T*****n
发帖数: 897 | 1 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: Tonyvan (Tony), 信区: Biology
标 题: 可以用cDNA样品残留的gDNA作为gDNA的来源吗？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jan 20 21:23:26 2012, 美东)
最近作基因测序。从cDNA 样品中测出了大部分的序列，只剩下5-6个小片段。于是基于
gDNA 设计了引物准备从gDNA中测序剩余的部分。做实验过程中发现我们的cDNA中有
gDNA 残留.于是做实验的过程中就将cDNA样品作为gDNA 来源，都得到了很好
的与预期大小一致的条带。现在老板发现了，大为不满。他认为是我不懂分子生物学。
我和他解释，但他怎么都不相信。我相信我的结果是对的，但我承认这不是标准的方法
。在实验过程中，有一个正常的对照标本，我加了cDNA和标准的gDNA样品。测序结果表
明两者是一致的。
即使如此，老板好像还是不相信。我该怎么办呢？大家在实验中走这种捷径吗? |
|
T*****n
发帖数: 897 | 2 最近作基因测序。从cDNA 样品中测出了大部分的序列，只剩下5-6个小片段。于是基于
gDNA 设计了引物准备从gDNA中测序剩余的部分。做实验过程中发现我们的cDNA中有
gDNA contamination.于是做实验的过程中就将cDNA样品作为gDNA 来源，都得到了很好
的与预期大小一致的条带。现在老板发现了，大为不满。他认为是我不懂分子生物学。
我和他解释，但他怎么都不相信。我相信我的结果是对的，但我承认这不是标准的方法
。在实验过程中，有一个正常的对照标本，我加了cDNA和标准的gDNA样品。测序结果表
明两者是一致的。
即使如此，老板好像还是不相信。我该怎么办呢？大家在实验中走这种捷径吗? |
|
f*****r
发帖数: 84 | 3 要做一个screen 然后sequence plasmid library. 所以小含量的gDNA 会比较影响结果
。 大家有什么比较好的方法除去gDNA 么。 是不是大片段dna 在cartridge 上elute
就不容易， 这样我再做一个pcr clean up 是不是gDNA 会去掉很多。
thanks! |
|
t******5
发帖数: 67 | 4 gDNA 分子量非常大，如果抽提过程中动作轻柔的话gDNA不会裂成小片段，再跑胶回收
就能去除gDNA
elute |
|
S**********e
发帖数: 620 | 5 她的话本身没太大问题，是她的风度和自身修养很差劲。
RNA除了转录以外有很多比较肯定的功能，但是DNA就没有RNA那么多那么清楚。从传统
观念上看，如果DNA能做RNA一样guide的事情，那其实意义很深远。问一个外行的问题
。不知道gRNA结构上和gDNA差多少，是不是要把gDNA打扮成gRNA才行？ |
|
v****e
发帖数: 10715 | 6 一筐颜年教授亲自上阵了？
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: crispr2016 (), 信区: Biology
标 题: Ng-Ago 介导的gDNA editing不一定是你想的那样
发信站: BBS 未名空间站 (Tue May 24 08:03:31 2016, 美东)
有朋友实际上是试过这个方法的，无法成功。所以请大家不要神话这个东西，冷静一点
，再等一等看有没有其他组报道。NBT接收这篇文章并不表示他就是一定是正确的。不
是泼冷水，只是觉得国内铺天盖地的神话般宣传有点不合适吧。也有可能是大家对于国
内的现有的科研体制不满无处宣泄，正好趁此机会痛骂。 |
|
w*****r
发帖数: 2061 | 7 从cultured mammalian cells提gDNA老是降解。。。求推荐便宜好用的kit |
|
y*****u
发帖数: 31 | 8 近必须要用Trizol提取组织里的gDNA.第一次跟着Trizol公司的protocol走浓度很低质
量很差。第二次改进了方法测出浓度较高，质量很差，然后用NACL和酒精简单洗了后浓
度低极了，质量好了。现在我采取了一个改进的TRIZOL提DNA方法，但是由于方法说明
比较模糊，所以试着做了下，DNA浓度低，质量差。
这个新方法:移除TRIZOL-CHLOROFORM分层出的上清RNA后，在有机层中加入1/10体积的
10% SDS和1/2体积的5M NACL.混匀后离心12,000rpm.这样得出肉眼可见的三层（上清，
中间一层白色物质，下层的粉色物质）。根据别人发表的PAPER上的说明是移用上清，
所以我就抽取上清加入95%冷酒精，-80°C 15分钟后高速离心沉淀。后续就是和原始的
TRIZOL protocol一样的的柠檬酸钠和75%酒精沉淀清洗，结果没有看到DNA白色沉淀，
测试后发现DNA质量差，浓度很低很低低低。我就用水做BLANK,测了下我保留下来的中
间一层白色物质（一开始以为上清是DNA),结果发现DNA浓度很高，质量也行。我怀疑
DNA根本就不在上清里面，而是在中... 阅读全帖 |
|
a***e
发帖数: 1010 | 9 TRIzol
上层: RNA 或者质粒DNA
中层: gDNA
下层: protein |
|
c********b
发帖数: 363 | 10 只是觉得可行，但是没有试过，你可以考虑下。
在你的trizol：chloroform分离移去了RNA上清后，应该接着加碱性的Phenol（和剩余
提及1:1），然后再离心取上清，加酒精，然后不要用沉淀法而是用一个提gDNA的柱子
过柱，清洗，回收。
good luck |
|
f*******e
发帖数: 628 | 11 很多 plasmid extraction kit 里面在初期提纯的步骤都会用 exonuclease 来去除
