w******e 发帖数: 1187 | 1 RNA有OD260,NTP也有OD260,那RNA被degrade的过程OD260会有改变吗?
如果没有的话,有什么其他好办法能不用run gel就看出RNA的integrity呢?
多谢! |
a***e 发帖数: 1010 | 2 if OD260/280 is bigger than 2.2, there is a possibility of degradation. |
n********k 发帖数: 2818 | 3 rationale? I thought organic solvent could make it that or lower? so free
NTP has higher 260/280?
【在 a***e 的大作中提到】 : if OD260/280 is bigger than 2.2, there is a possibility of degradation.
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w******e 发帖数: 1187 | 4 ding. do you know of any easy way to assess RNA integrin? thx
【在 n********k 的大作中提到】 : rationale? I thought organic solvent could make it that or lower? so free : NTP has higher 260/280?
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T**********t 发帖数: 1604 | 5 看RNA degradation好像一般都是用agilent的bioanalyzer比较准,用量很少,结果快
而且直观,就是他家的chip和仪器比较finicky,操作起来要很小心,否则一点小纰漏
就废掉一块chip。
如果是细胞里提的总RNA,bioanalyzer的分析软件能给出RIN数据,叫RNA integrity
number,数字越低,RNA降解得越厉害。
但我估计你看的RNA是short RNA oligo library,可能不会有RIN吧,我没试过。但是
你的sample如果用analyzer跑一下,出来的结果可以像胶一样看,有没有degradation
应该很容易看到吧。只需要几分钟的时间,有条件的话,试试看吧。 |
s***m 发帖数: 6197 | 6 看是什么样的degradation了
一般260/280不是很能说明问题
如果是cleavage的话,还是跑胶比较好
如果是降解成mononucleotide
跑个TLC plate,带正点的那种
理论上也可以吧
可能就是量要多一点
【在 w******e 的大作中提到】 : RNA有OD260,NTP也有OD260,那RNA被degrade的过程OD260会有改变吗? : 如果没有的话,有什么其他好办法能不用run gel就看出RNA的integrity呢? : 多谢!
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w******e 发帖数: 1187 | 7 这个牛。。。多谢啦!
degradation
【在 T**********t 的大作中提到】 : 看RNA degradation好像一般都是用agilent的bioanalyzer比较准,用量很少,结果快 : 而且直观,就是他家的chip和仪器比较finicky,操作起来要很小心,否则一点小纰漏 : 就废掉一块chip。 : 如果是细胞里提的总RNA,bioanalyzer的分析软件能给出RIN数据,叫RNA integrity : number,数字越低,RNA降解得越厉害。 : 但我估计你看的RNA是short RNA oligo library,可能不会有RIN吧,我没试过。但是 : 你的sample如果用analyzer跑一下,出来的结果可以像胶一样看,有没有degradation : 应该很容易看到吧。只需要几分钟的时间,有条件的话,试试看吧。
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h********n 发帖数: 4079 | 8 这个我以前用过, 很爽的.
degradation
【在 T**********t 的大作中提到】 : 看RNA degradation好像一般都是用agilent的bioanalyzer比较准,用量很少,结果快 : 而且直观,就是他家的chip和仪器比较finicky,操作起来要很小心,否则一点小纰漏 : 就废掉一块chip。 : 如果是细胞里提的总RNA,bioanalyzer的分析软件能给出RIN数据,叫RNA integrity : number,数字越低,RNA降解得越厉害。 : 但我估计你看的RNA是short RNA oligo library,可能不会有RIN吧,我没试过。但是 : 你的sample如果用analyzer跑一下,出来的结果可以像胶一样看,有没有degradation : 应该很容易看到吧。只需要几分钟的时间,有条件的话,试试看吧。
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a***e 发帖数: 1010 | 9 free NTP should >4, if my memory is right.
【在 n********k 的大作中提到】 : rationale? I thought organic solvent could make it that or lower? so free : NTP has higher 260/280?
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m****M 发帖数: 360 | 10 Of course not. I got perfect ratios of my RNA samples from nanodrop, but when
I checked them on bioanalyser, they were all degraded (around 7 or lower).
A simple example, you can get perfect ratio when you measure DNA primers. I
have done a lot RNA work, trust me or not? It depends on yourself. -:) |
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w******e 发帖数: 1187 | 11 which bioanalyzer do you use? 2100? I'm not sure if I can persuade my boss
to buy this. envy you guys:(
when
.
I
【在 m****M 的大作中提到】 : Of course not. I got perfect ratios of my RNA samples from nanodrop, but when : I checked them on bioanalyser, they were all degraded (around 7 or lower). : A simple example, you can get perfect ratio when you measure DNA primers. I : have done a lot RNA work, trust me or not? It depends on yourself. -:)
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s******s 发帖数: 13035 | 12 facility没有?
【在 w******e 的大作中提到】 : which bioanalyzer do you use? 2100? I'm not sure if I can persuade my boss : to buy this. envy you guys:( : : when : . : I
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T**********t 发帖数: 1604 | 13 就是2100。我们实验室这台好久没人动了呢。:)
Bioanalyzer有很多应用啊。你们实验室开发microfluidics的,说不定可以借鉴一下,
或者在它的基础上开发点别的应用什么的,总之别跟他说你就是为了跑RNA看
degradation,不然他肯定让你自个儿跑个胶就完了。
【在 w******e 的大作中提到】 : which bioanalyzer do you use? 2100? I'm not sure if I can persuade my boss : to buy this. envy you guys:( : : when : . : I
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C*******e 发帖数: 4348 | 14 agilent的bioanalyzer现在用的很多
的确又快用量又少
但是说白了其实也就是毛细管胶
一样是跑胶
一样是看rRNA的比例
没有这个条件的其实跑个琼脂糖电泳
照个照片
然后选择显示migrate/intensity
出来的图是一样一样的
只是没有人那样计算“RIN”而已
degradation
【在 T**********t 的大作中提到】 : 看RNA degradation好像一般都是用agilent的bioanalyzer比较准,用量很少,结果快 : 而且直观,就是他家的chip和仪器比较finicky,操作起来要很小心,否则一点小纰漏 : 就废掉一块chip。 : 如果是细胞里提的总RNA,bioanalyzer的分析软件能给出RIN数据,叫RNA integrity : number,数字越低,RNA降解得越厉害。 : 但我估计你看的RNA是short RNA oligo library,可能不会有RIN吧,我没试过。但是 : 你的sample如果用analyzer跑一下,出来的结果可以像胶一样看,有没有degradation : 应该很容易看到吧。只需要几分钟的时间,有条件的话,试试看吧。
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C*******e 发帖数: 4348 | 15 我手上现在没有RNA跑胶的照片
随便拿一个DNA跑胶的照片演示一下哈
Rf vs Intensity
【在 C*******e 的大作中提到】 : agilent的bioanalyzer现在用的很多 : 的确又快用量又少 : 但是说白了其实也就是毛细管胶 : 一样是跑胶 : 一样是看rRNA的比例 : 没有这个条件的其实跑个琼脂糖电泳 : 照个照片 : 然后选择显示migrate/intensity : 出来的图是一样一样的 : 只是没有人那样计算“RIN”而已
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