m**i
发帖数: 89 | 1 The LessTif core team is currently considering how to proceed with
the LessTif project now that the sources of Motifare
available. Usage of the OpenGroup#039;s implementation does neither
match the OpenSource definition nor any more general definition of
'free' usage, it's in fact rather limited.
In this situation there's still need for LessTif at least to have a
LGPL'ed version around which can be used on the vast majority of
operating systems. Once the OpenGroupwould release their Motif
under |
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t*********l
发帖数: 30 | 3 应该是Motif Windows Manager吧 |
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t*s
发帖数: 10 | 4
xmcd, Motif cd player. or cda, a command line version. |
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A***e
发帖数: 130 | 6 1. check the libraary path, use -L
2. check the library -l
3. check the order of the library, it does matter |
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e*****7
发帖数: 4 | 7
www.x.org
resource k. lee |
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l***a
发帖数: 23 | 8 请教各位，如何读Solaris光驱上的文件？
search乐一下前面的相关文章，还是不太清楚，还请高人详点。
还有一个问题：我在Solaris上放mp3，声音可以选择从机箱里出来；可是在放CD的时候，
是不是只能把耳机插在cdrom的headphone出口上听呢？有没有什么选项/command让声音直
接从机器的speaker中出来呢？（它自带的Motif CD Audio Player好像没这样的option）
谢谢乐！ |
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l********r
发帖数: 175 | 9 【 以下文字转载自 Linux 讨论区 】
发信人: lilyflower (smile), 信区: Linux
标 题: install grace on fedora core 6 problems
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Jul 11 13:08:33 2009, 美东)
I tried to install grace -5.* on fedora core 6.0 computer but got
following error message:
checking for a Motif >= 1002 compatible API... no
configure: error: M*tif has not been found
So I installed the lesstif on my local computer and ran the test. The end of
test result is like this:
98 failed out of 584
< means recently pooched
> means recently f |
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发帖数: 1 | 12 原创 2017-04-26 李晓红 考古暨历史语言通讯
李晓红教授：
笔者在中国古代龙纹图像的研究工作中，特别是商代青铜器，玉器，骨器龙纹的角，耳
，脊柱等纹饰上，发现以上被大量应用的这类曲线形纹式，而在龙纹体纹，以及龙纹周
围的作为填纹的则是《吕氏春秋》、《左传》等古籍以及容庚，马承源等学者所言或论
述过的云雷纹.
考古暨历史语言学会学术会长李晓红教授
【作者介绍】：
李晓红，女，旅法学者。她原为南京外国语学校教师，早年毕业于南京外国语学校，南
京师范大学美术系。1989年赴法国留学后，先后获法国巴黎一大造型艺术硕士学位(
1990年)，巴黎索邦大学考古艺术史博士学位(1999年)。她的博士论文题为《中国商代
龙纹起源研究》。现任教于法国阿尔多瓦大学外国语言文明系及巴黎索邦大学考古艺术
史系,并为巴黎索邦大学远东研究院研究员及香港大学饶宗颐学术馆名誉研究员。主要
从事中国古代龙的文字与图像，中国书画造型艺术以及中国近代留法艺术史研究。从
1990年李晓红在十三区一个爱好中国文化的协会法亚文化友爱会开班教授中国传统书法
与绘画开始，到2001年她先生李中耀被聘到巴黎市政府艺术教育委员会... 阅读全帖 |
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M****e
发帖数: 70 | 13 your question does not provide enough information, at least
you should suggest its possible function, for example,
topology, intracellular domain, etc. this ligand could be
chemical compound, peptide hormone, or protein-protein
interaction activation, etc.
a couple of suggestions if it is an unknown gene:
search for homologous gene, function in model systems from
C elgans, fruit fly to mouse? what is already known?
protein motif analysis (post-translational modification?
proteolysis sites? possi |
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s****r
发帖数: 736 | 14 台湾土产第一篇CELL, 今天ScienceNow公布中兴大学已经撤回了
一个月以来, 在MITBBS和PTT上, 双方的嘴仗不可谓不激烈
MITbbs方面,以anoia为首, 质疑的是论文图中为什么会有莫名的一至噪音块及其明显的分界线(表示这是一个剪切复制块),相同位置一样大小的气泡为什么会在不同的胶带中出现.