gDNA。
因为 plasmid 是 circular 的，不会被影响。之后的进一步提纯步骤会同时去除掉
exonuclease. |
|
c********1
发帖数: 256 | 12 韩春雨团队同意按学校安排选择一家第三方实验室，在同行专家支持下开展实验，验证
NgAgo-gDNA基因编辑的有效性，并将实验结果公布，以回应社会关切。
问题是除了韩的实验室外，其他实验室的细胞都是污染的，就算把韩实验室纯洁的细胞
带到其他实验室，也会被污染的，
这个问题怎么解？ |
|
发帖数: 1 | 13 1 北京大学生命科学学院魏文胜课题组
我们使用了文章中报道的高效ssDNA，同时自己设计了其他2条针对体内其他基因位点的
ssDNA，与NgAgo表达质粒共转HEK293T细胞与HeLa细胞，2天及5天后，用T7E1检测切割
效率，这三条针对2个不同基因的ssDNA，在HEK293T和HeLa两个细胞系中，无论转染一
次还是在8到12小时后再转染一次ssDNA，都没有检测到切割。
针对敲除后能使细胞有表型变化的某特定基因，我们设计了ssDNA，与NgAgo表达质粒共
转HeLa细胞5天后，发现细胞表现出了一定的对应表型，但是把这部分细胞收集起来提
取基因组，对靶位点测序，没有发现基因组序列的任何改变。
我们针对某特定基因设计了6种ssDNA，用特异的荧光报告系统检测是否有靶点DSB产生
，结果显示所有实验组均没有检测到对靶位点DNA序列的切割活性。
2 中科院动物研究所王皓毅课题组
我们在293T细胞中表达带有Flag标签的NgAgo ，在不同时间点检测NgAgo蛋白表达。发
现转染6小时后开始检测到目的蛋白，随着时间的延长蛋白量增加。在人类293T细胞系
中重复原文章中Figure ... 阅读全帖 |
|
c********n
发帖数: 225 | 14 实验流程第二步：
2. Transfection
更新前
2-1 NLS-NgAgo expressing plasmid is extracted with Wizard® Plus SV
Minipreps DNA Purification System (Promega), and is adjusted to 100 ng/μl
in 0.5x TE buffer (5 mM Tris-HCl, 0.5 mM EDTA，pH 8.0).
2-2 5’-phosphorylated ssDNA guides are dissolved to 100 ng/μl in 0.5x TE
buffer (PH 8.0). For each well of a 24-well plate, 200-250 ng NLS-NgAgo
plasmid and 100-300 ng guidesare diluted in 50 μl Opti-MEM (Gibco); 1.25 μ
l lipofectamine 2000 is diluted in 50 μl Opti-MEM.... 阅读全帖 |
|
m****a
发帖数: 270 | 15 对于第三点你没仔细看论文吧？
看了一下论文，作者先转Ago，然后分别在12h和24h转gDNA，fig 2b显示12h无影响，但
是24h load的gDNA明显减少。
作者的解释是NGAgo 装载gDNA可能需要在翻译折叠的阶段进行，所以如果后转染gDNA可
能导致体内已经成熟的Ago无法结合gDNA，这也解释了为什么体外纯化的Ago蛋白无法在
37C装载gDNA，而只能55C装载，代价是可能导致蛋白部分失活变成一个Nikase。
另外作者在supplemental里面也提到了可以通过再次转染gDNA的方法提高效率。
3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA，就能行。如果先转Ago质粒，8小时候再转
gDNA，就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候，这个质粒就不表达了？如
果继续表达，那8小时候再加gDNA跟同时一起转细胞又有什么区别呢？难道
transfection效率太低，以至于2次transfect的东西无法进入同一细胞，因而不行？至
少从这个角度来讲，文章的一个主要figure的结果有点奇怪。 |
|
y****m
发帖数: 37 | 16
楼主，我有一个不懂 的地方，可能是common sense，但是我正好不懂，不要见笑。
1.一般来说Ago蛋白C端加tag，无论是来自于那个物种，蛋白就没有活性了，主要由Ago
蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct，好像只有1-2个C端是没有tag的
。那么，用C端带tag的Ago作出的实验，是否有意义呢？当然，不能够排除NgAgo本身特
殊，能够tolerate C端tag，只是从预测的结构上讲，可能性很小。
有没有paper报道在Ago蛋白的C端加tag会使其活性消失或者降低？最好在这里列几篇参
考文献。因为我以前对于好几个蛋白质在C端加FLAG,GFP，都不会影响蛋白的功能，对
于Ago家族的蛋白，我不了解。
----见上
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold，催化cleavage时应该结合双链（
无论DNA或RNA），而双链其中一个是guide，另外一个是target。我无法想象gDNA
guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide，也许还有些道理（说不定
细胞DNA会有瞬时的单链状态）；后... 阅读全帖 |
|
m****a
发帖数: 270 | 17 我的个人理解是：转染质粒表达一般24小时到高峰，12小时还在增长期，此时转染gDNA
