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Biology版 - mouse epigenetic data availability
相关主题
● 神经领域做epigenetics的大牛都有谁啊？ (转载)● Dirty antibody for CHIp
● epigenetic的哪方面数据最为可靠● NIBS 的新 Science 文章：epigenetics，PRC2，H3K27me3
● 请推荐做Epigenetics方面的大牛● Manuscript review opportunity
● Endnote 问题● luciferase assay能检测 epigenetic modification吗？
● 关于Epigenetics的入门● native的histone组装
● 怎么查看别的LAB做出来的chip-seq data● 请问NIH的Keji Zhao人品如何？
● 求一片paper 谢谢● 请教一个gene epigenetic state的问题
● 做epigenetic的大牛都有哪些人啊？● 急问epigenetics和drosophila development哪个比较好？
相关话题的讨论汇总
话题: mouse话题: epigenetic话题: histone话题: data
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1 (共1页)
R******d
发帖数: 1436
1
请问mouse是否有system level epigenetic data可供下载？我主要指histone
modification那部分，非DNA methylation的数据。最好来自同一个研究组的。
好比人里面这样的数据：
http://dir.nhlbi.nih.gov/papers/lmi/epigenomes/hgtcellacetylation.aspx
http://dir.nhlbi.nih.gov/papers/lmi/epigenomes/hgtcell.aspx
多谢了
R******d
发帖数: 1436
2
如果有人的T细胞（CD4+算T细胞吧）以外其他细胞类型的sytem level histone
modification
data，也欢迎提供文章和数据下载地址。
包子伺候。多谢了。

【在 R******d 的大作中提到】
: 请问mouse是否有system level epigenetic data可供下载？我主要指histone
: modification那部分，非DNA methylation的数据。最好来自同一个研究组的。
: 好比人里面这样的数据：
: http://dir.nhlbi.nih.gov/papers/lmi/epigenomes/hgtcellacetylation.aspx
: http://dir.nhlbi.nih.gov/papers/lmi/epigenomes/hgtcell.aspx
: 多谢了
b****r
发帖数: 17995
3
http://www.genboree.org/epigenomeatlas/edaccDataFreeze2.rhtml
目前人的genome CHIP data应该这里都全了，直接可以在UCSC genome browser里看的。
老鼠的epigenome好像还真没有，反正我没听过。看在你发包子的面子上我还搜了一阵
子，确实没看到

【在 R******d 的大作中提到】
: 如果有人的T细胞（CD4+算T细胞吧）以外其他细胞类型的sytem level histone
: modification
: data，也欢迎提供文章和数据下载地址。
: 包子伺候。多谢了。
R******d
发帖数: 1436
4
多谢第一个回复，发了5个包子。

的。

【在 b****r 的大作中提到】
: http://www.genboree.org/epigenomeatlas/edaccDataFreeze2.rhtml
: 目前人的genome CHIP data应该这里都全了，直接可以在UCSC genome browser里看的。
: 老鼠的epigenome好像还真没有，反正我没听过。看在你发包子的面子上我还搜了一阵
: 子，确实没看到
R******d
发帖数: 1436
5
再问一句吧：
Keji Zhao CD4+ T cell的数据是不是没有提交到这个数据库？
他做了那么多种histone modification，这里都没有记录。
b****r
发帖数: 17995
6
没有吗，那个表里有两个CD4阳性细胞的，难道不是他的？
包子很爽！

【在 R******d 的大作中提到】
: 再问一句吧：
: Keji Zhao CD4+ T cell的数据是不是没有提交到这个数据库？
: 他做了那么多种histone modification，这里都没有记录。
y*********1
发帖数: 46
7
You can search " Keji Zhao" in PubMed SRA (Sequence Read Archive) database.
Here's one of the results: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX003809?report=full
h***l
发帖数: 168
8
some examples:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds
GSE24165
Title Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and
predicts developmental state
Organism Mus musculus
Lab Jaenisch
GSE24164
Title ChIP-Seq of chromatin marks at distal enhancers in Mouse Embryonic
Stem Cells and adult tissues.
Organism Mus musculus
Lab Jaenisch
GSE15519
Title Expression and ChIP-seq analyses of embryonic stem cells,
extraembryonic endoderm stem cells, and trophoblast stem cells
Organism Mus musculus
Lab Dr. Janet Rossant
R******d
发帖数: 1436
9
包子先发了，回头再看，有问题再请教。
多谢了
R******d
发帖数: 1436
10
我看了一下，这些数据好分散。每个人用不同的细胞做几种histone modification，不
太方便把数据整合起来。
有没人其他人像keji zhao一样做resources的，一次批量做很多，然后提供数据下载。
比较统一和规整。
人或小鼠的都行。多谢了。包子伺候。
另，http://www.genboree.org这个网站很有用，不过keji zhao的数据不在这里，这个网站好像只收集了几个学校的数据，可能属于一个大的合作项目吧。
还有一个问题是这里面的数据变化很大。
比如：Adult_Liver---Histone_H3K4me3
http://www.genboree.org/EdaccData/Release-2/sample-experiment/Adult_Liver/Histone_H3K4me3/BI.Adult_Liver.H3K4me3.4.bed.gz
和
http://www.genboree.org/EdaccData/Release-2/sample-experiment/Adult_Liver/Histone_H3K4me3/BI.Adult_Liver.H3K4me3.5.bed.gz
这应该是同一个单位，同一个东西做了两批，文件一个90m，一个330m。数据量相差也
太大了吧，都不知道怎么选。
g*********d
发帖数: 233
11
mark a good topics and helpful discussion
j****7
发帖数: 141
12
makr
b****r
发帖数: 17995
13
这个问题去openhelix的blog问吧，专门回答这类genome的问题的
我觉得目前最全的整理好的功能基因组的数据应该是UCSC genome里了，主要是标有
encode的那些track
1 (共1页)
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