l***d
发帖数: 1828 | 1 泛素小史【原创全文翻译】
转载请注明来自丁香园
发布日期: 2005-07-08 10:13 文章作者: jsj97
文章编辑: admin
泛素小史
译者注：此文是译作，原文作者是日本科学家田中启二。原文载于2004年土羊社出版的
“ユビキチンがわかる“。转载时请注明原文作者，译者名jsj97，译文原文载于丁香园
。
作者简介：田中启二，1976年从德岛大学医学院研究科大学院博士课程中途退学，经过
德岛大学酶研究所助手，酶科学研究中心助教授，从96年起东京都医学院研究机构东京
都临床医学综合研究所分子肿瘤学研究部门部长，2002年至今任同研究所副所长。
译者前言：当初引起我翻译这篇文章的冲动是因为他写得很好，使我有一种想好故事大
家分享的想法。但凡是说起容易，做起来难，各种专业名词和本人并不高的日语水平，
使得这片并不长的文章的翻译时间拖了又拖。尽管我尽了最大努力，我仍然无法确定内
容的权威性，大家最好仅仅当做一个故事，而对细节的正确与否请放过。
1 泛素发现的前夜
现在回想泛素的发现，不能不提到两个先驱性的研究。泛素的发现最早要回溯到半个世
纪前，1953年，Simpson 利用 |
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O******e
发帖数: 4845 | 2 ☆─────────────────────────────────────☆
immunogen (李继耐) 于 (Mon Mar 20 21:59:10 2006) 提到:
（本文纯属虚构,人名若有雷同,纯属巧合;未经许可，严禁转载）
论某人对生物研究的贡献，5-7年之内，难以作评，１０年之外，
绰绰有余。评价的标注有几个不同的层次。最初级的标准是：此人名气是否大（大
的如饶一, 施义工之于海外中国生物学人）？ 或是，这人是否就职名校 (言必称Harvard
Medical School)？更上一层， 这人是否常发文于高级杂志 （象骆离群在cell,nature
上灌几篇水）？再而上，此人是否抓住潮流，作的研究HOT否（嗅觉，神经环路，
ubiquitin)？
然而，在更高的层次，特别是在欧美精英生物学家圈子里，人们
常常关注的是：此人是否开创了一个领域(field)，是否发展了一个概念(concept)，
是否建立了一个系统的理论(theory system)？以此三条绳之于饶施骆三人，或可发
问：饶开 |
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k******g
发帖数: 38 | 3 这个一作是一个人,一期science,2篇research article
Identification of SCF ubiquitin ligase substrates by global protein
stability profiling.
Yen HC, Elledge SJ.
Science. 2008 Nov 7;322(5903):923-9.PMID: 18988848 [PubMed - indexed for
MEDLINE]Related articlesFree article
Global protein stability profiling in mammalian cells.
Yen HC, Xu Q, Chou DM, Zhao Z, Elledge SJ.
Science. 2008 Nov 7;322(5903):918-23. |
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D****s
发帖数: 5 | 5 此蛋白是一个ubiquitin E3 ligase. 加了蛋白酶抑制剂并且是低温操作，还是绝大部
分蛋白被降解。感觉降解应该发生在收菌以前。我需要表达纯化全长的此蛋白。
请问这种情况，换一个E.coli host strain 来表达会有效果吗？ |
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s******y
发帖数: 28562 | 6 Promega, TnT T7 coupled transcription/translation kit
Depending on what degradation system was responsible. In vitro translation
system also contain ubiquitin and proteasome. However, it does not have
lysosome or golgi (which also contains protein degradation machinery).
You can add 10uM MG132 in the in vitro translation system (or your 293T cell
culture medium) to inhibit the proteasome.
