o****u
发帖数: 214 | 1 我说的就是这个意思。以后生物的一个发展方向就是研究人员不再更多的耗费时间在
bench上面。而是做“设计”，更倾向于脑力劳动。实验交给专职的technician和商业
公司做。而实验技能的专职化，也能从整体上提高效率。
这篇文章的闪光点也就是在实验设计上。我和文章作者聊过，找motif这些工作，从时
间上算，也就是两个星期的事。很聪明，但工作量确实不大。但是没有实验验证是不可能发到nature子刊的。做实验的话，要照以前的传统方法。定几十个strain,然后一个一个的设计引物，克隆基因，再表达蛋白，要多少时间？还要专门雇佣至少1个PHD。现在呢，这些前期的东西都可以外包了。
所以，做生物以后需要的是更加"smart"的，而不是“skillful”的。 |
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e******n
发帖数: 2 | 2 招聘行政助理、生物信息研究助理和博士后
清华大学医学院干细胞及表观遗传研究室 (August, 2011)
本实验室主要研究表观遗传调控机制在干细胞多能性、动物生长发育和癌变中的作用。
课题组研究背景：
http://www.tsinghua.edu.cn/publish/med/3157/2010/20101215191338
拟招聘实验室行政助理、生物信息研究助理和博士后各1 名。待遇参照清华大学标准，
提供有竞争力的薪酬（具体视个人情况而定）。
一、实验室行政助理1名：
工作职责：
1、协助管理实验室的日常运转，包括试剂、耗材和仪器订购及报修，各类文档和数据
的管理和备案;
2、 处理相关办公室事宜，包括科研经费管理、年度报告和学生工作。
3、辅助完成简单的生物学实验 （optional）。
资格要求：
1、 本科以上学历，年龄不限；具有生物、生物信息、计算机背景者优先;
2、 有较好的计算机操作能力、中文写作和打字能力; 较好的英语水平；
3、 具有较好的管理能力，善于沟通和交流，具有团队合作精神;
4、 具有极强的责任心，工作主动积极，办事利落、... 阅读全帖 |
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j**W
发帖数: 89 | 3 I sort of understand that it is hard to recognize pan pSer because there are
so many of them. However, I am not sure what does it to do with
extracellular localization if the sample is total cell extract.We made some
S->A mutations at a site of interest and observed difference. I just hope to
test whether and how much wild type is phosphorylated at that Ser site with
certain treatments, without making a specific pSer motif antibody ourselves
.
BTW, is there a good program to predict what kinase ... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 4 非常感谢你的提示
根据你的提示读了很多文章，得知GU rich sequence确实对于其process必不可少
但是又有一个很大的疑问：很多内源的polyA signal并不含有GU rich sequence，只有
AATAAA这个conserved motif，下游是一堆随机碱基，请问这种情况下polyA加尾是如何
实现的呢？
这是一个有共识的问题么？或者只是一个伪命题？ |
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j****x
发帖数: 1704 | 5 其实分子生物学的反例太多，所谓规律很大程度上只是基于统计
举个例子，起始ATG有所谓Kozak consensus，但是这也只是大约70%的真核mRNA所“遵
循”的一个规律，仍大量的mRNA不符合这个规则一样可以翻译，甚至翻译的很好。
polyA processing这里是同样的问题，比如AATAAA并不绝对，TATAAA已经其他一些变体
也非常普遍，甚至没有这个polyA signal在下游其他一些motif的帮助下也一样可以完
成。GU rich region就更模糊了，要多少个repeats才算rich，怎么算？从哪里开始算
？这些都并不非常清楚，只能说，基于统计存在这个规律，同时在一些研究的比较透彻
的polyA signal序列中找到了一定的实验证据。至于是不是伪命题，你应该有你自己的
判断。 |
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k******0
发帖数: 1073 | 8 已经知道一个motif足够将两个蛋白质结合在一起，comigrate by GF
问题是如何检测其它部分也有蛋白质相互作用？ |
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n********k
发帖数: 2818 | 9 Just got some of my ChIP-seq data back:
For histone markers, looked great and the cores told me it is great above 70
% mappable reads and peak calling with FDR of <5%...
for my TF, the data make sense to me but the core said it is trash/useless,
9-20% mappable reads (out of 9-11M, meant to get 20M) and peaks calling with
a FDR of 100%.
