n********h
发帖数: 13135 | 1 考级并不是忽悠。考级的教学大纲确实能让学习的孩子对音乐有个全面的了解，能培养
全面的音乐素养。就算将来不弹琴了，对音乐的理解还在。克莱德曼只是一个演奏者，
他早期弹得曲子是法国一个比较有名的音乐制作人写的。这个人牛的地方在于不识谱，
不知道任何乐理，谱子都是靠哼唱而作。比较有名而好听的曲子中的MOTIF其实非常简
单，就是一两个简单的MOTIF 不停的做一些变换，就可以如此优美。但是对手的夸度要
求比较大，所以弹起来，也不是很容易。 |
|
p*******g
发帖数: 2976 | 2 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
|
S********t
发帖数: 18987 | 3 【 以下文字转载自 Outdoors 讨论区 】
发信人: SurfingCat (冲浪肥猫), 信区: Outdoors
标 题: 肥猫溯溪钓鱼记
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Oct 14 14:47:12 2008)
肥猫溯溪钓鱼记
SAN GABRIEL河EAST FORK的溯溪一直是LA广大群众喜闻乐见老少皆宜的HIKING活动, 不
过大多都是到了BRIDGE TO NO WHERE就结束了,其实再往上游风景更好,而且一直向北可
以走到PCT然后下到2好公路,是LA地区上好的练习BACKPACKING的线路,尽管如此我其实
也没去过,连下游的路线都没走过.
秋风起,鳟鱼肥,EAST FORK最有经验的钓鱼客MOTIF号召往上游去钓野生鳟鱼,,MOTIF这
条路线走过几十次了,路很熟,而且又有钓鳟鱼的经验,我们当然是求之不得的了.
周日SANTA ANA风已经起来了,山中一早颇有些寒意,我们都穿了挡风的外套,进了山谷太
阳出来后,风才小了些,一路上难免要过小溪,
天气冷了直接趟水有些冷,好在到处都有倒伏的树做独木桥,
前半程路比较好走,我们用了2.5小时走到BRI |
|
m*****u
发帖数: 6094 | 4 ☆─────────────────────────────────────☆
majia111 (majia111) 于 (Tue Dec 23 22:10:52 2008) 提到:
放假了想租几部国产电影看看。谢谢！
☆─────────────────────────────────────☆
motif (伏地魔) 于 (Tue Dec 23 22:24:51 2008) 提到:
main st 跟4th st 交界的地方有个租片子的。
☆─────────────────────────────────────☆
majia111 (majia111) 于 (Tue Dec 23 23:16:07 2008) 提到:
是在main上还是在４街上？在哪个角？能具体说说吗？谢谢！
☆─────────────────────────────────────☆
motif (伏地魔) 于 (Tue Dec 23 23:27:31 2008) 提到:
main上，西北角。有几年了，不知道现在还在不。
☆───────────────────── |
|
m*****u
发帖数: 6094 | 5 ☆─────────────────────────────────────☆
motif (伏地魔) 于 (Sun Jan 11 00:17:31 2009) 提到:
发信人: motif (伏地魔), 信区: Outdoors
标 题: 谁买过超市里叫洋荔枝的东东
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jan 11 00:13:12 2009)
怎么吃的。今天买了一个发现根本无法下咽。
绿绿的，拳头大小，里头肉是白的，有一颗颗黑的仔
☆─────────────────────────────────────☆
chameleon (变色龙) 于 (Sun Jan 11 00:28:38 2009) 提到:
今天说的是这个东西么？
☆─────────────────────────────────────☆
mey (玫) 于 (Sun Jan 11 00:33:32 2009) 提到:
你说的是释迦吧，熟了很甜很香很好吃，我上星期刚认识并吃了
☆─────────────────────────────────────☆
likelike |
|
m*****u
发帖数: 6094 | 6 ☆─────────────────────────────────────☆
motif (伏地魔) 于 (Mon Jan 12 23:18:37 2009) 提到:
是顺发对面哪个plaza来着。偶labmate带着人去那吃火锅来着，一堆人都不认识中文。
帮他们问问清楚，免得跑丢了。
☆─────────────────────────────────────☆
ShiningRose (知福惜福) 于 (Mon Jan 12 23:24:22 2009) 提到:
Amrose Restaurant 沸腾鱼乡
529 E. Valley Blvd., #168. San Gabriel, CA
(626) 280-8909
☆─────────────────────────────────────☆
motif (伏地魔) 于 (Mon Jan 12 23:25:56 2009) 提到:
多谢
☆─────────────────────────────────────☆
laufine (laufine) 于 (Tue Jan 13 02: |
|
S********t
发帖数: 18987 | 7 East fork 野营钓鱼送山谷风老大海归记
洛城山谷背包行, 云淡风轻水光粼。
愿君再钓一鳟鱼, 他年毋忘故友情。
山谷风老大要海归了, 想起还一直没一起出游过, 未免遗憾,
索性趁周末一起进山钓野鳟鱼,当作送别.