PTT台湾中兴大学方面, 强调这是“压缩采样失真”所致, 并认为"可重现性"是判断真伪的唯一标准
过程回放:
11.16 yuuli在MITBBS上首次发问怀疑中兴CELL造假, 尤其是Figure2C. 最初的发现者,据yuuli本人陈述,是其实验室的俄国同行.随后该文被大量转载,引发激烈讨论
11.17 MITBBS上anoia, SMTH上stray发文确认该文造假, 台湾ptt论坛上则是支持中兴的声音为主流
11.17 motif质疑该组在JBC上的文章http://www.jbc.org/cgi/reprint/M605177200v1 Figure1B也有问题
11.18 schiwann发文确定JBC图有假, 同时质疑Figure6也存在作假嫌疑
11.1 |
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p*****n
发帖数: 981 | 15 ☆─────────────────────────────────────☆
sanger (不是songer，是sanger！) 于 (Thu Dec 14 09:53:36 2006) 提到:
台湾土产第一篇CELL, 今天ScienceNow公布中兴大学已经撤回了
一个月以来, 在MITBBS和PTT上, 双方的嘴仗不可谓不激烈
MITbbs方面,以anoia为首, 质疑的是论文图中为什么会有莫名的一至噪音块及其明显的分界线(表示这是一个剪切复制块),相同位置一样大小的气泡为什么会在不同的胶带中出现.
PTT台湾中兴大学方面, 强调这是“压缩采样失真”所致, 并认为"可重现性"是判断真伪的唯一标准
过程回放:
11.16 yuuli在MITBBS上首次发问怀疑中兴CELL造假, 尤其是Figure2C. 最初的发现者,据yuuli本人陈述,是其实验室的俄国同行.随后该文被大量转载,引发激烈讨论
11.17 MITBBS上anoia, SMTH上stray发文确认该文造假, 台湾ptt论坛上则是支持中兴的声音为主流
11.17 motif质疑该组在JBC上的文章(htt |
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p*******r
发帖数: 4048 | 16 I hope you succeed, you can refer to my motif paper. That paper is very
unsatisfying to me, I hope I can do more in the future. |
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b******l
发帖数: 1632 | 17 signaling network motif |
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f********a
发帖数: 15 | 18
请问你指的是那篇motif paper？上面有连接的吗？ |
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e**r
发帖数: 1144 | 19 就像蛋白的prosite scan那样
自动标记出核酸序列上已知的一些motif
有这样的server或软件么？ |
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l*******k
发帖数: 361 | 20 不同的kinase有不同的Motif,查一下就知道了，我想在网上应该有相应的软件
发信人: timememory (光阴的故事), 信区: Biology
标 题: 已知磷酸化位点,能不能推断是什么酶的底物?
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Apr 25 11:58:16 2010, 美东)
我在http://www.phosphosite.org网站上查到蛋白磷酸化的位点(多数是核磁测出来的),比如"MANRGPayGLSREVQ"中的y,能不能从这片段就推断出它是什么酶的底物?这方面完全不懂,不知道靠谱么? |
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S**********l
发帖数: 3835 | 21 我问了,其中一篇,她说要做7个motif(原来我们做了一个),现在我正在给她做.
还有一篇,她说没有要做的,但是她不同意7月之前投.
最后一篇,她说她要慢慢改(已经改了一年多了)... |
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S**********l
发帖数: 3835 | 22 唉.我不灌水了...我还是抓紧时间把那7个motif给她做了,能发一个也行啊. |
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e******x
发帖数: 9 | 23 看到这里有很多牛人都做过CHIP试验。 想请教一下大家：
（1）一般做完IP以后大家是怎么purify pulled-down chromatin DNA的？ 我看到网上
说可以
用PCR purification Kit 直接纯化，请问这里有人试过吗？
（2） 我最近才开始摸索条件，上一次实践结果，一个sonicated lysate sample 还可
以， 但另
外一个IgG control 有阳性。请问可能什么地方出现问题了呢？
（3）大家有什么好的protocol可以推荐一下啊？我只是需要做一个简单的Myc-tag的
CHIP. 抓下来
Chromatin DNA 看看几个结合位点再两个条件下有没有变化。最后的结果想用Real-
time做。上次
买了一个Active Motif 的CHIP Kit. 但发现最后的elute buffer 好像和我的SYBR Mix
不兼
容，严重影响PCR反应 （必须稀释20倍以上）。
望高人指点， 万分感谢！！！！ |
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t*d
发帖数: 1290 | 24 1. align your sequence to genome。
2. find peaks
3. identify targets, which are closest genes/miRNA or other genomics
features of peaks.
4. try to generate one or multiple motifs based on sequences around peaks.
5. pathway analysis on identified targets.
Every step has free available programs. Better to find a chip-seq paper and
follow their procedure. |
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y******8
发帖数: 1764 | 25 how about Protein G B1 domain and binding motif on Fc |
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s******y
发帖数: 28562 | 26 这个应该也可以。但是我担心protein A or G 的binding domain 有人
单独用过么？就是不包含其他序列，光用那个binding domain，能和Fc 里面的
单独的motif结合么？
GST蛋白不行。太大，而且GST 会导致转录出来的蛋白直接就成了homodimer 了。
其实，我刚才想了一下，发现不能用dimerization domain, 因为一旦成了
homodimer 就麻烦了，最好还是heterodimer, 象你说的那个Protein G + Fc domain |
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y******8
发帖数: 1764 | 27 Tandem repeats of motif could increase the affinity by 10 fold or even more.
