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U*****t
发帖数: 19 | 2 using bivalent ligand sounds a great idea. |
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e********r
发帖数: 147 | 3 唉呀，版上牛人确实不少，谢谢。我们现在还没有更多的证据，不过估计dimer应该是
已经存在了，ligand上来并不促进dimer的形成，而是使dimer内部的kinase domain靠
得近。所以您说的第二种策略可能会有效，但第一种确实也需要考虑的。 |
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c*******0
发帖数: 190 | 4 Check this one:
The ErbB4 CYT2 variant protects EGFR from ligand-induced degradation to
enhance cancer cell motility
http://stke.sciencemag.org/content/7/339/ra78.abstract
Dimerization of EGFR with an ErbB4 receptor variant increases growth factor
–induced migration of breast cancer cells |
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m*******7
发帖数: 85 | 5 你可以去试下做hydrogen deutium exchange，比较下蛋白加ligand 和没加下的
exchange rate。还可以试下light scattering，这个可以算出体系中monomer，dimer
等的量。 |
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j*****h
发帖数: 252 | 6 包子求一篇全文文献，谢谢！
Ligand regulation of retinoic acid receptor-related orphan receptors:
implications for development of novel therapeutics.
Current Opinion in Lipidology. 21(3):204-211, June 2010 |
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D****o
发帖数: 80 | 7 Biacore为什么不直接用biotin tagged protein（Avi tag或者BioEase tag)?
chemical labeling 问题多多，重复性和特异性差，标记位点的heterogeneity导致信
号差，导致蛋白unfold，影响ligand binding... |
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b******k
发帖数: 2321 | 8 这东西得奖有几个得法
一个是纯发给ChR2 我觉得也是最没有意思的给法 那么Georg Nagel，Alex Gottschalk
,Karel Deisseroth三个人可以分，一个是clone的人，后两个是PoC和改进的人。当然
这里头也有问题，比如说克隆ChR1的Hegemann也可以分，然后Deisseroth那里出来的Ed
Boyden也一直号称最早是他的idea来试ChR2
还有一个是给广义的optogenetics，那么稍微好玩一点，但是这样能分的人就多了，最
早尝试这个concept的Gero Miesenbock，用的是caged ligand，后来Berkeley的
Isacoff也发站了类似的方法。因此除了上面的几个人，Miesenbock肯定是可以分一份
以奖励其概念上的原创性，这样就有几个组合：要么是Miesenbock+Nagel+Deisseroth,
要么是Miesenbock+Hegemann+Nagel
要么干脆再拓展一点，发给用遗传学方法控制neuron activity的，我觉得这样会更好
玩，但是难度就很大了，毕竟只能发三个人。optogene... 阅读全帖 |
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l********k
发帖数: 14844 | 9 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: lunchbreak (考不上印度理工，才到麻省理工来), 信区: Military
标 题: 也谈偷idea：庄小威STORM之前，很多工作已经铺好路了
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 9 12:49:44 2014, 美东)
STORM的关键，除了这个荧光分子轮着闪、单个定位这个方法上的技巧之外，最最最关
键的是switchable dye. 只要掌握了这个东西，STORM也好，PALM也好，高中生、甚至
初中生都可以理解原理，甚至原创出来。庄小威是化学出身，之前研究的一个方向也正
是这个switchable dye, 比如她在2005年的这篇论文（STORM, PALM都是06年的工作）：
Short-Range Spectroscopic Ruler Based on a Single-Molecule Optical Switch，
Phys. Rev. Lett. 94, 108101 – Published 15 March 2005
有了这个东西，基本上距离STORM只有一步之遥了。
但是很... 阅读全帖 |
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j*********j
发帖数: 124 | 10
docking得到的decent physical interaction == protein protein interaction??