下午一起喝了茶,直奔铁人山脚和East fork帝motif汇合出发,以是天光渐暮
急行军过了"哪里都不去"桥, 天已经黑了,依兵法当道扎营, 狭窄的山道上勉强扎下几
座连营, 埋锅造饭不表
吃的东西扔进剑麻从里, 老虎来了也无从下嘴.
次日一早, 早餐战饭,拔营起寨, 这里比下游路更难走些,
水势比以前来的一次更大, 甚至不得不在激流处渡河,
还有这样的SCRAMBLE 路线
还有蛇
上游有淘金客在淘金, 使水比较混浊,好象冰川的河流一样玉石颜色
终于走到上游分叉处, 一边水较清, 水色泾渭分明
我们去清澈那边IRON FORK
走不远见一处急流下好一弯碧绿清潭,必有好鱼出没
山谷风老大当先亮剑依据险要地形向鱼群发出了进攻
果然到手擒来
motif也到手一条, 不愧是East fork帝
两鱼很快准备好下锅了
鱼汤好了
可惜鱼群已经被惊动, 我就没轮到上鱼机会, 而E |
|
K****n
发帖数: 2485 | 8 ☆─────────────────────────────────────☆
vankie (似水流年) 于 (Fri Oct 8 11:04:28 2010, 美东) 提到:
此人一直在国内温和维权，是条真汉子。
☆─────────────────────────────────────☆
NYNY (NYNY) 于 (Fri Oct 8 11:05:49 2010, 美东) 提到:
Congrats!
☆─────────────────────────────────────☆
paradise1 (Kristin Kreuk -- smallville) 于 (Fri Oct 8 11:33:47 2010, 美东) 提到:
国内的人不知什么时候才能知道。
☆─────────────────────────────────────☆
vankie (似水流年) 于 (Fri Oct 8 11:34:30 2010, 美东) 提到:
they all know this already.
☆────────────────... 阅读全帖 |
|
|
S********t
发帖数: 18987 | 10 East fork野营钓鱼送山谷风老大海归记
洛城山谷背包行, 云淡风轻水光粼。
愿君再钓一鳟鱼, 他年毋忘故友情。
山谷风老大要海归了, 想起还一直没一起出游过, 未免遗憾,
索性趁周末一起进山钓野鳟鱼,当作送别.
下午一起喝了茶,直奔铁人山脚和East fork帝motif汇合出发,以是天光渐暮
急行军过了"哪里都不去"桥, 天已经黑了,依兵法当道扎营, 狭窄的山道上勉强扎下几
座连营, 埋锅造饭不表
吃的东西扔进剑麻从里, 老虎来了也无从下嘴.
