f******o
发帖数: 427 | 1 蛋白降解加快，而RNA代偿性升高，可以比较一下处理前后蛋白ubiquitin化的水平。 |
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s*****i
发帖数: 315 | 3 Ubiquitin Promoter，EF1a promoter,
对于老鼠细胞系来说lenti和retro都能感染，不过感染了lenti之后就不能感染retro了
，反之则可以。 |
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s*****i
发帖数: 315 | 4 Ubiquitin Promoter，EF1a promoter,
对于老鼠细胞系来说lenti和retro都能感染，不过感染了lenti之后就不能感染retro了
，反之则可以。 |
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f*****f
发帖数: 195 | 6 谢谢，假如你自己的是没报道过的话，能否告诉我下之前有文献报道过的这样的蛋白或
对应的paper？ |
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r***e
发帖数: 2539 | 7 转染HA-Ub是为了检测方便吧？
我不确定，只是猜测。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 8 happy 8th march, sunnyday |
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y***y
发帖数: 709 | 11 Poly-ub要看到也不麻烦，用MG132处理就可以看到了。 |
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a****d
发帖数: 1919 | 12 FUGW-H1 lentiviral vector for shRNA. It has ubiquitin promoter for EGFP and
H1 promoter for shRNA expression.
You can find it on Addgene.
到。 |
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p*****c
发帖数: 20445 | 13 Christopher D. Lima, Ph.D.
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
Christopher Lima doesn’t pick easy problems. A structural biologist, he is
investigating how cells attach small proteins—like ubiquitin and the
related molecule SUMO—to other proteins to modify their function or fate.
Alongside those studies, he is exploring the molecular mechanisms that
underlie RNA processing and degradation—modifications to an RNA copy of a
gene that influence its stability and ability to be used as a template ... 阅读全帖 |
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m********r
发帖数: 124 | 14 有没有知道St Jude children hospital 的Brenda A. Schulman 实验室怎么样？看上
去似乎做结构还是不错的，不知道老板人怎样？另外，是不是现在做Ubiquitination
的生化的同位素还是很主要的技术？这样说来，postdoc去做P32 pulse-chase是不是不
合适啊？不想这个做一辈子。 |
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c**i
发帖数: 265 | 15 谢谢，我查查相关的内容。我们做的就像split GFP，split ubiquitin那种，特点是反
应（只能）是在细胞质中发生的。检测反应的同时，也定位了胞内的位置。 |
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c**i
发帖数: 265 | 16 谢谢，我查查相关的内容。我们做的就像split GFP，split ubiquitin那种，特点是反
应（只能）是在细胞质中发生的。检测反应的同时，也定位了胞内的位置。 |
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S*********s
发帖数: 304 | 17 从图上来看
1. over-expression
2. GFP-tag
both of them will cause aggregation/unfold etc
need clean and convincing data to generate hypothesis
highly ubiquitinated protein是不稳定的（如Nrf2），basal level很低,能够快速响
应各种stimulus |
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s******y
发帖数: 28562 | 18 如果内源蛋白也有高度泛素化的话那会很有意思。如果仅仅是转进去的蛋白有这种现象
的话就比较难说了。
至于说高度泛素化的蛋白，histone protein 和一些结构蛋白是可以出现的。因为它们
会被固定在相关的细胞结构上所以不会很快被降解。但是那些蛋白一般只会出现少于４
个ubiquitin的修饰。很少听说会出现多泛素化的。 |
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d******g
发帖数: 2060 | 19 求 审稿 cell biology and cancer biology
The specific keywords about my expertise:
mTOR signaling; Tuberous sclerosis complex (TSC); Autophagy; Apoptosis;
Ataxia telangiectasia mutated (ATM), AMPK; AKT; Reactive oxygen species (ROS
); Mitochondria/Peroxisome biogenesis; Protein ubiquitination; Confocal
microscopy
请站内短信，需要cv再email。包子感谢。 |
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K****e
发帖数: 32 | 21 ubiquitin是没有，但是又没有发挥类似UPS作用的体系呢？
细菌中乙酰化的报道较多，提示细菌中有成套的乙酰化修饰体系，是不是可以认为外源
性蛋白在进行质粒表达后也可能会被Ecoli中的乙酰化酶作用，从而产生乙酰化位点。
不知道这方面有没有报导？ |
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D****o
发帖数: 80 | 22 细菌里类UPS的质谱表现和ubiquitination是截然不同的
。 |
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a****d
发帖数: 1919 | 23 CMV is relatively weak. CAG/PKA/ubiquitin promoter should all work in ovo
eletroporation. |
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z*********s
发帖数: 38 | 24 Essays Biochem. 2005;41:15-30.