可能你通过docking, 会找到目标蛋白和很多其他蛋白有decent physical interaction
, 因为蛋白质的 binding interface 不是很特异。。。（不像enzyme and ligand）
如果通过实验得到PPI的信息(是否有interaction, binding interface的信息)，然后
通过docking来得到PPI的分子模型，理解作用细节，这种方法比较靠谱。。。 |
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D*****y
发帖数: 95 | 11 同意midwestPstD前辈的观点，但我想做一些补充。
除了High Throughput Screening之外，其实还有两种drug design的方法， ligand-
based 和structure-based。前者是在你知道一个靶标有很多结合的小分子时，可以通
过一些软件（例如CoMFA）计算得到一个pharmacophore，然后去搜索具有这个
pharmacophore的其它小分子，再通过实验的screening assay，以期找到活性更好的
leads。
structure-based是指基于靶标的空间三维结构（真实的或homology modeling）进行
rational design，主要包括Virtual Screening，即使用一些软件针对蛋白的binding
pocket （active or allosteric site）进行商业化成百万上千万小分子的docking，
然后通过score和经验挑选排名靠前的candidates，买来做screening assay，筛选到
hit之后，再进行optimization。structure-bas... 阅读全帖 |
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z******n
发帖数: 97 | 12 The most efficient way to identify a hit is to look at ligands biding to
similar proteins if no existing hits available, develop a robust assay and
design/synthesize some similar analogs to test, or buy a library which is
most likely very expensive. If you are lucky, you may end up with weak but
solid hits, however, the danger is that many molecules reported by academic
groups are covalently reactive, which may give false hit, and there is a
Nature review talking about this. Regarding computer d... 阅读全帖 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 13 谢谢！昨晚喝高了，今天都起不了床。：（。
是，很多结合在ligand-binding pocket之外的小分子现在都是用Allosteric effect来
解释的。我们以前高出来的一个也是这么解释的。谢谢指正！ |
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e****s
发帖数: 1125 | 15 CD只能检测显著的二级结构变化，
ligand binding 是不大会造成二级结构水平的变化的。CD是不可能Work的。
蛋白的Conformational change仍然是个比较难的课题，膜蛋白就更不容易了。
通常做蛋白构象的方法主要是萤光(FRET, Quenching等),EPR/DEER，NMR，晶体，MS等
方法。
还有一个可以考虑的就是limited proteolysis，这个大部分实验室可以自己做，不像
上述一些方法，从头摸索都很难。 |
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b*******0
发帖数: 507 | 16 The Lancet journal
title: Farnesoid X nuclear receptor ligand obeticholic acid for non-
cirrhotic, non-alcoholic steatohepatitis (FLINT): a multicentre, randomised,
placebo-controlled trial
Send to [email protected]
/* */
Thanks in advance! |
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c*****t
发帖数: 198 | 17 Peptide-binding G protein-coupled receptors: New opportunities for drug
design
By: Gurrath, M
CURRENT MEDICINAL CHEMISTRY Volume: 8 Issue: 13 Pages: 1605-1648
Published: NOV 2001
Ligand-Based Peptide Design and Combinatorial Peptide Libraries to Target G
Protein-Coupled Receptors
By: Gruber, Christian W.; Muttenthaler, Markus; Freissmuth, Michael
CURRENT PHARMACEUTICAL DESIGN Volume: 16 Issue: 28 Pages: 3071-3088
Published: 2010 |
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b******n
发帖数: 2114 | 18 Current Opinion in Lipidology:
June 2010 - Volume 21 - Issue 3 - p 204–211
Ligand regulation of retinoic acid receptor-related orphan receptors:
implications for development of novel therapeutics
请能下载的朋友发到我的邮箱：[email protected]
/* */
非常感谢 |
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l*****n
发帖数: 1648 | 19 看了一篇文献，说autodock的引用是最高的。把自己解出的结构试了一下，和docking
的结果根本不符合。从PDB下载了几个有ligand的去试，也根本没有找到正确的。看来
这玩意引用高是因为它是免费的，不靠谱。
有没有靠谱一点的推荐一下，谢谢。 |
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j*********j