次日一早, 早餐战饭,拔营起寨, 这里比下游路更难走些,
水势比以前来的一次更大, 甚至不得不在激流处渡河,
还有这样的SCRAMBLE 路线
还有蛇
上游有淘金客在淘金, 使水比较混浊,好象冰川的河流一样玉石颜色
终于走到上游分叉处, 一边水较清, 水色泾渭分明
我们去清澈那边IRON FORK
走不远见一处急流下好一弯碧绿清潭,必有好鱼出没
山谷风老大当先亮剑依据险要地形向鱼群发出了进攻
果然到手擒来
motif也到手一条, 不愧是East fork帝
两鱼很快准备好下锅了
鱼汤好了
可惜鱼群已经被惊动, 我就没轮到上鱼机会, 而Ea |
|
O***n
发帖数: 13127 | 11 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
|
p***t
发帖数: 698 | 12 【 以下文字转载自 Outdoors 讨论区 】
发信人: SurfingCat (冲浪肥猫), 信区: Outdoors
标 题: 肥猫溯溪钓鱼记
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Oct 14 14:47:12 2008)
肥猫溯溪钓鱼记
SAN GABRIEL河EAST FORK的溯溪一直是LA广大群众喜闻乐见老少皆宜的HIKING活动, 不
过大多都是到了BRIDGE TO NO WHERE就结束了,其实再往上游风景更好,而且一直向北可
以走到PCT然后下到2好公路,是LA地区上好的练习BACKPACKING的线路,尽管如此我其实
也没去过,连下游的路线都没走过.
秋风起,鳟鱼肥,EAST FORK最有经验的钓鱼客MOTIF号召往上游去钓野生鳟鱼,,MOTIF这
条路线走过几十次了,路很熟,而且又有钓鳟鱼的经验,我们当然是求之不得的了.
周日SANTA ANA风已经起来了,山中一早颇有些寒意,我们都穿了挡风的外套,进了山谷太
阳出来后,风才小了些,一路上难免要过小溪,
天气冷了直接趟水有些冷,好在到处都有倒伏的树做独木桥,
前半程路比较好走,我们用了2.5小时走到BRI |
|
T*********e
发帖数: 39815 | 13 ☆─────────────────────────────────────☆
SurfingCat (冲浪肥猫) 于 (Tue Oct 14 14:47:12 2008) 提到:
肥猫溯溪钓鱼记
SAN GABRIEL河EAST FORK的溯溪一直是LA广大群众喜闻乐见老少皆宜的HIKING活动, 不
过大多都是到了BRIDGE TO NO WHERE就结束了,其实再往上游风景更好,而且一直向北可
以走到PCT然后下到2好公路,是LA地区上好的练习BACKPACKING的线路,尽管如此我其实
也没去过,连下游的路线都没走过.
秋风起,鳟鱼肥,EAST FORK最有经验的钓鱼客MOTIF号召往上游去钓野生鳟鱼,,MOTIF这
条路线走过几十次了,路很熟,而且又有钓鳟鱼的经验,我们当然是求之不得的了.
周日SANTA ANA风已经起来了,山中一早颇有些寒意,我们都穿了挡风的外套,进了山谷太
阳出来后,风才小了些,一路上难免要过小溪,
天气冷了直接趟水有些冷,好在到处都有倒伏的树做独木桥,
前半程路比较好走,我们用了2.5小时走到BRIDGE TO NO WHERE, 我第一次来 |
|
z*********n
发帖数: 94654 | 14 【 以下文字转载自 IronMountain 俱乐部 】
发信人: zhanglaosan (张老三), 信区: IronMountain
标 题: 今晚终于能睡着了，哈哈
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 2 21:24:37 2009, 美东)
上周和motif等人去爬墙，一个overhang的，就是以前那个
gym里不认识的人好多肌肉男女轮流爬都上不去的，我还继续想bso
跟motif说，他们肌肉男女都上不去，我们技术型的就行
当然某女先上的，很轻松，gym里其他人看着都在感叹
she makes it look so easy
然后我也很得意得上，这个在我受伤以前就是热身的路线
结果连上三次没上去，郁闷得晚上睡不着觉，这也忒退步了
今天终于感觉又恢复了，继续轻松上那个路线，并其他的5.10A/B overhang
路线较轻松搞定，感觉基本回到伤前水平了，终于可以睡个安稳觉了，呵呵 |
|
|
|
|
l**a
发帖数: 5175 | 18 Her struggles with illness and death are believed to have affected his
poetry and prose, where dying young women appear as a frequent motif, as in
"Annabel Lee", "The Raven", and "Ligeia".
