h**********r
发帖数: 671 | 1 最近在想构建一个整合型质粒,怎么也想不明白.都说是整个质粒线性化以后会整合到宿
主菌中的基因组中.可我老觉得很容易二次重组把整合的片段弄丢了.把图附上,大家给
看看我哪儿想得不对.
非常感谢! |
|
s**m
发帖数: 340 | 2 我是研究心律不齐的，早搏(premature activation, or PA)导致心律周期（cycle
length）发生变化。我把变化的幅度叫做PA amplitude.其单位是ms.
牛老板点评： How can a change in cycle length be an AMPLITUDE? Doesn’t make
sense to measure amplitude in ms
牛老板是学物理出身。我需要研究一个系统的稳定性。系统当然有非线性，我提出先进行非线性建模，
然后对非线性模型进行分段线性化：piecewise linearization.老板追问我：What is this?
Why you can do this in this study?前前后后十几封email给她解释这个问题，到最后我给
她画出一条指数曲线然后逐点画切线准备跟她解释这个概念。牛老板大概咨询过她老公了，知道丢人
了，一谈到这个问题就说：of course, it is common sense.
我的研究中需要建模，用术语说就是system identification. Matlab专 |
|
s**m
发帖数: 340 | 3 你说的当然是对的，但是具体到我举出的例子，就不是那回事了。我的这些例子应该是
常识，大学一年级都知道的。关键是，不是我不沟通，而是她根本不听，不信任我的解
释。比如上面的AMPLITUDE的例子，你说我怎么沟通？替她查字典？比如分段线性化的
例子，我用十几封EMAIL沟通，最后变成COMMON SENSE. |
|
s**m
发帖数: 340 | 4 我的确没有想到分段线性化是一个需要解释的概念。特别是，牛老板是学物理出身的。
说到底，不就是曲线的切线这个概念么。大学一年级有不懂这个的么？ |
|
m******5
发帖数: 1383 | 5 求教：
我在做一个做knock in mice用的大质粒（12k)
单酶切后是一条12k的线性化的带
但切胶回收后跑胶，12k的带变淡，却出现两条很浓的9k和6k的带。
实验室同学怀疑是star activity,但鉴于我跑的是切胶回收后产物，我怀疑是长质粒自
身缠绕形成的结构，跑得比较快
请教大家遇到过这种情况么？（再次强调酶切后跑胶只有一条带，6k和9k的带是胶回收
后跑胶时出现的） |
|
g******1
发帖数: 244 | 6 不需要线性化，直接在两头引物加两个位点，PCR以后双酶切，或者末端填平磷酸化自
连转化扩增后再双酶切。LA-taq突变率挺高的，建议phusion。 |
|
|
b*******6
发帖数: 39 | 8 谢谢你的详细意见。首先要说，我做分子克隆的经验不是很多。其次，基本不会不改变
条件反复重复。
1 当初选用pQE8也是没有办法，因为pQE9我们实验室没有（pQE8和9的区别就是8在酶切
位点之间只有一个碱基，而9要长得多）。最开始的时候没有意识如此近的酶切位点很
难切下来，最起码同时酶切不可能切下来。但是只尝试过一次顺序酶切不行就没有再尝
试用pQE8了，我不记得是先切BamH1还是Hind3，后面尝试插一段片段在2个酶切位点之
间再切。
2 用的内切酶是Fastdigest系列，据称内切时间很短，所以我们一般都只切3个小时，
像Bamh1也不能且很长时间，因为有信号活性，最开始还以为是Bamh1星号活性导致的。
3 后来就在pQE8的Hind3位点插进去了一段几百bp的片段，构建好的克隆载体，先用
Bamh1切（因为Hind3有2个），再用Hind3切，用Bamh1切可以看到质粒线性化，再用
Hind3切可以看到切下来的片段。所以质粒酶切应该没有问题。
4 关于PCR产物酶切。当初经验不足，只在引物两端加了3bp碱基而不是4bp，但是查了
酶切位点表，3bp对各个内切酶都已经足够了... 阅读全帖 |
|
n********k
发帖数: 2818 | 9 谢谢你的详细意见。首先要说，我做分子克隆的经验不是很多。其次，基本不会不改变
条件反复重复。
1 当初选用pQE8也是没有办法，因为pQE9我们实验室没有（pQE8和9的区别就是8在酶切
