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Biology版 - 请教一个gene epigenetic state的问题
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相关话题的讨论汇总
话题: epigenetic话题: state话题: 细胞话题: 基因
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1 (共1页)
R******d
发帖数: 1436
1
文献上说道细胞在分化过程中基因的epigenetic state发生变化,differentiated
cell中基因
的epigenetic state和pluripotent stem cell不同。
我想问的是:
有没有可能一个时期的epigenetic state其实储层了这个基因在所有其他时期(或者细
胞)里应该具
有的epigenetic state的信息。
这些state可以不同,但是互相转换的模式在当前的epigenetic state里被记录了,而
这种记录和对
基因表达的影响是独立的。
举个直观的例子:任意找一种分化后细胞中某基因的epigenetic state pattern,就能
推断出该基
因在其他分化后细胞以及干细胞中的epigenetic state。
有人见过类似的文献报道么?
多谢了。
z****g
发帖数: 3340
2
这个是"epigenetic memory"的extension, 但目前没有任何实验结果支持你的假说。光
epigenetic memory目前就没法搞
定。

【在 R******d 的大作中提到】
: 文献上说道细胞在分化过程中基因的epigenetic state发生变化,differentiated
: cell中基因
: 的epigenetic state和pluripotent stem cell不同。
: 我想问的是:
: 有没有可能一个时期的epigenetic state其实储层了这个基因在所有其他时期(或者细
: 胞)里应该具
: 有的epigenetic state的信息。
: 这些state可以不同,但是互相转换的模式在当前的epigenetic state里被记录了,而
: 这种记录和对
: 基因表达的影响是独立的。

b****r
发帖数: 17995
3
据我所知现在对epigenetics的理解还远远没到这个程度
甚至还没有任何一个疾病在epigenetics的水平真正被完整地characterize过,更别说
对每个位置的含义进行分析了
目前还处在对正常组织的epigenome的characterize过程中
而且我老很不看好几年之内这个领域会有什么大进展,人类目前的科技水平处理这个数
据代价还实在太高。入行需谨慎!
R******d
发帖数: 1436
4
可以提供更详细一点关于“epigenetic memory”的资料么?我看了以下这篇文章的
abstract,好像说的就是这个。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20644535
我可以理解epigenetic state可以通过细胞复制的时候从上一代传到下一代。有没有从
不同细胞之间平行转换的报道?
我觉得可能有文献里隐约有这个意识,比如ips就是一个特例。不过我不是搞这个的,
有的文献我注意不到
s******s
发帖数: 13035
5
觉得没必要啊。每个基因都存这么多额外信息不太可能啦,
最后搞得epigenetics比genetics还复杂

【在 R******d 的大作中提到】
: 文献上说道细胞在分化过程中基因的epigenetic state发生变化,differentiated
: cell中基因
: 的epigenetic state和pluripotent stem cell不同。
: 我想问的是:
: 有没有可能一个时期的epigenetic state其实储层了这个基因在所有其他时期(或者细
: 胞)里应该具
: 有的epigenetic state的信息。
: 这些state可以不同,但是互相转换的模式在当前的epigenetic state里被记录了,而
: 这种记录和对
: 基因表达的影响是独立的。

b****r
发帖数: 17995
6
恰恰相反,我觉得epigenetics比genetics复杂多了,关键是它有时间空间的可变性和
多重性,又很缺乏好的工具
所以我建议楼主不要去小打小闹地碰这个方向,很难搞出什么比较清晰的结论

【在 s******s 的大作中提到】
: 觉得没必要啊。每个基因都存这么多额外信息不太可能啦,
: 最后搞得epigenetics比genetics还复杂

Z**********g
发帖数: 222
7
如果这样的话,发育过程中的各种细胞外信号岂不多余了?事实上应该是这些特定的细胞外信号establish/initiate特定的epigenetic state。

【在 R******d 的大作中提到】
: 文献上说道细胞在分化过程中基因的epigenetic state发生变化,differentiated
: cell中基因
: 的epigenetic state和pluripotent stem cell不同。
: 我想问的是:
: 有没有可能一个时期的epigenetic state其实储层了这个基因在所有其他时期(或者细
: 胞)里应该具
: 有的epigenetic state的信息。
: 这些state可以不同,但是互相转换的模式在当前的epigenetic state里被记录了,而
: 这种记录和对
: 基因表达的影响是独立的。