http://en.wikipedia.org/wiki/Virginia_Eliza_Clemm_Poe
Virginia Eliza Clemm Poe (née Clemm; August 15, 1822 – January 30, 1847)
was the wife of American writer Edgar Allan Poe. The couple were first
cousins and married when Virginia Clemm was 13 and Poe was 27. Some
biographers have suggested that the couple's ... 阅读全帖 |
|
m****i
发帖数: 1076 | 19 Lesson: 1
Title: BASIC BLUES
Level: Beginner (+Intermediate)
Style: 12-bar Blues, theory
Instructor: Olav Torvund
[Editor's note - Olav is sending us this lesson for Norway. Some of
the musical terms he is using are spelled slightly differently from the
way they are spelled in the U.S. (they are probably closer to the Latin
than English allows) Wherever these spelling differences occur, I
have added the U.S. English equivalent initially, but have left them
in their original spelling thro... 阅读全帖 |
|
x********o
发帖数: 851 | 20 我也正在考虑，目前看上了Yamaha motif xf8. 但是发现键盘不是gH3 的。cp4的键盘
好，但是可玩性有没有motif xf8高。
谢谢！ |
|
a*f
发帖数: 5682 | 21 玩胶片时间很短，不到两年吧，写篇入门心得抛砖引玉一下，
首先，为啥玩中幅胶片？
胶片本身的画质颜色可能是有独特的地方，但这并不是我玩胶片的主要原因。我玩中幅
胶片的主要原因有两个：
１，中幅胶片的高拍摄成本迫使你拍摄每张照片都更加小心，面对一个motif你会仔细
观察，
反复变换角度直到找到最佳构图才肯按下快门。
２，多种类型的中幅相机提供了更多的拍摄可能性。比如腰平单反对练习构图帮助很大，
尤其是在一个motif一张照片的情况下，腰平的毛玻璃给你最接近出片效果构图观感，
和在取景器看的感觉不同，这和看画要先远远的看的道理类似。折叠式中幅相机非常便
携，可以随时携带。双反可以说最不易被被拍摄者察觉的相机。
中幅胶片相机选择，我建议从腰平单反开始, 原因我个人觉得在于这个取景器是最适合
拿来练习构图。从这个取景器里看景象和从照片上看景象的观感很类似。当你达到可以
不借助这个取景器，直接裸眼对眼前的景象构图之后再上一个旁轴会更加轻便一点。买
二手的多半没有说明书，不过大部分机器的说明书都能google到电子版本的，买之前可
以google一份来研究一下
胶片方面，我个人喜欢彩色负片，曝光宽... 阅读全帖 |
|
a*f
发帖数: 5682 | 22
其实一般评论时大多只说一张照片比较formal，不怎么说你这个是formalism。而且也
并非不注重内容，只是对形式比较追求。
看作品时只看form也被称为formalism倒挺make sense.