位点之间只有一个碱基，而9要长得多）。最开始的时候没有意识如此近的酶切位点很
难切下来，最起码同时酶切不可能切下来。但是只尝试过一次顺序酶切不行就没有再尝
试用pQE8了，我不记得是先切BamH1还是Hind3，后面尝试插一段片段在2个酶切位点之
间再切。
Nice alternative, shall solve the problem in this case...but I would just do
blunt ligation, nowadays, the fast ligation kits from different companies
such as Roche, takara, don't really care about whether it is sticky or blunt
ends, it works just as well...BTW, any one else ... 阅读全帖 |
|
j****x
发帖数: 1704 | 10 如果质粒不特别大的话，感觉比较简单的策略就是NEB的突变策略。
在想删除的位点两侧设计“背靠背”引物（必须5'端磷酸化修饰），把你需要替换的序
列设计在引物上。扩增整个质粒，PCR产物就是线性化的目的质粒序列，然后self-
ligation即可。
, |
|
d******8
发帖数: 1972 | 11 刚刚拿到了表达质粒的序列结果，发现起始密码ATG 变成了ATC，而且这个起始密码是
引物的一部分，其他所有序列都完全符合。觉得这个测序结果很诡异，基因是用高保真
的PFU扩增的，里面基因无一变异，所以怀疑是引物合成的问题，仔细查看了OPRON的单
子，也没有错。
正好这个起始密码是NCO I 的酶切点，酶切也能线性化，现在我有个疑问，酶切的识别
序列CCATGG（测序是CCATCG)是应该完全符合才能切吧？那测序结果又怎么解释？ |
|
d******8
发帖数: 1972 | 12 谢谢，不是两端，是中间。刚才又看了NCO I酶切结果，非常明显线性化。 准备正向重
测，再加反向引物 |
|
s********r
发帖数: 312 | 13 在做一个targeting vector，总长17kb多。现在做到最后一步克隆了，把一个4.4kb的
片段用BamHI切下来，装到BclI线性化的12kb backbone里。已经反复做了几次，每次8-
12miniprep里面90%都是一个大小3kb的奇怪质粒,偶尔出来的几个大小正确的测序发现
全部都是反向。先前怀疑是由于质粒太大在E.coli里发生重组，这次换成了stbl3的感
受态，还是一样的结果。求有经验的给点建议... |
|
w******n
发帖数: 767 | 14 质粒要线性化，整合效率高些，参考gene targeting 小鼠。 |
|
m******5
发帖数: 1383 | 15 顶贴跟车问一下
要稳转一个不带抗性的plasmid到mES cell
请问可以通过共转一个带抗性plasmid的方法来转么？ 做过的同学说一下？ 两个质粒
的ratio要怎么调？经验上两个一起定位到一个的情况多么？ |
|
B******s
发帖数: 52 | 16 生物的问题很难
难到大部分人不会去想那些需要复杂思维能力的问题，所以因为不管怎么样 做简单的
实验也能拿到经费了（这其中很多都慢慢变成技术员都可以直接按照procedure做的项
目）比如 crystallography
生物研究里的稳拿都是那些 像新技术挑战的人，只有新的技术才不断推动你产生新的
知识。比如imaging, single cell, single molecule, micro-fluidics
这些新技术的开发确实需要了很多思维上的复杂性。。。
还有很多理论上的很多特别难的问题，都是靠很多实验技术不断改进然后发现新的现象
，或者依靠实验技术的改进来证明很复杂的假设来解决的。。。。
比如前面说的crystallography, gene knock-out/knock down 这种实验的解决基本
呈现线性化思维，因为是black box 所以只能不断靠 try and error 来得到solid的实
验结果和现象。。。不断积累data(而不是真的在积累knowledge)
for sure there are plenty of other biologica... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 17 Sounds reasonable.