还能和新合成的Ago结合，24小时以后假如Ago蛋白turnover 的速率不够快，那就会导
致后转的 gDNA loading效率下降的问题。
再次转染说的是knockin实验，推荐在24小时的时候再次转gDNA是为了让更多的新合成
的Ago和gDNA结合，能起多大作用不知道，但并不矛盾。
NGAGO结合gDNA以及切割DNA的机制不清楚，肯定得继续接着做。
gDNA |
|
发帖数: 1 | 18 作者：汤波
来源：中国科学报
2017年8月2日，《自然-生物技术》发布声明称，撤回韩春雨团队于2016年5
月2日发表在该期刊的论文，该论文撤回是韩春雨团队主动申请的，这一轰动一
时，争议长久的事件终于可以平息了，但是科学家们探寻新的基因编辑技术的脚
步不会停息。
基因编辑技术不断创新
今天，基因编辑技术看起来“无所不能”，其实它也是一步步不断发展完善
起来的。
上世纪九十年代，一种名为锌指核酸酶（ZFN）技术诞生，锌指核酸酶包括
锌指蛋白和核酸内切酶两个组成部分，前者负责识别基因组DNA中特异序列，后
者则负责将DNA切断，利用细胞自身DNA损伤修复功能，实现对目的基因的修饰。
由于ZFN技术能像Word软件编辑文字一样对目的基因进行修改，较之前的同
源重组技术大幅提高了基因敲除的效率，从而被称为第一代基因编辑技术，其在
随后十多年里独领风骚。
不过ZFN技术并不能对基因组中任何位点进行修改，脱靶效应较高，也就是
存在较多的非特异编辑，而且构建成本高且费时费力，到2009年，科学家们又开
发出另一种与其类似的基因编辑技术体系，即类转录激活样效应因子核酸酶
（TALEN）技术，是第二... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 19 来源：澎湃新闻
北京时间8月3日凌晨，经河北科技大学副教授韩春雨主动申请，其关于新基
因编辑技术NgAgo-gDNA的争议性论文由《自然-生物技术》撤回。
韩春雨团队在撤稿声明中写道：“由于科研界一直无法根据我们论文提供的
实验方案重复出论文图4所示的关键结果，我们决定撤回这项研究。虽然许多实
验室都进行了努力，但是没有独立重复出这些结果的报告。因此，我们现在撤回
我们的最初报告，以维护科学记录的完整性。不过，我们会继续调查该研究缺乏
可重复性的原因，以提供一个优化的实验方案。”
同时，《自然-生物技术》发表题为《是该数据说话的时候了》社论，“现
在，距原论文发表已过去了一年多，我们了解到当初曾报告说初步成功重复出实
验结果的独立研究小组，无法强化初始数据，使其达到可发表的水平。类似的，
在征求专家评审人的反馈意见后，我们判定韩春雨及同事提供的最新数据不足以
反驳大量与其初始发现相悖的证据。我们现在确信韩春雨的撤稿决定是维护已发
表科研记录完整性的最好做法。”
同一日，河北科技大学在其官网刊发《韩春雨团队发布声明》，声明提到：
“鉴于该论文已撤稿，学校决定启动对韩春雨该项研究成果的学术... 阅读全帖 |
|
C**********e
发帖数: 23303 | 20 由此可见华人本性的丑陋
华人想保留一些技术秘密有多末难
生物界简直是一群精神病嘛
令人难以想象
看篇论文就想重复试验
真是脑子烂掉了
谁会把关键技术放在论文里？
————————————————————————
在韩春雨的舆论风波逐渐发酵之时，8月8日，韩春雨向非盈利性质粒共享信息库
Addgene提交新版的详细实验方法，并补充了数项应当注意的问题。
中国青年报·中青在线记者在Addgene网站中看到，新版实验方法分为细胞培养、
质粒/gDNA 共转染、基因组提取三个部分，一些实验细节与其在《自然-生命科学》中
发表的论文有所不同。
据 “科学美国人”中文版《环球科学》的微信公众号“科普圈”介绍，新实验步
骤有几处改变，其中包括“血清品牌由Hyclone 变更为Gibco”，“溶解和稀释质粒及
gDNA 的缓冲液变更为水（pH 8.0）”，“建议在质粒/gDNA共转染的8小时、12小时或
24小时后，补转一次gDNA（旧版方法中只提及了‘24小时’）”等内容。
此外，韩春雨还在新版实验方法中列出了4项注意事项，其中包括“NgAgo/gDNA 系
统对细胞中胞内菌和支原体感染敏感，在实验... 阅读全帖 |
|
w*******e
发帖数: 15912 | 21 哥不懂生物，还请各位千老们给哥指点迷津
http://news.ifeng.com/a/20160810/49751762_0.shtml
论文被疑造假 韩春雨公开详细实验方法
2016年08月10日 11:29
来源：中青在线
3434人参与 240评论
原标题：韩春雨公开详细实验方法
中青在线讯（中国青年报·中青在线记者叶雨婷）在韩春雨的舆论风波逐渐发酵之时，
8月8日，韩春雨向非盈利性质粒共享信息库Addgene提交新版的详细实验方法，并补充
了数项应当注意的问题。
中国青年报·中青在线记者在Addgene网站中看到，新版实验方法分为细胞培养、质粒/
gDNA 共转染、基因组提取三个部分，一些实验细节与其在《自然-生命科学》中发表的
论文有所不同。
据“科学美国人”中文版《环球科学》的微信公众号“科普圈”介绍，新实验步骤有几
处改变，其中包括“血清品牌由Hyclone 变更为Gibco”，“溶解和稀释质粒及gDNA 的
缓冲液变更为水（pH 8.0）”，“建议在质粒/gDNA共转染的8小时、12小时或24小时后
，补转一次gDNA（旧版方法中只提及了‘24小时’）”等内容。
此外... 阅读全帖 |
|
C**********e
发帖数: 23303 | 22 韩春雨终于被海外千老逼得交待了技术秘密
韩国丹麦摘桃
由此可见华人本性的丑陋
华人想保留一些技术秘密有多末难
————————————————————————
在韩春雨的舆论风波逐渐发酵之时，8月8日，韩春雨向非盈利性质粒共享信息库
Addgene提交新版的详细实验方法，并补充了数项应当注意的问题。
