g*********d
发帖数: 233 | 1 夏荣辉，李江
上海交通大学医学院，上海（200011）
E-mail：e******[email protected]
摘 要：基因的表观遗传学修饰正越来越受到人们的重视，它包括DNA甲基化和组蛋白修
饰，组蛋白修
饰又包括组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化。基因的表观遗传学改变在基因转录调节方面有
重要作用。最
近研究较多的是多种组蛋白修饰方式和DNA甲基化在基因转录调节方面的共同作用，本
文详述组蛋白
修饰和DNA甲基化的发生机制，并且总结了组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化与DNA甲基化之
间的相互作
用，提示不同位点的组蛋白甲基化与DNA甲基化共同作用于基因转录，并且发挥不同的
作用，具体体
现在组蛋白乙酰化、组蛋白H3K9、H3K27和H4K20甲基化与DNA甲基化协同作用，使基因
发生转录抑
制，而组蛋白H3K4甲基化与基因转录激活有关。
关键词：组蛋白修饰；DNA甲基化；关系
1. 引 言
目前，在研究肿瘤发生发展的过程中，基因的表观遗传学修饰所起的作用日益得到人们
的重视。组蛋
白修饰和DNA甲基化是两种最重要的表观遗传学修饰方式。研究表明，人类几乎所有类
型的肿瘤都存
在组蛋白及DNA甲基化的异常... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 2 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 3 就是说一个island里的CpG，要不都被甲基化，要不都不甲基化，不一致的情况总是比
较少的，比如说一个C甲基化，一个不甲基化，一个甲基化，一个不甲基化这样的情况
我反正没见过 |
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t*****2
发帖数: 213 | 4
1. 那按你这么说，用去甲基化试剂检测基因重新表达的方法就不能被认可了。你说是
去除的不完全呢，还是根本没work呢？
2. 如果连甲基化都不能被去除，连methylation status 都没变，那不是检测基因表达
升高或降低就没有意义了吗？
3.5aza是有很强的细胞毒性，但你要说都死了恐怕也是不可能的吧，总会有甲基化水平
变了，但还存活的细胞。
4. 楼主的说methylation status 没变，到底变没变还是个问题？用的什么方法根本不
清楚。
5.不管如何，去除不掉基因的甲基化就无法进行下一步研究，表达变不变更无从谈起。
前提是如果楼是要研究某个基因的甲基化与该基因表达的关系。
6。 如果诚如楼主所说，真就是甲基化水平没变，而表达变了，那说明该基因表达与该
基因自身的甲基化水平无关。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 5 难道不是很正常。
1.啥抑制剂也不是针对100%作用。
2.就算100%作用了，也不止一个甲基化酶。
3.就算100%一直所有甲基化酶了，原来的甲基化还在，只是不产生新的。
4.如果所有的甲基化都不在了，说不定你的细胞都死了，剩下的都是有点甲基化的 |
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t*****t
发帖数: 773 | 6 我的理解，DNA甲基化修饰更倾向发生在CpG岛区域。为什么我看到的文献中经常出现
的实际情况是实验中图表中秀的是三五个CpG 位点的甲基化差异？
另外一个随之而来的问题， 这些零星位点的甲基化修饰即使真实发生了，又能对长
达几个Kb的cDNA的表达有多大程度的影响？ 我想只有连续的/密集的CpG区域比如CpG岛
的甲基化修饰才能对基因的表达产生明显差异吧？
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u**********d
发帖数: 573 | 7 后者没说前者错。后者说他们得到的pattern和前者大体一致，但是因为non-CpG甲基化
发生的地方一般已经有CpG甲基化，而且non-CpG甲基化频率远低于CpG的，所以他们就
只考虑CpG甲基化了。 |
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k*****o
发帖数: 148 | 8 甲基化还是做RRBS或者WGBS吧，甲基化芯片上的探针主要针对promoter，而promoter的
甲基化不是DNA甲基化动态变化最大的区域。 |
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a**o
发帖数: 53 | 9 看到一片paper,在操作流程中需要保护DNA，体外甲基化后，又通过退火一小段DNA上去
保留了一个特定位点的Acu I 位点没有修饰，再用Acu I去酶切。目的是只切没有甲基
化保护的位点。
我的问题是， Acu I 对甲基化修饰是不敏感的。这是为什么？谢谢。 |
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m******n
发帖数: 121 | 10 主要是我做if以后看到同种细胞一些明显有甲基化而另一些没有甲基化，然后我就想可
不可以看看它们是在发育不同时间而有不同甲基化或者说其实它们是同一类细胞下的两
