y***u
发帖数: 7039 | 1 我觉得他有个前提有问题：
如果一个碱基点变异，这个点一定来自某一个人。
他的理由是， Y 染色体，有3000万个碱基点（30Mbp), 两个人在同一个碱基点位变异
的概率很低。
我看他这句话站不住脚。
有没有这种情况：
1） 20000年前，一个人在这个点变异；
2）30000年前，另外一个人在这个点也发生变异；
3）5000年前，另外一个人发生了变异；
按照他的理论，他们因为具有相同的变异，所以来自共同的祖先；可是，也可能是分别
发生变异， 没有任何相关性。
所谓的变异，不过是 A， G， T， C 的 改变，错误的概率会有，可能某些片段， 就
是容易错排，目前的科学水平不够。
所以，李辉的只是在印证某些西方的歪理， 有些前提站不住脚， 不可靠。 |
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t**********8
发帖数: 1683 | 2 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: twinlight198 (雙灯), 信区: Military
标 题: 从碱基对等纯生物学角度探讨东方人，白人及黑人的区别
发信站: BBS 未名空间站 (Mon May 27 21:08:40 2013, 美东)
东方人（东亚人），白人（欧洲人）以及黑人（非洲人）。 粗心的狂暴
核心会员7《Race，Evolution and Behavior》/《种族，进化与行为》
摘要 过去20年的研究主要集中于三个主要种族之间的差异，这三个种族是东方人（东亚
人），白人（欧洲人）以及黑人（非洲人）。在这篇论文中我集中讨论这三个种族。
在通过对於脑体积，智力，性格，性行为，繁殖，成长率，生命周期，犯罪以及家
庭稳定等研究，东方人作为一个整体在这个谱线的一端，黑人在另一端，白人在中间。
整体上，东方人显示了较慢的成熟期，较低的繁殖率，较低性活动率，较大的脑体积以
及较高的智商。黑人则完全相反。白人在中间（但更靠近东方人）。
正文：
黑人，白人，东方人的平均差异：
脑体积
头颅容积： 黑人（1267）、白人（1347）、 东方人... 阅读全帖 |
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K*C
发帖数: 2825 | 3 用Quickchange kit，之前做过15个碱基换15个碱基，现在做48个换45个不成功，问问
大家最多做过多少换多少。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 4 genetics 101, 就是几个不同碱基的组合：在对应位点随机插入相应的候选碱基。 |
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发帖数: 1 | 5 ACWKMCGAATGGCTGAGTTT
要设计一条病毒的DNA的碱基序列，
但是里面的碱基为什么不一样
W,K，M到底是什么，求知
我是新手， |
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t**********8
发帖数: 1683 | 6 东方人（东亚人），白人（欧洲人）以及黑人（非洲人）。 粗心的狂暴
核心会员7《Race，Evolution and Behavior》/《种族，进化与行为》
过去20年的研究主要集中于三个主要种族之间的差异，这三个种族是东方人（东亚
人），白人（欧洲人）以及黑人（非洲人）。在这篇论文中我集中讨论这三个种族。
在通过对於脑体积，智力，性格，性行为，繁殖，成长率，生命周期，犯罪以及家
庭稳定等研究，东方人作为一个整体在这个谱线的一端，黑人在另一端，白人在中间。
整体上，东方人显示了较慢的成熟期，较低的繁殖率，较低性活动率，较大的脑体积以
及较高的智商。黑人则完全相反。白人在中间（但更靠近东方人）。
（表一）（选自种族、进化和行为一书，第5页）
黑人，白人，东方人的平均差异：
脑体积
头颅容积： 黑人（1267）、白人（1347）、 东方人（1364）
cortical神经元（单位百万）：黑人（13185），白人（13665）、东方人（13767
）
智力
智商：黑人（85）、白人（100）、东亚（106）
文化成就：黑人（低）、白人（高）、东亚（高）
繁殖
双胞胎（ 每1000新生儿）：黑... 阅读全帖 |
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m******i
发帖数: 73 | 8 问题太弱,大牛们给俺科普一下, 叩谢!!!
细胞核内大概有多少个DNA碱基? (这个大概是3.2x10^9) 多少个氨基酸(蛋白质)?
DNA和蛋白质哪个数量更多?
细胞质内大概有多少个氨基酸(蛋白质)?呢?