中国青年报·中青在线记者在Addgene网站中看到，新版实验方法分为细胞培养、
质粒/gDNA 共转染、基因组提取三个部分，一些实验细节与其在《自然-生命科学》中
发表的论文有所不同。
据 “科学美国人”中文版《环球科学》的微信公众号“科普圈”介绍，新实验步
骤有几处改变，其中包括“血清品牌由Hyclone 变更为Gibco”，“溶解和稀释质粒及
gDNA 的缓冲液变更为水（pH 8.0）”，“建议在质粒/gDNA共转染的8小时、12小时或
24小时后，补转一次gDNA（旧版方法中只提及了‘24小时’）”等内容。
此外，韩春雨还在新版实验方法中列出了4项注意事项，其中包括“NgAgo/gDNA 系
统对细胞中胞内菌和支原体感染敏感，在实验前要仔细确认所使用的细胞株未被污染或
污染已被彻底清... 阅读全帖 |
|
a****r
发帖数: 12375 | 23 韩春雨研究团队声明
发文时间：2017-08-03
自2016年5月2日国际期刊《自然·生物技术》（Nature Biotechnology）发表《NgAgo-
gDNA为导向的基因编辑技术》论文以来，多家实验室发表论文提出，采用该论文中提供
的实验方法与流程（protocol），不能重复其关键结果（Figure4），且至今尚无第二
篇表明NgAgo-gDNA可以有效进行基因编辑的论文发表，韩春雨及其论文共同作者决定主
动将该论文撤回，同时，将进一步研究不能重复其关键结果的原因，以期提供更详实有
效的实验方法与流程。关键实验条件标准化后的实验方法与流程将会尽快发布。
韩春雨团队一直在进行深入的实验研究工作。在近期的实验中已经发现，将ssDNA
guide 成功导入细胞以结合NgAgo是NgAgo进行有效基因编辑的关键。在满足一些关键条
件的情况下，NgAgo-gDNA系统可以进行有效的基因编辑。
下一步，韩春雨团队将按照学校的安排做好相关工作，选择一家第三方实验室，在同行
专家支持下开展实验，验证NgAgo-gDNA基因编辑的有效性，并将实验结果公布，回应社
会关切。
对论文发表以... 阅读全帖 |
|
H********g
发帖数: 43926 | 24 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: CatchGodLine (捆仙绳), 信区: Military
标 题: 韩国丹麦摘桃 韩春雨终于被海外千老逼得交待技术秘密
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 23 13:57:51 2017, 美东)
韩春雨终于被海外千老逼得交待了技术秘密
韩国丹麦摘桃
由此可见华人本性的丑陋
华人想保留一些技术秘密有多末难
————————————————————————
在韩春雨的舆论风波逐渐发酵之时，8月8日，韩春雨向非盈利性质粒共享信息库
Addgene提交新版的详细实验方法，并补充了数项应当注意的问题。
中国青年报·中青在线记者在Addgene网站中看到，新版实验方法分为细胞培养、
质粒/gDNA 共转染、基因组提取三个部分，一些实验细节与其在《自然-生命科学》中
发表的论文有所不同。
据 “科学美国人”中文版《环球科学》的微信公众号“科普圈”介绍，新实验步
骤有几处改变，其中包括“血清品牌由Hyclone 变更为Gibco”，“溶解和稀释质粒及
gDNA 的缓冲液变更为水（pH 8.0）”，“建议在质粒/gDN... 阅读全帖 |
|
y****m
发帖数: 37 | 25 可是问题是24h的时候，NGAgo质粒应该还在继续表达mRNA，其mRNA还在继续翻译，那作
者的
所谓“装载gDNA可能需要在翻译折叠的阶段进行”解释就说不通，因为无论何时转gDNA
都有正在翻译折叠的NGAGO来结合gDNA的。“再次转染gDNA提高效率”的现象难道不是
和先后转gDNA和NGAGO的结果相悖么？
其实说多无益，做出来才是硬道理。 |
|
o*****p
发帖数: 2977 | 26 光明日报也出手拍了，河北政府想一手遮天拖过去大概难了。
http://guancha.gmw.cn/2016-10/10/content_22376653.htm
在此，所谓不妨多一点耐心，更主要的还是指那些在相关结论未出就破例迅速动起来的
部门和单位。据报道，在韩春雨团队的NgAgo—gDNA基因编辑技术实验被披露后，韩春
雨在几个月内已经成为河北省科协副主席、“美丽河北·最美教师”。7月，韩春雨所
在的河北科技大学又推荐其为2016年度“长江学者奖励计划”人选的候选人；9月，韩
春雨成为国家“中青年科技创新领军人才”候选人。不仅如此，这个尚未得到科学界公
认的NgAgo—gDNA基因编辑技术，却在短时间内吸引来了河北省财政性资金安排2.24亿
元，用于河北科技大学基因编辑技术研究中心项目的建设……
上述的头衔也好，资金也罢，不是不可以给，也不是不可以拨。但是，等相关质疑和争
议有了定论再行决定，一点也不晚。正是在没有上述头衔和资金的条件下，韩春雨进行
了NgAgo—gDNA基因编辑技术实验，并认为其成功。显然，不论NgAgo—gDNA基因编辑技
术实验可否重复，上述这些头衔与资... 阅读全帖 |
|
a****r
发帖数: 12375 | 27 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: arthir (阿瑟~不懂), 信区: Military
标 题: 韩春雨教授正告颜宁等黑子
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 3 00:29:00 2017, 美东)
韩春雨研究团队声明
发文时间：2017-08-03
自2016年5月2日国际期刊《自然·生物技术》（Nature Biotechnology）发表《NgAgo-
gDNA为导向的基因编辑技术》论文以来，多家实验室发表论文提出，采用该论文中提供