个亚型。。。。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 11 很多实验难道不都是这样的么？假设是甲基化造成的，检测到了甲基化，
5-aza处理，甲基化减少，基因表达，一切顺利，假设consistent
如果中间有一步结果不符合预期，自然解释多多，不等于这个方法是错的。 |
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u**********d
发帖数: 573 | 12 其实这个问题可以再分一分。处理后组蛋白甲基化总量的变化还是在基因组上分布的变
化？前者我相信可以开发出类似钙离子指示剂那样的东西出来，后者对于基因组特异位
点上的组蛋白甲基化变化应该也是可以实现的，类似yeast two hybridization或者
FRET |
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d****i
发帖数: 2346 | 13 刚开始做启动子甲基化。
像这个图中的1、3、6行是不是可以看作是明显的没有convert的？这样我在计算甲基化
比例的时候应该把几个序列exclude掉？ |
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b**********8
发帖数: 349 | 14 那个棒棒糖图啊，参考这个链接
http://www.dxy.cn/bbs/thread/15900186?keywords=BSP#15900186
BSP 主要目的是，通过测定亚硫酸盐修饰后的DNA序列，了解特定基因的具体CpG位点的
甲基化情况。而MSP只能获得该样本是否发生甲基化的信息，BSP则可以详细了解每一个
CpG位点的甲基化情况。
1，首先，按前帖设计引物后，确定BSP反应条件。我们实验室一般都做45个cycle.
提个有意思的题外话，通常BSP的退货温度，会比相应的MSP的退货温度低。
2，BSPCR后，取10ul跑PCR，如条带单一，则直接克隆，具体操作按照Invitrogen的
TOPO试剂盒进行；如条带有杂带，需要进行PCR Screen，具体操作及原理以后再讲；
3，克隆后在LB胶上，培养过夜后，后通常取8-12个克隆，LB培养过夜；
4，过夜后LB液浑浊；按照5-Primer的Mini Plasmid DNA提取试剂盒操作说明，提取质
粒DNA；
5，半量反应后，送Genomic Core测序；
6，测序结果报告用FinchTV软件阅读(可用GOOGLE搜索后... 阅读全帖 |
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m******n
发帖数: 121 | 15 是文献还是谁的报告啊？全部的甲基化？有可能做到某个特定氨基酸的甲基化么？ |
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s******y
发帖数: 28562 | 16 好像是那些研究去甲基化酶的人的文章。
但是不是蛋白甲基化而是DNA 甲基化。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 17 只做几个是因为做多个太贵呀，lol
不过作为玩了甲基化dna几年的苦逼可以负责任地说，常识上认为产品island里各个c的
甲基化状态比较均一，这个说法是相当靠谱的，所以基本上确实没有必要在一个island
测很多个 |
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l*******y
发帖数: 3987 | 18 搭车问个问题，是不是所有的C都有可能被甲基化？以前一直以为CpG位点才能被甲基化
的。 |
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t*****t
发帖数: 773 | 19 常识上认为产品island里各个c的
甲基化状态比较均一
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各个C的甲基化状态比较均一是什么意思？ 能展开说说吗？
谢谢 ！
island |
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b****r
发帖数: 17995 | 20 我一般看到的是一大串甲基化/不甲基化的CpG里，一个例外的CpG
而且这个现象也不是我发现的啊，要是一个island里面那么不均一，那还能叫做island
吗，那只能叫做海里散开的几块石头了
一样 |
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t*****2
发帖数: 213 | 21 一般正常细胞的cpg岛是不被甲基化的，基因组的启动子区通常存在cpg岛，基因组的甲
基化是广泛存在于基因组的，包括基因内部甲基化，有些并没有功能。目前的认知是甲
基化只在cpg的c， |
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D*a
发帖数: 6830 | 22 外行问，现在很多paper说epigenetics影响可以到两三代甚至四五代，那是因为去甲基
化不完全？但是我不能理解的是对亲代的各种stress等等会改变精子和卵子的甲基化？
它们不是受保护的吗？ |
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l*******i