RNA的在细胞核内外的情况如何呢? |
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L*****t
发帖数: 56 | 9 做点突变的kit都是骗钱的，割胶纯化的引物也没必要，看看那些kit的说明书就知道是
怎么回事了。
我自己一次做过54碱基的置换，至于一次换几百个那用的应该是Casette法，直接酶切
然后重新连接的。 |
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o******n
发帖数: 511 | 10 这两段DNA编码的蛋白有一个残基的区别，假设它们叫A和B。我要在同一种细菌里表达A
或者B，然后把表达A或者B的细菌混合在一起长，最后我需要想办法区分表达A和B的DNA
，也就是这两段只有一个碱基不同的DNA。
我查过，能切其中一种DNA的内切酶有两种没得卖，有一种切的位点太多。我刚刚想到
能否
PCR个很短的片段出来，避开这种酶其它的位点，不过我还不知道很短的PCR好不好做。
我得满足以下条件：
1. 我不能加tag，因为之前的实验没有加tag；
2. 我不能拿去next-gen sequencing；
3. 我们是分子实验室，没有跑蛋白胶的器材;
4. 补充下，还得能至少半定量，就是能看出来两段DNA的大致比例。
我知道DGGE/TGGE可以，但要跑胶；我找到这篇文章，http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0055154，好像更麻烦。wiki的页面上提到鉴定SNP用的办法好像都要跑胶或者做质谱。
还有什么办法吗？ |
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o******n
发帖数: 511 | 11 谢谢各位的回复。
二三楼的回答好像是一个意思。那个kit看起来很好，正合我的要求。:)
四楼的回复也给了我启发。其实我之前做了另两个DNA，用酶切分开的它们。这次的两
个本想尽量保持方法一致，无奈没合适的酶。我不想改变蛋白，因为可能影响功能，但
你说的办法，可以在细菌生长结束后，扩增这两种DNA的时候加进去，应该只多了一步
而已。如果我没理解错，加入这个新的位点，是在引物里加，引物和其中一种DNA
specifically结合，另一种DNA因为错了个碱基，就不能被扩增，所以酶切可以区分开
它们。这样估计annealing温度要好高吧，然后有点不好（半）定量。 |
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c*****g
发帖数: 66 | 12 你可以用两个DNA共同区域的引物扩增包含这个polymorphism的片段。
然后Sanger sequence这个PCR产物（实际上是个mixture），看两个碱基的峰的比值。
你可以做个标准曲线，用梯度的已知比例的DNA。然后你就可以估计这里面两个allele
的比例了。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 13 你这个太弱了。15年前，在复旦的时候，就又一教授研究这个，
人家已经从四象碱基研究到64卦和密码子的关系了。天天在学校
里拉人介绍他的理论，我老板天天躲的头疼 |
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发帖数: 1 | 14 TTV primers NG779 (ACWKMCGAATGGCTGAGTTT) and NG781 (CCCKWGCCCGARTTGCCCCT)
targeting the UTR of anelloviruses
为什么扩增病毒，还有细菌DNA检测包含有WKM？ 什么碱基吗？ |
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b*****n
发帖数: 1841 | 15 假设Cas9已经在DNA上切了一刀了，那么究竟是添加或者去除1，2,3个碱基是完全随机
的吗？如果是这样，不是意味着有三分之一的可能性不会移码突变？
如果以上猜测正确，能否表达多个sgRNA在一个基因上不同的位置编辑从而提高移码突
变的可能性？ |
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j*******7
发帖数: 6300 | 16 虚假的进化论
来源：《生命与信仰》 作者：张纪德
一个多世纪前进化论刚提出的时候，它挟带着反神、反创造论的情绪，生物学上没
有足够的资料判断它的可靠性到底够不够，使得教会只有凭信心抵抗的份。近五十年来
，形势已经大大改观，许多新的科学发现，使得进化论的假设受到严峻的挑战……
不要以为科学家都是用理性处理学问的，很多科学家坚持的是“信念”。而科学家
的信念并不等于科学，正如神学家的思想并不等于神的心意。由于人的有限，观点及理
论常会与事实和真相有一些差距，尤其面对进化论这么广泛复杂的生物历史问题。许多
进化论支持者的盲点，就是在努力用进化论的框架假设，来解释某些现 象;对于违反这
些假设的发现不予理会，造成一般人以为进化论是个普遍真理的错觉，以为像化学、电
磁理论或者生理学那样真实。课本上、电视传播中言之凿凿，这个猿人、那个原人，好
像人类演化已经铁证确凿了。到底哪些原人?这些学者本于对进化论的信心与爱护，迁
强附会，塑造它的权威形象，在教科书里绝口不提那些难解或者无解的疑点。
要知道进化论到如今不过是一个理论 (theory) 或假说(hypothesis);理论或假说
要成为自然定... 阅读全帖 |
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Y**L
发帖数: 385 | 17 俺解释下某进化信徒到山海经里去找的这个‘中间体’概念，呵呵
中间体，以整体来看，就是一个没有智能的自然界进化现存生命所经过的所有过程，由
今天每种生命的所有祖先组成。注意，是所有祖先，不是已经发现的祖先。
关键词：没有智能的自然界 进化的所有过程
由于对中间体的概念不了解，大部分人常把进化的图景和创造的图景搞混。
如果把水面比作生态总空间的话，那么创造论就是在水面上的各处创造了各个离散的点
，每个点是一种生命，各点代表不同的生命。
进化说生命是彼此靠自然作用进化出来的，就是说一个点B上的生命，是另一个点A上的
生命经自然作用移动过来的（或曰进化。
若这个过程确实发生过，那我们可以肯定一定有一条曲线从A到B，表示出这个移动的途
径。
如果进化发生过，这个途径就一定存在。
中间体就是这个途径上连接A和B的各点。
创造的生命是离散的点。
进化的生命却必然经历几乎连续的线。