Luckily my TF has been chipped many many time and has very conserved binding
sites. I randomly picked the mapped peaks, most of them with at least 1
high confid... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 10 joke也不joke，这个显然是典型的先有实验数据/证据然后回到结构中找支持。因为磷
酸化前后的结构差异用homology modeling一般而言是无法体现出显著差异的（甚至连
同源结构都还没有），所以只好通过Rosetta来搭个大概，然后通过已知的结构范例“
凑”出磷酸化前后的差异来，属于先放一箭然后再去画靶子的类型（大部分突变体结构
功能分析都是这个模式）。因为已经有了很强的实验证据支持，结构预测分析这块也只
是锦上添花，并不是关键核心，所以文中写的也很简单。
后面那篇paper，其中的结构是pdb中已知的，拿来做个示意图highlight一下motif，自
然没必要解释怎么来的。 |
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P****d
发帖数: 564 | 11 BLAST indeed (and the Karlin-Altschul statistics behind it).
modern synthesis of evolution
Michaelis-Menten kinetics
genetic mapping
crystallography
PubMed
R
image processing (from gel bands to single molecule imaging)
Looking forward, my personal favorite is network motif analysis. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 12 HTTps://sysbio.med.harvard.edu/faculty/yin/
Nature 1月 2011 同期 一作同时两篇 from Pierce Lab at CalTech
理论RNA自我组织反应经路模拟内容的
Yin, P., Choi, H.M., Calvert, C.R., & Pierce, N.A. (2008). Programming
Biomolecular Self-Assembly Pathways. Nature, 451(7176), 318-22. PMID:
18202654. pdf.
和DNA发夹模式用于DNA自我组织反应经路模拟内容的
Yin, P., Choi, H.M., Colby, R.C., & Niles, A.P. (2008). The abstraction of a
DNA hairpin motif is used to program diverse self-assembly (and disassembly
) pathways. Nature, 451, 318-22. pdf.
他那会的老板是牛津的... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 13 Y-2-H 用多重标记 做对照和比较
比如以下的 split-luciferase+GST+HA-epitope tagged
三重标记
they found new proteins interaction paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21530591
Protocol details:
>the wheat germ in vitro translation system for use in the splitlu
ciferase
assay and co-purifications with glutathione S transferase
(GST)- and HA-epitope tagged proteins (Fig. 2A).
>
In the split-luciferase assay, proteins of interest are fused to
N- and C-terminal fragments of luciferase. If the proteins interact,
the N... 阅读全帖 |
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a*******u
发帖数: 19 | 14 做mapping的时候，根据什么原则分段比较好？
按照蛋白的domain或者motif进行分段的话，domain两侧保留多少amino acids？
每一小的分段大小多少为好？200-300？一般分多少段？
分段的时候两个分段可不可以有交叉？
如果采取没有交叉的的分段，交叉的位置的相互作用怎么排除？
一般在domain区相互作用的可能性比非domain区高吗？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 15 rna-seq
知道是啥吗
不清楚的话 维基一下吧
//en.wikipedia.org/wiki/RNA-Seq
RNA-seq, also called "Whole Transcriptome Shotgun Sequencing" [1] ("WTSS")
and dubbed "a revolutionary tool for transcriptomics",[2] refers to the use
of high-throughput sequencing technologies to sequence cDNA in order to get
information about a sample's RNA content, a technique that is quickly
becoming invaluable in the study of diseases like cancer.[3] Thanks to the
deep coverage and base level resolution provided by next-generation
s... 阅读全帖 |
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I*******o
发帖数: 49 | 16 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: ItoMakoto (ItoMakoto), 信区: Postdoc
标 题: 如何研究转录因子的功能？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 22 23:32:01 2012, 美东)
我现在有一个影响干细胞的转录因子，表达也很特异，请问如何找该基因的下游或者他
的调节子呢？
我想到几点,请大家补充!