E3 ubiquitin ligases.
Ardley HC, Robinson PA.
Source
Molecular Medicine Unit, University of Leeds, Clinical Sciences Building, St
. James's University Hospital, Leeds LS9 7TF, UK.
十分感谢：
E-mail:y**********[email protected] |
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a*********n
发帖数: 2526 | 25 这个和lysine的accessibility and PK 有很大关系 |
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a*********n
发帖数: 2526 | 26 这个和lysine的accessibility and PK 有很大关系 |
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c******a
发帖数: 267 | 27 确实我只在我做的领域懂点皮毛。请从你的角度和高度来发表一下高见。
我承认innate immunity里面新蛋白也是有很多，但是重要性还是不一样的。
在MAVS之前，估计james chen在antiviral immunity领域的影响仅限于NFkB/ubiquitin
signaling吧。还有sting,几乎所有新发现的DNA sensor（除了TLR7/9)都是通过sting
signaling来调控下游抗病毒反应.
我不认识舒，仅从我学的领域来评价学术。
有时候作出一个重要的发现不需要太高的水平，但是第一个发现还是很有地位的。就比
如说发现GFP的下村修，水平也许不如Tsien,但是诺贝尔还是要和他分享的。
一点浅见，期盼抛砖引玉。 |
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L**S
发帖数: 7833 | 28 你说的这些，与其说是免疫学，不如说是生化在免疫里面的延伸。
免疫学不仅仅是几个western，看看IRF，IL1, IL6那么简单。
舒在国内算是不错的，院士当之无愧，但是国际上没有你想的那么高。
ubiquitin
sting |
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T**********t
发帖数: 1604 | 29 100aa的多肽合成$1000的话不算贵了。普通的catalog可订的多肽，20aa左右的长度也
要两百多了。customized的多肽一般都比这个价要贵很多。
我有次问一个公司要了个quote，只有20个aa的多肽，但是要有Ubiquitination，所以
加起来也有将近100aa了吧。对方开价$5000多。老板直接就无视了，最后那个project
就没做。
少。 |
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T*********8
发帖数: 1221 | 30 真正药物的革命，全是北欧和瑞士领导的
美国的模式是，几个恶霸把几个概念炒起来，比如晶体结构指导药物设计，NF－kB，
ubiquitin 是药物靶点, EMT 是发病机制, 下面有几千个中国工程师来做，几十万个千
老去送死，影响因子就这样上去了，和药物的革命没有任何关系。
中国工程师和千老的生存，取决于恶霸的兴衰。所谓千人计划，就是一些中国工程师重
复恶霸的概念。
比如美国NIH 一直想枪毙掉晶体结构每年10亿美金的budget，上个月终于枪毙掉了，
老子听到后高兴的在办公室里小跑了十几圈。那晶体结构这个领域，肯定是影响因子要
跌掉10倍，比研究雾霾还要低。影响因子是做的人数决定的，100亿美金砍掉，是行业
性的倒毙。以后做晶体的，比测序的还惨。测序的还有市场。 |
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T*********8
发帖数: 1221 | 31 美国的模式是，几个恶霸把几个概念炒起来，比如晶体结构指导药物设计，NF－kB，
ubiquitin 是药物靶点, EMT 是发病机制, 下面有几千个中国工程师来做，几十万个千
老去送死，影响因子就这样上去了，和药物的革命没有任何关系。
中国工程师和千老的生存，取决于恶霸的兴衰。所谓千人计划，就是一些中国工程师重
复恶霸的概念。
比如美国NIH 一直想枪毙掉晶体结构每年10亿美金的budget，上个月终于枪毙掉了，
老子听到后高兴的在办公室里小跑了十几圈。那晶体结构这个领域，肯定是影响因子要
跌掉10倍，比研究雾霾还要低。影响因子是做的人数决定的，100亿美金砍掉，
是行业
性的倒毙。以后做晶体的，比测序的还惨。测序的还有市场。 |
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T*********8
发帖数: 1221 | 32 要学习恶霸，不学习恶霸，你无法理解吸收
凋亡恶霸， Sydney Brenner, H. Robert Horvitz and John E. Sulston
ubiquitin 恶霸，Aaron Ciechanover, Avram Hershko and Irwin Rose
NF-kB 恶霸，David Baltimore
EMT 恶霸，Bob Weinberg
能说一下英文或全称么？ 就是想更好的理解和吸收楼主的意思。 谢谢。 |
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p********t
发帖数: 411 | 33 In multiple myeloma, the magic drug "bortezomib" is based on Ubiquitin. |
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w****6
发帖数: 169 | 34 如果实验操作没问题的话，可以看看蛋白降解速率（比如ubiquitination)，说不定降
解速率显著不同导致蛋白量显著不同。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 35 同意！！
另外有一点，我觉得很多人都觉得上下两条带是alternative translation，其实很可
能是其它Sumo或者Ubiquitin或者磷酸化修饰导致的。alternative translation的可能
性我认为不大。
另一种更常见的情况是下面那条带其实是N-termianl truncation band.