达尔文理论的力量在于，假设所有生命特征都可以相当连续的细化，每个细化的小步都
是无智能的自然可以完成的，那么没有智能的系统可能通过累计完成复杂的系统/变化。
需要细化到什么程度？
必须细化到随即过程能够轻易实现的程度。
... 阅读全帖 |
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Y**L
发帖数: 385 | 18 生物体内的蛋白质结构都由其DNA中一段一段的基因决定。DNA中G/A/T/C四种碱基决定
蛋白质的过程乃是每三位DNA码-一个密码子决定一个氨基酸，一段基因就这样三位三位
地确定一个个氨基酸，最后决定一个蛋白质的结构。每段基因的头和尾各有一个特殊密
码子标出基因的起始和结尾。
每个碱基有G/A/T/C四种可能，三位碱基组成的密码子总共有4^3=64种可能。
生物所用的氨基酸总共有20种，加上基因头尾两种特殊密码子，64种密码子总共需要翻
译为20种氨基酸或基因头/尾。
这是一个64种码到22种码之间的映射--DNA到氨基酸的映射。
http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_code
我们都知道生命这个系统如果是随机过程产生的，其内就会具备随机过程的大量特征，
而不大可能有太多系统性的现象。
四五年前有一阵俺和人讨论进化论，某一天突然意识到这个遗传密码表是一种非常系统
的语言。
怎么讲呢？
1. 全是3位碱基一个密码，不是有些2位，有些3位/4位，非常规则；
2. 3位是G/A/T/C四种碱基映射到22种密码的所需的最小位数，2位碱基只会产生4^2=16
... 阅读全帖 |
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t*********5
发帖数: 2 | 19 生化与细胞所在DNA去甲基化机制研究中获得重要进展：发现一种新的修饰碱基
2011-08-08 10:02:00 | 来源： | 【大 中 小】【打印】【关闭】
在高等生物的基因组DNA中除含有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)四
种常见的碱基形式外，还含有胞嘧啶的修饰形式：5-甲基胞嘧啶（5mC），被称为第5种
碱基。而且它可以进一步被氧化为5-羟甲基胞嘧啶（5hmC），也被称为第6碱基。这些
修饰形式在表观调控中都具有重要的作用，但它们如何被可逆转变为胞嘧啶(C)还不清
楚。中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所的工作证明，DNA中
的5mC和5hmC都可以被Tet家族的双加氧酶进一步氧化为第7种碱基：5-羧基胞嘧啶（
5caC）；此外，胸腺嘧啶DNA糖基化酶（TDG）可以特异性地识别这一新的碱基修饰形式
，并将其从基因组中切除。2011年8月4日，《Science》杂志在线发表了这项关于DNA去
甲基化机制的研究发现。这项研究由徐国良、李林、丁建平实验室及中科院药物所等单
位合作完成，副研究员贺宇飞、博士后李滨忠等承担了主要工作。
动植物生长... 阅读全帖 |
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h******y
发帖数: 351 | 20 用TALEN和ZFN的话off target的可能性也是有的。TALEN单侧靶位点一般设计16-18个碱
基，但是由于任何一个TALEN domain对相邻TALEN domain与靶碱基的结合是有影响的，
所以TALEN是可能结合到imperfect match的位点上去的。
由于TALEN的设计要在蛋白质水平进行，可以想象合成4^16种TALEN蛋白，从而对TALEN与
靶位点之间的特异性结合进行完全充分的研究是不可能的。所以实际上还没有文章像CR
ISPER那样对TALEN靶位点的每个碱基的重要性进行过系统的研究。相反，CRISPER只需要
合成oligo，单个碱基的突变很容易实现，所以能发现前面12-14个碱基最重要。但是这
并不等于说CRISPER只需要12-14个碱基，只是其余碱基的重要性相对较低而已。 |
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H********g
发帖数: 43926 | 21 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: gc01 (gc01), 信区: Military
标 题: 加州理工助理教授钱璐璐发明可分拣运输的DNA机器人，每走一步6纳米zt
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Sep 16 21:58:41 2017, 美东)
华裔女科学家发明可分拣运输的DNA机器人，每走一步6纳米
澎湃新闻记者 王盈颖
2017-09-17 07:55 来源：澎湃新闻
字号
DNA机器人是如何“行走”的（示意） 视频来源：美国加州理工大学(00:17)
一条腿，两只脚，一条胳膊，一只手，身高仅20纳米的DNA机器人正在工作。
它每迈一步的距离是6纳米，是人类步长的亿万分之一。别看这一步，DNA机器人需要5
分钟来完成。遇到目标“货物”时，DNA机器人的“手”会抓起，将其放至目的地。
上述的场景已经变成现实。当地时间9月14日，美国加州理工大学助理教授钱璐璐的实
验室在《科学》杂志发文，介绍了这一具有分拣功能的DNA机器人，其递送货物的成功
率为80%。
“就好像电子机械机器人被送到火星等太遥远而人类不能及的地方，我们希望有一天可
以将分子机... 阅读全帖 |
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P******l
发帖数: 1648 | 22 本文转载自最新一期的使者杂志
http://tiny.cc/20170304-am-evolution
当科学与信仰交集时——进化论是科学吗？ /张纪德
许多基督徒及慕道友对科学与信仰方面的讨论感兴趣，但要小心一些似是而非的认知。
使者杂志59|6期的《生命演化与基督信仰》一文，笔者觉得有诸多可商榷之处。比如说
:「演化本身有充分科学证据的生物机制」(p 48 右上）；又说，「从最简单的形式开
始……上帝掌管生命演化的机制……」(p 49 左）等，均不恰当。
或许有些人不清楚，演化论就是进化论（Evolution）， 与达尔文主义（Darwinism）
同义。在一般教科书及报导文章里都把进化论当科学；但是，各种生物是进化来的吗？
生物在演化吗？
历史沿革
自1859 年达尔文发表《物种论》以来，进化论对科学及宗教信仰起了很大的影响。许