发帖数: 153 | 23 现在得到一些candidate genes，这些基因的转录调控和可能与DNA甲基化有关。能否把
这些基因放在一起分析，如何量化不同细胞内这些基因的甲基化水平？ |
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t*****2
发帖数: 213 | 24 这个就有问题了。从理论上讲，用5'aza处理为何还有甲基化的dna？ 去甲基化是否彻
底？还是de novo的甲基化？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 25 你这个解释太多了。
比如，在你没检测的地方还有甲基化。
比如，细胞甲基化和表达的heterogenerity，你做的population
比如，其他基因的表达变化影响了你的基因。 |
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K**R
发帖数: 193 | 26 通常我们用luciferase 测试promoter活性。如果克隆到 reporter vector 上的
promoter在cell line 或者mef，会不会给甲基化？ 如果是，这样测试是不是有说服力？
如果不是，有什么方法测试克隆的启动子是否会被甲基化？
非常感谢！ |
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x*****e
发帖数: 309 | 27 Illumina HumanMethylation 450K BeadChip kit (Illumina, San Diego, CA, USA)
查到一篇文章里面有个我感兴趣的基因甲基化位点(CpG 位于基因的 5 UTR)， 但是我
按照文章给出的位置 （Chromsome N,position XXXXX，）去NCBI找，对应的却不是我
感兴趣的基因，相差200kb。我又找了另外几个文章中的甲基化位置，自己在NCBI上找
了找，还是对不上，不知道什么原因。 难道那篇文章参照不是NCBI的数据？还是NCBI
数据更新了？先谢了！ |
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h*********9
发帖数: 233 | 28 【 以下文字转载自 Immigration 讨论区 】
发信人: happyfeet99 (快乐大脚), 信区: Immigration
标 题: 求审稿转让 生物信息/DNA甲基化/NGS的应用及数据分析
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 20 00:11:02 2015, 美东)
生物信息学，NGS在基因检测，疾病研究方面的应用，NGS数据分析，DNA甲基化
与疾病的关系，DNA相关的方法学等等。
没办法，攒的太慢了，才6个review。
请版上已经绿了的大牛转让审稿，如果转让成功的，包子2枚答谢。不是在下小气，实
在是太穷了。。。。。。请站内联系。。。。。。。。 |
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t*****t
发帖数: 773 | 29 已经测得三种甲基化转移酶在一肿瘤组织中的表达呈现上调，但pyrosequencing 的结
果显示
该肿瘤组织样品中整个基因组的甲基化修饰却是降低的， 这个逻辑上怎么解释呢？ 因
为无论是正常的RT-PCR， 蛋白水平，以及 RNA seq，都可以看到dnmt均是上调的 。 |
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z*t
发帖数: 863 | 30 tumor的global hypomehylation是一个挺consistent的现象。和dnmt的表达其实没有关
系。
： 已经测得三种甲基化转移酶在一肿瘤组织中的表达呈现上调，但pyrosequencing 的
结果显示
：该肿瘤组织样品中整个基因组的甲基化修饰却是降低的， 这个逻辑上怎么解释呢？
因为无论是正常的RT-PCR， 蛋白水平，以及 RNA seq，都可以看到dnmt均是上调的 。 |
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K****e
发帖数: 32 | 31 请教各位：
最近在Ecoli中表达真核细胞蛋白后跑胶用质谱检测，以外发现多种翻译后修饰，包括
甲基化、乙酰化和泛素化，从图谱上分析这些位点的鉴定可信度都还不错。按照以往的
知识Ecoli缺乏对真核蛋白翻译后修饰系统，不知大家之前是否观察到过同样现象或看
到过类似报道？谢谢 |
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x****s
发帖数: 29 | 32 没做过甲基化或者乙酰化的实验，想问一下这种epigenetic的修饰是不是transient的
实验无法检测。
比如说，我发现在稳定转染一个外源A基因的细胞株里，B基因的表达有上调，体外构建
了B基因promoter的报告基因，但是没有发现A对其有任何激活。不过，分析稳转细胞株
发现，B基因的启动子区域有乙酰化(对照株没有)，这样的结果能解释A对B的上调吗？
这能不能说明表观遗传的修饰需要相当的时间呢？谢谢。 |
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h*********9
