e******x
发帖数: 9 | 1 看到这里有很多牛人都做过CHIP试验。 想请教一下大家：
（1）一般做完IP以后大家是怎么purify pulled-down chromatin DNA的？ 我看到网上
说可以
用PCR purification Kit 直接纯化，请问这里有人试过吗？
（2） 我最近才开始摸索条件，上一次实践结果，一个sonicated lysate sample 还可
以， 但另
外一个IgG control 有阳性。请问可能什么地方出现问题了呢？
（3）大家有什么好的protocol可以推荐一下啊？我只是需要做一个简单的Myc-tag的
CHIP. 抓下来
Chromatin DNA 看看几个结合位点再两个条件下有没有变化。最后的结果想用Real-
time做。上次
买了一个Active Motif 的CHIP Kit. 但发现最后的elute buffer 好像和我的SYBR Mix
不兼
容，严重影响PCR反应 （必须稀释20倍以上）。
望高人指点， 万分感谢！！！！ |
a***e
发帖数: 1010 | 2 after elution, add >5x PB buffer from Qiagen kit, the clean up by the Qiagen
column. |
e******x
发帖数: 9 | 3 DO I need add any carriers in the elution before I load to PCR purification
column? |
a****o
发帖数: 1786 | 4
I usually do decrosslinking @65C over night, before purify w/ QIAgen column,
no carrier DNA is required.
different genomic loci have different background binging. it is normal some
regions have higher IP efficiency than others. Decreasing average chromatin
size usually can decrease nonspecific background binding.
check current protocol molecular biology.
Good luck!
【在 e******x 的大作中提到】
: 看到这里有很多牛人都做过CHIP试验。 想请教一下大家：
: （1）一般做完IP以后大家是怎么purify pulled-down chromatin DNA的？ 我看到网上
: 说可以
: 用PCR purification Kit 直接纯化，请问这里有人试过吗？
: （2） 我最近才开始摸索条件，上一次实践结果，一个sonicated lysate sample 还可
: 以， 但另
: 外一个IgG control 有阳性。请问可能什么地方出现问题了呢？
: （3）大家有什么好的protocol可以推荐一下啊？我只是需要做一个简单的Myc-tag的
: CHIP. 抓下来
: Chromatin DNA 看看几个结合位点再两个条件下有没有变化。最后的结果想用Real-
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e******x
发帖数: 9 | |