多知识分子全盘接受达尔文的进化论，以至达尔文主义成为一种世俗的意识形态，与宗
教信仰有很大抵触。
近百年来，有部分神学家在解经上妥协，以进化论的框架来解释圣经，发展出各样版本
的 「神导进化论」新派神学。
多数的神学家、牧师一再努力抗拒新派神学，但... 阅读全帖 |
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m*****n
发帖数: 3575 | 23 “整个基因就是个太极，两个螺旋双曲线链为两仪，A、G、C、T等四个碱基为四象，
也相当于老阴、老阳、少阴、少阳；老阳老阴为变爻；胸腺嘧啶、尿嘧啶相当于老阳老
阴，也相当于变爻。DNA与RNA相加为八卦，其中DNA为先天，RNA为后天；从DNA把信息
传给RNA，RNA通过中间受体指导氨基酸进行蛋白质合成为正方向传递。RNA也可以把信
息逆向转录给DNA，这一来一往就构成先天八卦与后天八卦。DNA四个碱基中的腺嘌呤、
鸟嘌呤和胞嘧啶、胸腺嘧啶，RNA中的腺嘌呤、鸟嘌呤和胞嘧啶、尿嘧啶共同构成了五
行。五行就是腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶构成的。从DNA到RNA，再从
RNA到DNA就是从先天到后天，再从后天到先天，也可以说是从阴到阳，再从阳到阴；
亦可以说是从精神到物质，从物质到精神，从时间到空间，从空间到时间的发展变化过
程。三个碱基决定一个氨基酸，碱基的组合可以达到六十四种，简称六十四个密码子，
这相当于太极图的六十四卦；三个碱基相当于爻，应有三百八十四个连接点。” |
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n*********n
发帖数: 1534 | 24 靠
您老太牛了。。。
拜服
“整个基因就是个太极，两个螺旋双曲线链为两仪，A、G、C、T等四个碱基为四象，
也相当于老阴、老阳、少阴、少阳；老阳老阴为变爻；胸腺嘧啶、尿嘧啶相当于老阳老
阴，也相当于变爻。DNA与RNA相加为八卦，其中DNA为先天，RNA为后天；从DNA把信息
传给RNA，RNA通过中间受体指导氨基酸进行蛋白质合成为正方向传递。RNA也可以把信
息逆向转录给DNA，这一来一往就构成先天八卦与后天八卦。DNA四个碱基中的腺嘌呤、
鸟嘌呤和胞嘧啶、胸腺嘧啶，RNA中的腺嘌呤、鸟嘌呤和胞嘧啶、尿嘧啶共同构成了五
行。五行就是腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶构成的。从DNA到RNA，再从
RNA到DNA就是从先天到后天，再从后天到先天，也可以说是从阴到阳，再从阳到阴；
亦可以说是从精神到物质，从物质到精神，从时间到空间，从空间到时间的发展变化过
程。三个碱基决定一个氨基酸，碱基的组合可以达到六十四种，简称六十四个密码子，
这相当于太极图的六十四卦；三个碱基相当于爻，应有三百八十四个连接点。” |
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s*****n
发帖数: 1636 | 25 英国研究人员用人工合成的脱氧核糖核酸(D N A )存储文本文档、图片和声音文件等
数据，随后完整读取。
新介质仿碱基
位于欣克斯顿的欧洲生物信息研究所研究小组利用D N A存储数据的关键是D N A碱
基。D N A这种双螺旋结构上有4个化学基团，即核碱基，它们按照特定顺序排列，组成
遗传信息，指导生物体生长发育。
研究人员开发的D N A数字存储系统同样利用这4个碱基“字母”，开发定制代码，
完全区别于生物体所用“语言”。当复制一份计算机文件时，D N A数字存储系统首先
把硬盘信息中的二进制数翻译成定制代码，然后借助标准D N A合成机器制造出相应的
碱基序列。这一序列并非一个长分子，而是多个重复片段，每一个片段携带一些索引细
节，明确各自在整体序列中所处位置。
这样的系统虽然显得冗余，优点是即便某些片段遭损毁，数据不会丢失。
分子生物学实验室用来读取生物体D N A的标准设备可以读取信息，当即呈现在电
脑屏幕上。
大容量保存久
研究人员在由《自然》杂志发表的论文中写道，D N A作为数字存储媒介的显著优
点之一是容量大。英国广播公司23日援引研究小组成员尼克·戈德曼的话报道，D... 阅读全帖 |
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s*****n
发帖数: 1636 | 26 英国研究人员用人工合成的脱氧核糖核酸(D N A )存储文本文档、图片和声音文件等数
据，随后完整读取。
新介质仿碱基
位于欣克斯顿的欧洲生物信息研究所研究小组利用D N A存储数据的关键是D N A碱
基。D N A这种双螺旋结构上有4个化学基团，即核碱基，它们按照特定顺序排列，组成
遗传信息，指导生物体生长发育。
研究人员开发的D N A数字存储系统同样利用这4个碱基“字母”，开发定制代码，
完全区别于生物体所用“语言”。当复制一份计算机文件时，D N A数字存储系统首先
把硬盘信息中的二进制数翻译成定制代码，然后借助标准D N A合成机器制造出相应的
碱基序列。这一序列并非一个长分子，而是多个重复片段，每一个片段携带一些索引细
节，明确各自在整体序列中所处位置。
这样的系统虽然显得冗余，优点是即便某些片段遭损毁，数据不会丢失。
分子生物学实验室用来读取生物体D N A的标准设备可以读取信息，当即呈现在电
脑屏幕上。
大容量保存久
研究人员在由《自然》杂志发表的论文中写道，D N A作为数字存储媒介的显著优
点之一是容量大。英国广播公司23日援引研究小组成员尼克·戈德曼的话报道，D... 阅读全帖 |
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R********n
发帖数: 3601 | 27 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: RichPerson (我爱中科大~赚钱专业户), 信区: Joke
标 题: 有个关于基因复制的简单问题，从高中以来就困惑很久了
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Nov 26 11:30:04 2009, 美东)
我不是学生物的。有个关于染色体复制的问题，从高中以来就困惑很久了
我们都知道，碱基对是一对相互匹配的碱基。即A<=>T， G<=>C，A<=>U相互作用。就像
咬合的齿轮。
染色体是这几种碱基对的一条链，假设有以下的一条基因，长度为5：
ACACT
TGTGA
当基因复制的时候，就像拉开拉链，一边拉，一边复制。所以当拉链拉完的时候，完全
相同的2条基因就复制完了。当然有时候有个别碱基会变，这就是变异的来源。
