s*****g
发帖数: 87 | 1 Illumina的新产品，版上有大牛用过没？成本和效果如何？
感觉性能在MiSeq和HiSeq之间 |
y*****3
发帖数: 961 | 2 我没用过，但是我觉得是个很好的机子。非常灵活，适合独立实验室，医院等。 |
s*****g
发帖数: 87 | 3 谢谢回复！
我们可以算是一个独立实验室，主要需要做exome sequencing 和 RNA sequencing, 不
需要做de novo human genome sequencing，加上预算有限，所以准备买一台这个试试
看。 Miseq似乎不能满足exome sequencing 的要求。 |
m***T
发帖数: 11058 | 4 MiSeq的read数好像只有15-20M，不够Exome和RNA-seq的。NextSeq应该能满足，但和
MiSeq&HiSeq不同的是新机器似乎只有两个颜色，所以是不是相应的algorithm也有不同
？买之前最好弄清楚
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【在 s*****g 的大作中提到】
: 谢谢回复！
: 我们可以算是一个独立实验室，主要需要做exome sequencing 和 RNA sequencing, 不
: 需要做de novo human genome sequencing，加上预算有限，所以准备买一台这个试试
: 看。 Miseq似乎不能满足exome sequencing 的要求。
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s*****g
发帖数: 87 | |
y*****3
发帖数: 961 | 6 这里有个帖子里列了几个比较 http://nextgenseek.com/2014/01/how-does-nextseq-500-compare-with-miseq-and-hiseq/
我没仔细看，不过总的来说nextgen500灵活性比较强，有两个档次的通量。
楼上说的那个我之前也没注意到，看了一下，发现dye还是4种，只是拍照从4张/cycle
变成了2张/cycle，然后用信号的叠加来推断4种base，主要是为了加快测序时间。
目前看来好像只有nextgen500采用了这种two channel的技术，不过我估计以后有可能
其他的系统也会跟进。 |
c**********6
发帖数: 1173 | 7 是两个颜色
T － green
C － red
A － mix of green and red
G - dark
cycle
【在 y*****3 的大作中提到】
: 这里有个帖子里列了几个比较 http://nextgenseek.com/2014/01/how-does-nextseq-500-compare-with-miseq-and-hiseq/
: 我没仔细看，不过总的来说nextgen500灵活性比较强，有两个档次的通量。
: 楼上说的那个我之前也没注意到，看了一下，发现dye还是4种，只是拍照从4张/cycle
: 变成了2张/cycle，然后用信号的叠加来推断4种base，主要是为了加快测序时间。
: 目前看来好像只有nextgen500采用了这种two channel的技术，不过我估计以后有可能
: 其他的系统也会跟进。
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y*****3
发帖数: 961 | 8 你说的对，但是不冲突吧。。。
http://res.illumina.com/documents/products/techspotlights/techs
【在 c**********6 的大作中提到】
: 是两个颜色
: T － green
: C － red
: A － mix of green and red
: G - dark
:
: cycle
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s******r
发帖数: 1245 | 9 nextseq就是一个大号的miseq，miseq缺点就是reads太少很多东西不能做，hiseq一跑
就是一个多礼拜太慢了，一个实验室也很难一下子凑够sample把flowcell填满，一轮实
验要做很久，nextseq有miseq的flexibility和速度再加上能出几百m的reads，算是真
正属于单个实验室做genome的机器，有钱有需求的弄一台应该会很爽
【在 s*****g 的大作中提到】
: Illumina的新产品，版上有大牛用过没？成本和效果如何？
: 感觉性能在MiSeq和HiSeq之间
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m***T
发帖数: 11058 | 10 我感觉G用dark来表示是不是会有问题？如果是合成错误或其它测序错误导致的dark情
况怎么处理？
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【在 c**********6 的大作中提到】
: 是两个颜色
: T － green
: C － red
: A － mix of green and red
: G - dark
:
: cycle
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s*****g
发帖数: 87 | 11 另外问一句，有大牛用过illumina的base space 吗，有必要买他们的这个服务吗？ |
a********k
发帖数: 2273 | 12 多少银子一台啊？
【在 s******r 的大作中提到】
: nextseq就是一个大号的miseq，miseq缺点就是reads太少很多东西不能做，hiseq一跑
: 就是一个多礼拜太慢了，一个实验室也很难一下子凑够sample把flowcell填满，一轮实
: 验要做很久，nextseq有miseq的flexibility和速度再加上能出几百m的reads，算是真
: 正属于单个实验室做genome的机器，有钱有需求的弄一台应该会很爽
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c******e
发帖数: 124 | 13 我觉得dark没有什么问题，只要一开始的那些碱基G不要太多，这样定位就没有什么问
题，位置定好之后，这里是不是dark都不重要了，因为已经知道这个地方有个cluster
了。
我倒是觉得如果dark了，质量数据是多少就比较不好说了，呵呵。
另外如果是red，green，及其Mix,还有dard， phasing不好做。。。如果MiSeq只用两
种dye，照道理讲read应该更短，因为越到后面越不好phasing。。。
也许我理解错了。
【在 m***T 的大作中提到】
: 我感觉G用dark来表示是不是会有问题？如果是合成错误或其它测序错误导致的dark情
: 况怎么处理？
:
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s*****g
发帖数: 87 | |
