e***s
发帖数: 1188 | 1 在这里注册推荐你我双方都会有$50的credit：http://goo.gl/I0JRD
这里是介绍：
不追随基金你也能有主题投资组合，社交化选股投资平台Motif Investing获2500万美
元C轮融资
2013/04/13-15:49 Motif Investing
社交化选股投资平台Motif Investing最近获得由高盛领投的 2500 万美元 C 轮融资，
之前的投资方也跟投，Motif 现总计融资 5100 万美元。Motif 就像是 Facebook+ 网
络券商 eTrade+ 个人金融平台Mint.com的组合体。
这个投资平台的特色在于它关注投资组合，而不是只注重个股讨论。它上面的 Motif
指的就是一系列按某个主题选出来的最多 30 支股票集合。你可以直接购买并持仓一整
个已有的 Motif，也可调整各支股票的投资比例，或是自建一个新的 Motif。
Motif 的社交网络是类似 Facebook 式的双向网络，得发好友申请，这样才能看见朋友
对不同股票或投资组合的讨论。但同时 Motif 也有类似 Google Circle 的圈子概念，
你可以分享... 阅读全帖 |
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k********g
发帖数: 56 | 2 本人做bioinformatics，在帮人分析非transcription factor的ChIP-seq数据，对
literature中的一些分析非常不解，想请教一下。谢谢！
很多descriptive的paper会以如下方式做DNA motif分析
先在一堆candidate region比如ChIP-seq peak,里做devono motif finding，得到几个
motif sequence，比如说甲
然后比较甲和已知的transcription factor 的motif，说甲长得像A,B,C,D,....
最后写一些和transcription factor A B C D ... 相关的story
如果最后目的是知道有哪些transcription factor在那里的话，为什么不直接 在
candidate regions 里 search 已知的 motif A B C D,略过denovo motif finding的
步骤呢？个人感觉加了这一步会lose information。直接search的话可以找到更多,而
且容易做enrichment test。 |
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y*******1
发帖数: 164 | 3 你说的motif prediction使用以下两种都是可行的方法。
A)已知的transcription factor binding sites，例如jaspar+FIMO
B) de novo motif finding，例如MEME
不过A)已知的binding sites信息量不是很大，像是Jaspar里，比较可信的也就是8-900
个左右。而使用B) de novo，虽然很comprehensive，但是也有很多限制的因素。例如
motif size的选择，或者找到motif后，也不知道是哪个transcription factor。
这些motif prediction都是对之后的实验有一定的指导作用。例如如果你做一个TF KO
的chipseq，如果你在peak中没有看到这个TFBS的enrichment，那一般来说实验肯定有
问题。不过因为这些都是纯序列的prediction，真正的信息量有限，不建议over
interpret。那些指着TFBS prediction直接发文章的，通常结果也不太可信。 |
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j*p
发帖数: 411 | 4 我所知道的通过RNAseq来找motif，多数是这2种情况：
1. 两个sample，control／treat，跑两个RNAseq，找differential expressed genes
，拿到这个gene list，问，这些gene有什么共同点，例如，gene promoter有没有已知
的TF 的motif，这样可以至少给出几个candidate TF，可以接下来做故事；或者这些
gene sequence本身有什么motif（如果gene又长又多，技术上很难算，当然我遇到这种
情况较少，或者基本不work）。
2. 两个试验，一个input，一个pull down，例如做RNA methylation，RNA－RNA
interaction，等等，通常这种情况是找出RNA中某些位点，信号enrich over input （
如果没input，就是over nothing）。 问题是，这些enriched sites有没有motif（
sequence similarity）。
请问你是哪种情况，如果都不是，不知道能否把你的问题问的清楚些。 |
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S*M
发帖数: 10832 | 5 我说的scalar(vs vector)就是对应每个transcript，都有一个实验测得的标量
现在想找到一个sequence motif来解释这个标量的变化
我们想干的好像类似预测transcription factor binding site的motif
不过后者里，sequence motif解释的因变量是discrete的
's |
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R****w
发帖数: 36 | 7 大家听过 Motif investing 吗？快去 Google 一下。很有趣，买30种股加起来，手续
费只要9.9。大牛在上面创个 motif
吧，可以赚钱呢。记得来板上吆喝一声。我跟。
如果你想开户，请给我你的 email. 我们各自有100元的 bonus.好像交易三次还送150
。好deal呀! |
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s********e
发帖数: 6 | 8 各位大侠：
本人初次在Solaris 5.6环境下用Motif编程，
请教如何找Motif API的在线帮助？
例如，函数XmCreateMainWindow的在线帮助通
过什么命令可以得到？
谢谢。 |
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l****o
发帖数: 1 | 9 Could somebody tell me how to compile and link Motif program
on IBM RISC 6000? What should the command line be? I tried
several times. It can pass the compilation. But Linker
returned several errors like "Undefined symbol:
XmVaCreateManagedWidget". What's wrong? If somebody knows,
please give me some advice. Thanks!