的系统更容易降解我的蛋白？
Yes. If you want, you can try bacterial in vitro expression system. BUT, it
won't contain the |
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h**********8
发帖数: 650 | 7 Sumo is around 26kD, I guess it is Ubiquitin. |
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y***i
发帖数: 11639 | 8 曝一个吧 Caltech Varsavsky
Uniquin功能的发现者，很多重要技术的创造者，好像包括Chip，以前是诺贝尔奖的热
门人物，上次Ubiquitin发奖居然没有他，现在我觉得戏不大了。
给postdoc位置不interview，去他实验室看不给报销，结果我正好路过，所以还是去
看了。见面的印象很好，文质彬彬，风度特别象个老贵族。但手底下的人集体向我爆
料：他对手下人不好。你做得越好越不让走人。必须有一片第一作者才给绿卡写推荐
信。以前显然是天才，现在的idea又多又差，不断的提供层出不穷的坏主意还非做不
可，绝对不准自己选择的方向。走人的时候要签协定什么project都不许带走。本来都
是准教主级的人物了，根本不提携手下。你可以去看看他实验室出来的人都到哪里去。
早期的倒可以去好学校，越晚去的学校越差。哪怕是发了好几篇CNS的人。
他手下的人很不忿，聚集在一起强烈的告诫我不要去。现在对他们心里还很感激。
2
they
State
staff
时。 |
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y***i
发帖数: 11639 | 9 对了不是什么project都不许带走，而是他感兴趣的project不许带走。有个哥们跟他
为这个闹翻了，结果走人的时候notebook, plasmid之类都不许带。
另一方面他感兴趣的project比较偏，象Ubiquitin在那么多方向上搞得那么热火朝天
，他只感兴趣没其他人搞的amino acid rule。这也是他实验室的人相当痛苦的地方。
.
致学
，反
这是
上是
绝写
白人
鼓励
假，
动人
生帮
人的
的时
。好
生和
月对
剔苛
，感
己也
也会
哭，
定下
和她 |
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V***b
发帖数: 3419 | 10 这个也不全。比如26日中午Laurie Glimcher关于Xbp1的讲座，29日Zhijian Chen的
Ubiquitin Signaling都不在上面。 |
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i*****h
发帖数: 418 | 11 A postdoctoral position is immediately available at the Department of Cell
Biology and Physiology, University of Pittsburgh School of Medicine. The
position is supported by a NIH R01 grant to study the early biogenesis of
cystic
fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) and to decipher the
ubiquitin-proteasomal degradation pathways of the wild-type and the mutant
CFTR proteins. The selected individual will become an integral member of a
team of CFTR research investigators represented b |
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t*x
发帖数: 1065 | 12 我们实验室一直用兔子多抗anti-ubiquitin
可是最近要做ICC，跟另一个兔子抗体一起染，所以想要买个mouse来源的
请大家帮忙推荐一个好用的抗体，尤其是用在ICC比较好的（特异性强，背景低的）
刚才google了一下
IMGENEX, abcam,santa-cruz....很多公司都有，但不知哪个好
请用过的同学不吝赐教。。。
谢谢大家！！^_^
谢谢！ |
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g***y
发帖数: 201 | 13 Ubiquitin(P4D1) #3936 from cell signaling
works very well on PFA fixed paraffin sections |
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n******d
发帖数: 1055 | 14 Ubiquitin is to abundant in cells, ICC will be messy. |
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a******g
发帖数: 71 | 15 我印象中Pierce测定他们的concentrator的MWCO是用的BSA，lysozyme，ubiquitin和
cytochrome C。 |
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r**z
发帖数: 37 | 16 请教一下，GPCR过量表达，一定会ubiquitination化吗？如果不是，那哪一类的能激活
泛素途径啊？
外行很低级的问题。能给篇好点的文献吗。谢谢 |
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m***n
发帖数: 337 | 17 GSK3{beta} mediates high glucose-induced ubiquitination and proteasome
degradation of insulin receptor substrate-1
PMID: 20466847
if you could access this paper, could you please send a copy to my email:
m******[email protected]. thank you very much |
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t*******k
发帖数: 87 | 18 我用了不同来源的ＵB，包括公司买的野生型和突变体，结果是一样的。公司的人说和
加热有关，不知道谁遇到过类似情况？ |
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g*****y
发帖数: 6325 | 19 有可能和加热有关。有的蛋白不能加热，加热就aggregate. 我以前做得蛋白从来不加
热。 |
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i***R
发帖数: 663 | 21 Key word: ActRIIB Antagonism, muscle mouse, dramatic prolonged survival,
ubiquitin-proteasome system, Muscle Stem cell
这篇文章很有意思, 肌肉鼠得了癌症后，40天基本不死，对照组基本死光。
doi:10.1016/j.cell.2010.07.011
Reversal of Cancer Cachexia and Muscle Wasting by ActRIIB Antagonism
Leads to Prolonged Survival
Xiaolan Zhou1, Jin Lin Wang1, John Lu1, Yanping Song1, Keith S. Kwak1,
Qingsheng Jiao1, Robert Rosenfeld1, Qing Chen1, Thomas Boone1, W. Scott
Simonet1, David L. Lacey1, Alfred L. Goldberg2 and H.Q. Han1, ,
1 Departme |
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o********r
发帖数: 775 | 22 先说你后面的：
：consistency
不试验证明找到的新的发现是真的，而且有biological significance以前，啥都不算
，俺永远predict RB1和RB有关，这个基本上永远没错，而且永远consistent。
：sensitivity/selectivity
By simulation?没用，每个人都可以找到一个model说明自己的方法是世界上最牛的（
别人也可以设计另一个model证明你的东西完全错了）。用俺前老板的话，simulation
只能证明你的方法没用，不能证明有用。
：BIOLOGICAL RELEVANCE.
