t**l
发帖数: 109 | 1 用5-azacytidine, （ DNMT inhibitor）处理细胞后，发现有些基因重新表达了，但是
DNA还是methylated.
相反，还有一个基因的DNA demehylated,但是却没有表达。怎么解释？
我感觉第二个情况好解释一点，因为还有其他的因素，比如polycomb? (求纠正）
但是第一种情况不太明白，之前是methylated的时候没表达，但是用DNMT inhibitor处
理之后，却表达了，但是DNA还保持着methylation 状态？ |
a*******a
发帖数: 4233 | 2 你要不要查查该基因的4-3, 27-3和k9-3?
从我们的数据来看, 好像dna methylation不是基因是否表达的决定性因素 |
t*****2
发帖数: 213 | 3 这个就有问题了。从理论上讲，用5'aza处理为何还有甲基化的dna？ 去甲基化是否彻
底？还是de novo的甲基化？ |
s******s
发帖数: 13035 | 4 难道不是很正常。
1.啥抑制剂也不是针对100%作用。
2.就算100%作用了，也不止一个甲基化酶。
3.就算100%一直所有甲基化酶了，原来的甲基化还在，只是不产生新的。
4.如果所有的甲基化都不在了，说不定你的细胞都死了，剩下的都是有点甲基化的
【在 t*****2 的大作中提到】
: 这个就有问题了。从理论上讲，用5'aza处理为何还有甲基化的dna？ 去甲基化是否彻
: 底？还是de novo的甲基化？
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s******s
发帖数: 13035 | 5 你这个解释太多了。
比如，在你没检测的地方还有甲基化。
比如，细胞甲基化和表达的heterogenerity，你做的population
比如，其他基因的表达变化影响了你的基因。
【在 t**l 的大作中提到】
: 用5-azacytidine, （ DNMT inhibitor）处理细胞后，发现有些基因重新表达了，但是
: DNA还是methylated.
: 相反，还有一个基因的DNA demehylated,但是却没有表达。怎么解释？
: 我感觉第二个情况好解释一点，因为还有其他的因素，比如polycomb? (求纠正）
: 但是第一种情况不太明白，之前是methylated的时候没表达，但是用DNMT inhibitor处
: 理之后，却表达了，但是DNA还保持着methylation 状态？
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t*****2
发帖数: 213 | 6
1. 那按你这么说，用去甲基化试剂检测基因重新表达的方法就不能被认可了。你说是
去除的不完全呢，还是根本没work呢？
2. 如果连甲基化都不能被去除，连methylation status 都没变，那不是检测基因表达
升高或降低就没有意义了吗？
3.5aza是有很强的细胞毒性，但你要说都死了恐怕也是不可能的吧，总会有甲基化水平
变了，但还存活的细胞。
4. 楼主的说methylation status 没变，到底变没变还是个问题？用的什么方法根本不
清楚。
5.不管如何，去除不掉基因的甲基化就无法进行下一步研究，表达变不变更无从谈起。
前提是如果楼是要研究某个基因的甲基化与该基因表达的关系。
6。 如果诚如楼主所说，真就是甲基化水平没变，而表达变了，那说明该基因表达与该
基因自身的甲基化水平无关。
【在 s******s 的大作中提到】
: 难道不是很正常。
: 1.啥抑制剂也不是针对100%作用。
: 2.就算100%作用了，也不止一个甲基化酶。
: 3.就算100%一直所有甲基化酶了，原来的甲基化还在，只是不产生新的。
: 4.如果所有的甲基化都不在了，说不定你的细胞都死了，剩下的都是有点甲基化的
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s******s
发帖数: 13035 | 7 很多实验难道不都是这样的么？假设是甲基化造成的，检测到了甲基化，
5-aza处理，甲基化减少，基因表达，一切顺利，假设consistent
如果中间有一步结果不符合预期，自然解释多多，不等于这个方法是错的。
【在 t*****2 的大作中提到】
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: 1. 那按你这么说，用去甲基化试剂检测基因重新表达的方法就不能被认可了。你说是
: 去除的不完全呢，还是根本没work呢？
: 2. 如果连甲基化都不能被去除，连methylation status 都没变，那不是检测基因表达
: 升高或降低就没有意义了吗？
: 3.5aza是有很强的细胞毒性，但你要说都死了恐怕也是不可能的吧，总会有甲基化水平
: 变了，但还存活的细胞。
: 4. 楼主的说methylation status 没变，到底变没变还是个问题？用的什么方法根本不
: 清楚。
: 5.不管如何，去除不掉基因的甲基化就无法进行下一步研究，表达变不变更无从谈起。
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