的实验方法与流程（protocol），不能重复其关键结果（Figure4），且至今尚无第二
篇表明NgAgo-gDNA可以有效进行基因编辑的论文发表，韩春雨及其论文共同作者决定主
动将该论文撤回，同时，将进一步研究不能重复其关键结果的原因，以期提供更详实有
效的实验方法与流程。关键实验条件标准化后的实验方法与流程将会尽快发布。
韩春雨团队一直在进行深入的实验研究工作。在近期的实验中已经发现，将ssDNA
guide 成功导入细胞以结合NgAgo是NgAgo进行有效基因编辑的关键。在满足一些关键条
件... 阅读全帖 |
|
m****s
发帖数: 18160 | 28 2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人"，得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文，通常表明，该科研成果走在了世界科学研究的最前沿，并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出，在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了，河北科技大学在... 阅读全帖 |
|
m****s
发帖数: 18160 | 29 2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人"，得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文，通常表明，该科研成果走在了世界科学研究的最前沿，并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出，在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了，河北科技大学在... 阅读全帖 |
|
l*******1
发帖数: 16217 | 30 让他”一鸣惊人”的文章
5月2日，韩春雨与合作者的文章终于发表了——先被《科学》（Science）审稿小
半年后拒稿，后历时9个月终被《自然·生物技术》（Nature Biotechnology）接收。
接下来的几天里，他每天都要收到几十封、甚至上百封来自同行的邮件。
简单地说，韩春雨团队发明了一种新的基因编辑技术（NgAgo-gDNA），适合在人类细胞
中基因组编辑，不同于已有最时兴的技术（CRISPR-Cas9）。后者通过RNA寻找替换序列
，而新技术通过DNA作为介导寻找替换目标。
NgAgo是Natronobacterium gregoryi Argonaute这一短语的简称。韩春雨团队实现
了DNA引导的基因组编辑，并发现NgAgo作为一种DNA介导的核酸内切酶，适合在人体细
胞中进行基因组编辑。
韩春雨团队的研究还发现，NgAgo–gDNA系统对向导序列-靶序列错配容忍度很低。
gDNA上任何一个碱基的变换都会降低NgAgo的切割效率，如有三个错配则使其完全失活
。这在另外一个机制上提高了NgAgo使用的精确性，特别是一些富含GC序列的地方，
NgAgo系统比Cas9系统效... 阅读全帖 |
|
w*******e
发帖数: 15912 | 31 新闻来源: 光明网 于 2016-05-23
原标题：韩春雨：磨出基因编辑“新剪刀”
利用凝结在琥珀中的史前蚊子体内的恐龙血液，科学家提取出了恐龙的遗传基因。绝迹
6500万年的庞然大物开始复生，整个努布拉岛也由此成为恐龙的乐园……
当年坐在电影院里，韩春雨津津有味地看完了电影《侏罗纪公园》。这个年轻人怎么也
不会想到，有一天，自己会取得基因编辑技术的重大突破，成为一位“磨出基因编辑新
剪刀”的科学家。
土博士放的“核弹”
初夏，河北省药用分子化学重点实验室楼的外墙上，爬山虎又开始了一年的生长。这栋
位于河北科技大学老校区的四层小楼，再一次被绿色和生机所覆盖。
一楼门厅的成果展示栏里，还没来得及添上基因编辑技术的相关内容。但是，这座省部
共建国家重点实验室的“主人”——韩春雨，已带着他的科研成果一夜之间成为“名人
”。
5月2日，韩春雨研发出基因编辑新技术NgAgo－gDNA的成果发表在英国《自然·生物技
术》上。论文刊发几小时后，学术圈里的朋友开始打电话向他祝贺。没多久，千里之外
的麻省理工学院（MIT）的BBS上开始讨论这个话题了。而零星的报道也逐渐见诸“生物
通”等国内专业网站。... 阅读全帖 |
|
y***n
发帖数: 2318 | 32 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: yeson (快乐着并幸福着...), 信区: Joke
标 题: 造假吹牛 曾被誉诺奖级别 韩春雨撤稿走下神坛
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 4 09:35:10 2017, 美东)
造假吹牛 曾被誉诺奖级别 韩春雨撤稿走下神坛
信源：参考消息网｜编辑：2017-08-03
韩春雨发表的NgAgo-gDNA技术，号称能媲美已有“基因魔剪”之称的CRISPR-Cas9，对
基因的特定位点进行准确地剔除、添入等，被誉有诺奖级别。
去年5月在国际顶级科学期刊《自然・生物技术》发表新基因编辑技术NgAgo-
gDNA论文，被誉离再获诺奖已近在咫尺的河北科技大学副教授韩春雨，今（3）日被《
自然-生物技术》撤稿，并以社论评价“虽然许多国际实验室都进行了努力，但没有独
立重复的验证”，一句话间接证实韩春雨可能造假，引发国际学研界轩然大波。
《自然-生物技术》期刊同时也发布了韩春雨团队的撤稿声明。韩春雨表示是主动申请
撤回。随后，韩春雨也发表声明，同意接受河北科技大学安排选择一家第三方实验室，
在同行专家支持下... 阅读全帖 |
|
c******n