But key point is 让人怀疑作者检测到的human HBV infected cccDNA是否是真的
human HBV infected cccDNA?
details please refer
. 文章中用Southern blotting检测到了cccDNA的形成。cccDNA是HBV转录的膜板，被认
为是HBV持续感染的关键因素。从结果来看cccDNA的形成时间与HBV蛋白、RNA和DNA相比
比较早，尤其量很高。其实对于HBV来说哪怕是CMV启动的HBV（比如pCMV-HBV）cccDNA
的量都是很低的，更不要说是自身启动子启动的了。在NTCP介导的HBV复制水平整体很
低的情况下，具有高水平的cccDNA形成，让人怀疑作者检测到的cccDNA是否是真的
cccDNA，所以作者必须证明他们所指示的条带是真的是cccDNA，必须用EcoRI酶切（
cccDNA能被EcoRI线性化）和加热煮沸cccDNA（沸腾后不会被解成单链）来确证，同时
必须要有阳性对照。当然对于鸭乙肝病毒（DHBV）
http://blog.scien... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 18 Sounds reasonable.
But key point is 让人怀疑作者检测到的human HBV infected cccDNA是否是真的
human HBV infected cccDNA?
details please refer
. 文章中用Southern blotting检测到了cccDNA的形成。cccDNA是HBV转录的膜板，被认
为是HBV持续感染的关键因素。从结果来看cccDNA的形成时间与HBV蛋白、RNA和DNA相比
比较早，尤其量很高。其实对于HBV来说哪怕是CMV启动的HBV（比如pCMV-HBV）cccDNA
的量都是很低的，更不要说是自身启动子启动的了。在NTCP介导的HBV复制水平整体很
低的情况下，具有高水平的cccDNA形成，让人怀疑作者检测到的cccDNA是否是真的
cccDNA，所以作者必须证明他们所指示的条带是真的是cccDNA，必须用EcoRI酶切（
cccDNA能被EcoRI线性化）和加热煮沸cccDNA（沸腾后不会被解成单链）来确证，同时
必须要有阳性对照。当然对于鸭乙肝病毒（DHBV）
http://blog.scien... 阅读全帖 |
|
|
j****x
发帖数: 1704 | 20 说明你的目的基因可能就没重组到pAD那个大质粒里面去。PCR检测一下你重组之后的那
个需要线性化的质粒，看看片段在不在 |
|
j*****q
发帖数: 82 | 21 sybr green的方法。primer express设计的引物， 没hairpin，没dimer，在载体上扩
增很漂亮，线性化也很好。但是拿到基因组DNA上扩增就很差。 不同的底物浓度的ct值
很接近，而且都偏大，28，29的水平。
这样的现象能是什么问题呢？引物本身的问题吗？
多谢了 |
|
z*******6
发帖数: 679 | 22 确实，我也觉得明显说反了啊... 超螺旋的未酶切质粒跑的比线性化的质粒快...
还有就是maxi-prep做的不好的时候，跑胶会看到两条带，一条超螺旋的跑得快的带，
另外一条应该是没有超螺旋的（这个我不太确定）... |
|
b****r
发帖数: 17995 | 23 今天从这个中国公司收到的广告邮件。不知道效果到底如何，这个看起来不比nanopore
差啊，而且都已经在商业公司卖了。。。
http://www.bio-star.cn/contents/239/225.html#ly
Irys单分子基因组结构成像系统
剥茧抽丝，让让基因组纤毫毕现
Irys系统特征
长链DNA分子
DNA分子可长达几百kb，完全可以跨越重复单元和可变区。
高质量的数据
单分子DNA通过纳米通道被拉直，平行排列，生成高质量的图像，基因组结构展现无遗
应用灵活
Irys系统可以作为一个开放的平台为研究人员提供多种形式的遗传分析
让我们组织，而不是堆砌数据
在过去的几年里，二代测序的高通量一直主导着基因组研究的发展。
但是二代测序技术可以廉价的获得大量的测序数据，但是受制于较短的读长，这使得科
学家们无法简单而直观地看到整个基因组范围的结构变化。现在，针对更长片段的分析
方法对于基因组结构研究显得越来越重要。另外，由于基因组的复杂性，诸如重复序列
和结构变异，限制了基因组的重构和对功能元件的理解。Irys系统克服了这些困难，利
用一种新的方法去获取单分子，尤其是长链DNA分... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 24 BMJ
Gut is not trash journal
this journal 2013 one review
web link:
http://gut.bmj.com/content/62/8/1093.extract
its pp1094 left column top
cited here stuff sentence,
>Surprisingly, Yan et al did not provide
>Southern blot data demonstrating accumulation
of HBV DNA replication intermediates,
as this electrophoretic pattern is
a signature of productive virus replication.