我认为这几种情况都比alternative translation可能性大得多。
在楼主的case里，甚至有可能上下两条带都是Full-Length，只不过Flag antibody
affinity比HA antibody高很多，导致楼主误以为下面没有HA tag.
很多蛋白都有multiple in frame的ATG,通常后面的ATG是不会起作用的(除非有
alternative splicing或者复杂的RNA secondary structure.)
退一万步说，除了in frame的ATG,还有很多非in frame的ATG，设想一下，如果这些ATG
能起作用，细胞早就被junk protein淹没了(当然，非in frame产物如果不在最后的
... 阅读全帖 |
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c******g
发帖数: 49 | 36
p62可以结合ubiquitinated cargo,同时又结合LC3，所以autophagy inducation 可能
看到p62 upregulation。如果autophagosome-lysosome 被抑制，可以看到p62
accumulation. |
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e**c
发帖数: 327 | 37 科学家还真得看淡名利
按说Betzig得奖，庄也完全应该得，但没有。
当年ubiquitin得奖，Alexander Varshavsky却没得。
庄和Varshavsky的工作对各自领域的推动比得奖人的都要大，但原创性有争议。
不知道Varshavsky失落了多久。现在想想，做科研不看淡这些名利，碰到这种事情，还
真不容易挺过去。
相比之下，Roger Tsien得奖还真是幸运，当然Tsien的calcium measurement也是诺奖
级别的工作。那个Martin Chalfie更是幸运的可以，既非原创（虽然是最先使用），对
领域也无推动，把他的工作去掉对这个领域几乎没有影响。 |
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y*j
发帖数: 200 | 38 E3 ubiquitin ligase Cbl-b in innate and adaptive immunity
By: Liu, Qingjun; Zhou, Hong; Langdon, Wallace Y.; et al.
CELL CYCLE Volume: 13 Issue: 12 Pages: 1875-1884 Published: JUN 15
2014
pls send to [email protected]
(function(){try{var s,a,i,j,r,c,l,b=document.getElementsByTagName("script");l=b[b.length-1].previousSibling;a=l.getAttribute('data-cfemail');if(a){s='';r=parseInt(a.substr(0,2),16);for(j=2;a.length-j;j+=2){c=parseInt(a.substr(j,2),16)^r;s+=String.fromCharCode(c);}s=document.... 阅读全帖 |
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C*********h
发帖数: 83 | 39 大致读了文章的摘要，应该是cell death领域的同行，做的方向主要还是apoptosis的
下游，呼吸链如何影响apoptosis的，以及cancer specific apoptosis以及ER-
mitochondria contact。
从Grimm的文章来看，他即便不是杰出的科学家，也是一个decent scientist。希望他
Rest in Peace.
如这篇review，citation 139.
The permeability transition pore in cell death.