1: 比较野生型，突变体和超表达的材料的芯片表达谱，可以找出一些下游基因；
2：用诱导系统如GR做芯片，也可以找出一些下游基因；
3：用上面的材料做CHIP-seq
4：已知我研究的这个转录因子A与其他转录因子B互作转录下游基因，然后我比较A和B
的芯片表达谱，找共同的基因；
5：分析CHIP的结果，找出下游基因的motif，然后在全基因组搜索？
6：将前面的实验全部再弄一遍cell specific microarray？
请各位补充，特别是实验设计上，有没有巧妙的设计，我这个维持干细胞的转录因子表
达很特异，也发现了它的一些调控子，该如何继续做呢？ |
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A*******e
发帖数: 284 | 17 楼主现在的数据是不是这样的， 你难道一个全新的mutant，表型为细胞死亡；你克隆
到了基因，该基因是一个全新蛋白，没有任何已知的domain，motif之类的，你blast
database也许得不到任何的信息对吗？ 然后你证明了是核定位，说明该蛋白是一个核
蛋白。
不知道楼主是什么植物里做的，arabidopsis吗？ 现在的数据我觉得最好的一点就是
novelty， 这年头克隆到全新蛋白，几率很低了。我觉得你首先应该把表型搞得清清楚
楚的，所有的detail，全部量化。你的表型重要不重要，很大程度上决定了你文章的大
小。你表型清楚了，全新表型，全新基因， 个人觉得在pnas级别了，若是你下游做清
楚了，解释了表型，还能上档次。 |
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A*******e
发帖数: 284 | 18 cns的选文标准是novelty和general sense。另外人家还会考虑你文章被引用率。全新
表型和全新基因，novelty足够了。你到任何的cns上找一篇从mutant做起克隆基因的
paper，那个基因没有个motif domain之类的。你在基因组上可以找到很多没有注视的
基因，但是这些基因的功能做起来谈何容易，从0开始。你任何在这个基因上的工作都
是开创性的。也可以顺着你的说法说，是因为这方面的研究难以开展。别人难以开展的
东西你开展了，是不是说明你的工作意义了。个人觉得新基因新表型这是最大的卖点。
搁往年，这些就足够上ns了。但现在不行了，你得做下游，解释表型。 还是那句话，
表型重要与否，直接决定文章大小。
若我市楼主的话，既然你互补成功了，我会尽力做下游，找到它调控那条pathway，而
不是focus在那个氨基酸重要，这些或许是下一篇文章，你的核定位既然做出了，已经
没有什么太大问题了，不要纠缠于GFP fusion是不是足够好，cns上大把的用这方法定
位的。expression profiling是必须的，RNA seq或microarray，或许找到targ... 阅读全帖 |
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i*****i
发帖数: 154 | 19 现在手里的一个课题，想继续做一些生化方面的研究。
已知蛋白E可以和我的目的蛋白L结合。基于各种实验中遇到的痛苦经验，以及对蛋白L
的序列结构分析（存在大量磷酸化motif），我认为蛋白E与蛋白L的结合可以稳定蛋白L
。但是随着时间的推移，加诸其他的外界条件，这个L仍然会被磷酸化。
现在我想证明
1）蛋白E与L的结合，增加了L的稳定性（已知E非常稳定）
2）这种稳定性来源于阻止了某些位点的磷酸化
3）如何证明某一个pathway（AKT or ERK or ...)是负责这个蛋白磷酸化的。
请问版上的生化牛人，怎么设计一些实验来证明呢？ |
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g*********5
发帖数: 2533 | 20 1.大量磷酸化motif..
你先比较下同源蛋白，做个clustalw
先研究保守的。
2.L truncate form，看那一段和E结合。磷酸化位点应该在结合的那段上
pulse chase (fluore or isotope)， fluore如何做？谢谢。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 21 I asked the same question before.... Personally I think it doesn't matter.