如果你是通过翻文献或者GO code/IPR之类的，算了，太主观了。比如找到一个set和
Ubiquitin有关，估计啥phenotype都能往上套。想要证明这个东西是对的，唯一的方法
是做试验，比如说你predict某些gene overexpression会引起 metastasis，那就去动
物体内去验证，至少也要在cell line里证实。当然，现在绝大多数bioinfo的文章都是
主观说biologically relevant... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 23 导读：治癌症，中国民间一直流传着以毒攻毒的说法，用小剂量的砒霜可治愈癌症。但
多少年以来，
人们对于砒霜为什么能够以毒攻毒却知之甚少，而新近上海血学研究所的专家却为世人
揭开了这层神
秘的面纱，从分子学的角度阐述了砒霜的作用机理。砒霜是中国民间自古以来就有的药
方，这也将为
中医药治疗疾病提供了西医的解读途径。
三氧化二砷俗称“砒霜”，经证实可用于治疗急性白血病，但“以毒攻毒”的分子机制
一直是个难题。我
国研究人员最近在这个领域取得重大突破，上海交通大学医学院附属瑞金医院上海血液
学研究所、医
学基因组学国家重点实验室等，近日在国际权威杂志《科学（Science）》上发表了“
三氧化二砷治
疗急性早幼粒白血病（APL）分子机制”的最新研究成果，研究揭示癌蛋白PML-RARα是
砷剂治疗APL
的直接药物靶点。
APL曾经被认为是最为凶险的白血病之一，很多患者在发病早期即死于严重出血，缺乏
有效治疗方
法。上世纪90年代，上海血研所陈竺、陈赛娟研究员等经过临床证实，全反式维甲酸和
三氧化二砷联
合应用，可以使约90％的APL患者达到5年无病生存。但三氧化二砷的直接分子靶点和分
子机理，... 阅读全帖 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 24 很正常，博士是弟子。博士后不过是暂时找不到faculty，到他那里打工的。廉价又需
要防范的，
话说caltech 做ubiquitin的Ray Dash 就是这样的类型 |
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l**********n
发帖数: 240 | 25 Josef Martin Penninger
Most significant scientific contributions:
Our basic approach is to genetically manipulate and change genes in mice and
to
determine the effects of these mutations in development of the whole
organism and in
diseases. From these mutations we are trying to establish basic principles
of
development and basic mechanisms of disease pathogenesis. My laboratory
focuses on
heart diseases, autoimmune diseases and cancers, and bone diseases. On all
the listed
contributions below I ... 阅读全帖 |
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t******y
发帖数: 716 | 26 stressgen Rabbit anti-Ub的也不错。
Sunnyday mm， 你说的这个好，到底有多好？ |
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W****C
发帖数: 1937 | 29 我在做一个２０ｋｄ的蛋白，发现它很容易被降解， 半衰期大概２－３小时。 而且
这个蛋白的truncated/mutated clone 转染细胞后多数都测不到蛋白表达（全长的做
＋对照可以测到）， 但是能用invitro translation的系统测到。小蛋白容易降解？
这种现象常见吗？
我现在先测它是不是+ubiquitin，proteasomal degradation. 其他降解途径比如ｌｙ
ｓｏｓｏｍａｌ， ｐｒｏｔａｓｅ， ｃａｓｐａｓｅ比较好用的ｉｎｈｉｂｉｔｏ
ｒ有啥(用来处理细胞）？ |
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l****o
发帖数: 442 | 30 正在研究某个分子的E3 ligase活性，在enzo boston公司订了个Auto-
ubiquitinylation kit 做了几次阳性对照都没有出来，我个人觉得是试剂盒有问题，
但是因为第一次做，没有概念。
不知道哪位版友做过这方面的实验，是不是很难做。
如果有可能请推荐一个好用的试剂盒。
谢谢！ |
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O******e
发帖数: 4845 | 31 You may want to try Boston Biochem. |
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b****n
发帖数: 311 | 32 Nature Genetics也不难：
1: Huang XY, Chao DY, Gao JP, Zhu MZ, Shi M, Lin HX. A previously unknown
zinc
finger protein, DST, regulates drought and salt tolerance in rice via
stomatal
aperture control. Genes Dev. 2009 Aug 1;23(15):1805-17. PubMed PMID:
19651988;
PubMed Central PMCID: PMC2720257.