Homodimerization could be diminished by polycistronic expression.
By the way, if you are willing to dig the bacterial protein database, there
are many many possibilities. In general, those proteins are small and
readily folded. The affinity of those interaction are tremendously high. |
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K**********e
发帖数: 188 | 28 通过ChIP seq得到数百个基因，有什么免费／付费的软件／网站可以对这些基因进行分
析的？也就是找出来大概可以分成
几组，跟细胞周期有关的，跟凋亡有关的，跟什么什么有关的那种。
另外有100多段，每段500bp左右的DNA序列，怎么从这些序列里面找出来motif？
知道的告诉我吧，谢谢！ |
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y*********1
发帖数: 46 | 29 You can use CEAS (Cis-regulatory Element Annotation System) from Shirley Liu
' lab for motif finding. |
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M*****e
发帖数: 279 | 30 Baltimore does not have that many papers with >1K citations (Web of Science).
Citations of David Baltimore
1. Title: An essential role for NF-kappa B in preventing TNF-alpha-induced
cell death
Author(s): Beg, AA; Baltimore, D
Source: SCIENCE Volume: 274 Issue: 5288 Pages: 782-784 Published:
NOV 1 1996
Times Cited: 2,067
2. Title: A NEW DNA-BINDING AND DIMERIZATION MOTIF IN IMMUNOGLOBULIN
ENHANCER BINDING, DAUGHTERLESS, MYOD, AND MYC PROTEINS
Author(s): MURRE, C; MCCAW, PS; BALTIMORE |
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m******5
发帖数: 1383 | 31 只是识别一类motif，所以识别巨大一类蛋白，挺好玩的，不过真没啥应用价值…… |
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a****o
发帖数: 1786 | 32 you should check occupancy of GTFs such as TFIIA, IIB, IID or coactivators
such as Mediator, SAGA etc.
Or find if there are any binding motif of transcription factors and ChIP
them.
They are all better indicators than Pol2 for promoter.
You can also check histone density and mofifications. Histone density in
promoter regions are generally lower than that in coding region. |
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l*********s
发帖数: 5409 | 34 The effect of small molecules are localized to motif/domain of proteins,
while RNAi targets the whole protein. I think the first approach will be
less toxic in general as proteins are usually multi-functional. |
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w******e
发帖数: 1187 | 35 the whole point of say having a kinase is probably the kinase motif,
isn't it? multi-functional proteins are mostly undruggable bah |
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l*********s
发帖数: 5409 | 36 It is true, but not the whole story: within in same motif family the
affinity to targets vary broadly due to size and shapes. Optimization the
specificity is what synthetic chemistry is about.
Sure it would nice to work on simple disease, but the questions is you don't
have much freedom of choice: Easy targets are gone/picked first. You have to deal with the complexity of biological networks. |
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i****l
发帖数: 579 | 37 系里考虑买一个分析promoter trancription factor binding motif 的软件。生物版
热心人多，经验丰富，所以过来问一问有没有什么推荐。多谢大家！ |
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y*********1
发帖数: 46 | 38 You can try the Re-ChIP kit from Active Motif. |
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C******8
发帖数: 602 | 40 听版上人说做CoImmunoprecipitaion用magnetic beads可以减少nonspecific
手里刚好有active motif ChIP kit里的magnetic protein G beads
我可不可以用这个beads conjugate antibody，然后去拽cell lysate的antigen呀。心
里想差别也就是ChIP里protein先crosslink了DNA嘛。。。
washbuffer还有elution buffer有什么要注意的么？Elution难道直接加sds sample
loading buffer煮一煮，dissociate下来protein到buffer里然后load？
如果新买其它beads还得等几天，试试可不可以呀？有没有前人经验。。。 |
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h********r
发帖数: 519 | 41 97-99 publications. NIU
Xianxin Hua, Zachary Miller, Geng Wu, Yigong Shi, Harvey F. Lodish (1999).
Specificity in TGF-beta-induced Transcription: Interactions of Promoter DNA,
Smad3 and TFE3. Proc. Natl. Acad. Sci. 96, 13130-13135.
Jie-Oh Lee, Haijuan Yang, Maria-Magdalena, Antonio Di Cristofano, Tomohiko
Maehama, Yigong Shi, Jack E. Dixon, Pier P. Pandolfi, and Nikola P.