By the way, if somebody knows some website that can provide
tutorial about Motif programming, please also inform me.
Thanks very much! |
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S*M
发帖数: 10832 | 10 帮朋友问个问题
已做了细菌的whole genome的RNAseq
得到上千个mRNA的sequence，另外每个mRNA都得到了一个我们感兴趣的数值（scalar）
不知道有什么算法，能够在这些mRNA里寻找sequence motif，来解释这个scalar的变化
我好像听说最简单的machine learning可以用来预测binary的变量
我们感兴趣的是个连续变量，不知道有没有问题？
另外不知道是不是要把几千个mRNA先align一下（比如Transcription Starting Site对
齐）
才能进行motif finding？
问的比较外行
多谢指教！ |
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g********i
发帖数: 207 | 11 你朋友用什么方法做的sequencing?是把cDNA的小片段加上tag以后直接测序吗？如果是
这样的话，当然要先做mapping,计算每个transcript的表达量。挑选出显著变化的基因
或者是transcripts，将相应的sequence拿去做motif分析。网络上有很多工具可以做
motif分析。 |
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h*********c
发帖数: 78 | 12 Your questions is so not clear, what is "scalar"? How does it related to
sequence motif?
In general, you definitely need to align RNA-seq reads to the genome, that's
the very first step for further analysis. You also need to consider
possible mutations when searching for motifs. |
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y*******d
发帖数: 1674 | 14 mint给发的
With Motif Investing, you can turn your savings into investments that relate
to real-world themes ranging from Biotech Breakthroughs to Tablet Takeover.
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commission. Plus, get up to $150 cash bonus when you start trading.
值得跳么？还有更好的么？ |
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A*******e
发帖数: 2419 | 15 【 以下文字转载自 Investment 讨论区 】
发信人: AlphaCode (Alpha), 信区: Investment
标 题: 有人用motif investment吗？
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 9 19:05:17 2015, 美东)
现在开户放两千，做三笔交易，奖励150刀，似乎还不错。 |
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s******e
发帖数: 704 | 16 最近开始玩这个motif,是一个自己设计一个portfolio然后整体来买的，一个portfolio
收9.95,想了解具体细节的也可以google之。如果有兴趣开户的话可以给我站内，附上
一个你的email地址，这样你存1000块place一个trade我们各得100。 |
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s****n
发帖数: 700 | 18 哎，老板钟爱linux和motif. 我只好硬着头皮上了。
高手一定要江湖救急。 |
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i*********g
发帖数: 1940 | 21 可是我发现只要5端的promoter里有严格的motif,只要有两个或两个以上，一定会有
binding
，做CHIP或EMSA肯定能做出来。 |
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k********g
发帖数: 56 | 22 多谢解释！
我是统计出身，没太懂您说的对后续实验的指导意义，可以再解释一下吗？
这个project是做老鼠，还剩了一点material，不够做chip-seq。如果发现有有趣的
motif在某些target region里，有什么实验方法去validate少量的target吗？谢谢。
ps，有关tfbs prediction，作为statistician，我也觉得非常不靠谱。
900
KO |
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d*****r
发帖数: 39446 | 23 【此篇文章是由自动发信系统所张贴】
motif 已经退出本俱乐部, 特此通知. |
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d*****r
发帖数: 39446 | 24 【此篇文章是由自动发信系统所张贴】
motif 已经退出本俱乐部, 特此通知. |
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s********n
发帖数: 26222 | 25 方舟子在此文中说“虫子不吃的， 人能吃吗”是中国人的质疑， 而美国人是不会问这
样的问题的， 这显然是骗人的。见下文和其中引用的文献， 其中不少是美国人的科研
。
"Comments on the human health impact of Bacillus thuringiensis toxin gene
product in genetically modified crops"
EPA Review Docket Number OPP-00678B
Professor Joe Cummins
Professor Emeritus of Genetics
University of Western Ontario
I have studied the Environment Protection Agency (EPA) document "Bt Plant-
Pesticides Biopesticides Registration Action Document B. HUMAN HEALTH
ASSESSMENT" and comment in the following ... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 26 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 27 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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a*f
发帖数: 5682 | 28
摄影师不仅可以选择保留什么, 还可以改变元素之间的关系, 视角稍稍一变, 画面中
物体元素的相对位置关系也就变了. 除此
之外, 还可以通过后期来完成一些设计. 另外我觉得选择的过程也是一种设计的过程,
在选择motif的时候, 你可以选择那些
符合你设计理念的motif. 比如你在设计的时候注重平衡, 你在选择motif的时候也选择
那些平衡的motif的. 我所理解的摄影
在设计上和绘画的相通之处比米所理解的要更多. 比如你在之前所说的这些视线的导引
, 拍摄者可能在看到motif的时候也注
意到了, 才引起了她更多的兴趣. (当然也许引起她注意的是其他的设计方面的元素,
比如motif本身在设计方面的integrity),
这一点不如请yo来说说. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 29 非植物 或哺乳的数据库区别也 植物的也 一样在完善
关键是楼主有无NGS and HMM （Hidden Markov Models 的背景或能找到那种背景的
合作人
pls refer
PMID 23435661
by Van der Does D et al., (2013).