发帖数: 124 | 20 您说的这个"ledock"的网站“http://lephar.com/ledock.htm”上面的图显示，”ledock“比gold和glide好了很多，是指晶体结构的redocking实验吧。
很好奇，如果不用晶体结构，而用homology modeling的蛋白质模型，"ledock"的准确
率如何？
另外，”ledock"可以做induced fit吗？”ledock"是如何处理protein和ligand的
flexibility的呢？
同一个实验室的Vina，
就晶体结构中配体的Redocking而言，现在好的对接软件成功率
最近开发的 |
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s*******e
发帖数: 1389 | 21 organ size control是个开放的问题
果蝇中Insulin是明确控制器官大小的信号通路
hippo是Insulin之后
大家筛了很多年
都认为不会再有新的信号通路了
03年被潘多加,G. Halder,I.Hariharan, P. Léopold还有jin jiang组发现了hippo
随后05年多加组又率先发现了yki
从而建立了这一信号通路
hippo信号通路与细胞增殖凋亡紧密联系
但是hippo与其他信号通路不同的是其上游调控
不是传统的ligand/receptor binding induced activation/inhibition
很多因素都参与其中
所以尴尬的是
尽管很多人（尤其是深陷其中的组）声称hippo控制器官大小
但是
ectopic激活yki／yap就是个瘤子(因为利用driver无法模拟体内的各个细胞都不同的
activation）
而敲掉yki/yap细胞要么不分裂，要么就死掉了
所以看不到“control organ size”的样子
回到“器官”大小的控制问题
器官大小主要取决于1，细胞数目； 2，细胞大小
在果蝇中
在干细胞中激活... 阅读全帖 |
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h****k
发帖数: 182 | 22 不好意思。 B蛋白是纯化后的重组蛋白，我们觉得它可能是A receptor的ligand..A
receptor表达在细胞膜上，A receptor有加了tag, 用anti-tag antibody染色做流式细
胞仪检测到的。 |
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c**********n
发帖数: 177 | 23 如果非要做流式，换成B的tetramer或者pentamer做也许可以。表面受体和ligand的
affinity一般都不高，很多都是到uM级别。 |
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b******y
发帖数: 627 | 24 Is the receptor structure or its homolog's available? If so, do conservation
mapping to its surface. I would predict the binding pocket is 1) conserved;
2) positively charged especially Arginine; 3) some aromatics for pi-pi
interaction with bases of nucleic acid. This is the cheapest and first step
for whatever following up experiments.
If no structure available whatsoever, do a structure with/without ligand.
For biochemical experiments, UV-crosslinking and then MS-ID isn't a bad
option. |
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b******y
发帖数: 627 | 25 About UV crosslinking, many nucleic acid can be radicalized upon UV
treatment. Such radicals is highly reactive to active residuals in the
vicinity. Afterwards, digestion for MS. Abnormal peptides upon crosslinking
in comparison with those without crosslinking can tell you which peptide(s)
are close to the ligand. |
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s******c
发帖数: 331 | 26 忍不住再夸大一下结构的作用。
如果能够有精细的arrestin和其它GPCR的结构，并且对于他们的结合对arrestin
signaling的影响有分子水平上的认识，那对于制药也是一个很大的推进。市面上几乎1
/3的药物作用于GPCR，但是基本都是无差别的简单粗暴的抑制或激活的机制，现在很火
的一个概念是用药物选择性的控制某一种GPCR signaling pathway而不影响其它。比如
心脏里肾上腺素受体的激活长时间是对心脏有害的，但是如果仅仅是arrestin的激活，
反而是有保护作用，还有某些受体，G 蛋白激活是破坏血管壁，arrestin的激活却可以
保护血管壁。现在的努力方向都是寻找结合受体外部的小分子，然后异构的调节胞内
signaling，做法还是传统的盲筛。arrestin结合的结构对这个是有帮助的，比如有一
个arrestin extemely biased ligand和受体以及arrestin的结构，至少就可以知道小
分子的设计应该是向什么方向。另外arrestin结合的结构的一个很大的作用是可以作为
模版去设计直接作用在蛋白结合表面的药物！这样的药物可能会有更... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 27 No matter how the kon/koff ratio favors the complex formation, a non-
covalent binding will definitely go through a on/off equilibrium. The
Antibody-
antigen interaction may be the highest affinity (0.1-1 nM of Kd) complex
that people have ever studied in biological systems, however the equilibrium
does exist in the Ab-
Ag complex. That's how SPR analysis is working to assess the affinity.