我也看到不少称shore formalism的说法。
摘抄new color photography里关于shore的讨论。kaleeg你如果还没读过这本的话，是
时候了。
“Of the principal color photographic formalists, Stephen Shore has most
successfully adapted Evan’s objectivity and aesthetic autonomy. Yet unlike
Evans, who so ably absorbed the significance and sensuousness of his
subjects, recognizing the potent ambiguities in the real, Shore avoids
mythic possibilities fo... 阅读全帖 |
|
a*f
发帖数: 5682 | 23 列了这么多胶片的局限性，辛苦了，我就借你的list讲讲如何克服这些胶片的不便之处
。
这个要看个人，我看很多摄影者看相机屏的时间远远大于看景物的时间恰恰是最大的
distraction。
胶片相机强迫拍摄者在拍摄之前仔细确定构图和曝光，用心观察motif而不是相机，对
于一些人来说可能是优点。另外还有个好处就是胶片在拍摄和看到实际照片之间有很长
的时间差，这反而可以refresh你在看到照片时候的第一观感。我们知道往往一张照片
拍摄者自己的观感和别人不一样，这是因为拍摄者在实景看过，所以在看照片的时候会
自然mix进去实景的观感，而其他观者没有这个。胶片摄影的时间距离使得拍摄者在看
到照片的时候已经大约忘记了实景观感，这样对照片本身的观感更接近其他观者的观感
。这反而有利于看出自己照片的不足之处。
期制作免不了
你说的冲洗后期是固定流程的，颜色profile是固定的。而数码相机往往打开自动白平
衡，反而使得颜色和实际光感不符合，也不consistent，所以数码要做到色调统一需要
后期不少工作。 当然胶片也少不了后期，几乎所有胶片摄影家都做暗房或者扫描后数
码后期。
：第三，胶片的感光... 阅读全帖 |
|
S*M
发帖数: 10832 | 24 Symphony 41, 我看wiki的介绍彻底看晕了
The four movements are arranged in the traditional symphonic form of the
Classical era:
1. Allegro vivace, 4/4
2. Andante cantabile, 3/4 in F major
3. Menuetto: Allegretto - Trio, 3/4
4. Molto Allegro, 2/2
The sonata form first movement's exposition begins with contrasting motifs,
a tutti outburst followed by a lyrical response. This exchange is heard
twice and then followed by an extended series of fanfares. What follows is a
transitional passage where th... 阅读全帖 |
|
H********g
发帖数: 43926 | 25 Genes known to be contained on the Y chromosome[edit]
As of the year 2000, a number of genes were known to be Y-linked, including:
[3]
ASMTY (acetylserotonin methyltransferase),
TSPY (testis-specific protein),
IL3RAY (interleukin-3 receptor),
SRY (sex-determining region),
TDF (testis determining factor),
ZFY (zinc finger protein),
PRKY (protein kinase, Y-linked),
AMGL (amelogenin),
CSF2RY (granulocyte-macrophage, colony-stimulating factor receptor, alpha
subunit on the Y chromosome),
ANT3Y (aden... 阅读全帖 |
|
m****r
发帖数: 1904 | 26 摘自《以色列百科全书》
PHARAOH AND THE EGYPTIANS IN THE AGGADAH
Influence of Jew’s Experience in Roman Egypt.
Figure1. Pharaoh bathing in the blood of Hebrew children in order to cure
his leprosy (Ex.R 1:34). Woodcut from the Prague Haggadah,1526. Jerusalem, J
.N.U.L.
Leper Motif. Leprosy figures repeatedly in the punishments inflicted or
threatened on the Egyptians. The Pharaoh of the oppression became a leper
and sought to cure himself by bathing in the blood of Hebrew children
specially slain for th... 阅读全帖 |
|
t*******n
发帖数: 4445 | 27
Hmm, interesting.
First, I would like to mention that not all "foreign culture motifs" are
resisted with equal vehmency. For example, while ethics and cusine are both
traditions in a culture, a call to resist "western human right standards" gets
you more support than a call to boycott McDonald.
It seems that a culture only protects some of its core motifs. This
phenomenon reminds me of what Imre Lakatos said about the "shift of paradigms"
in science. After Thomas Kuhn's theory, Lakatos f |
|
G******e
发帖数: 9567 | 28 1、American Standard Version (1901). Marginal note: "Most of the ancient
authorities omit John vii. 53--viii. 11. Those which contain it vary much
from each other."