Can you just do a transient expression and find out?
我觉得就是个case by case的情况
NLS 也是， 有时在n端加个别的什么氨基酸就把它silent掉了但大多数情况下core
motif在就没事 |
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s********9
发帖数: 132 | 22 而且VMD是免费的.pymol现在收费了.
再问下:
1:homology model用哪个好? SPDV可以,不知道哪个好些? 文献上面说的homology的定量(比
如40% 60%是怎么来的? 是根据structural seq alignment 数完全相同的氨基酸数量除以总
数?还是别的?clustalw2是不给量化结果的.)
2:1)关于氢键,做结构的人文章里面到底donor atom 和acceptor atom离多远才算是可信? 我
前面用spdv似乎是定在3.5A.可是看一个文章里面描述的一个结构里面所谓重要的氢键已经4A以上
了.
2)一般说是N(O)-H...N(O),可是又看到有的文章里面说说C-H...N(o),这个氢键难道就是个
任人打扮的小姑娘?
3)如果在结构里面看到某个氨基酸的side chain和别的氨基酸有H bond,而我打算mutate这个
amino acids,一个结构生物学的人会怎么去推测这个mutation whether or to what
extent will affect the overall structure o... 阅读全帖 |
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u**********d
发帖数: 573 | 23 motif search
组织特异表达数据，上游信号
EMSA排查：探针突变，supershift
luciferase reporter gene assays
ChIP
对照要设好哦。
你确定就是这10bp在干活？ |
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d****7
发帖数: 109 | 24 用TOMTOM或者STAMP做个alignment，看看和啥TF的motif像
然后就像楼上说的，做实验验证 |
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f******x
发帖数: 106 | 25 Active Motif 有很多小剂量的抗体卖 |
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p*****c
发帖数: 20445 | 26 不知道你怎么判断的？
pubmed search "Jun Lu, mit"，这四篇文章都有Golub TR
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=jun%20lu%2C%20mit
Results: 4
1.
MicroRNA-mediated control of cell fate in megakaryocyte-erythrocyte
progenitors.
Lu J, Guo S, Ebert BL, Zhang H, Peng X, Bosco J, Pretz J, Schlanger R, Wang
JY, Mak RH, Dombkowski DM, Preffer FI, Scadden DT, Golub TR.
Dev Cell. 2008 Jun;14(6):843-53.
PMID: 18539114 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free PMC Article
Related citations
2.
Impaired microRNA processing enhances ... 阅读全帖 |
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b*****n
发帖数: 1841 | 27 这位青年千人的文章列表如下，所有的文章都指向yale的助理教授，都跟microRNA有关
，名字都跟导师Golub TR挂在一起。
要么这两人是同一个人，要么是这个青年千人简历造假。
1. Nature 2005, 435:834-82
Nature. 2005 Jun 9;435(7043):834-8.
MicroRNA expression profiles classify human cancers.
Lu J, Getz G, Miska EA, Alvarez-Saavedra E, Lamb J, Peck D, Sweet-Cordero A,
Ebert BL, Mak RH, Ferrando AA, Downing JR, Jacks T, Horvitz HR, Golub TR.
Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts 02141, USA.
2. Nature 2005, 434:338-45
Nature. 2005 Mar 17;434(7031):338-4... 阅读全帖 |
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j***x
发帖数: 1469 | 29 1.
J Gen Virol. 2012 Jul;93(Pt 7):1537-47. Epub 2012 Mar 21.
Murine cytomegalovirus infection of cultured mouse cells induces expression
of miR-7a.
Dittmer A, Förstemann K.