Salicylic acid suppresses jasmonic acid signaling downstream of SCFCOI1-JAZ
by targeting GCC promoter motifs via transcription factor ORA59.
Plant Cell. 25: 744-61.
Abstract:
ignored
In silico promoter analysis of the SA/JA crosstalk transcriptome revealed
that the 1-kb promoter regions of JA-responsive genes that are suppressed by
SA are significantl... 阅读全帖 |
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g*********5
发帖数: 2533 | 30 Introduction:
Cells that simultaneously secrete and sense the same signaling molecule are
ubiquitous. Bacteria sense a quorum by secreting and sensing an autoinducer;
T cells induce a monoclonal
immune response by secreting and sensing a cytokine; and epithelial cells
can become cancerous through misregulated secreting and sensing of a growth
factor. Many of these cells use the same core signaling-circuit motif to
realize a diverse repertoire of biological functions. The full range of
functions ... 阅读全帖 |
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b*****y
发帖数: 163 | 31
each motif in its own right is entitled to trigger a specific response which
not only varies in magnitude but in pattern. for the other way around,
system detection of the foreign motif requires not only simple reception
but motif identification capability. This is a non-trivial process, because
usually the appearance of foreign motif may not necessarily expose its nature.
e.g, "human right" idea doesn't often come as naked. it is frequently buried
deeply into more acceptable forms of culture ( |
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J**S
发帖数: 25790 | 32 其实反驳印度的论文我提供一个重点：
就是那四个INSERT和HIV同源，也就是印度论文里说是HIV的MOTIF，那么如果是要改造
病毒，让病毒更厉害，根据印度的论文，加入这4个HIV的片段来增加病毒与受体结合。
如果从信息学分析，说明，1）那四个序列不是MOTIF， 在HIV根本不保守。 2）这四
个序列对HIV增加病毒与受体结合根本没有依据， 这四个序列对HIV的毒性根本不重要。
如果上面两点成立，中国实验室就没必要把那四个片段插到武汉病毒里面。 从而证明
武汉病毒不是人造的。
我对比了HIV的INSERT 4，也就是不同HIV 的GAG蛋白根本就不保守，因此证明INSERT 4
根本不是MOTIF， 对HIV的功能不重要。 也很难说，这个INSERT 4对病毒与受体结合有
多大作用。 |
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m*****e
发帖数: 10963 | 33 你根本不会吵架/Argue。
你这个逻辑大有问题。你这是把辩方往沟里带。
这是典型的老实人自证清白，百口难辩，越描越黑的套路。
1，病毒所可能压根没研究过HIV那些个片段，根本没有相关的认知。
2，病毒所为什么要去研究那么清楚恰恰是这几个HIV片段？
理工科搞科研做技术的，一旦遇到事就显得愚不可及，就是这么个例子。
: 其实反驳印度的论文我提供一个重点：
: 就是那四个INSERT和HIV同源，也就是印度论文里说是HIV的MOTIF，那么
如果是
要改造
: 病毒，让病毒更厉害，根据印度的论文，加入这4个HIV的片段来增加病毒
与受体
结合。
: 如果从信息学分析，说明，1）那四个序列不是MOTIF， 在HIV根本不保
守。 2
）这四
: 个序列对HIV增加病毒与受体结合根本没有依据， 这四个序列对HIV的毒
性根本
不重要。
: 如果上面两点成立，中国实验室就没必要把那四个片段插到武汉病毒里面
。 从
而证明
: 武汉病毒不是人造的。
: 我对比了HIV的INSERT 4，也就是不同HIV 的GAG蛋白根本就不保守... 阅读全帖 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 34 我有个新解释。
RatG13和山甲冠状病毒本来有furin cleavage site,但是后来丢了。下面的文章能解释。
OURNAL OFVIROLOGY, June 2008, p. 6078–6083Vol. 82, No. 120022-538X/08/$08.