发帖数: 16666 | 33 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: mitbbs (未名空间), 信区: Biology
标 题: Mitbbs水平挺高的，纯从科学家角度质疑韩春雨
发信站: BBS 未名空间站 (Sun May 21 23:40:17 2017, 美东)
2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的... 阅读全帖 |
|
y***n
发帖数: 2318 | 34 造假吹牛 曾被誉诺奖级别 韩春雨撤稿走下神坛
信源：参考消息网｜编辑：2017-08-03
韩春雨发表的NgAgo-gDNA技术，号称能媲美已有“基因魔剪”之称的CRISPR-Cas9，对
基因的特定位点进行准确地剔除、添入等，被誉有诺奖级别。
去年5月在国际顶级科学期刊《自然・生物技术》发表新基因编辑技术NgAgo-
gDNA论文，被誉离再获诺奖已近在咫尺的河北科技大学副教授韩春雨，今（3）日被《
自然-生物技术》撤稿，并以社论评价“虽然许多国际实验室都进行了努力，但没有独
立重复的验证”，一句话间接证实韩春雨可能造假，引发国际学研界轩然大波。
《自然-生物技术》期刊同时也发布了韩春雨团队的撤稿声明。韩春雨表示是主动申请
撤回。随后，韩春雨也发表声明，同意接受河北科技大学安排选择一家第三方实验室，
在同行专家支持下开展实验，验证NgAgo-gDNA基因编辑的有效性，并将实验结果公布，
以回应社会关切。
韩春雨撤稿，非但没有止住风波，反而引起更大的质疑声浪。由于韩春雨在《自然-生
物技术》期刊从默默无闻，一夕声名鹊起后，获得人民币两亿科研经费、也得了科协副
主席头衔，无尽... 阅读全帖 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 35
"rna的特异性／稳定性应该也是比ss－5p－dna好的" ???
这个你恐怕是搞错了吧？ gDNA 就是长度２０多的"ss－5p－dna"，说穿了其实就是５
端磷酸化的oligo primer。这个东西稳定得一塌糊涂，在室温下放上几个星期都妥妥的
，但是我可是不敢这么放RNA的。
这个方法的优点就是gDNA 可以直接合成，而且很稳定，对于不用病毒的体外瞬转非常
合适。但是对于gRNA, 这么搞就很麻烦，首先是因为环境中到处都是RNase，连培养基
的血清里都有很多RNase，我虽然没有亲自做过这个实验，但是可以猜想到这个肯定需
要很小心的清洗。
当然缺点就是这个gDNA东西很难直接用病毒来当载体。虽然也有酶是可以合成单链DNA
的，但是不能合成那么短的一个片段。 所以我觉得这两者的优缺点正好是互补的，
gDNA 更适合混合蛋白酶来一起瞬转，gRNA适合用病毒载体来用质粒转。 |
|
y****m
发帖数: 37 | 36 首先要说明的是此文不针对任何个人，只对science。我真心希望韩的文章可以被重复
，而自己也在试着重复。
对于这片文章，我本人有一下几点疑问，看看那位高人能解答一下：
1.一般来说Ago蛋白C端加tag，无论是来自于那个物种，蛋白就没有活性了，主要由Ago
蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct，好像只有1-2个C端是没有tag的
。那么，用C端带tag的Ago作出的实验，是否有意义呢？当然，不能够排除NgAgo本身特
殊，能够tolerate C端tag，只是从预测的结构上讲，可能性很小。
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold，催化cleavage时应该结合双链（
无论DNA或RNA），而双链其中一个是guide，另外一个是target。我无法想象gDNA
guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide，也许还有些道理（说不定
细胞DNA会有瞬时的单链状态）；后来直接上一个guide也能行，确实比较神奇。当然，
不能够排除NgAgo本身特殊，就是能够切双链，只是从其类似蛋白结构上讲，可能性很
小。
3... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 37 楼主，我有一个不懂 的地方，可能是common sense，但是我正好不懂，不要见笑。
1.一般来说Ago蛋白C端加tag，无论是来自于那个物种，蛋白就没有活性了，主要由Ago
蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct，好像只有1-2个C端是没有tag的
。那么，用C端带tag的Ago作出的实验，是否有意义呢？当然，不能够排除NgAgo本身特
殊，能够tolerate C端tag，只是从预测的结构上讲，可能性很小。
有没有paper报道在Ago蛋白的C端加tag会使其活性消失或者降低？最好在这里列几篇参
考文献。因为我以前对于好几个蛋白质在C端加FLAG,GFP，都不会影响蛋白的功能，对
于Ago家族的蛋白，我不了解。
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold，催化cleavage时应该结合双链（
无论DNA或RNA），而双链其中一个是guide，另外一个是target。我无法想象gDNA
guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide，也许还有些道理（说不定
细胞DNA会有瞬时的单链状态）；后来直接上一个gu... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 38 NgAgo-gDNA基因靶向修饰技术培训班邀请函
尊敬的 ：您好！