2.
http://www.nature.com/nprot/journal/v7/n8/pdf/nprot.2012.088.pd
Nature Protocols 7, 1551–1568 (2012)
doi:10.1038/nprot.2012.088
A complete workflow for the analysis of full-size ChIP-seq (and similar)
data sets using peak-motifs
Please send to l************[email protected]
Thank you very much . |
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a*****x
发帖数: 901 | 30 你说的是cullin吧。他们其实不是E3,只是E3的主要subunit。而且cullin也没有明确的
target的保守motif |
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l**********1
发帖数: 5204 | 31 Re LZ
pls refer one PhD dissertation
by Gernot Guderian (2010) of Basel University
title:
"Control of Centriole Numbers by Plk4 Autophosphorylation and βTrCP-
mediated Degradation"
link:
//edoc.unibas.ch/1233/
or
PDF link:
//edoc.unibas.ch/1233/1/Thesis_Gernot_Guderian.pdf
its pp25
2.5.2
The SCF^βTrCP Complex
To achieve high substrate specificity, cells express many different E2
enzymes (about 30)
and even more E3 ligases (more than 300).
The latter are categorized into four major
classes accor... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 34 你的问题确实看不太懂
什么叫做whole genome的RNAseq
细菌的genome都是DNA,不是RNA
另外我认为不管是RNA 还是DNA，肯定要先align好。现在的测序平台错误都很多，如果
我是reviewer看到有人直接拿原始的测序data来往后推，肯定把这文章打回去 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 35 要上 R package
pls refer:
van Hijum SA, Medema MH, Kuipers OP. (2009)
Mechanisms and evolution of control logic in prokaryotic transcriptional
regulation.
Microbiol Mol Biol Rev. 73: 481-509
Abstract
A major part of organismal complexity and versatility of prokaryotes resides
in their ability to fine-tune gene expression to adequately respond to
internal and external stimuli. Evolution has been very innovative in
creating intricate mechanisms by which different regulatory signals operate
and inter... 阅读全帖 |
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i**y
发帖数: 71 | 36 there is annotation for CpG islands in the UCSC genome browser, which is
based on CpG frequency. Adrian Bird has a paper in Plos Genetics where they
used CXXC1 to experimentally determine unmethylated CpG islands.
there is no prediction for the location of non-CpG methylation. in ES cells
it's mostly in CAG motif. |
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k******0
发帖数: 1073 | 37 Odds Against Winning the 2012 Nobel Prize in Chemistry
Nuclear Hormone Signaling, Chambon/Evans/Jensen, 6-1
Bioinorganic Chemistry, Gray/Lippard/Holm/–, 7-1
Spectroscopy & Application of Lasers, Zare/Moerner/+, 8-1
Techniques in DNA Synthesis, Caruthers/Hood/+, 13-1
The Field (everything not listed), 14-1
Electrochemistry/Electron Transfer, Bard/Hush/Gray/–, 19-1
Biological Membrane Vesicles, Rothman/Schekman/+, 19-1
Instrumentation/Techniques in Genomics, Venter/+, 24-1
Molecular Studies of Gen... 阅读全帖 |
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p*****u
发帖数: 276 | 39 结构生物学就类似于显微镜照相，一个蛋白质的功能了解了之后，那么为什么这个蛋白
质具有这个功能？其他的不行？结构搞好之后，具有类似结构的蛋白质是否具有类似的
功能？蛋白质很大，到底是那种motif决定了那些功能？其实结构的文章一篇一篇的发
cns其实是一种福利，crystalo很难做的，一般都要干好几年，最后再发个分低的文章
那就没人做了。现在其实做结构基本就是人海战术，谁人多谁占便宜。比如一个实验室
招10个博后做10个不同蛋白的结晶，总会有成功的，成功了那就是cns，也值了。 |
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j*p
发帖数: 411 | 40 你要找的TF有没有人做过ChIP-seq or ChIP-chip？有没有motif？ |
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s****x
发帖数: 5 | 41 推荐MEME，
meme-chip找chip-seq的motif挺好用的
MEME本身是C/C++写的，但meme-chip是perl写的，很方便改 |
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h***u
发帖数: 90 | 42 有没有可能先敲除然后用microarray 或RNA-seq确定target gene. 没做过果蝇, 不知
道难度有多大.不过话说你已经知道表型了, 应该作了敲除吧. 拿到target gene 以后
可以在其附近找motif作为可能的control binding region.
sort的细胞如果能到几十K, 也是可以做ChIP的, 当然要看这个TF binding的强弱了.