2: Sun SY, Chao DY, Li XM, Shi M, Gao JP, Zhu MZ, Yang HQ, Luan S, Lin HX.
OsHAL3
mediates a new pathway in the light-regulated growth of rice. Nat Cell Biol.
2009
Jul;11(7):845-51. Epub 2009 Jun 21. PubMed PM... 阅读全帖 |
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f*******h
发帖数: 38 | 33 吴号Michael Karin强强联手
搞结构灌水灌的真快
Crystal structure of inhibitor of κB kinase β
Guozhou Xu, Yu-Chih Lo, Qiubai Li, Gennaro Napolitano, Xuefeng Wu, Xuliang Jiang, Michel Dreano,
Michael Karin & Hao Wu
Department of Biochemistry, Weill Cornell Medical College, New York, New York 10021, USA
Guozhou Xu, Yu-Chih Lo, Qiubai Li & Hao Wu
Department of Pharmacology, University of California at San Diego, La Jolla, California 92093, USA
Gennaro Napolitano, Xuefeng Wu & Michael Karin
Nature (2011) doi:1... 阅读全帖 |
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s*********t
发帖数: 600 | 34 Fission yeast COP9/signalosome suppresses cullin activity through
recruitment of the deubiquitylating enzyme
Ubp12p.
Zhou C, Wee S, Rhee E, Naumann M, Dubiel W, Wolf DA.
Mol Cell. 2003 Apr;11(4):927-38.
The fission yeast COP9/signalosome is involved in cullin modification by
ubiquitin-related Ned8p.
Zhou C, Seibert V, Geyer R, Rhee E, Lyapina S, Cope G, Deshaies RJ, Wolf DA.
BMC Biochem. 2001;2:7. Epub 2001 Jul 18.
PCI proteins eIF3e and eIF3m define distinct translation initiation factor 3
comp... 阅读全帖 |
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f******s
发帖数: 288 | 35 ubiquitination ？ 我忘了有多大了，好像差不多就这么多。。 |
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l****o
发帖数: 442 | 36 本人的project中有个很重要的实验，是做药物对已知蛋白泛素化的影响。
先买了一个boston 公司ENZO的kits，拿着试剂盒中的阳性control，按照其说明书做，
神马阳性条带都没有见到，跟那个公司你来我往交流了一个多月，他们公司还继续给我
做了张漂亮的图，我这边换了个人做，还是啥泛素化条带都没有见到，我们实验室得出
的结论是试剂盒有问题。
接下来就换了家有口碑的boston biochem，买了p53 Ubiquitination Kit这个试剂盒，
说起来这种实验应该是很简单的，见了鬼了，依然是两个人做了两次还是阳性对照都出
不来。我觉得像这家公司试剂应该是问题不大的，但是我实在是找不到原因。
不知道有没有做过类似实验的版友给些好的建议，或者提醒我有什么tricks，或者再给
我推荐个用过的试剂盒。
谢谢！ |
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s******y
发帖数: 28562 | 37 体外泛素化很难作的。即使是老手也容易出岔子，更不用说新手了。
不知道你们的kit 是否把所有component 都放进去了。
首先从最容易出岔子的地方来说吧，你们用什么检测方法？
如果用放射同位素标记的泛素还还容易看出带一些。
如果是用western blot的话，很难用蛋白本身的抗体直接看出ladder的。
我们一般都是把His-tagged 蛋白纯化之后再用anti-ubiquitin来看。
另外一个要点是，跑胶的时候最好要用4-15% gradient gel, 然后３０伏
转膜过夜。如果高压短时间转膜几乎转不出好看的带来。 |
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l****o
发帖数: 442 | 38 谢谢sunnyday，除了抗体以外的所有成分都是公司提供的。
我们没有用同位素的方法检测，用的是目标蛋白p53的抗体以及ubiquitin的抗体。
转膜条件倒是30v过夜，并且用的是公司推荐的一个适合大分子转膜的一个配方。 |
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t******y
发帖数: 716 | 39 mono-ubiquitinylation 应该到不了18kd，ubiquitin的分子量7.6kd。 |
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z********i
发帖数: 610 | 40 怎么没有人讨论这篇文章了？
看了一下这几篇文章，很有可能NEDD4不是PTEN的E3，但是那篇CELL paper的方法和数