I do not believe that non-covalent complex will last forever when the
effective
concentration of substance ... 阅读全帖 |
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i***9
发帖数: 106 | 28 他说的应该是conditioanl medium，就是细胞在serum free的纯medium里面培养一段时
间（24-72小时），然后分析有什么cytokine or ligand被secret到medium里面了。
我也想知道有什么比较好的办法，浓缩，分离，过柱子。
Millipore的ultrafiltration似乎可以，不知道效率怎么样？ |
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s******y
发帖数: 17729 | 29 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: rbs (jay), 信区: Military
标 题: 诺委会太不像话了 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 4 10:58:51 2017, 美东)
发信人: rbs (jay), 信区: Joke
标 题: 诺委会太不像话了
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 4 10:23:52 2017, 美东)
尼玛87篇参考文献就不能加一篇施教授或能教授的CNS？
References
1. Ruska, E., Nobel Lectures, Physics 1981-1990, Tore Frängsmyr and
Gösta Ekspong, Eds. (1993) World Scientific Publishing, Singapore
2. Marton, L. (1934) Electron microscopy of biological objects. Nature
133, 911-911
3. Althoff, T., Mi... 阅读全帖 |
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z*******o
发帖数: 1794 | 30 在Rhodopsin结构出来之前，scientist通过经典的电生理和生化已经很清楚的知道了
ligand是如何与rhodopsin蛋白在什么位点结合，光子进来后如何通过改变能量进而导
致构象变化，然后激活三个G蛋白的复合物，G蛋白复合物如何分离往下游传信号也是清
清楚楚。这些蛋白怎么互作含量多少相对比例多少都清楚了，你如果有兴趣我可以给你
找几篇十几年前的文章看看。 |
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V******1
发帖数: 8 | 31 作为一个没做过膜蛋白的伪structure biologist，赞一下专业回答。
再补充一点生物大分子的。结构可能对于大分子比如抗体的指导作用没有receptor/
ligand或者enzyme/substrate那么看起来那么直接，但也有很大帮助。比如知道target
的结构，就可以有针对性地display更感兴趣的epitope，尤其是那些non-linear的
epitope单单根据序列是没法预测的。反过来说也可以突变掉unwanted epitope来避免
screen到不想要的抗体。拿到antibody/antigen complex的结构，可以根据结构做有针
对性的affinity maturation来进一步优化抗体。design bi-specific甚至tri-
specific antibody，需要考虑几个target epitope在空间上的位置。做vaccine的，可
以根据结构来design engineer的antigen，使之更有效地产生neutralizing antibody
。还有找到一个好的抗体，patent的时候也得知道epitope的不是，虽... 阅读全帖 |
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d****n
发帖数: 237 | 32 【 以下文字转载自 Macromolecules 讨论区 】
发信人: damien (gg), 信区: Macromolecules
标 题: paper help, thanks
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Mar 1 08:47:51 2009)
ARGET ATRP of methyl methacrylate in the presence of nitrogen-based ligands
as reducing agents
Yungwan Kwak, Krzysztof Matyjaszewski
Polymer International Volume 58 Issue 3, Pages 242-247, 2009
please send it to z*****[email protected]
多谢！ |
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m*i
发帖数: 310 | 33 Postdoc in surface chemistry of nanoparticle
Position Description: This candidate will develop the biological aspects
and applications of nanomaterials for biomedical, environmental, food, and
industrial applications. Responsibilities include:
1.Conjugation and labeling of biomolecules including but not limited to DNA,
proteins, ligands, cells, microorganisms, etc to nanoparticles.