====以上是我知道的====
我不能理解的是：
当受精卵刚结合的时候，精子和卵子各有半条碱基链，比如：
精子：ACACT。。。
卵子：TGTGU。。。
这两个半条碱基首先somehow合成一条（就像合上拉链的过程），然后再follow以上拉
开拉链的过程复制成2倍体，4倍体，。。。
问题1：如何使得这两个半 |
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d*******3
发帖数: 8598 | 28 20年前，上课就学到，有些突变体，个别地方有4个碱基的密码子，配对的tRNA也是4碱基
那个时候，人们也早就知道有稀有碱基可以配对，tRNA里面很多很多
有人早就想过，4个碱基密码子的世界，是否氨基酸选择更多，意味着蛋白功能更丰富
，意味着生命功能更复杂
问题不在乎这个，而是，这些系统是否能稳定运行。
生物学里面，很多老问题，有帮人一直发呀发论文，一心想上nature science，都是老酒
获奖那个ips的yamanaka，观念是新的，实际也做出东西了，重要性无论如何强调都不
过分。 |
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a*****y
发帖数: 33185 | 29 http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2018/7/415023.shtm
哈佛讲席教授谢晓亮全职回北大任教
2018年7月1日起，北大生物动态光学成像中心主任、北京未来基因诊断高精尖创新中心
主任——谢晓亮正式全职回到母校北大任教，担任北京大学李兆基讲席教授。
谢晓亮
1998年，谢晓亮成为改革开放后哈佛大学聘任的第一位来自中国大陆的终身教授；2009
年，他成为改革开放后第一位哈佛冠名讲席教授的中国大陆学者；他是美国国家科学院
院士、美国国家医学院院士、美国艺术与科学院院士、美国物理化学和生物物理界最高
奖获得者，是获得美国生命医学大奖——阿尔伯尼生物医学奖的第一位华人。
附：谢晓亮教授为北大120周年校庆撰写的纪念文章：
梦想的启航与归程——我和北大的故事
光阴似箭，岁月如梭，历经百廿沧桑，母校北京大学即将迎来120周年华诞。
我生于北大，长于北大，熟悉这里的一草一木，一山一水。从北大幼儿园、北大附小、
北大附中到北京大学，我在北大度过了大部分的学生时光，与北大一起经历了中国的历
史变迁，建立了无法割舍的联系。每次回到燕园，我总会感觉到一种温暖的气... 阅读全帖 |
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h*****h
发帖数: 264 | 30 http://www.pku.edu.cn/ 头条
http://pkunews.pku.edu.cn/xwzh/2018-07/02/content_303545.htm
2018年7月1日起，北大生物动态光学成像中心主任、北京未来基因诊断高精尖创新中心
主任——谢晓亮正式全职回到母校北大任教，担任北京大学李兆基讲席教授。
谢晓亮
1998年，谢晓亮成为改革开放后哈佛大学聘任的第一位来自中国大陆的终身教授；2009
年，他成为改革开放后第一位哈佛冠名讲席教授的中国大陆学者；他是美国国家科学院
院士、美国国家医学院院士、美国艺术与科学院院士、美国物理化学和生物物理界最高
奖获得者，是获得美国生命医学大奖——阿尔伯尼生物医学奖的第一位华人。
附：谢晓亮教授为北大120周年校庆撰写的纪念文章：
梦想的启航与归程——我和北大的故事
光阴似箭，岁月如梭，历经百廿沧桑，母校北京大学今年迎来120周年华诞。
我生于北大，长于北大，熟悉这里的一草一木，一山一水。从北大幼儿园、北大附小、
北大附中到北京大学，我在北大度过了大部分的学生时光，与北大一起经历了中国的历
史变迁，建立了无法割舍的联系。每次回... 阅读全帖 |
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d****n
发帖数: 10034 | 31 今天很多人都被一则“一对名为露露和娜娜的基因编辑婴儿于11月在中国诞生”的消息
震撼了。旋即掀起了一阵舆论热潮。
事情大致是这样的，深圳一位科学家使用名为CRISPR-Cas9的基因编辑技术修改了一对
人体胚胎的基因，来达到预防HIV病毒的目的。
提到CRISPR-Cas9，正如它的主要发明者之一，加州大学伯克利分校的生物化学家詹妮
弗·杜德娜（Jennifer Doudna）所说的，这项技术的灵感来源于细菌。它可以驾驭细
菌的免疫系统、截断甚至破坏单个基因，然后在它们的相应位点上插入新的基因。它是
当前最强大的、实用化的基因修改工具。
这么说吧，科学家用它创造出不长角的牛已经根本不是难事。一切的限制，只在于伦理
道德和监管政策。
2017年，美国国家科学院就发布过一份题为《人类基因编辑：科学、伦理和治理》的研
究报告，是迄今该领域最全面的相关研究报告之一。非常非常令人意外，报告认为在条
件高度受限的情况下，应该允许科学家从事编辑人类活胚胎的研究。这一结论引起了巨
大的争议。
关于中国基因编辑婴儿这一事件，曾光临造就做过专题演讲的中科院生物化学与细胞生
物学研究所研究员、博士生导师吴立... 阅读全帖 |
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z*****i
发帖数: 1 | 32 美国科学家在对华盛顿动物园里的三只大熊猫做DNA测序时发现，熊猫的DNA里包含15个
特殊的碱基。这些碱基只存在于猫科动物体内，别的动物没有。科学家随即对全美国动
物园里的大熊猫进行普查，发现它们全部带有这种猫科动物的特殊碱基。数量并不一致
，从13个到16个不等，大部分是15个。
这一新发现将发表在最近一期的cell杂志上，同时通报给中国有关方面。请求他们对中
国的野生大熊猫种群进行抽样检测，希望能搞清楚这些碱基的来源。 |
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d*********o
发帖数: 6388 | 33 http://science.caixin.com/2020-03-10/101526576.html?originReferrer=weibo_caixinwang
bioRxiv论文的通讯作者之一、中国科学院西双版纳热带植物园副研究员Alice
Catherine Hughes对财新记者表示，“人工干预没有任何证据，这种病毒显然（
clearly）是从野生动物起源和进化而来的。”
研究认为，来自蝙蝠的冠状病毒可能提供了新冠病毒的基因骨架，与蝙蝠或其他野生动
物的进一步重组事件，则使它获得了S蛋白、RBD和多碱基剪切位点