Z**********g
发帖数: 222
8
我也觉得现在的epigenetics研究挺乱的。感觉很多文章把chromatin dynamics与
epigenetics等同了,一概发生染色质和组蛋白修饰,就称为epigenetics。而事实上这
种chromatin state是否hereditable,尤其在establishing chromatin state的初始信
号消除之后是否仍然hereditable,很少文章提及。所以epigenetics本质上的可遗传性
以及这种遗传性不再依赖于初始细胞信号的特性,很少有人证明。
s******s
发帖数: 13035
9
btw, histone的modification到底能不能直接遗传?哪些能?
我看了一堆paper,model倒是一大堆,但是好像看不到直接证据,
很多也可以解释成secondary的effect

【在 Z**********g 的大作中提到】
: 我也觉得现在的epigenetics研究挺乱的。感觉很多文章把chromatin dynamics与
: epigenetics等同了,一概发生染色质和组蛋白修饰,就称为epigenetics。而事实上这
: 种chromatin state是否hereditable,尤其在establishing chromatin state的初始信
: 号消除之后是否仍然hereditable,很少文章提及。所以epigenetics本质上的可遗传性
: 以及这种遗传性不再依赖于初始细胞信号的特性,很少有人证明。

Z**********g
发帖数: 222
10
同问.是不是H3K4/9/27的甲基化修饰是比较肯定的可直接遗传?

【在 s******s 的大作中提到】
: btw, histone的modification到底能不能直接遗传?哪些能?
: 我看了一堆paper,model倒是一大堆,但是好像看不到直接证据,
: 很多也可以解释成secondary的effect

相关主题
Paper help!NIBS 的新 Science 文章:epigenetics,PRC2,H3K27me3
清华大学干细胞及表观遗传室招聘行政助理、生物信息研究助理和博士后打听一下Jeannie Lee实验室的情况
关于ips 和es stem cells问题请教求文章:Epigenetics
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z****g
发帖数: 3340
11
“有没有从不同细胞之间平行转换的报道”这个基本不靠谱。为什么“ips就是一个特
例”? what you mean or imply?
另外epigenetic memory是俺N年前刚入门epigenetics时自己提出的一个说法,不一定
是正式的名词。

【在 R******d 的大作中提到】
: 可以提供更详细一点关于“epigenetic memory”的资料么?我看了以下这篇文章的
: abstract,好像说的就是这个。
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20644535
: 我可以理解epigenetic state可以通过细胞复制的时候从上一代传到下一代。有没有从
: 不同细胞之间平行转换的报道?
: 我觉得可能有文献里隐约有这个意识,比如ips就是一个特例。不过我不是搞这个的,
: 有的文献我注意不到

R******d
发帖数: 1436
12
epigenetic memory有这么个词,不算你造的。
ips从分化后细胞到多能细胞,和从分化后细胞typ1到分化后细胞type2,道理上是一样
的吧。
现在可以倒着走,为什么就不能平行走呢。

【在 z****g 的大作中提到】
: “有没有从不同细胞之间平行转换的报道”这个基本不靠谱。为什么“ips就是一个特
: 例”? what you mean or imply?
: 另外epigenetic memory是俺N年前刚入门epigenetics时自己提出的一个说法,不一定
: 是正式的名词。

z****g
发帖数: 3340
13
你应该做点homework后再来问问题,这样更有针对性。

【在 R******d 的大作中提到】
: epigenetic memory有这么个词,不算你造的。
: ips从分化后细胞到多能细胞,和从分化后细胞typ1到分化后细胞type2,道理上是一样
: 的吧。
: 现在可以倒着走,为什么就不能平行走呢。

R******d
发帖数: 1436
14
给点建设性的指导吧,这种类似官腔的空洞语言是没有存在的必要的

【在 z****g 的大作中提到】
: 你应该做点homework后再来问问题,这样更有针对性。
z****g
发帖数: 3340
15
如果你真的了解的话,做homework就是非常建设性的建议。如果你认为是空洞语言的话
那是你自己的理解。
最后一句话,生物学是一个实验性学科, that's it.

【在 R******d 的大作中提到】
: 给点建设性的指导吧,这种类似官腔的空洞语言是没有存在的必要的
n********k
发帖数: 2818
16
second this... I wanted to say it all along...indeed I replied and then
deleted it eventually. I don't see the LZ made any real efforts
understanding the very basics...