可以试试这个kit
http://www.activemotif.com/catalog/868.html |
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h***u
发帖数: 90 | 43 有没有可能先敲除然后用microarray 或RNA-seq确定target gene. 没做过果蝇, 不知
道难度有多大.不过话说你已经知道表型了, 应该作了敲除吧. 拿到target gene 以后
可以在其附近找motif作为可能的control binding region.
sort的细胞如果能到几十K, 也是可以做ChIP的, 当然要看这个TF binding的强弱了.
可以试试这个kit
http://www.activemotif.com/catalog/868.html |
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T*****n
发帖数: 897 | 44 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: Tonyvan (Tony), 信区: Postdoc
标 题: ChIP试验做不出结果怎么办？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Dec 7 22:42:18 2012, 美东)
ChIP试验做不出结果怎么办？用的是Active Motif的KIT。现在optimize the shearing
conditions, 但老不出结果。怎么回事？请大家指教。谢谢！ |
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T*****n
发帖数: 897 | 45 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: Tonyvan (Tony), 信区: Postdoc
标 题: ChIP试验做不出结果怎么办？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Dec 7 22:42:18 2012, 美东)
ChIP试验做不出结果怎么办？用的是Active Motif的KIT。现在optimize the shearing
conditions, 但老不出结果。怎么回事？请大家指教。谢谢！ |
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T*****n
发帖数: 897 | 46 我试了active motif Express kit and High Sensitivity Kit. 结果都是第一次结果
很好，然后再也重复不出来了，即使用同一ChIP DNA. 现在搞得我很郁闷。结果出来时
老板很高兴，结果不能重复，我们又都郁闷了。大家用过这两个试剂盒吗？对这两个试
剂盒有何评价？如何才能解决出现的问题？ |
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A******y
发帖数: 2041 | 47 That's only if you still believe that SIRTs are deacetylase. Their
activities compare to HDACs (metal containing deacetylases) are at least ten
times lower and reversible. Could it be that acetylation is actually done
by HDAC and a SIRT just serve as an recognition motif. The same mistake has
been made for class IIa HDAC. Unfortunately I still see people repeating
the wrong information on their papers. As for specific residue differences,
two domain of HDAC6 has little differences in amino ... 阅读全帖 |
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s*******2
发帖数: 598 | 48 See below 1997 paper
Biochem J. 1997 Apr 1;323 ( Pt 1):233-7.
Actin is cleaved during constitutive apoptosis.
Brown SB, Bailey K, Savill J.
SourceDivision of Renal and Inflammatory Disease, Department of Medicine,
University Hospital, Nottingham NG7 2UH, UK.
Abstract
Proteases play an important role in the programme of cell death by apoptosis
but little is known of the substrates cleaved, particularly in constitutive
models of this type of cell death. Neutrophils spontaneously undergo
apoptosis ... 阅读全帖 |
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G****a
发帖数: 10208 | 49 【 以下文字转载自 Missouri 讨论区 】
发信人: Geisha (朔风如解意 容易莫摧残), 信区: Missouri
标 题: 钱mm的文章都是ERIC的， ERIC让她当第一作者
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jan 27 19:16:10 2013, 美东)
http://www.qianlab.caltech.edu/Qian_CV.pdf
Refereed Publications (* co-first authors)
1. L. Qian, E. Winfree, and J. Bruck. Neural network computation with DNA
strand displacement cascades. Nature, 475:368-372, 2011.
News and Views: “DNA and the brain” by Anne Condon, Nature, 475:304-305.
Media coverage: msnbc News, CBS News, Discovery News, CNET News, D... 阅读全帖 |
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p*****e
发帖数: 93 | 50 Check whether the phosphorylation sites match the phosphorylation motif of
these potential kinases. |
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