【财新网】（实习记者 黄晏浩 记者 徐路易）新冠病毒又一项“特殊性”在自然界中
找到了类似物。3月6日，一篇发表在bioRxiv预印本网站的论文称，S蛋白两个亚基S1和
S2间的蛋白酶切位点有多个氨基酸插入，并非新冠病毒独有，一种新的蝙蝠冠状病毒
RmYN02的S蛋白同样存在类似插入。研究团队认为，这一结果有力证明了类似插入可以
自然发生，新冠病毒起源于蝙蝠和其他野生动物中存在病毒之间的多重自然重组。论文
尚未经过同行评议。
该论文题目为《一种新的蝙蝠冠状病毒揭示了... 阅读全帖 |
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f******e
发帖数: 938 | 34 虽然很长，但是看完很涨姿势，很高深，很神秘。
NND， 觉得这一切，宇宙，地球，人类，不是偶然的，都是预先设计好的。
关键是谁设计的呢？ 佛祖？耶和华？安拉？好象都不大符合条件。
越想越头疼，算了，超出哥的理解能力，只能昏昏睡去。。。。
TOP10
存在“最小粒子”吗？
很长的一段时间里，人们曾经认为物质、时间、空间这些东西是可以无限分割的。《庄
子•天下》中这样说：“一尺之棰，日取其半，万世不竭。”用数学的语言来解
释这段话，意思就是你可以把1尺长的棍子进行无数次对半分割，第一次对半分割得数
是0.5尺，第二次是0.25尺，第三次是0.125尺……这个过程可以无限地进行下去。
公元前四世纪的希腊哲学家亚里士多德也认为，物质是连续的，人们可以将它无限地分
割下去，我们永远也得不到一个不可再分割的“最小颗粒”。
但很早就有人怀疑“物质可以无限分割”的观念，希腊哲学家德谟克利特相信最小颗粒
是存在的，他把这种粒子叫做“原子”。
德谟克利特认为所有的物质都是由原子组成的，原子是一种不可穿透、不可分割的实体
，一切原子都有着相同的性质，只是在形状、大小、重量、排列、位置上有所不同。... 阅读全帖 |
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T*******r
发帖数: 333 | 35 "人类基因库总共有30亿对碱基对，里面只有1.5%是真正指挥蛋白质合成的，其他的都是
辅助或者无用的，当然这1.5%也不少，代表了4.5千万对的碱基对，其可能的序列有4的
4.5千万次方个可能，是近乎无限的可能性。"
是指这一段吗？
如果是，那我真的怀疑你是否理解概率计算？怎么可以直接把总排列组合的可能性放到
分母上？
实际上，碱基对的数目越多，变异的可能性就越大。
如果假定某个碱基变异的可能性是a (0
是10的时候，10个碱基都不发生变异的概率是（1-a)^10，至少发生一个变异的概率是1
-（1-a)^10。当碱基的数目增加，发生变异的概率几乎为1 [1-（1-a)^n->1 when n->
无穷大]
注意，这还只是一代generation! |
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b*********n
发帖数: 1607 | 36 “1、碱基之上有基因的概念，比如等位基因（allele），染色体上同一位置，可能出现
两种或以上的基因的变种。在一个种群里，一定时期内，会有各种控制细微性状的基因
同时存在。所以进化首先是在基因层面上选择，就算碱基突变完全不发生，进化照样可
以持续千百年。”
首先必须要解释细微性状的差别有什么样的生存优势，如果没有生存优势，只是个摆设
儿，那凭什么别的被淘汰它保留呢？碱基不发生突变就能进化。那么我是不是可以理解
说一个物种的基因的碱基对不需要任何突变，就能进化出另外一个物种？再有，一定时
期内，会有各种控制细微性状的基因同时存在，那我理解在另外时期内就不存在这一现
象了。这个是根据科学观测结果，还是猜想？如果是观测结果，是否可以举例，当然这
个观测肯定是活体观测，而不可能是化石了。
“2、强调1里的种群概念，每个个体内部的碱基对都是多多少少有细微差别的，这种差别
放到种群里，就有很丰富的差异可供进化选择。”
这点我同意。一个种群里个体内部有很多碱基，可以造成性状差异。比如肤色的不同，
毛发浓密的不同，等等。那么如何从一个种类进化到别的种类呢？内部的性状的不同，
你可以说它是进化，也可以... 阅读全帖 |
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P******l
发帖数: 1648 | 37 我相信大多数认真阅读全段【寻找科学亚当、夏娃】文章的人，都能看出作者是如何推
出下面的结论A的。
http://www.bydnacoding.org/CHT2-P1.html
不过会认真阅读这四页的人很少，我总结一下。
论据
1 现今全人类都是一位女性（线粒体DNA夏娃）的后裔。 （因为所有人mtDNA，高度类
同，而与其他任何动物都很不同）
2 现今全人类有一位共同的男性祖先（Y染色体亚当） (因为所有男性ZFY基因区包含
的729个DNA字符代码序列完全相同)
3 现今全人类的2号染色体长臂的2q13–2q14.1位置上，都有一段“789个碱基字符的序
列”，它是男人和女人都有的标记。 所有人完全相同
结论A：
Y染色体亚当和线粒体夏娃，他们都是那唯一一对父母的后裔。这一对父母就是人类起
始的一男、一女，我们可以称他们是“科学亚当”和“科学夏娃”，他们是从你、我血
液中追寻出来的源头。
1+2+3同时满足，推出结论A, 1+2+3是这一结论A的充分条件 (当命题「若A則B」为真
时，A称为B的充分条件)
====================================... 阅读全帖 |
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a****a
发帖数: 3905 | 38 oligo microarray实际上不是print, 而是在solid surface上合成.
基本的原理是, 先将一个碱基固定上去,(当然, 是按照一定的pattern
固定大量的碱基在很小的一个区域内, 不过一个点只有一个), 然后通过
光化学反应合成oligo. 一次加入一个碱基, 每回光照的时候都通过
一个特定的mask, 所以有些点加入了这一碱基, 有些点没有.这样就
可以在一个chip上合成各种不同的oligo.
一般而言, 会由若干个不同的oligo代表一个gene, 有些是特异的,有些
是非特异的, 这样根据不同的hybirdization intensity就可以得出所
检测的DNA的量.
PCR类的, 从技术上讲要简单的多, 实际上就是把PCR产物通过极细的针尖
点在slide上, (就是一般的slide啦), 然后固化, 后处理. 一般而言, 在
2cm见方的区域内点上5000到6000个点是可行的.
