C********4
发帖数: 308 | 1 比如，我要看mouse HOXA9这个基因在ES细胞里面，promoter区的H3K27、DNA甲基化修
饰情况。
这类data是不是都有个公用网站，供查询啊？
能否给个详细点的链接？
谢谢！ |
u**********d
发帖数: 573 | 2 UCSC啊
还有这个：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics/browse/
【在 C********4 的大作中提到】
: 比如，我要看mouse HOXA9这个基因在ES细胞里面，promoter区的H3K27、DNA甲基化修
: 饰情况。
: 这类data是不是都有个公用网站，供查询啊？
: 能否给个详细点的链接？
: 谢谢！
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C********4
发帖数: 308 | 3 谢谢
ucsc的那个怎么选要看的修饰啊？能看一些常见蛋白的chip seq吗 比如suz12
【在 u**********d 的大作中提到】
: UCSC啊
: 还有这个：
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics/browse/
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l**********1
发帖数: 5204 | 4 Here you go
for H3K27、DNA甲基化修饰情况
http://insulatordb.uthsc.edu/help.php
for HOXA9
pls go to one paper:
by
Huang Y et al. (2012)
title:
Identification and characterization of Hoxa9 binding sites in hematopoietic
cells.
Blood. 119: 388-98.
pubMed link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22072553
or alternatively
one PhD Dissertation of University of Michigan
by Huang Y. (2011)
PDF full text link:
http://deepblue.lib.umich.edu/handle/2027.42/84435
its pp133:
>The evolutionary conservation scores were obtained from UCSC >
phastCons17way database (Siepel et al., 2005) for enriched H/M regions >and
their adjacent regions extending
>up to X6 in width.
pp146;
>Visualization tracks (UCSC) containing
>all ChIP-sequencing data, Nimblegen epigenetic modification data for >Hoxa9
and Meis1 binding sites, Hoxa9-ER gene expression data, and motif >
enrichment analysis results are available at
>http://www.pathology.med.umich.edu/index.php?t=page&id=903
【在 C********4 的大作中提到】
: 比如，我要看mouse HOXA9这个基因在ES细胞里面，promoter区的H3K27、DNA甲基化修
: 饰情况。
: 这类data是不是都有个公用网站，供查询啊？
: 能否给个详细点的链接？
: 谢谢！
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C********4
发帖数: 308 | 5 谢谢。我不是要看这个具体的基因啊，只是举了个例子 。。想问个通用的办法，随便
看哪个基因哪个修饰哪个binding 蛋白
作为matrix，你怎么读不懂我的内心 。。＝＝
hematopoietic
【在 l**********1 的大作中提到】
: Here you go
: for H3K27、DNA甲基化修饰情况
: http://insulatordb.uthsc.edu/help.php
: for HOXA9
: pls go to one paper:
: by
: Huang Y et al. (2012)
: title:
: Identification and characterization of Hoxa9 binding sites in hematopoietic
: cells.
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u**********d
发帖数: 573 | 6 UCSC genome browser进去后，有一个“track search”的按钮，点进去就是搜索栏啦
，搜到了想要的，勾上，选择用“full”来显示，然后回到browser，就有了。
如果你是想砍人的，ENCODE爆了很多ChIP-seq的数据，一般都能搜到。如果是想看老鼠
的，UCSC里又搜不到，怎么办呢？
1.去我上面贴的那个NCBI的epigenomics的链接，那里面分物种分细胞类型再分不同的
ChIP-seq实验，扫描一遍看看有没有想要的，要是有，那么就选中并进入browser模式
（把你的鼠标到处试探一下，其中一个按钮就是进入browser的），就可以看了，还可
以切换到UCSC browser里去显示，挺强大的。
2.要是NCBI还是没有，那就杯具了，只好将就下了：比如这个suz12吧，你可以看看
K27me3或者Ezh2的数据来代替一下；或者看看人的同源基因上面的分布来大体推测一下。
good luck！
【在 C********4 的大作中提到】
: 谢谢
: ucsc的那个怎么选要看的修饰啊？能看一些常见蛋白的chip seq吗 比如suz12
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C********4
发帖数: 308 | 7 太棒了！！ 谢谢！！
【在 u**********d 的大作中提到】
: UCSC genome browser进去后，有一个“track search”的按钮，点进去就是搜索栏啦
: ，搜到了想要的，勾上，选择用“full”来显示，然后回到browser，就有了。
: 如果你是想砍人的，ENCODE爆了很多ChIP-seq的数据，一般都能搜到。如果是想看老鼠
: 的，UCSC里又搜不到，怎么办呢？
: 1.去我上面贴的那个NCBI的epigenomics的链接，那里面分物种分细胞类型再分不同的
: ChIP-seq实验，扫描一遍看看有没有想要的，要是有，那么就选中并进入browser模式
: （把你的鼠标到处试探一下，其中一个按钮就是进入browser的），就可以看了，还可
: 以切换到UCSC browser里去显示，挺强大的。
: 2.要是NCBI还是没有，那就杯具了，只好将就下了：比如这个suz12吧，你可以看看
: K27me3或者Ezh2的数据来代替一下；或者看看人的同源基因上面的分布来大体推测一下。
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u**********d
发帖数: 573 | 8 ：）
【在 C********4 的大作中提到】
: 太棒了！！ 谢谢！！
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l**********1
发帖数: 5204 | 9 unfieldified (未场化的蛮) is MATRIX
in this bioinformatics topics
it is matrix mior/interests not major.
【在 C********4 的大作中提到】
: 谢谢。我不是要看这个具体的基因啊，只是举了个例子 。。想问个通用的办法，随便
: 看哪个基因哪个修饰哪个binding 蛋白
: 作为matrix，你怎么读不懂我的内心 。。＝＝
:
: hematopoietic
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