据又没有什么问题?jiang是从xiaodong wang实验室出来的,他从in vitro assay的建立
，到寻找组分的方法，和 xiaodong wang的一摸一样，但是为什么最后找到的蛋白为什
么不对呢？我感觉是in vitro assay的问题，虽然E3有很好的substrate specifictiy
，但是overexpressed 或者是in vitro assay的时候就不是这样了，过表达的情况下就
没有底物特异性了，所以在他们的assay 中能看到PTEN ubiquitination.后面可能选择
了符合预期的实验结果。一些相互作用和WB，多做几次总能出现一次想要的。junjie
chen的文章提到nedd4和pten没有相互作用，可以解释为实验条件不一样，比如 buffer
的离子强度。
我也是做生化的，对一些生化的结果总是很困惑。比如做个screening，曾经做过
kinase and phosphatase,发现一些kinase/... 阅读全帖 |
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z*******a
发帖数: 175 | 41 谢谢
knockdown和overexpression的是一个E3 ubiquitin ligase， phenotype属behavior
请问还有其他可能性吗 |
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g*********d
发帖数: 233 | 42 夏荣辉，李江
上海交通大学医学院，上海（200011）
E-mail：e******[email protected]
摘 要：基因的表观遗传学修饰正越来越受到人们的重视，它包括DNA甲基化和组蛋白修
饰，组蛋白修
饰又包括组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化。基因的表观遗传学改变在基因转录调节方面有
重要作用。最
近研究较多的是多种组蛋白修饰方式和DNA甲基化在基因转录调节方面的共同作用，本
文详述组蛋白
修饰和DNA甲基化的发生机制，并且总结了组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化与DNA甲基化之
间的相互作
用，提示不同位点的组蛋白甲基化与DNA甲基化共同作用于基因转录，并且发挥不同的
作用，具体体
现在组蛋白乙酰化、组蛋白H3K9、H3K27和H4K20甲基化与DNA甲基化协同作用，使基因
发生转录抑
制，而组蛋白H3K4甲基化与基因转录激活有关。
关键词：组蛋白修饰；DNA甲基化；关系
1. 引 言
目前，在研究肿瘤发生发展的过程中，基因的表观遗传学修饰所起的作用日益得到人们
的重视。组蛋
白修饰和DNA甲基化是两种最重要的表观遗传学修饰方式。研究表明，人类几乎所有类
型的肿瘤都存
在组蛋白及DNA甲基化的异常... 阅读全帖 |
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k*****n
发帖数: 417 | 43 Their top5 highly cited research papers:
Wei Gu:
Title: Negative control of p53 by Sir2 alpha promotes cell survival under
stress
Times Cited: 822 (from Web of Science)
Title: Deacetylation of p53 modulates its effect on cell growth and
apoptosis
Times Cited: 331 (from Web of Science)
Title: Deubiquitination of p53 by HAUSP is an important pathway for p53
stabilization
Times Cited: 319 (from Web of Science)
Title: Mono-versus polyubiquitination: Differential control of p53 fate by
Mdm2
Times Ci... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 44 有没有人知道有什么例子里，一个蛋白的磷酸化既能改变它的活性（比方说对
下游靶蛋白的磷酸化增强，或者对其他蛋白结合里增强），同时又加快它的
降解速度的？
这种例子理论上应该是有的，比方说一个蛋白不磷酸化的时候分子是合起来的，没有活
性，但是一旦磷酸化后把蛋白展开来了，活性基团暴露出来的同时也就招来Ubiquitin
ligase所以降解变快，等等，似乎上学的时候再在生化课还听过。但是我一下子实在想
不起什么事例来了。哪位同学知道的来指点一下？先谢过了！ |
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s******y
发帖数: 28562 | 46
ubiquitin
比方说啊（我随便胡乱举一个栗子）。某蛋白在核里面磷酸化之后就增强了它
结合DNA的能力，然后它一旦被释放回到细胞质里面立刻就被降解了。 |
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h**********8
发帖数: 650 | 47 借人气问一下，版上是否有朋友做sumoylation?
总是有文献说这个修饰是抑制的，促降解的。
可我们发现似乎不是这样。
Ubiquitin |
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s******y
发帖数: 28562 | 48 一般而言如果是mono- or di- sumoylation 的话，和降解没有关系，
尤其是膜蛋白和核蛋白。
这个原则对于ubiquitin 也成立。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 50 貌似没有听说过，因为E3 ligase 有一定的特异性。
当然，不能排除某些蛋白躺着中弹的可能性 |
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