发帖数: 233 | 33 生物信息学，NGS在基因检测，疾病研究方面的应用，NGS数据分析，DNA甲基化
与疾病的关系，DNA相关的方法学等等。
没办法，攒的太慢了，才6个review。
请版上已经绿了的大牛转让审稿，如果转让成功的，包子2枚答谢。不是在下小气，实
在是太穷了。。。。。。请站内联系。。。。。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 34 同时做全部都没有被甲基化的control，比如pcr product，如果都converted那就说明
问题了 |
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d****i
发帖数: 2346 | 35 我的DNA sample很珍贵，获得量很少，纯化后要用来convert，然后去做pyrsequencing
检测甲基化程度。
问题，纯化时是用异丙醇沉淀的，我想加点carrier RNA促进沉淀以期获得更多沉淀DNA
，但是不确定加入carrier RNA后对convert有没有什么影响。有做过的给个提示哈。
谢谢了！ |
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b**********8
发帖数: 349 | 36 这位一看ID就知道是做甲基化的高手了，能否展开说说如何用excel来做这类figure？
学习一下 |
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m******n
发帖数: 121 | 37 想在活体组织中看一个细胞处理后组蛋白甲基化是否变化，有没有什么报告的方法呢？ |
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m******n
发帖数: 121 | 38 目前我只希望有一直类似于前者的那种甲基化总量，还没想要涉及到具体基因。。。。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 39 我记得前一阵子有人说过用promoter methylation 来控制reporter表达的方法
来测量细胞内部的总体的甲基化活性？ |
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a*******a
发帖数: 4233 | 40 K几？
我觉得你染一下组蛋白的甲基化酶和去甲基化酶
用他们的启动子做gfp reporter去分细胞可能还容易点。
直接做组蛋白的话， K9-3， K27，可能还能设计一下reporter
其他的修饰。。 很难。 |
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m******n
发帖数: 121 | 41 就是k27的。。其实我也是希望只显示k27的甲基化变化。。。。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 42 CpG里的C被甲基化的可能性要高多了，也比较稳定，比较conserve |
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s******5
发帖数: 478 | 43 ISLAND又不是根据均匀的甲基化定义的，所谓一个岛内不均匀的多了
如果不只是你一个人发现的这种均匀的现象，给个文献？
island |
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b***h
发帖数: 26 | 44 问个相关问题： CpG 和 GpC 中，哪一个甲基化强？为什么？谢谢。 |
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b***h
发帖数: 26 | 45 甲基化频率 和 repressive effect。
Is GpC endogenous abundance lower than CpG? Thanks. |
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a*******a
发帖数: 4233 | 47 grimmt做过rDNA的转录调控
-133一个位点被甲基化就可以极大抑制转录
凭记忆说的。 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 48 不只是CpG, 大多数C都能被甲基化，
好像09年ren bing出过篇文章， base solution mC xxxx 神马的
记不清了 |
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s******s
发帖数: 13035 | 49 感觉应该opposite吧？CpG被甲基化以后有变成TpG的危险，
所以频率应该低于多数其他的dinucleotide |
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C********4
发帖数: 308 | 50 这个说法不是错的么
以前说ES里有很多单个的C（非CpG）的甲基化
但是Dirk Schübeler去年的那篇nature不是这么个结论？ |
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