感觉就课题来说，大方向和大通路貌似都有了基本轮廓，剩下的就是去挖小细节了
。不过里面牵扯到的几个不解之谜还是很诱人的，但估计也不是短时间内能解决的。就
比如为啥histone能有如此巨大的杀菌能力云云...
大家有兴趣说说吗？ |
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s******y
发帖数: 28562 | 13 What review?
我的第一反应就是histone protein 的电荷性（正电），会结合大部分细菌并
导致他们的膜出现问题 |
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D*a
发帖数: 6830 | 15 求科普histone和生命最后的爆发是多么的强大有什么关系 |
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s******y
发帖数: 28562 | 17 听起来很有意思，能把连接贴一下么？
histone |
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m********m
发帖数: 263 | 18 同意你的看法。 虽然PKM2的研究可为cancer cell metabolism近几年的亮点之一，但
是它在cancer治疗
中的前景越来越受到质疑。相比之下，IDH的常见的几个glioma and acute myeloid
leukemia相关的功能获得性突变非常引人注目，volgesten和Thompson的IDH文章更被列
为去年cancer领域近几年的 引用之最。最近IDH与epigenetics（通过alfa-KG调控
histone甲基化）的link的发现（Thompson和TWM）可谓至关重要。如果针对IDH的alfa-
KG功能突变设计药物，对治疗glioma and acute myeloid leukemia非常有前景。鉴于
craig thompson的前期关于凋亡与病理的研究突出贡献和他近期对代谢，尤其是IDH，
得研究，估计他离nobel奖不远了
seem |
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m********m
发帖数: 263 | 19 同意你的看法。 虽然PKM2的研究可为cancer cell metabolism近几年的亮点之一，但
是它在cancer治疗
中的前景越来越受到质疑。相比之下，IDH的常见的几个glioma and acute myeloid
leukemia相关的功能获得性突变非常引人注目，volgesten和Thompson的IDH文章更被列
为去年cancer领域近几年的 引用之最。最近IDH与epigenetics（通过alfa-KG调控
histone甲基化）的link的发现（Thompson和TWM）可谓至关重要。如果针对IDH的alfa-
KG功能突变设计药物，对治疗glioma and acute myeloid leukemia非常有前景。鉴于
craig thompson的前期关于凋亡与病理的研究突出贡献和他近期对代谢，尤其是IDH，
得研究，估计他离nobel奖不远了
seem |
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S**********e
发帖数: 1789 | 20 Tony Hunter的博后，独立以后表现很不错。
Yang W, Xia Y, Hawke D, Li X, Liang J, Aldape K, Hunter T, Yung WK, and Lu Z
. PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell 150(4):685-696,
Ji H, Ding Z, Hawake D, Jiang B, Mills G, Lu Z. AKT-dependent
Phosphorylation of Niban Regulates Nucleophosmin- and MDM2-Mediated p53
Stability and Cell Apoptosis. EMBO Reports 13(6):554-60,
Yang W, Xia X, Zheng Y, Liang J, Huang W, Gao X, Aldape K, Lu Z. Nuclear
PKM2 regulates beta-catenin ... 阅读全帖 |
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Z******t
发帖数: 206 | 21 请问有什么好的protocol 或者试剂盒吗?
我新手,做fractionation 发现 cytoplasmic fraction 里面有 histone.
这种情况怎么避免阿? |
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j****x
发帖数: 1704 | 22 1. 目前没有定论，从先期研究的这些lncRNA来看，整体上序列的保守性不如结构的保
守性强。相似序列可能是来自于同一起源的多个psudogene derived lncRNA，个人猜测哈
2. 转录调节，转录后调节的例子都有。翻译后调节，目前还不多见吧，参与chromatin
remodeling complexes相互作用修饰histone不知道能不能算。 |
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b***s
发帖数: 14 | 23 刚看了新星 Zhimin Lu 的两篇CNS paper
Yang W, Xia Y, Hawke D, Li X, Liang J, Aldape K, Hunter T, Yung WK, and Lu Z
PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell 150(4):685-696,
发现几个感兴趣的重要在抗体都从 http://swbio.com/
Signalway Biotechnology 买的，从没听说过这个公司，google一下，发现Signalway
Biotechnology LLC has a location in Pearland, TX. Active officers include
Zhimin Lu and Ji Wang.
有人用过他们的抗体吗，想买试一下，谢谢。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 24 说这个没意义，完全看你chip啥了。
chip本来需要量大，主要是因为sonication方便。你用酶切
或者其他方法，又chip histone这种大路货，就不需要很多 |
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h***u
发帖数: 90 | 25 我们用FACS sorted 细胞, 100k 做histone mark, 500k做 比较好的TF ChIP, 都还不
错 |
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c*******4
发帖数: 7 | 26 一年4篇大作啊，好像postdoc才干了3年
让我们这样的千老情何以堪啊...