000 doi:10.1128/JVI.00074-08Copyright © 2008, American Society for
Microbiology.
Cleavage of Group 1 Coronavirus Spike Proteins: How Furin Cleavage Is Traded
Off against Heparan Sulfate Binding upon Cell Culture Adaptation
C. A. M. de Haan, B. J. Haijema, P. Schellen, P. Wichgers Schreur, E. te
Lintelo, H. Vennema, P. J. M. Rottier
A longstanding enigm... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 35
Download pdf published by SfN (Chapter from 'The History of Neuroscience in
Autobiography, Volume 8' edited by Larry R. Squire)
Yuh-Nung Jan's CV
Lily Jan's CV
Yuh-Nung Jan and Lily Jan
Birth
Family History and Growing Up
National Taiwan University
The Hiking Trip to Shitou in the Spring of 1967
Graduate School Application
Graduate Study at Caltech (1968锟974)
Seymour Benzer Lab (1974锟977)
Steve Kuffler锟絪 Lab at H... 阅读全帖 |
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S********t
发帖数: 18987 | 37 if it is not motif,motif wish he is that motif |
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a*******l
发帖数: 2353 | 38 我有时候想,为什么我们即兴的时候手足无措,很多时候只会玩两个东西.
1,音阶
2,blues pentatonic.
我觉得还是因为过分看重了这些基本练习. 潜意识里觉得不把音阶练到
某个速度就不能练下一个,把宝贵的时间都花在基本功的练习上.
pentatonic是我们最常用的,所以每回都能pick up,重复性的训练.
这样练就和练拳不能实战,别人只好夸基本功好一样,练僵了.
所以我觉得,只要选的练习得当,每周甚至每天都搞一些不同的东西,不用
把所有音阶都练一遍,也不用都拿来练速度.
比如某天就跑一个Maj7和弦,在这个和弦周围找arpeggio,找对应音阶或者
音阶的一部分,在这个音阶上练练速度,想点sequence,尝试不同节奏,
swing, rock,等等. 这样就会很有趣,而且因为把和弦,音阶,sequence
联系起来练习,和声的印象也会很深刻.
又比如某次想出一个 motif, 绕着这个motif尝试不同的音阶和弦.
再把这个motif整体移个小三度,大三度什么的.
再比如新学了一个技巧手法,比如隔弦arpeggio, 那就在一个调内专门
练这个技巧,改天再换一个调. |
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a*f
发帖数: 5682 | 39
我这里有四个说法.
1)摄影师不仅可以选择保留什么, 还可以改变元素之间的关系
2) 我觉得选择的过程也是一种设计的过程, 在选择motif的时候, 你可以选择那些
符合你设计理念的motif.
3) 我所理解的摄影在设计上和绘画的相通之处比米所理解的要更多.
4) 你在之前所说的这些视线的导引, 拍摄者可能在看到motif的时候也注意到了, 才
引起了她更多的兴趣.
能不能具体说一下你说的这段证明了我哪一个说法牵强? |
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a*f
发帖数: 5682 | 40
当然不只是视线引导. 不能改变本来就在哪里的东西, 但仍然可以通过改变角度等手段
改变他们的关系阿, 比如假设一近一远
两个房子, 你改变位置就可以让他们在画面上相互的矩离彻底改变不是么(比如从不向
交到完全重叠). 还可以通过改用不同焦
段, 在不同矩离上拍摄可以控制他们之间的大小关系, (长焦会让远物相对近物看起来
更大, 而广角会让近物更大, 而远物显的
很小), 当然这个和绘画上可以画出来一个房子来说自由度小很多. 更有意思的是, 有
些绘画方面的构图大师比如塞尚, 其实在
画motif的时候非常忠于他们面前的motif, 很少自己加减房子山啥的, 仅仅作较小的改
动来实现构图设计. 说到这, 我推荐
Pavel Machotka的Cezanne Landscape into Art, 这本书以motif的彩色照片和塞尚的
风景画作对比来分析塞尚在构图方
面的创作手段, 很经典的一本风景画方面的书. |
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a*f
发帖数: 5682 | 41 我几年前第一次看到这张照片的时候也有类似的问题。好在我是在Sally Eauclaire写
的‘The New Color Photography’书里看到的。
她在书里有比较的介绍。我就扫描一下供大家看看
Of the principal color photographic formalists, Stephen
Shore has most successfully adapted Evans’s objectivity
and aesthetic autonomy. Yet unlike Evans, who so ably
absorbed the significance and sensuousness of his sub.