今年5月2日韩春雨教授在Nature Biotechnology发表了一种新的基因编辑技术—NgAgo-
gDNA。有可能会替代现有技术而成为最实用的基因编辑技术，更为重要的是：这一发现
具有带来技术和产业变化的潜能。再次引爆了一直火热的国内外基因编辑领域，向已有
的最时兴技术CRISPR-Cas9发起了挑战，可以堪称是“第四代”技术。NgAgo相比crispr
编辑技术具有如下优势：1.更大的可编辑的靶位点选择范围。2.NgAgo靶序列更长，编
辑定位更精确。3.NgAgo靶序列配对精确性高。为让广大从事医学、生命科学事业的人
员更多的了解NgAgo-gDNA技术方法，更高质量地完成科研任务，将于2016年7月9日至10
日在北京举办NgAgo-gD... 阅读全帖 |
|
|
发帖数: 1 | 40 - 发布方：科学网账号h94520425
- 发布时间：2016年8月7日
- 发布平台：科学网
- 发布方国家：未知
- 发布方城市：未知
- 发布方研究机构：未知
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：购买了格氏嗜盐碱杆菌构建和论文一模一样的载体。另外构建了密
码子优化的NgAgo
- 重复验证实验结果: 无法重复韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息：结果不论商业化合成的磷酸化gDNA，还是用PNK自己加磷
酸化的gDNA，无一work，包括尝试了两条gDNA共转（因为其Fig1的体外结果暗示NgAgo
只能切一条链），转染NgAgo的mRNA而非质粒等（担心NgAgo质粒在体内会被加工成gDNA
）。用的target基因是NBT中报道的target基因。
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无 |
|
发帖数: 1 | 41 - 发布方：科学网账号h94520425
- 发布时间：2016年8月7日
- 发布平台：科学网
- 发布方国家：未知
- 发布方城市：未知
- 发布方研究机构：未知
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：购买了格氏嗜盐碱杆菌构建和论文一模一样的载体。另外构建了密
码子优化的NgAgo
- 重复验证实验结果: 无法重复韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息：不论商业化合成的磷酸化gDNA，还是用PNK自己加磷
酸化的gDNA，无一work，包括尝试了两条gDNA共转（因为其Fig1的体外结果暗示NgAgo
只能切一条链），转染NgAgo的mRNA而非质粒等（担心NgAgo质粒在体内会被加工成gDNA
）。用的target基因是NBT中报道的target基因。
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无 |
|
|
m****s
发帖数: 18160 | 43 2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人"，得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文，通常表明，该科研成果走在了世界科学研究的最前沿，并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出，在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 44 河北科技大學副教授韓春雨，今被《自然-生物技述》撤稿，引發造假質疑。取自澎湃
新聞
韓春雨發表的NgAgo-gDNA技術，號稱能媲美已有「基因魔剪」之稱的CRISPR-Cas9，對
基因的特定位點進行準確地剔除、添入等，被譽有諾獎級別。取自鳳凰網
去年5月在國際頂級科學期刊《自然·生物技術》發表新基因編輯技朮NgAgo-gDNA論文
，被譽離再獲諾獎已近在咫尺的河北科技大學副教授韓春雨，今（3）日被《自然-生物
技術》撤稿，並以社論評價「雖然許多國際實驗室都進行了努力，但沒有獨立重覆的驗
證」，一句話間接證實韓春雨可能造假，引發國際學研界軒然大波。
《自然-生物技術》期刊同時也發布了韓春雨團隊的撤稿聲明。韓春雨表示是主動申請
撤回。隨後，韓春雨也發表聲明，同意接受河北科技大學安排選擇一家第三方實驗室，
在同行專家支持下開展實驗，驗證NgAgo-gDNA基因編輯的有效性，並將實驗結果公布，
以回應社會關切。
韓春雨撤稿，非但沒有止住風波，反而引起更大的質疑聲浪。由於韓春雨在《自然-生
物技術》期刊從默默無聞，一夕聲名鵲起後，獲得人民幣兩億科研經費、也得了科協副
主席頭銜，無盡的風光。但在... 阅读全帖 |
|
i***s
发帖数: 39120 | 45 韩春雨实验室所在的四层老楼新安装上智能门。
韩春雨论文中的关键实验环节。
韩春雨瘦了，一位接近他的人说，最近韩春雨经常做实验到凌晨两三点钟。
他的实验室在河北科技大学一座四层老楼里，红色的外墙伏满了爬墙虎，韩春雨在这一待就是10年。今年5月2日，一篇关于新基因编辑技术NgAgo的论文在国际顶级期刊《自然·生物技术》（Nature Biotechnology）在线发表（后在该刊第34册7月号纸质版发表），作者是河北科技大学副教授韩春雨领衔的课题组。发表后，不仅他个人，连他所在的实验室，都获得了前所未有的关注。为了安全，学校不得不给实验楼安装上刷卡入内的智能门，还布了摄像头。
韩春雨有两间研究室在三楼走廊的尽头。在接待过一波又一波记者，甚至有长江学者来访的房间里，一张白色纸片嵌在插座缝里，上面写着“Arrival of the Argonautes 1.0T and 2.0 Smart! （Ago1.0T和2.0Smart版本的到来！）”，后缀为两个笑脸。实验室在等NgAgo优化版2.0尽快问世。
