a*******g
发帖数: 33 | 1 大家好，我最近在做RNA seq。样品来自于激光剪切老鼠组织，RIN只有6左右，量也不
多，用了150ng total RNA.True seq V3建的library，qPCR显示library量够多。用
highseq 2500测了，在highthrough output条件下，4个样品在一个lane里，结果每个
样品只得到了10-15M 2X100bp，远低于预计的30M。core facility说他们也不知道原因
。请问大家有什么经验可以分享吗？另外，有没好的测序服务中心推荐呢？ |
y*****3
发帖数: 961 | 2 建库的kit好像只有v2啊。
如果qPCR做完显示library的量足够的话，那应该是可以测到你想要的reads数的，可能
你们的core测序这一步估算的不够准，或者做的不够好。 |
f*******a
发帖数: 671 | 3 我也是做小量的RNA,一般有20ng我就比较confident了。如果有80ng以上应该就不用扩
增，150ng非常好了。但是你的RIN确实比较差。一般我的样品低于1ng/ul的时候RIN也
能达到9以上。我不知道这个会不会对你的结果有影响。 |
x******g
发帖数: 14 | 4 如果不是最后的library不好的话， 应该就是你们core 定量的问题。 这个问题应该好
诊断呀。 Illumina HiSeq 2000 和2500 应该能有至少120M reads per lane.
【在 a*******g 的大作中提到】
: 大家好，我最近在做RNA seq。样品来自于激光剪切老鼠组织，RIN只有6左右，量也不
: 多，用了150ng total RNA.True seq V3建的library，qPCR显示library量够多。用
: highseq 2500测了，在highthrough output条件下，4个样品在一个lane里，结果每个
: 样品只得到了10-15M 2X100bp，远低于预计的30M。core facility说他们也不知道原因
: 。请问大家有什么经验可以分享吗？另外，有没好的测序服务中心推荐呢？
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a*******g
发帖数: 33 | 5 rna定量是用qubit，library是用qpcr，他们说只能这样定量分析了.激光剪切的老鼠冰
冻组织提取Rna，RIN值大家一般能得到多少?有没有好的protocol可以分享 |
c*z
发帖数: 157 | 6 RIN有6已经不错了
fresh frozen LCM关键是切下来立马要进lysis buffer，不过你这个case这些都不是问题
如果core没做错什么的话。。
要不。。truseq。。难道3’没处理好或者adaptor没连好？
【在 a*******g 的大作中提到】
: rna定量是用qubit，library是用qpcr，他们说只能这样定量分析了.激光剪切的老鼠冰
: 冻组织提取Rna，RIN值大家一般能得到多少?有没有好的protocol可以分享
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