Only one subfigure shows some evidence
of cccDNA formation, which
defines a successful infection by HBV;
however, unlike HBV DN... 阅读全帖 |
|
|
l*********1
发帖数: 351 | 26 因为要长期使用线性化后的载体，想着冻存后封装成小份使用。不知道双酶切载体后的
粘末端是否稳定？有同事说冻了两年以后还能用，不知道是不是这样？
多谢 |
|
h**********r
发帖数: 671 | 27 我准备考虑Gibson assembly了，先问你一个很挫的问题哈。
1).比如我用EcoRI线性化质粒，作为assembly的一部分。切开后是这样子的吧？
------G AATTC-------
------CTTAA G-------
vector的两头不是平末端了，应该怎么设计overlap啊？还是两边直接用EcoRI (GAATTC
)的序列？感觉又不完全互补了。如果用overhang的话，只和一条链互补，那样EcoRI就
没了？这个nick是咋整的呢？
2).另外今天又挫了一把，在IDT合成两个片段忘记加overlap了。只能再靠PCR的引物加
这个overlap。他家的750bp-510bp一个价。应该刚好合成到750bp左右。这个overlap多
长比较合适？NEB说20bp多够了,有的说不够。
2).另外一个问题：可以把Gibson assembly的产物直接作为模板PCR得到全长吧？要表
达的制粒不方便测序。想把得到PCR产物一部分用来酶切克隆表达，一部分用来AT克隆
测序。
多谢了！ |
|
q*****d
发帖数: 445 | 28 老板给了一个研究transposon定位的问题，半年多也搞不定，请专家学者们给分析一下：
就是一质粒被线性化之后转化到动物细胞之中进行随机整合，这个整合位点随着分裂会
在同一个位点形成好几百个copy，现在老板想让我把整合位点给找出来。我试了Random
PCR和Digest DNA, ligate with adaptor， PCR，但是这两种方法都没有找到整合位
点，测序结果发现，PCR产物都是来源于转化载体。我也查了一些文献，都说自己的方
法行，但不知道那个方法更实用？因为一个整合位点只有前后两个结合点是需要的信息
，而那个载体本身的copy数却有好几百，所以干扰非常的大。
请牛人们帮忙分析一下！ |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 29 you guy if Li and or Sui lab could get 清晰的条带 for it by any modified
protocol,
the manuscript at least will be released on Cell Host&Microbe,
http://www.bioxbio.com/if/html/CELL-HOST-MICROBE.html
or if got new mechanism of HBV Immuo aspect then to
N Immu,
http://www.bioxbio.com/if/html/NAT-IMMUNOL.html
Do you think those labs only think e@life is better than
Cell Host&Microbe similar rank other journals.
ps:
But key point is 让人怀疑作者检测到的human HBV infected cccDNA是否是真的
human HBV infected cccDNA?
de... 阅读全帖 |
|
n******e
发帖数: 110 | 30 多谢这么详细的解答!
还真的不知道这个线性化的trick.
不过,用质粒系统还是觉得会有像你说的silence的问题.
我就是用质粒系统做了瞬时转染,得到了初步结果.