但NgAgo1.0仍然摇摇欲坠。由于多个实验室无法重复实验，被认为可以超越时兴的CRISPR... 阅读全帖 |
|
w*p
发帖数: 16484 | 46 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: fermat (JP), 信区: Biology
标 题: 12位学者实名发声：没能“重复”韩春雨的实验 ——呼吁有关方面组织第三方介入调查
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 10 10:48:55 2016, 美东)
中青在线北京10月10日电（中国青年报·中青在线记者 邱晨辉 叶雨婷）10月10日晚
，12位学者站了出来，决定实名公开他们“重复”韩春雨实验方法的结果：“阴性的”
、“不工作”等等。这样结论的通俗表达即是，他们没能“重复”出韩春雨的实验，其
实验方法“让人怀疑”。
这并非第一次有人质疑韩春雨的实验方法，但愿意实名站出来，并接受公共媒体的
采访，却十分罕见。今年5月初，河北科技大学副教授韩春雨在Nature Biotechnology(
《自然·生物技术》)发了一篇论文声称发现了基因编辑的新方法“NgAgo”，后有人质
疑这个所谓的新方法，“实验没法重复”。
今天一早，科技日报在头版刊发报道《韩春雨就“重复实验失败”答科技日报记者
问》，其中提到，“韩春雨（说）：他们（指实验重复失... 阅读全帖 |
|
c****x
发帖数: 6601 | 47 关键字: 韩春雨《Nature》论文《自然》
http://www.guancha.cn/culture/2017_08_03_421138_s.shtml
在国内外学者几番公开质疑其可重复性过去一年后，河北科技大学副教授韩春雨关于新
基因编辑技术NgAgo-gDNA的论文已由《自然-生物技术》撤回。
图自百度百科
据澎湃新闻8月3日报道，北京时间8月3日，《自然-生物技术》发表题为《是该数据说
话的时候了》社论，撤回韩春雨团队于2016年5月2日发表在该期刊的论文。澎湃新闻获
悉，论文撤回，是韩春雨主动申请撤回。《自然-生物技术》在社论中表示：“我们现
在确信韩春雨的撤稿决定是维护已发表科研记录完整性的最好做法。”
韩春雨出生于1974年，现为河北科技大学副教授，本科毕业于河北师范大学，硕士就读
于中国农业科学院，在中国协和医科大学取得博士学位。
在学术出版里，受到广泛质疑的论文在期刊的调查和协调下，往往由论文作者主动向期
刊申请撤稿，以减少对论文作者科学信誉的伤害，同时避免更多的科研工作者继续引用
该论文。
在前述社论中，《自然-生物技术》称：“我们也询问了论文作者是否可以解答科研... 阅读全帖 |
|
w********2
发帖数: 632 | 48 NgAgo is a single-stranded DNA (ssDNA)-guided Argonaute endonuclease, an
acronym for Natronobacterium gregoryi Argonaute. NgAgo binds 5′
phosphorylated ssDNA of ~24 nucleotides (gDNA) to guide it to its target
site and will make DNA double-strand breaks at the gDNA site. Like the
CRISPR/Cas system, NgAgo was reported to be suitable for genome editing,[1]
but this has not been replicated. In contrast to Cas9, the NgAgo–gDNA
system does not require a protospacer adjacent motif (PAM).
这个好像更容易应用些？ |
|
d********f
发帖数: 43471 | 49 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: mahmet (里约大冒险), 信区: Biology
标 题: 知识分子独家专访：面对质疑的韩春雨
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 17 21:05:25 2016, 美东)
独家专访：面对质疑的韩春雨
原创2016-10-18 陈晓雪、李晓明 知识分子
►韩春雨任教的河北科技大学门口。摄影：陈晓雪
内文提要：
独家专访：面对质疑的韩春雨
韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
编者按：
5月初，《知识分子》以国际科学媒体的标准，第一时间报道依据国际科学同行
评议的学术刊物上发表的韩春雨论文以及当时多位科学家评论，并说明其是发展了荷兰
科学家的工作。此后，国内媒体和单位纷纷跟进，因为没有新的工作进展，《知识分子
》未继续报道。从网上开始有声音质疑韩春雨文章结果，《知识分子》一直保持追踪国
内外学术界最新的动态，但不依据私下匿名来源为主作报道，直到13位中国科学家公开
实名发言后，《知识分子》才有可以较为完整、公开的事实可以报道。
NgAgo实验的可重复性争议历经数月之... 阅读全帖 |
|
k*******s
发帖数: 214 | 50 gDNA酶切有几个注意事项
1. gDNA一定要干净，质量好。酶切之前要跑胶看看。
2. 酶切体积要大些，1ug的要50uL体积更好
3. 酶要多加些，一般要总体积的5%
4. 酶切反应时间可以延长到overnight. 一般在反应几个小时后，可以再加几ul酶继
续切。
5. 最后跑胶应该是很好的smear现象。
酶切gDNA一帮可用来做Southern blot.
200ng/ |
|