Probe的标记一般是用荧光染料, Cy3-UTP和Cy5-UTP是最常用的. |
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g**********t
发帖数: 475 | 39 他的意思是DNA有一定的“硬度”，短链不大容易弯曲，所以碱基不大容易接近？链太
长了肯定也影响碱基的靠近。如果链无限长，那碱基之间的结合和自由分子类似，相当
于分子间反应。而短链中碱基的互作类似于分子内反应，分子内反应一般来说是要比分
子间反应快的。 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 40 碱基保护在数量上
具体什么碱基应该是没有关系的
因为所谓“限制性酶切位点”就已经决定了除开这个识别位点以外、
上游或者下游的序列跟酶切无关
加几个碱基作为“保护”还是可以从名称上想明白为什么
“限制性内切酶”
所谓“内切”
而不是在末端切
就决定了当我们人为的把酶切位点设计在引物末端的时候需要再
加几个碱基以保证可以切得动
除非你不是直接切PCR产物
而是用TA cloning或者TOPO-Blunt end cloning先把PCR产
物放到TA/TOPO vector里面了 |
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g*********d
发帖数: 233 | 41 RNA干扰及其在动物繁殖中的应用
2009-12-28
RNA 干扰(RNA interference, RNAi)是生物进化过程中遗留下来的一种在转录后通
过 RNA 调控基因表达的机制, 它是指在真核细胞中引入双链 RNA分子从而导致具有序
列同源性的基因产生特异性基因沉默 (gene silencing)的现象 。由于 RNA干扰可以阻
断特定的基因表达, 具有超越疫苗和抗病毒药物的诸多优点, 因此在阐述基因功能以及
蛋白质相互作用等方面, 表现出诱人的前景。近年来随着分子生物学的发展, RNAi 的
机制也不断被阐明, 同时国内外研究也证实 RNAi 技术可以为动物繁殖过程中所涉及的
基因功能提供一条新的思路, 这在科研和生产实践上都具有重要的意义。
1 RNAi的发现
Matzke 等于 1989 年报道了启动子介导的序列同源性基因共转染烟草可引起转
基因表达发生沉默。 1990 年, Napoli 和 Van der Krol 等为了让矮牵牛花的颜色更
加鲜艳, 把与紫色相关的查尔酮(chalcone)基因转染到牵牛花内, 结果意外发现, 植物
体的颜色... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 42 RE LZ
just go to
htp://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31627067.html
11f
一句话： 要确定某个表达蛋白(A物种) 的真正的5' UTR 范围碱基序列
最好将其包括启动子部分的碱基序列转接到一个非启动子功能的载体
然后转染到异种(B物种: 可以是A物种的近缘) 的Cell line 表达那个目标蛋白
再提取那个表达后的目标蛋白
如果后者同In vivo (A物种) 的生化物理性质完全一致,
那么其包括启动子部分的碱基序列 就是真正的5' UTR 范围碱基序列
[回复]
发信人: lotkaeuler11 (Fibonacci), 信区: Biology
标 题: Re: 急求：怎样从基因组序列中找出基因的5'UTR确切序列？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 19 05:09:42 2012, 美东)
ZZ
老外的forum 有关的讨论帖 的最精彩的一句推论:
>So if I understood well, you suggest to lengthening the 5' end of th... 阅读全帖 |
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s****l
发帖数: 10462 | 43 假如说要测
1，一百个随机片段，每个片段两三百碱基，两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
2，一千个随机片段，每个片段两三百碱基，两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
3，一万个随机片段，每个片段两三百碱基，两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
4，一次上升到百万级别，大概就相当于基因组重测序吧。
这四组相比，测序的精确度会改变吗？为什么？
我不是想知道同样的测序方法同样的测序通量，这样下来每个组的coverage会怎么样不
同。我想知道，某个测序方法，可以是Illumina or Ion or SOLiD or 454，这个测序
方法的每个碱基（per base）的精确度会不会改变？ |
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发帖数: 1 | 44 #注明译者，请随便转载：）
CRISPR英雄谱
埃里克・兰德（Eric Lander）
小鹿／译
三年之前，科学家们宣布，CRISPR技术能够对真核活细胞进行精准与有效的基因组编辑
。自此，这项技术手段已然震撼了科学界，数以千计的实验室正在将其运用于从生物医
药到农业的各个领域。然而，从一种奇特的细菌重复序列现象的发现开始，到确认这种
现象为适应性免疫系统，进而对它的生物功能特性的了解，直至开发为一项基因工程的
技术，这此前二十载相关的研究历程却不为人所知。本文正是着眼于填补这段科学历史
的空白，它讲述的是观念的演化历史和先锋人物的传奇故事，并且从中获得关于支撑科
学发现的优秀科研环境的启迪。
前言
很难想起曾经有哪一次科学革命像CRISPR这般如此迅速地改变生物学界。仅仅三年之前
，科学家宣布，CRISPR系统，即细菌通过纪录和精准攻击入侵病毒的DNA序列而进行自
身防御的适应性免疫系统，可以利用转化为一项简单而有效的技术在哺乳动物和其它生
物体的活体细胞内进行基因组编辑。CRISPR即此被全球数以千计的实验室运用于广泛的
领域，如创建人类遗传疾病和癌症的复杂动物模型；... 阅读全帖 |
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i***s
发帖数: 39120 | 45 12月7日，湖南怀化，中国最早的艾滋病患者关爱中心——洪江区关爱中心。关爱中心老洪（化名）在逗孩子玩。（资料图）