还是十分感谢详细解答! |
|
m******5
发帖数: 1383 | 31 ngs对生物医学所有方向的作用都是革命性的。
以前在molecular machanism上还需要strong hypothesis 来drive
现在又回归到descriptive的阶段了，很快会有大突破。
医学方面的作用就不说了
至于你说的 测序完不知道做什么
其实正是学科发展的体现
一是线性化的story telling再大量data面前已经不太管用了
二是没有广泛知识再难以以偏概全地说故事了 |
|
V******t
发帖数: 444 | 32 原来如此
那转染之前把质粒线性化能大大提高效率呀？ |
|
r***e
发帖数: 2539 | 33 就是将修复模板（800bp）放在同一个载体上，比如px459-puro的Not1位点？
我看标准的protocol需要将修复模板线性化，这个重要吗？
先谢谢了！ |
|
发帖数: 1 | 34 #注明译者，请随便转载：）
CRISPR英雄谱
埃里克・兰德（Eric Lander）
小鹿／译
三年之前，科学家们宣布，CRISPR技术能够对真核活细胞进行精准与有效的基因组编辑
。自此，这项技术手段已然震撼了科学界，数以千计的实验室正在将其运用于从生物医
药到农业的各个领域。然而，从一种奇特的细菌重复序列现象的发现开始，到确认这种
现象为适应性免疫系统，进而对它的生物功能特性的了解，直至开发为一项基因工程的
技术，这此前二十载相关的研究历程却不为人所知。本文正是着眼于填补这段科学历史
的空白，它讲述的是观念的演化历史和先锋人物的传奇故事，并且从中获得关于支撑科
学发现的优秀科研环境的启迪。
前言
很难想起曾经有哪一次科学革命像CRISPR这般如此迅速地改变生物学界。仅仅三年之前
，科学家宣布，CRISPR系统，即细菌通过纪录和精准攻击入侵病毒的DNA序列而进行自
身防御的适应性免疫系统，可以利用转化为一项简单而有效的技术在哺乳动物和其它生
物体的活体细胞内进行基因组编辑。CRISPR即此被全球数以千计的实验室运用于广泛的
领域，如创建人类遗传疾病和癌症的复杂动物模型；... 阅读全帖 |
|
b******9
发帖数: 102 | 35 我做过H9 ESC定点knockin，不过用cas9没成功，用的是TALEN，puro筛选，阳性率大概
在60-70%吧。胖老师可以参考Rudolf的文章：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21738127
我个人觉得要注意以下几点：
1.在比如293T等比较好转的细胞中做个切割实验：T7EI或者酶切都行。
2.如果是用cas9，那donor载体的同源臂需要注意也可能会被cas9切割，最好在同源臂
PAM附近做几个同义突变；要是用TALEN就不存在这个问题了。
3.donor同源臂至少得有个1kb吧，反正我当时是这样设计的。
4.筛选标记：是puromycin还是荧光？如果是抗生素的话建议用puro，效果很好，做之
前得先摸个最佳用药浓度。然后就是筛选时间，H9的话我们筛了2周。
5.转染效率，原代一般都比较难转染吧？我们用的是电转。
6.donor载体我直接用的pBluescript SK(+)，转之前线性化处理一下。
7.阳性克隆鉴定有条件的话上southern，没条件用PCR吧，注意在同源臂外面设计引物。
8.再有就是防止细胞污染。 |
|
s*****i
发帖数: 315 | 36 Es cell 的话不要筛选太久、puro 两天就够了，电转后二十四小时开始加药，4天以后
就可以挑克隆了
质粒不用线性化也有很高的效率
: 我做过H9 ESC定点knockin，不过用cas9没成功，用的是TALEN，puro筛选，阳性
率大概
: 在60-70%吧。胖老师可以参考Rudolf的文章：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21738127
: 我个人觉得要注意以下几点：
: 1.在比如293T等比较好转的细胞中做个切割实验：T7EI或者酶切都行。
: 2.如果是用cas9，那donor载体的同源臂需要注意也可能会被cas9切割，最好在