Pavletich (1999). Crystal Structure of the PTEN Tumor Suppressor:
Implications for Its Phosphoinositide Phosphatase Activity ... 阅读全帖 |
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b*******6
发帖数: 39 | 42 实验的目地是表达和纯化一个蛋白，加入不同的Translocation mitif，使它能够加到
培养基里面能够进入细胞内。
对于下面实验:
1 换引物、突变回去估计不太现实
2 因为出问题总是在Bamh1-Bgl2位点，而载体因为考虑Bamh1星号活性的问题只切了1小
时，所以考虑过夜切；还有考虑毒性问题，降低培养温度。质粒切以后跑胶的时候有一
个问题就是跑得不是很平直，不知道是因为我没有切好还是质粒量太多。
3 请别人做不是没考虑过，但是负责我的那位高年级博士生估计PCR都有问题，因为他
也做过，但是没做下去。长引物容易形成二聚体，我是用Touchdown PCR或者里面加了
甘油才解决问题的。
4 插入的片段很普通，就是600bp左右，关键是要加的tag，3个不同tag，是
translocation motif，加在蛋白上面用于进到细胞里面去的:
TLM 1 (PLSSIFSRIGDP, 12 aa)
CCGCTGAGCAGCATTTTTAGCCGCATTGGCGATCCG
TLM TAT (GRKKRRQRRRPPQ, 13 aa)
GGCAGGAAGAAGCGGAGACAGC... 阅读全帖 |
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h*********e
发帖数: 55 | 44 想对ChIP-chip的序列进行一些motif的分析，但不知道怎么得到这些序列。
一般文章里都会有一个excel文件，里面有peak的chromosome location.有什么简单的
方法或程序得到这些序列吗？
谢谢！ |
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f*******h
发帖数: 38 | 45 吴号Michael Karin强强联手
搞结构灌水灌的真快
Crystal structure of inhibitor of κB kinase β
Guozhou Xu, Yu-Chih Lo, Qiubai Li, Gennaro Napolitano, Xuefeng Wu, Xuliang Jiang, Michel Dreano,
Michael Karin & Hao Wu
Department of Biochemistry, Weill Cornell Medical College, New York, New York 10021, USA
Guozhou Xu, Yu-Chih Lo, Qiubai Li & Hao Wu
Department of Pharmacology, University of California at San Diego, La Jolla, California 92093, USA
Gennaro Napolitano, Xuefeng Wu & Michael Karin
Nature (2011) doi:1... 阅读全帖 |
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b*******n
发帖数: 8420 | 46 不明白为啥不能伪造。我还觉得纯data更好伪造呢，只要自己事先造好了一个理想模型
(或者说根据可能具有的motif的结构），然后反推数据把数字填进去就得了。
至少在化学和材料界，伪造晶体数据的并不少见。去年不是有井冈山学院的什么人伪造
了70多篇文章的数据么。 |
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n**8
发帖数: 221 | 47 多谢回复！
to院长，
想弄下来测序，看看怎么splicing的，还有看看predicted的motif还在不在，你之前说
的那个分段测序，我已经做过了，可是这并不能说明这个全长的cDNA存在啊？准备做
northern，但是也只能看size，具体的molecular lesion 还是不确定。
你说的这么长PCR出来不reliable，只是先粗测序看看，真正要最终高保真的克隆，当
然会分段做。
to Zifeng9527，
想搞全长的cDNA，自然尽量不会去用random primer 反转。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 48 Thank you much for your great contribution to my rookie question^^
I think non-related region negative control is convincing theoretically, if
not taking non- specific DNA precipitation into account: different DNA
region might have different tendencies of non specific precipitation (I also
learned that this issue can be simply avoid by using dynal beads)
A parable phenomenon is that when I was doing invitro protein interaction
assay such like GST pull-down and co-ip, the reviewer did not questi... 阅读全帖 |
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k*****n
发帖数: 417 | 49 Their top5 highly cited research papers:
Wei Gu:
Title: Negative control of p53 by Sir2 alpha promotes cell survival under
stress
Times Cited: 822 (from Web of Science)
Title: Deacetylation of p53 modulates its effect on cell growth and
apoptosis
Times Cited: 331 (from Web of Science)
Title: Deubiquitination of p53 by HAUSP is an important pathway for p53
stabilization
Times Cited: 319 (from Web of Science)
Title: Mono-versus polyubiquitination: Differential control of p53 fate by
Mdm2
Times Ci... 阅读全帖 |
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o****u
发帖数: 214 | 50 我不知道楼主说的是什么。这里有个例子，和楼主说的差不多。买点基因，测点活性。
我和作者交流过。总共也就是３，４个月时间的工作量。
Nature子刊的。应该够“不错”的标准了吧。
Nat Chem Biol. 2010 Nov;6(11):807-13.
Rational assignment of key motifs for function guides in silico enzyme
identification. |
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