m******n
发帖数: 121 | 1 想在活体组织中看一个细胞处理后组蛋白甲基化是否变化，有没有什么报告的方法呢？ |
a*******a
发帖数: 4233 | 2 做western或者if
目前好像没人做报告系统。 |
u**********d
发帖数: 573 | 3 其实这个问题可以再分一分。处理后组蛋白甲基化总量的变化还是在基因组上分布的变
化？前者我相信可以开发出类似钙离子指示剂那样的东西出来，后者对于基因组特异位
点上的组蛋白甲基化变化应该也是可以实现的，类似yeast two hybridization或者
FRET
【在 m******n 的大作中提到】
: 想在活体组织中看一个细胞处理后组蛋白甲基化是否变化，有没有什么报告的方法呢？
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g*********3
发帖数: 177 | 4 对于后者如果是做whole genome in vivo/real-time怎么做，做单个locus还可能，不
过做whole genome好像不太可能吧~
有没有前人做过~ 谢谢unfieldified
不过对于组蛋白总量的变化，感觉对于处理或者未处理的，总量不回变化太大（瞎猜的
~），当然对于TET这种很general protein除外~
【在 u**********d 的大作中提到】
: 其实这个问题可以再分一分。处理后组蛋白甲基化总量的变化还是在基因组上分布的变
: 化？前者我相信可以开发出类似钙离子指示剂那样的东西出来，后者对于基因组特异位
: 点上的组蛋白甲基化变化应该也是可以实现的，类似yeast two hybridization或者
: FRET
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m******n
发帖数: 121 | 5 目前我只希望有一直类似于前者的那种甲基化总量，还没想要涉及到具体基因。。。。
【在 u**********d 的大作中提到】
: 其实这个问题可以再分一分。处理后组蛋白甲基化总量的变化还是在基因组上分布的变
: 化？前者我相信可以开发出类似钙离子指示剂那样的东西出来，后者对于基因组特异位
: 点上的组蛋白甲基化变化应该也是可以实现的，类似yeast two hybridization或者
: FRET
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m******n
发帖数: 121 | 6 哎，可是我想看活体实时变化哎。。。。
【在 a*******a 的大作中提到】
: 做western或者if
: 目前好像没人做报告系统。
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m******n
发帖数: 121 | 7 主要是我做if以后看到同种细胞一些明显有甲基化而另一些没有甲基化，然后我就想可
不可以看看它们是在发育不同时间而有不同甲基化或者说其实它们是同一类细胞下的两
个亚型。。。。
【在 g*********3 的大作中提到】
: 对于后者如果是做whole genome in vivo/real-time怎么做，做单个locus还可能，不
: 过做whole genome好像不太可能吧~
: 有没有前人做过~ 谢谢unfieldified
: 不过对于组蛋白总量的变化，感觉对于处理或者未处理的，总量不回变化太大（瞎猜的
: ~），当然对于TET这种很general protein除外~
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s******y
发帖数: 28562 | 8 我记得前一阵子有人说过用promoter methylation 来控制reporter表达的方法
来测量细胞内部的总体的甲基化活性？
【在 m******n 的大作中提到】
: 想在活体组织中看一个细胞处理后组蛋白甲基化是否变化，有没有什么报告的方法呢？
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m******n
发帖数: 121 | 9 是文献还是谁的报告啊？全部的甲基化？有可能做到某个特定氨基酸的甲基化么？
【在 s******y 的大作中提到】
: 我记得前一阵子有人说过用promoter methylation 来控制reporter表达的方法
: 来测量细胞内部的总体的甲基化活性？
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s******y
发帖数: 28562 | 10 好像是那些研究去甲基化酶的人的文章。
但是不是蛋白甲基化而是DNA 甲基化。
【在 m******n 的大作中提到】
: 是文献还是谁的报告啊？全部的甲基化？有可能做到某个特定氨基酸的甲基化么？
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s******s
发帖数: 13035 | 11 活体感觉没戏。
【在 m******n 的大作中提到】
: 想在活体组织中看一个细胞处理后组蛋白甲基化是否变化，有没有什么报告的方法呢？
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m******n
发帖数: 121 | 12
桑心啊。。。。
【在 s******s 的大作中提到】
: 活体感觉没戏。
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S*********e
发帖数: 127 | 13 check Mary Goll's recent work on Gal4-UAS system in zebrafish. |
a*******a
发帖数: 4233 | 14 K几？
我觉得你染一下组蛋白的甲基化酶和去甲基化酶
用他们的启动子做gfp reporter去分细胞可能还容易点。
直接做组蛋白的话， K9-3， K27，可能还能设计一下reporter
其他的修饰。。 很难。
【在 m******n 的大作中提到】
: 主要是我做if以后看到同种细胞一些明显有甲基化而另一些没有甲基化，然后我就想可
: 不可以看看它们是在发育不同时间而有不同甲基化或者说其实它们是同一类细胞下的两
: 个亚型。。。。
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a*******a
发帖数: 4233 | 15 是不是line1的promoter？
好像看到过。
【在 s******y 的大作中提到】
: 好像是那些研究去甲基化酶的人的文章。
: 但是不是蛋白甲基化而是DNA 甲基化。
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m******n
发帖数: 121 | 16 就是k27的。。其实我也是希望只显示k27的甲基化变化。。。。
【在 a*******a 的大作中提到】
: K几？
: 我觉得你染一下组蛋白的甲基化酶和去甲基化酶
: 用他们的启动子做gfp reporter去分细胞可能还容易点。
: 直接做组蛋白的话， K9-3， K27，可能还能设计一下reporter
: 其他的修饰。。 很难。
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l**********1
发帖数: 5204 | 17 LZ 要找个mentor lab 问下对方 啦
比如 Fan GP of UCLA:
Fouse, S. et al. and Fan, G. (2008)
Promoter CpG methylation contributes to ES cell gene regulation in parallel
with Oct4/Nanog, PcG complex, and histone H3 K4/K27 trimethylation..