蒂莫西·雷·布朗（Timothy Ray Brown）一定是2010年最引人注目的病人。有关他的一切都神秘极了，很少有人知道他头发的颜色，家里养着什么宠物，或是喜欢哪个电影明星。尽管如此，全世界的媒体都在争相报道这个居住在德国柏林的42岁白人男子。他曾经被艾滋病纠缠了整整10年。12月8日，一个由德国三所大学医学部研究人员组成的七人小组在著名科学杂志《血液》上发表在线论文称，“我们的研究结果证明这个病人的艾滋病被治愈了”。
据《中国青年报》报道，自从1981年艾滋病毒被发现后，在这个“世纪杀手”多达6000万人的追杀名单中，布朗也许是第一个也是目前唯一一个被治愈的人。这名德国病人的痊愈被视为“令人震撼的突破性进展”。
治疗白血病时治愈了艾滋病
奇迹发生在一栋砖红色的建筑里，那是位于德国首都的夏洛特医院，也是欧洲规模最大的大学医院。
布朗是这家医院的老病号了。自从10年前被诊断出患有艾滋病后，他就一直在这里接受药物治疗。病毒没有击垮这个中年男人的身体，而是一直在他体内平静地潜... 阅读全帖 |
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g***j
发帖数: 40861 | 46 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: yetiti (yeti), 信区: Biology
标 题: 转发：关于进化和起源的一篇文章--我读过的最好的科普作品
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 4 03:33:26 2013, 美东)
神棍请自动绕道，只是和搞生物的同学分享一篇好文
转载：原文链接：http://www.douban.com/group/topic/33656795/?r=1
在以前本小组的讨论中，我曾提到 “比如你如果不理解所有生物共有的膜渗透能量供
应化学原理，你就根本无从评价任何生命起源的理论。”
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一 直觉与反直觉
直觉（intuitive）和反直觉（counterintuitive）是科学讨论在描述一个科学理论或
者发现的时候，经常使用的二分法。这个叫法本身并不那么科学和严谨，但是其中的意
味却是无限深长的。
既然不严谨，我也不去定义它，只看范例：
最简单清楚的直觉理论，在古希腊科学有很多范例。比如“物体排开的水量等于它的体
积”。比如欧几里得平面几何中的公设和简单定理。“凡直角... 阅读全帖 |
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t*****g
发帖数: 6101 | 47 新碱基，我帝以后想造什么超级蛋白质就能造出来了。国安委要想办法对付了。
一夜之间，科学家彻底改变了地球的生命史。在漫长的岁月中，所有生命的遗传密码只
有两对碱基组合，现在，人类合成了第三对。5月7日，权威科学杂志《自然》期刊在线
发表了美国加州斯克利普斯研究所（The Scripps Research Institute ,TSRI）的这项
研究。虽然这对新碱基目前仅与自然界复制系统“兼容”，还不能制造蛋白质，但这一
突破打破了已有的构造规律，带给我们无尽的想象，从研制新药到创造另一种生命，一
切皆有可能。 |
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m*******t
发帖数: 482 | 48 普通老百姓如何对待转基因
这次回国，有不少人问到转基因，碰巧我做过这方面的工作，知道其中一二，就写了这
个帖子，给大家科普一下。
一，转基因有害? 别逗了。你要把酒桌上调侃＂河南人都是骗子＂当了真，那我还真无
话可说。老实说，笼统地讲＂转基因有害＂是个伪命题，就算可能有点道理，也没啥意
义。转基因要根据不同的目的转不同的基因。抗虫转抗虫基因，抗旱转抗旱基因，抗病
毒转抗病毒基因。这些基因性质不同，产生的蛋白结构不同，当然产生的效果也不可能
相同。即便可能有害，也应该是产生不同的危害。就好象抗生素，你可以说青霉素可能
引起过敏，土霉素可能引起黃斑牙，氯霉素可能引起再生障碍性贫血，但你非要说＂抗
生素有害＂有多少意思？
之所以当头強调这一点，是因为反对转基因的文章常常以偏概全，把针对单个转基因产
品的实验结果无限延伸，一板子打在所有转基因的屁股上。比如欧洲有位教授发现食用
转bt基因玉米的老鼠，其后代的生育力会下降。且不说这个教授的实验有无问题，就算
完全正确，也不能因此得出结论，说食用转抗旱基因水稻的老鼠，其后代的生育力也会
下降。就好象学工程的大学生可以造汽车，不等于任何大学生都可以造... 阅读全帖 |
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s*****r
发帖数: 11545 | 49 俺的理解是：在某些节点是你一个碱基俺一个碱基地配对，在另一些区域是你合成一串
俺合成一串然后配对，而有时两串合成速度差别非常大，然后引领串会被限速，跟随串
会时快时慢赶上。
不过这里面有个问题，跟随串是如何知道碱基序列的呢？难道两串同时以rna作为模板？
:
当然不是。这篇文是在讲leading/lagging strand复制不同步
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c*********d
发帖数: 9770 | 50 荒猫牛不耕微信号laoniu003005
功能介绍
好文分享
来源：荒猫之舞
作者：荒猫
中美贸易战告一段落，毫不意外地，咱们又赢了。不过与以往不同的是，这次美国也赢
了，是双赢。据报道，咱们答应了美国减少贸易逆差的要求，所以美国赢了；而因为要
减少贸易逆差，中方将大量增加自美购买商品和服务，这样可以满足咱们不断增长的消
费需求和促进高质量经济发展，所以咱们也赢了。
但让我感觉不可思议的是，这么好的事情，为什么一直不做呢？为什么要在美国政府的
逼迫下去做呢？是因为没有想到？那岂不是说那些人能力低下？是因为想到了而不做，
那岂不是证明了那些人很坏？
而且在美国高调启动贸易战之初，咱们是抱着多大的决心，宁为玉碎不为瓦全，一定要
打赢的，一定要粉碎美国人阻挡咱们大国崛起的阴谋的。当美国提出500亿的清单时，
咱们针锋相对；当美国提出1000亿的清单时，咱们继续应战；而当美国把清单的总价提
高到2000亿的时候，一夜之间，美国就不是阻挡咱们大国崛起，而是有利于咱们大国崛
起了。美国的要求原来是有利于咱们的发展，而不是遏制咱们的发展了。我恍然大悟：
原来以前的针锋相对，是用的激将法，是为了刺激美... 阅读全帖 |
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