2、Revised Standard Version (1946). 7:53-8:11 given in the margin, with the
note, "Most of the ancient authorities either omit 7.53-8.11, or insert it,
with variations of the text, here or at the end of this gospel or after Luke
21.38." Since 1971 the section is printed as ordinary text, with the note,
"The most ancient authorities omi... 阅读全帖 |
|
m****r
发帖数: 1904 | 29 PHARAOH AND THE EGYPTIANS IN THE AGGADAH （摘自以色利百科全书）
Influence of Jew’s Experience in Roman Egypt.
Figure1. Pharaoh bathing in the blood of Hebrew children in order to cure
his leprosy
(Ex.R 1:34). Woodcut from the Prague Haggadah,1526. Jerusalem, J.N.U.L.
Leper Motif. Leprosy figures repeatedly in the punishments inflicted or
threatened on the Egyptians. The Pharaoh of the oppression became a leper
and sought to cure himself by bathing in the blood of Hebrew children
specially slain for this pu... 阅读全帖 |
|
|
b****n
发帖数: 69 | 31 关键这厮什么蛋白都做，什么蛋白他都知道。他把所有的蛋白的结构对比了，然后讲所有
的蛋白的结构都是从RNA binding motif或metal binding motif进化来的。
只有极少数例外。 |
|
f********a
发帖数: 15 | 32
个motif 不但是全新的，更重要的，是它是个 atomic motif。
你这是在做DNA结构模拟，还是？ |
|
T**********t
发帖数: 1604 | 33 其实我自己没做过pull down。。。说错了的话，谢绝追杀。
如果你知道你的binding motif是什么序列，在它前面加5-10bp的linker一般就够了吧
我觉得。不过要先用mfold或者类似的软件看一下你加的linker不会影响到你需要的那
个binding motif的二级结构。 |
|
w******e
发帖数: 1187 | 34 这点还挺counter intuitive的。不知道他们用什么formulation。如果是NP，liver应该
是个主要的目的地（所以人们才质疑RNAi在肝脏以外能否work）。如果只是peptide，
renal clearance应该很厉害吧。and居然能过BBB，不知道有没有加其他料。印象中
有某peptide能过BBB但不记得是什么了，也不记得有没有paper跟进。
我个人理解medical imaging是否成功，一个是signaling motif要NB：无毒，yield高，
不受autofluorescence影响，穿透性好，etc；一个是targeting motif要NB：足够特异，
target level够高，最好affinity还能恰到好处，half life能控制好。这两方面我觉得
都不容易解决吧。fluorescence在background、穿透性等方面有局限吧？当然这方面如果
tsien组估计最有实力解决。target方面validated biomarker忒少了，
用于imaging，只有一层specificity check也有点安全隐患。
最后... 阅读全帖 |
|
n*********m
发帖数: 38 | 35 Look his publication
Conversion of D-ribulose 5-phosphate to D-xylulose 5-phosphate: new insights
from structural and biochemical studies on human RPE.
Liang W, Ouyang S, Shaw N, Joachimiak A, Zhang R, Liu ZJ.
FASEB J. 2011 Feb;25(2):497-504. Epub 2010 Oct 5.
PMID:
20923965
[PubMed - indexed for MEDLINE]
Related citations
2.
Structural basis for the inhibition of human 5,10-methenyltetrahydrofolate
synthetase by N10-substituted folate analogues.
Wu D, Li Y, Song G, Cheng C, Zhang R, Joac... 阅读全帖 |
|
K*F
发帖数: 120 | 36 某实验室寄给我针对某一个蛋白质motif的一个单克隆抗体（未经过纯化的小鼠腹腔液体），小弟正
在做对该motif的免疫沉淀。做了两次，run gel之后可以略微看到条带，但是明显亮度太浅了。我
的positive control是Qiagen公司的5xhis单克隆抗体，我的蛋白质80%-90%可以被pull
down下来。所以我需要对我的单克隆抗体进行浓缩，而且那个实验室的postdoc也告诉我，他们也
是浓缩了做IP。
问题：
（1）我只有1ml的单抗 （未经过纯化的小鼠腹腔液体）。我时候需要用Pierce公司的
protein A column进行纯化？1ml腹腔液体够么？
（2）我能不能不经过protein A column纯化，直接用Minipore的浓缩用的柱子进行抗
体浓缩？ |
|
e*****t
发帖数: 642 | 37 未发表的。大约20个细胞系。。。
我是做bioinfo的，seq alignment以后，怎么找一些生物学意义？比如，寻找一些有趣
的motif（这个比较不靠谱，我承认，但也能发文章）。或者，特定motif和gene
expression的关系，这个很有意思，可惜没有gene expression的data。
还能干些啥？大家来讨论讨论。多谢。 |
|
a********k
发帖数: 2273 | 38 花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell. 2008 Sep
5;134(5):828-42. PubMed PMID: 18775315; PubMed Central PMCID: PMC2570342.