不懂这个领域，但还是想学习一下，看看怎么提高自己的效率，爬出这个坑
结果
我看了一眼，通篇的WB 和 chip 泡脚，昏过去了
有人读了这几篇Nature, Cell, Molecular Cell, NCB么？
能谈谈想法么？
ERK1/2-dependent phosphorylation and nuclear translocation of PKM2 promotes
the Warburg effect.
Yang W, Zheng Y, Xia Y, Ji H, Chen X, Guo F, Lyssiotis CA, Aldape K, Cantley
LC, Lu Z.
Nat Cell Biol. 2012 Nov 25. doi: 10.1038/ncb2629. [Epub ahead of print]
EGFR-Induced and PKCε Monoubiquitylation-Dependent NF-κB Activation
Upregulates PKM2 Expre... 阅读全帖 |
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a********u
发帖数: 259 | 27 向大家求教如何验证chipseq中的antibody有效。做的是植物的histone modification
的ChIPseq实验，包括了几种mark，其中两种H3K9ac和H3K27ac的profile很像，所以
reviewer怀疑我们H3K27ac的antibody的有效性，要求我们给出相关的证据。因为本人
是做生物信息，不太清楚如何证明antibody的确实是有效的。希望大家能帮忙指点一二。
不胜感激！ |
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a*******a
发帖数: 4233 | 28 peptide blocking撒。。
你chipseq下来总要找几个target做chip-realtime验证吧。
side by side用对应的peptide block掉抗体，再realtime检测target。
比较快，大家也认可。
组蛋白修饰的抗体非特异的很多，前阵子还专门有人发了个nature structure xxx验证
了几十种抗体，哪些特异哪些不特异。
An assessment of histone-modification antibody quality
http://t.cn/zWeHjmj
Antibody validation database
http://t.cn/zWeHjmW |
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A******y
发帖数: 2041 | 29 Just because you have multiple copies of the same protein, does not mean all
the mRNA are they same. For example, histone H4 has 14 different alleles (
I think) for exactly the same protein all with different mRNA. You can
actually RT-PCR them all independently.
locus |
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s******y
发帖数: 28562 | 30 哇靠，这14个版本的histone H4 完全都是synonmous codon, 氨基酸序列一抹一样么？
如果是的话真是让人大开眼界啊！
all
( |
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j***x
发帖数: 1469 | 31 1.
Nature Structural & Molecular Biology 10, 983 - 985 (2003)
Histone H1.2 as a trigger for apoptosis
Nieng Yan1 & Yigong Shi1
2.
Oncogene. 2004 Apr 12;23(16):2797-808.
DNA damage-induced apoptosis.
Norbury CJ, Zhivotovsky B.
Please send to
l************[email protected] |
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m**********s
发帖数: 87 | 32 攒review申请绿卡，希望板上大哥大姐如果有合适的机会，能够推荐我，非常感谢
key words: bioinformatics, computational biology, biostatistics. Epigenomics
, genomics. Microarray, RNA-Seq, Transcription factor ChIP-Seq, Histone
Modification ChIP-Seq, Bisulfite-Seq and etc.
PM or email [email protected] |
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e**e
发帖数: 166 | 33 Differential Histone Modification and Protein Expression Associated with
Cell Wall Removal and Regeneration in Rice (Oryza sativa)
Tan, Feng; Zhang, Kangling; Mujahid, Hana; et al.
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH Volume: 10 Issue: 2 Pages: 551-563
please send to z******[email protected]
thanks a lot |
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c********b
发帖数: 363 | 34 非常感谢各位！
用Genscript是因为他家的Histone抗体便宜又好用，不过这次V5真的太差了。 |
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a*********0
发帖数: 213 | 35 本人生物化学和分子生物学 postdoc, 希望能够review一些manuscripts, 为申请绿卡
做准备。我的review 次数太少了，恳请大家帮忙。
本人研究方向：cancer biology and signal transduction, protein modification,
DNA methylation, histone deacetylases, gene regulation, cancer drug
resistance etc.
谢谢帮助！ |
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s******y
发帖数: 28562 | 36 Mono-ubiquitination 应该有。比方说Histone H2b.