同源臂
: PAM附近做几个同义突变；要是用TALEN就不存在这个问题了。
: 3.donor同源臂至少得有个1kb吧，反正我当时是这样设计的。
: 4.筛选标记：是puromycin还是荧光？如果是抗生素的话建议用puro，效果很好
，做之
: 前得先摸个最佳用药浓度。然后就是筛选时间，H9的话我们筛了2周。
: 5.转染... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 37 在人干细胞里边做，没有线性化的donor plasmid。这种donor不仅会通过homologous
recombination插入你需要的位点，同时会随机整合到基因组的其他位置。这种随机整
合非常高。 |
|
s*******n
发帖数: 452 | 38 五、当神父管理和尚
对病人而言，只要治疗有效就好，管他中医西医！可是现代人却如同中了魔咒，非
将一切人类的智慧、文化都用科学为标准来划定、鉴别，于是就有了科学与否之分。科
学只是世间千万条真理之一，只是研究真理的方法之一，用科学标准来鉴别一切，其方
法是愚昧的，其结果是灾难性的。
任何事物只要存在于一定的时空，自有其因缘。中西文明各有特点，并在其政治、
经济、文化、宗教、医学和日常生活中显现。西方文明的特点是：线性化思维、主体与
客体分离、总在非此即彼的二元论中循环，如善与恶、好与坏等等，于是“人”也这样
被分裂开了。
“人”成了主体，所以人类理所当然地让“人”以外的一切为“人”这个主体服务
，无论是地上还是地下的资源都得为“人”服务。而“人”还得继续分，比如“ 好的
、善的、先进的”“人”及其代表的文化、宗教、国家等等就应该鄙视甚至要消灭那些
“恶的、坏的、落后的”“人”及其代表的文化、宗教、国家等等，至少必须教化他们
。从消灭“恶的、坏的、落后的宗教、文化”，到消灭体内的细菌、肿瘤等等，其逻辑
几乎全出于这种二元论的思维方式。历史上宗教战争的缘起，就是因为认定你是邪恶的
，我是神圣 |
|
f**l
发帖数: 2041 | 39 为什么要关注这个定义呢? 关于stiff的定义可以有很多种. 但关键还是在于
数值稳定性的考虑. 你所说的都是把方程线性化之后的分析. 这些分析只是为了
给人一个直觉的基础罢了. 数学要是只关心定义, 就失去其应用的一面了.
对你的问题, 你直接用ode15s就是了. 一般用matlab来解的都不会太复杂.
ode15s是建立在BDF公式上的变阶变步长算法, 由C. W. Gear早先提出的.
如果问题比较大, 建议使用CVODE, LSODE, DASSL, DASPK等成熟的软件. 严肃的
计算一般是不用matlab搞的.
消除stiffness取决于问题. 如果你知道是什么部分导致一些变量很快地进入
动态平衡, 把这部分用代数的方法取代, 就是了. 这个具体到问题可能很复杂.
the
some |
|
r********r
发帖数: 73 | 40 我的博士课题初步选定RF CMOS PA的应用和线性化技术，已经tape out一个片子，用于
WiMax的，个人感觉，就目前来看，CMOS技术在PA的设计上还远不如GaAs上广泛，但是
看似有一定的前景，有没有了解业界的大牛，指点一二，不胜感激。 |
|
E*****a
发帖数: 757 | 41 apps. IC design不需要知道这些东西。IC design都是analog的
你所谓的这些公式都是基础知识，不是power electronics的独门知识
表格指的主要是7-10章里的一些结论。就是loop线性化后的结论
你所谓的steady state waveform那是entry level的，属于open-loop的
比如电压电流波形。那个是第一份工作的问题 |
|
g****t
发帖数: 31659 | 42 还是这个分析最好.
这个peak current有两个环.
如果内环和外环响应速度差别不大,那么内外环就不能分开分析.
这种情况下,直观解释是没用的,因为两个负反馈有可能可以组合出来一个正反馈.
IMO,内外环可以近似没有耦合,才是最重要的东西.