Cell Stem Cell 2: 160-169.
//faculty.bri.ucla.edu/institution/personnel?personnel_id=45766
and his group one N sister paper about DKO mice strain:
Feng J et al. and Fan G. (2010)
Dnmt1 and Dnmt3a maintain DNA methylation and regulate synaptic function in
adult forebrain neurons.
Nat Neurosci. 13: 423-30.
Abstract
Dnmt1 and Dnmt3a are important DNA methyltransferases that are expressed in
postmitotic neurons, but their function in the CNS is unclear. We generated
conditional mutant mice that lack Dnmt1, Dnmt3a or both exclusively in
forebrain excitatory neurons and found that only double knockout (DKO) mice
showed abnormal long-term plasticity in the hippocampal CA1 region together
with deficits in learning and memory. Although we found no neuronal loss,
hippocampal neurons in DKO mice were smaller than in the wild type;
furthermore, DKO neurons showed deregulated expression of genes, including
the class I MHC genes and Stat1, that are known to contribute to synaptic
plasticity. In addition, we observed a significant decrease in DNA
methylation in DKO neurons. We conclude that Dnmt1 and Dnmt3a are required
for synaptic plasticity, learning and memory through their overlapping roles
in maintaining DNA methylation and modulating neuronal gene expression in
adult CNS neurons.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20228804 |
l**********1
发帖数: 5204 | 18 or try below his another contact web link:
范国平教授在2009年起任同济大学讲座教授。他1986年从南京大学生物化学本科毕业，
同年考入中科院上海细胞生物学研究所读研究生。1990年赴美留学，1995年获美国凯斯
西储大学神经科学系的博士学位， 1994年底-2001年初在麻省理工学院Whitehead
Institute 做博士后；2001年初至今任美国加州大学洛杉矶分校医学院人类遗传学系的
终身制助理教授、副教授、正教授
//life.tongji.edu.cn/Show.aspx?info_id=1235&info_lb=302&flag=98 |
h***l
发帖数: 168 | 19 Hiroshi Kimura developed some nice Fab antibodies to monitor histone
modifications in live cells - for example:
Nucleic Acids Res. 2011 Aug;39(15):6475-88
Not whole organism level, yet... |
m******n
发帖数: 121 | 20 谢谢，我看看～～
【在 l**********1 的大作中提到】
: or try below his another contact web link:
: 范国平教授在2009年起任同济大学讲座教授。他1986年从南京大学生物化学本科毕业，
: 同年考入中科院上海细胞生物学研究所读研究生。1990年赴美留学，1995年获美国凯斯
: 西储大学神经科学系的博士学位， 1994年底-2001年初在麻省理工学院Whitehead
: Institute 做博士后；2001年初至今任美国加州大学洛杉矶分校医学院人类遗传学系的
: 终身制助理教授、副教授、正教授
: //life.tongji.edu.cn/Show.aspx?info_id=1235&info_lb=302&flag=98
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m******n
发帖数: 121 | 21 这个不错哎，先阅读一下他的文章，其实我准备在组织切片里面做。。。。。
【在 h***l 的大作中提到】
: Hiroshi Kimura developed some nice Fab antibodies to monitor histone
: modifications in live cells - for example:
: Nucleic Acids Res. 2011 Aug;39(15):6475-88
: Not whole organism level, yet...
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u**********d
发帖数: 573 | 22 赞！
很好奇两点：
Fab是怎么进细胞的？如果是endocytosis干的，又是怎么从endosome释放到细胞质里的呢
Fab能不能和GFP做成嵌合蛋白？Fab的糖基化对其特异性影响大不大
【在 h***l 的大作中提到】
: Hiroshi Kimura developed some nice Fab antibodies to monitor histone
: modifications in live cells - for example:
: Nucleic Acids Res. 2011 Aug;39(15):6475-88
: Not whole organism level, yet...
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