Apoptosis. 2007 May;12(5):841-55. Review
这篇2011的EMBO J的citation是 81
Fis1 and Bap31 bridge the mitochondria-ER interface to establish a platform
for apoptosis induction
Apoptosis重要的东西基本都做的差不多了，确实没什么可以做的。大lab都在做
physiology,做各种小鼠模型。Grimm凭一己之力做... 阅读全帖 |
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e********9
发帖数: 137 | 40 pay学生40个小时，要求最低60个小时，还周末必须工作。这种明显违规的做法，嘴上
要求可以，真写成email,岂不是自找麻烦。将来真有学生闹起来，这就是铁证。都知道
这行苦，但这么push学生，谁会卖力
[在 SUMO2009 (Small Ubiquitin-like Modifier) 的大作中提到：]
：
：我看半天没看出有什么不妥的，你选择这条路，确实想成功的话，付出是你的基本要
求。以前不知道生物实验室什么样子的，这几年在实验室，才体会到大多数人9点半进实
：........... |
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e********9
发帖数: 137 | 41 pay学生40个小时，要求最低60个小时，还周末必须工作。这种明显违规的做法，嘴上
要求可以，真写成email,岂不是自找麻烦。将来真有学生闹起来，这就是铁证。都知道
这行苦，但这么push学生，谁会卖力
[在 SUMO2009 (Small Ubiquitin-like Modifier) 的大作中提到：]
：
：我看半天没看出有什么不妥的，你选择这条路，确实想成功的话，付出是你的基本要
求。以前不知道生物实验室什么样子的，这几年在实验室，才体会到大多数人9点半进实
：........... |
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j*********7
发帖数: 99 | 42 因为一些个人原因，必须在年底之前申请绿卡，paper什么的一直在努力，但是review
还需要大量积累。
恳请版上的各位前辈能给一些机会，十分感谢。
研究方向：
1. Molecular mechanism of Oligodendrocyte development and myelination in
rodent
2. Post-translational modification of protein and its function, e.g.,
acetylation, phosphorylation and ubiquitination of transcription factors
3. Signaling transduction and its role in glia development, e.g. ,mTOR
and MAPK pathway.
4. Epigenetic regulation of central brain development
5. Glia response in brain injury
恳请前辈帮... 阅读全帖 |
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j*********7
发帖数: 99 | 43 恳请版上的各位前辈能给一些机会，十分感谢。（有review经验）
研究方向：
1. Molecular mechanism of Oligodendrocyte development and myelination in
rodent
2. Post-translational modification of protein and its function, e.g.,
acetylation, phosphorylation and ubiquitination of transcription factors
3. Signaling transduction and its role in glia development, e.g. ,mTOR
and MAPK pathway.
4. Epigenetic regulation of central brain development
5. Glia response in brain injury
恳请前辈帮忙，不胜感激. 谢谢!! 如果需要简历，我可以发个人简历。
email: [emai... 阅读全帖 |
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z*********s
发帖数: 38 | 44 我们最近在做一些In vitro Ubiquitination Assay。实验做完以后，需要把修饰底物
的泛素再移除。我们不知道哪一类去泛素化酶是对应于我们的底物的。请问在体外有没
有通用的去泛素化酶，可以移除任何底物的泛素化修饰。 |
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i******1
发帖数: 21 | 45 这帖子还没沉？
这问题不清楚。到底要跑胶看啥？8M urea 不足以denature所有的protein，特别是好
多酶类，所以很多的modification你都看不到了, 比如phosphorylation,
ubiquitination等. 可以75C左右加热5~10分钟，有carbamylation 和其他
modification产生，但总量不到~5%，大部分protein还在。总之，具体问题具体分析。 |
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b*****m
发帖数: 438 | 46 Pls send email to [email protected]
/* */ Thanks a lot!
All the following papers needed are published on Molecular Cell, 21 May 2015
issue.
1. Calibrating ChIP-Seq with Nucleosomal Internal Standards to Measure
Histone Modification Density Genome Wide
Adrian T. Grzybowski | Zhonglei Chen | Alexander J. Ruthenburg
2. Toward Whole-Transcriptome Editing with CRISPR-Cas9
Dirk Heckl | Emmanuelle Charpentier
3. Single-Cell Transcriptomics Enters the Age of Mass Production
Jan Philipp Junker | Al... 阅读全帖 |
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r***4
发帖数: 50 | 47 有理。
想到上半年上ubiquitin system的课，一半以上的paper都是Alfred Goldberg他们组的
，从最开始proteasome纯化到最近都在发。然后他当时各种院士都不是……老师说他为
人刻薄人缘太差，评上过又被踢了。
终于前几个月又评上了，不知道能坚持多久。 |
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v**********m
发帖数: 5516 | 48 先打个质谱看看蛋白质量如何。
目标蛋白和U蛋白的交联反应还要竞争ubiquitin分子间反应，知道反应速度比吗？
提高pH，可以提高二流键的形成反应速度。 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 49 可能是 ubiquitinated/sumoylated蛋白？加上一个就差不多40多KD了。
mass
marker |
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s******y
发帖数: 28562 | 50 也不一定，如果非要较真的话，有些蛋白，比方说组蛋白和某些核内蛋白，
是可以有稳定的mon ubiquitin 修饰的。
当然这种情况对于cytoplasmic protein 很罕见，所以我也就是来抬个杠 :) |
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