【在 z****g 的大作中提到】
: 如果你真的了解的话,做homework就是非常建设性的建议。如果你认为是空洞语言的话
: 那是你自己的理解。
: 最后一句话,生物学是一个实验性学科, that's it.

m**********2
发帖数: 6568
17
同意。现在这个有点儿筐的意思,啥都能往里装。最基本的定义-可遗传性,很多人就
懒得提了。

【在 Z**********g 的大作中提到】
: 我也觉得现在的epigenetics研究挺乱的。感觉很多文章把chromatin dynamics与
: epigenetics等同了,一概发生染色质和组蛋白修饰,就称为epigenetics。而事实上这
: 种chromatin state是否hereditable,尤其在establishing chromatin state的初始信
: 号消除之后是否仍然hereditable,很少文章提及。所以epigenetics本质上的可遗传性
: 以及这种遗传性不再依赖于初始细胞信号的特性,很少有人证明。

R******d
发帖数: 1436
18
我看了一下文献,我想问的其实是:epigenetic markers reprogramming,不是
epigenetic
memory。
epigenetic memory大概指的是复制的时候epigenetic信息传递,reprogramming或许就
是我想
问的平行的变化。
我说了我不是搞这个的,所以有什么基本概念不对烦请指出来。

【在 z****g 的大作中提到】
: 这个是"epigenetic memory"的extension, 但目前没有任何实验结果支持你的假说。光
: epigenetic memory目前就没法搞
: 定。

R******d
发帖数: 1436
19
更新一下,我找到了我想表达的词for“从不同细胞之间平行转换”
这个词是transdifferentiation

【在 z****g 的大作中提到】
: “有没有从不同细胞之间平行转换的报道”这个基本不靠谱。为什么“ips就是一个特
: 例”? what you mean or imply?
: 另外epigenetic memory是俺N年前刚入门epigenetics时自己提出的一个说法,不一定
: 是正式的名词。

n********k
发帖数: 2818
20
seriously but no offense, you would be doing yourself a huge favor by doing
some homework rather than wasting time here...u are mixing up basic
concepts...

【在 R******d 的大作中提到】
: 更新一下,我找到了我想表达的词for“从不同细胞之间平行转换”
: 这个词是transdifferentiation

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s******s
发帖数: 13035
21
我觉得也是。亏我前面还回答了

doing

【在 n********k 的大作中提到】
: seriously but no offense, you would be doing yourself a huge favor by doing
: some homework rather than wasting time here...u are mixing up basic
: concepts...

R******d
发帖数: 1436
22
告诉我那些概念混了,这样学起来快点

doing

【在 n********k 的大作中提到】
: seriously but no offense, you would be doing yourself a huge favor by doing
: some homework rather than wasting time here...u are mixing up basic
: concepts...

n********k
发帖数: 2818
23
to be frank, I could well be wrong but I feel that you don't yet have a good
/basic understanding of any of the concepts you have brought forward so far.
..Read some reviews or better yet, read David Allis and Danny's epigenetic
book...

【在 R******d 的大作中提到】
: 告诉我那些概念混了,这样学起来快点
:
: doing

R******d
发帖数: 1436
24
希望你指出其中一点,我也好有个头绪。我做计算机预测的,没有epigenetics的背景
。希望能尽快学点,不然也不这样对于不对的地方追问了。

good
far.
epigenetic

【在 n********k 的大作中提到】
: to be frank, I could well be wrong but I feel that you don't yet have a good
: /basic understanding of any of the concepts you have brought forward so far.
: ..Read some reviews or better yet, read David Allis and Danny's epigenetic
: book...

n********k
发帖数: 2818
25
I c now...it is cool though, maybe we could form a team, you tell me what
you want to know about biology and I seek help from you about computation
and programming stuff...As I am starting to do genome wide analysis...Well,
anyhow I would recommend to read a couple of review papers first, any review
would help at your current level.

【在 R******d 的大作中提到】
: 希望你指出其中一点,我也好有个头绪。我做计算机预测的,没有epigenetics的背景
: 。希望能尽快学点,不然也不这样对于不对的地方追问了。
:
: good
: far.
: epigenetic

1 (共1页)
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话题: epigenetic话题: state话题: 细胞话题: 基因