Cai L, Makhov AM, Bear JE. F-actin... 阅读全帖 |
|
j****x
发帖数: 1704 | 39 想要确保获得有效的RNA Polyadenylation，后一个可能是不够的。
狭义上的polyA signal，指的是RNA序列上的一个Conserved motif: AATAAA（AAUAAA）
。CPSF蛋白识别并结合该位点，在CstF的辅助下切割下游pre-mRNA，再由PAP完成加尾
。当然整个过程还需要其他一系列蛋白因子的共同左右，不细说了。
你的问题涉及到CstF这个关键因子，它识别并结合AATAAA下游一段GU rich region，对
于有效的RNA Polyadenylation processing是不可或缺的，尽管这段序列不像poly
signal motif那样具有比较严格的consensus sequence。而在你的第二个版本中，并没
有包含这段序列。 |
|
z*t
发帖数: 863 | 40 Beutler得奖，Medzhitov会不会有意见？
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761309002
Ruslan Medzhitov
This year marks the 20th anniversary of a publication (Janeway, 1989) that
in many ways revolutionized our understanding of the immune system. As part
of the proceedings of the Cold Spring Harbor Symposium on Immune Recognition
, the paper authored by the late Charles A. Janeway, Jr. was not a standard
peer-reviewed publication. In fact, Charlie used to refer to it as “the
best paper I've ... 阅读全帖 |
|
a*****x
发帖数: 901 | 41 Data Not Shown
ClC-ec1最终能成为“大牌“, 固然归功于Roderick的那篇paper, 却主要也是沾了它的
mammalian亲戚的光. ClC指的是一个氯离子通道家族(Chloride Channels). 在
Mammalian中一共发现了9个ClC蛋白, 几乎个个都有很重要的作用 (见上次的ClC
review.pdf, 我就不一一累述了). 顺便提一下一个有趣的知识, 电鳐 (Torpedo fish)
也有一个ClC蛋白, 叫做ClC-0. 电鳐之所以能够放电, 就是靠它.
很多mammalian ClC和ClC-0的单通道电流都被记录到了, 可是这个电流和ClC的结构有
什么关系却一直不清楚. ClC究竟为什么可以选择性的通过氯离子, 而不会通过钾钠之
类的阳离子, ClC的开放与关闭是如何调控的这些问题一直困扰着很多ion channelists
.
2002年Roderick’s group结晶出了ClC-ec1的结构. 如前所述, ClC-ec1就是ClC在E.
Coli里面的亲戚. Roderick看着这个结构, 并且运用他丰富的想象力, 成... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 42 楼主
试下这个
//www-personal.umich.edu/~jianghui/seqmap/
from 2012 one paper
Identification of a binding motif specific to HNF4 by comparative analysis
of multiple nuclear receptors
PubMed link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22383578
and
//bioinformatics.oxfordjournals.org/content/24/20/2395.short
Articles citing this article
Identification of a binding motif specific to HNF4 by comparative analysis
of multiple nuclear receptors
Nucleic Acids Res (2012) 0(2012): gks190v1-gks190
AbstractFull Text (HTML... 阅读全帖 |
|
o**d
发帖数: 3080 | 43 你想问的是ubuitination的底物有没有保守的motif吧，肯定都有个K。但motif好像没
有听说过。 |
|
D******9
发帖数: 2665 | 44 很多E3 ligase底物有motif, 像最近在大肠癌中常突变基因FBW7，底物都有
phosphorylated substrate motif, termed the Cdc4 phosphodegron (CPD）。
但它本身受不受磷酸化调控我不是很清楚。 |
|
S*********s
发帖数: 304 | 45 这玩意确实有很多false positive
一般不用它做discovery,只能用于验证，或者candidate approach.
