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发帖数: 3905 | 1 oligo microarray实际上不是print, 而是在solid surface上合成.
基本的原理是, 先将一个碱基固定上去,(当然, 是按照一定的pattern
固定大量的碱基在很小的一个区域内, 不过一个点只有一个), 然后通过
光化学反应合成oligo. 一次加入一个碱基, 每回光照的时候都通过
一个特定的mask, 所以有些点加入了这一碱基, 有些点没有.这样就
可以在一个chip上合成各种不同的oligo.
一般而言, 会由若干个不同的oligo代表一个gene, 有些是特异的,有些
是非特异的, 这样根据不同的hybirdization intensity就可以得出所
检测的DNA的量.
PCR类的, 从技术上讲要简单的多, 实际上就是把PCR产物通过极细的针尖
点在slide上, (就是一般的slide啦), 然后固化, 后处理. 一般而言, 在
2cm见方的区域内点上5000到6000个点是可行的.
Probe的标记一般是用荧光染料, Cy3-UTP和Cy5-UTP是最常用的. | a****a
发帖数: 3905 | 2 Stanford是这种技术的发源地, 实际上, 很多分析软件都是从Stanford出来的.
两种方法基本原理相似, 但是数据的分析不同.
PCR microarray一般同时用两个probe, 就是所谓的two color hybrid, 直接比较
两种荧光染料的强度, 就可以知道两种probe量的变化差异.
oligo 类的分析要复杂, 因为多个oligo代表一个基因, 所以要综合这几个spot
的intensity来判断.
道理简单, 但是由于PCR product printing的时候可能的影响因素很多, 所以
数据的分析依然是不太成熟的. |
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