jects, recognizing the potent ambiguities in the real, Shore
avoids mythic possibilities for purely pictorial meaning.
Whether photographing deserted intersections, dirt roads... 阅读全帖 |
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a*f
发帖数: 5682 | 42 这不是个general guideline，就是一种方式吧．拍大幅的好像很多都是one shot per
motif.
拍街拍的会many shot，一个motif拍一roll，一个场景拍１０几个roll都是有的．
但我没次需要去扫一个motif拍的多个frame就会烦躁，尤其是那种一眼看去就知道没一
个frame能出片的时候． |
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a*f
发帖数: 5682 | 43 用right angle人家也会注意到你，只是不sure你是不是在拍他，也不好意思直接看你
，所以less intrusive.
我觉得你应该尝试一下胶片主要是我觉得中副胶片能带给你不同的拍摄思路和心态。这
种心态的不同是多方面因素带来的：
1 ，你的作品不再是纯虚拟的，有一个物理存在：底片
2，one release per motif, 你必须锻炼出自信：“我能够找到这个场景的最佳构图，
按下快门那就是我的作品，成功也好失败也好，那是我能力的真实体现。“
3，无法在相机上预览效果，同上。一旦按下快门就没啥好纠结的，move on，focus on
seeing the next motif.
4，过段时间才能看到成片，失望与惊喜都有，但那种期望是数码没有的（主要是数码
你会去预览）
5，细腻的颜色和光影过度。胶片的细腻感给你的作品一种质感。again 很难形容，大
约和胶片电影和电视剧的质感差别类似。
6，各种各样的取景方式，腰平，方构图，旁轴，大幅的毛玻璃，每一种都会给你不同
的观察motif的体验。
我觉得你花这么时间精力在摄影上，胶片会带给你很多你之前想不到的收获。 |
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k*****e
发帖数: 22013 | 44 不清楚怎么算how long，
毕竟不是one shot per motif，一个点哐当哐当拍几十张，
开车跑了5个点，开车的时候也是在看位置。
最后总共150张，看了一下记录，总共1小时。平均一个点12分钟吧。
其实，这个motif都是事后挑出来的。
要说这两张原本的motif，是想从左扫到右连成一个panorama... :P |
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b******l
发帖数: 1632 | 45 握手。我现在在写的这个 motif，就是 3 个 nodes，一个 gate，我正在努力说明这个
motif 不但是全新的，更重要的，是它是个 atomic motif。
是更 |
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j*p
发帖数: 411 | 46 "for my TF, the data make sense to me but the core said it is trash/useless,
9-20% mappable reads (out of 9-11M, meant to get 20M) and peaks calling with
a FDR of 100%. "
Mouse sample with 20%x11M = 2.2M is useless for publication. But it is still
potentially useable for trouble shooting.
Possible reasons(most likely -- least likely):
1. Anti-body doesn't work, did not pull down anything, therefore, no signal
enrichment on sites that are supposed TF-binding. The whole signal should
look no diffe... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 47 Bingo
Banach and Hilbert Space have been used for
Comprehensive transcriptome analysis of mouse embryonic stem cell
adipogenesis
please refer one Estonia University of Tartu 2011 PhD DISSERTATION
by
KULL M
Title:
Statistical enrichment analysis in algorithms for studying gene regulation
Abstracts:
>
Gene regulation determines the production rate and timing of gene products,
enabling, for instance, the cells of a multicellular organism to be very
different despite the identical genomes. Stati... 阅读全帖 |
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P*********y
发帖数: 310 | 49 I think it may be better to start from some basics as I see that most people
hanging out on this board are beginners trying to find a clue what systems
biology is about and can deliver.
We may start by introducing some basic network/signaling/response motifs
before going on with more in-depth articles published in CNS, as these
motifs are the building blocks of complex networks. Without knowing what
these motifs do,it is hard to understand those papers. |
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A********e
发帖数: 354 | 50 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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