流程如下：
1.如果我要找的TF，或experimentally有点hint在mouse, human,rat等都conserve
那么我就在conserved region找conserved promoter region
UCSC genome.ucsc.edu
2.还是用TESS,或者原来的Transfac
google transfac，transfac是德国哥廷根大学bioinfo系主任wingande拉了一些做
motif识别的人搞的，一般就用他们的academia version.
他们有个收费的professional version，号称有很多实验
验证过的数据，穷人没用过。
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
这个把transfac前几版本的数据库都包括了，可用。
找出一些candidate之后，再到UCSC里面去看，现有有一些Ch-IP的data available,再
筛一... 阅读全帖 |
|
h****n
发帖数: 2552 | 46 小弟现在已知一转录因子的结合motif，现在想查询哪些蛋白含有该motif,请各位高手
不吝赐教，指点一，二可以做预测和比对的网站，多谢！ |
|
F*****d
发帖数: 23 | 47 GSE38379 has Supplementary file, probably contains bed file for peaks.
For raw data, you need to re-analyze the data. Basic steps include:
convert SRA to fasta, map to genome, find peaks, map peaks to genes, perform
motif discovery, etc.
There are many software packages (almost all on linux), I recommend Homer,
as it covers all steps including motif analysis.
Alternative, if your lab has funding for this, you can buy analysis service,
e.g.
http://goo.gl/k389Yr |
|
d****7
发帖数: 109 | 48 你既然用mac的话，就好办（虽然linux更好）
如果只想看别人chip-seq中的motif，只要把他们的peak calling结果下载下来就行，
就是个BED file，很小。然后从bed file提取dna sequence，这个步骤很多地方都能做
（UCSC table, galaxy, cistrome 什么的好多），提取了sequence后，上传到MEME
chip或者RSAT这种网站，直接就出结果。也可以在你自己的mac上安装Weeder或者HOMER
之类的软件自己找motif
要是想找其他人的raw data，然后和自己的chip seq比较，最好从头做。
下个sratoolkit(这个有pre-compiled mac version)，然后下载.sra文件，用
sratoolkit里的dump-fastq把它转换成fastq文件，然后做mapping，用bowtie很快。
然后peak calling。
以上这些步骤不用很搞的计算机配置，用比较新的macbook pro就能全跑下来，
你想要user-friendly的软件？ 很可惜，在bioiformatics... 阅读全帖 |
|
m******h
发帖数: 38 | 49 对，就是想找类似的东西。有没有什么fluorescent probe 可以customize 然后关联到
蛋白的特定motif上，毕竟这种TC motif 不是每个蛋白都有锕？
technology |
|
u*********1
发帖数: 2518 | 50 makes NO sense at all in my perspective
你可以看到很多prediction的软件/网站；不同网站预测出来的结果完全不一样。
TF binding motif，我想都是非常variable的吧（http://en.wikipedia.org/wiki/Position-specific_scoring_matrix），当然我是外行，我想请教做TF binding的内行，到现在能准确identify比如MEF2A的binding site就一定是比如ATGGCC（我随便乱说的）？
但根据俺的经验，纵然MEF2A是exclusively的bind到ATGGCC；也不是说每个ATGGCC都一
定会被MEF2A target，一定还是要做实验的
现在我比较相信的是：加入chip-seq的数据表明TF会bind在某个基因的某个loci，然后
这个loci的某个SNP被软件预测可以改变binding motif；那么我相信这个SNP 会通过这
个TF binding调控基因的表达 |
|