没有这个条件,那就只能具体线性化,算零极点,才能看出来是负反馈.
peak current mode control 和average current mode control不同，后者有一个调节
电流的专门的调节器。所以，概念比较清楚。但是，peak current mode control并没
有这样一个调节器（或者认为是一个比例调节器，current sense gain)。peak
current 和电压调节环出来的控制量进行比较，所得到的误差，然后再通过一个固定频
率的 ramp产生pwm。
这样，当输出电压减小，电压环输出增加，要求电流的峰值跟着提高。因为电流环比较
快，所以电流响应就会很快，及时的把输出电压拉回来。
peak current 一般采样的是mosfet上的电流，否则这个peak值的意义就没有了。
调节
来控 |
|
s**m
发帖数: 340 | 43 我正在做生理方面的系统稳定性分析的课题，有很强的应用性。目前第一步做到了分段
线性建模，而且已经得到了非常好的灵床结果的验证。因为问题本身是非线性的，所以
最后必然要非线性建模，逐点线性化后进行线性稳定性分析。看上去你的方向应该和这
个沾边。有没有空讨论一下。有兴趣的话发信到信箱。 |
|
s**m
发帖数: 340 | 44 要解决一个非线性系统的稳定性问题，系统的输入和输出都已经测量过了，我建议先用
人工智能进行非线性建模，然后在测量到的各点分段线性化成arx模型进行稳定性分析
(piecewise linearizatio at each point)。老板死活不明白这个过程，还问我，什么
是一个点！晕倒，原来他连向量空间的概念都没有。就算现在我们的行业偏向生理，主
要做计算机模拟，但是，这个概念也太基础了吧，每个本科生都应该懂吧。大家说说，
我应该怎么办。 |
|
|
i*****t
发帖数: 24265 | 46 老板又不是全能的，所以应该是你教老板，而不是等老板教你，等你做出来了，教会老
板就行了。
析 |
|
g****t
发帖数: 31659 | 47 Schordinger equation解的存在性啥的是有很长的理论和结果清单的。
并不是说默认就一定有解。
你去查查文献，说不定人家说的是对的。
另外从数学物理来讲，碰到非线性方程，第一个要试的方法，
肯定是把非线性问题当作 线性问题+含小参数的小扰动 来做一下试试看。
如果你的非线性方程组是F(x)=0,但是det(F'(x))=0,所以不能做线性化，
那要么是无解，要么是有非线性共振啥的。
我估计他很可能是看了下方程的雅克比啥的比较怪异。
如果你认为薛定谔方程建模不对，我无话可说。 |
|
g****t
发帖数: 31659 | 48 非实时应用的最小二乘法，对应于分块求矩阵的伪逆。
这算一类。
实时应用的最小二乘法，对应于rank one 算法求矩阵违逆。
随机过程版本的最小二乘法，就是Kalman filter。
除此之外，还有Total least square之类的东西。
然后，常用的数学模型都是非线性的，例如GPS,
把非线性模型有效的线性化，又有许多种方法。
(所谓的extended kalman filter,iterated extended kalman filter等等)
再考虑算法的数据稳定性，鲁棒性，等等等，不同的情况又有许多不同的考虑。
如果你google
Gauss-newton,Kalman, least square这三个关键字，
能查到的论文已经是无穷无尽。
再加上最小二乘法还可以用来求解PDE，除了可以应用于离散模型，
还可以应用于PDE模型的数值求解和参数识别等等等等。
最小二乘变种这么多阿
argue |
|
b******v
发帖数: 1493 | 49 在Incompressible Elasticity里，能量泛函有如下表达式
E(u,p) = \int_{\Omega} W(F)-p(detF-1)-f*u -\int_{\Gamma} g*u
做一阶变分，能够得到Euler-Lagrange方程
\int_{\Omega} [dW/dF-p d(detF)/dF]:grad(v)-fv -\int_{\Gamma} g*v = 0
\int_{\Omega} -q(detF-1) = 0
再做一次变分，能够得到Euler-Lagrange方程的线性化方程，
这是一个saddle point system
a(w, v) + b(p, v) = L1(v)
b(q, w) = L2(q)
其中a(w,v) = \int_{\Omega} [(d^2W/dF^2-p*d^2(detF)/dF^2)grad(w)]:grad(v)
而b(q,v) = \int_{\Omega}-q*d(detF)/dF:grad(v)
根据熟知的理论，上述saddle point system是well-posed的充要条件是
( |
|
d*****1
发帖数: 1837 | 50 引入binary variables, 线性化 min(z1, z2) |
|