Poly-ubiquitination 就比较麻烦。除非你先把proteasome 给堵了。 |
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C***Y
发帖数: 61 | 37 Millipore kit will work for histone modifications, but will not work for
transcription factors. |
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C*******e
发帖数: 4348 | 38 最近做一个蛋白A
高pI（>9)
已知蛋白A跟蛋白B，或者蛋白B+C有相互作用
于是共表达然后纯化复合物
纯化过程中用detergent啊，lyzosome啊
DNase还有RNase啊
结果破碎细胞以后离心得到的pellet，还有得到的复合物pellet都超级难resuspend的
一整块像Jelly的东西
能弄成大小碎块但是没有办法混匀
用针头反复吸吹也不行
加Uear到5M也不行
参考了一些提纯histone protein的protocol，
加HCl到0.25M也没有办法完全溶解
求建议！ |
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t**********8
发帖数: 223 | 39 谢谢！我觉得我那个complex可能是作用在histone modification的。还是试试吧。 |
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b*****n
发帖数: 1841 | 40 同学，对于有用没用有多少用的评判，还需要提高品位。
Promoter，enhancer，转录因子，DNA，histone的修饰，不该是一个个分析过去，而主
要应该靠全基因组水平的系统实验和生物信息学的分析。
克隆基因的文章估计没有人会在意了，至于promoter的克隆，它当年的分析是否完备？
和我根据基因组的annotation决定promoter的克隆区域能额外提供多少信息？退一步来
说，当年一篇克隆promoter的好文章然不成目的就是帮后人决定引物的设计？
添砖加瓦式的文章也并非一文不值，只是贡献小到几乎可以忽略的事情不值得有那么多
的投入。生物学里有意思有挑战的问题多了去了， |
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K**4
发帖数: 1015 | 41 具体问题还是要具体分析的
你举个属于histone deacetylase家族的，但是没有这个活性的例子
我们具体讨论，我觉得很多情况是失活的吧。
all
half |
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e**r
发帖数: 1144 | 42 好象是histone modification.
谁知道原始的出处？ |
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b*******r
发帖数: 18 | 43 最终确定了两个实验室，犹豫中不知道该去哪里。
1） AP，老板是化学出生，做MS. 以前做histone modification。现在好像没有什么方
向，可能会做一些quantitative mass。以前是facility core dirctor，刚刚做独立的
PI，文章很一般，实验室也是刚刚建立。
2）也是AP, 做crystal structure biology，非膜蛋白 老板background 很好，我对做
结构不排斥，完全是新手。
本人是生物化学的背景，蛋白纯化和MS都有所接触.希望听听大家的意见。 |
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b*******r
发帖数: 18 | 44 我也是这样想。有人说，想去工业界的老板的connection很重要。这个老板没有太强的
connection，老板自己的水平有限，基本没有好的文章。和他聊天的时候听他说过一些
以前的事，很早的时候他就发现了一些新的histone modification，因为他不做
biology，所以他只能发点小文章，后来关于这些新位点的function方面的文章，都发
到CNS上了。
所以我不知道MS的前景到底怎么样，值不值的去冒这个险。 |
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K**R
发帖数: 193 | 45 主要第一是看看你测试什么的binding， 比如转录因子TFs 还是histone的。
设计primer 比较麻烦，
首先看promoter位置，看有人报道过没有。 如果没有就预测，
主要是具体选择哪个区域，有时候不一定严格选promoter， promoter附近也可以。
根据你要pull down 蛋白来定
看看Dr young 的设计方法，希望你能用的上。
http://younglab.wi.mit.edu/regulatory_code/ |
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t******k
发帖数: 599 | 46 是histone，就是因为觉得设计这个的primer很麻烦，看有些文章对一个基因都要试n对
引物，所以就想走捷径用别人发表的。 |
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d****7
发帖数: 109 | 47 Actually, no, although my phd supervisor is his good friend! He is still
doing histone modification ChIP-seq stuff, not TF, and recently he just got
interests in PADI4, H1 citrillination, ncRNA in stem cells. I have a friend
in his group.
Yes, I do believe in luck!
Thank you! |
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H**1
发帖数: 34 | 48 这个简单啊？做一大堆histone marker的ChIPseq，不就知道了？
epigenome |
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s******y
发帖数: 28562 | 49 如果内源蛋白也有高度泛素化的话那会很有意思。如果仅仅是转进去的蛋白有这种现象
的话就比较难说了。
至于说高度泛素化的蛋白，histone protein 和一些结构蛋白是可以出现的。因为它们
会被固定在相关的细胞结构上所以不会很快被降解。但是那些蛋白一般只会出现少于４
个ubiquitin的修饰。很少听说会出现多泛素化的。 |
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T****u
发帖数: 424 | 50 NIBS:
王晓东: Several key molecules in necroptosis(RIP3,MLKL etc)
邵峰: Mechanism of pathogen-host interaction
(key:NLRC4 recognize flagellin)
李文辉 NTCP as HBV receptor <======milestone
张宏: Delineate autophagy in C.elegan
朱冰：Histone code
厦大：
韩家怀: one key molecule in necroptosis(RIP3)
上海生化所:
徐国良mechanism of DNA demethylation;
李劲松 haploid ES
动物所
周琦 transgenic mice using androgenetic haploid embryonic stem
北京大学
邓鸿奎 CiPS <======milestone
CiPS is more important... 阅读全帖 |
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