2.Evaluation of the stability of nanoparticles after bioconjugation
3.Reduce the non-specific binding of nanop |
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y***e
发帖数: 6082 | 34 薪水多少啊
Postdoc in surface chemistry of nanoparticle
Position Description: This candidate will develop the biological aspects
and applications of nanomaterials for biomedical, environmental, food, and
industrial applications. Responsibilities include:
1.Conjugation and labeling of biomolecules including but not limited to DNA,
proteins, ligands, cells, microorganisms, etc to nanoparticles.
2.Evaluation of the stability of nanoparticles after bioconjugation
3.Reduce the non-specific binding o |
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g*******y
发帖数: 19 | 35 Allenyls and propargyls: versatile ligands in transition-metal chemistry.
Wojcicki, Andrew. Department of Chemistry, The Ohio State University,
Columbus, OH, USA. Inorganic Chemistry Communications (2002), 5(1),
82-97.
Thanks a lot!
PS: cannot understand why our school has got poor on-line journal access. |
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g*****n
发帖数: 30 | 38 可以试试Duff的方法。合成出来表面带负电，没有ligand。 缺点是均一性不好 |
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k**m
发帖数: 64 | 39 主要贡献是？
1.用COOK 作为Directing group? 已经在他的很多jacs中说明过。
2.Acrylate用于C-H 活化也不算很NEW(Leeuwen,JACS, 2002,1586.)
3.Ligand 控制选择性?其实也就是比用位阻好了一些.
觉得发SCIENCE有点过头,JACS没有问题. |
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L*****e
发帖数: 288 | 40 其实这篇总体还是不错的，ligand提高活性和区域选择性，这在以前还是很难的！
赞一下! |
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h*******o
发帖数: 1114 | 41 我只知道我们可以说Fe(CO)4 is isolobal with the carbene CH2， 但是说这两个
ligands是否是isolobal的，觉得真有些不知道怎么解释。 |
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d****i
发帖数: 360 | 42 Preparation of porous chelating resin containing linear polymer ligand and
the adsorption characteristics for harmful metal ions , Reactive and
Functional Polymers, Volume 53, Issues 2-3, December 2002, Pages 91-101
Margot A. Llosa Tanco, David A. Pacheco Tanaka, Veronica C. Flores, Takako
Nagase and Toshishige M. Suzuki
E-mail: x**********[email protected] |
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a*****c
发帖数: 3525 | 44 发给我一份？a*****[email protected]
谢谢分享！
Organotransition Metal Chemistry - From Bonding to Catalysis
Publisher: UNIV SCIENCE BOOKS
ISBN-13: 9781891389535
ISBN-10: 189138953X
Author : John Hartwig
Binding : Hardcover
BISAC Subject : Science / Chemistry / Inorganic, Science / Chemistry /
Organic
Book Type : NON-FICTION
Dewey : 547/.056
Language : ENGLISH
LCCN : 2009020537
Library Subject : Ligands, Organotransition metal compounds
Pages : 1160, p. cm
Publication Date : 08/09/2009, 10/09/2009, 11/09/2009
Ba |
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s**********n
发帖数: 124 | 45 搜索荧光quench， mercury ligand |
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b*******g
发帖数: 1309 | 46 这么短的ligand 不足以完全稳定Nanoparticle，所以容易团聚
看看Nie SM 为什么用很长PEGligand保护就知道了
超声看看，但是不解决本质 |
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l****o
发帖数: 58 | 47 incubate your total protein with your taget ligands for hours or overnight.
Boiling your sample if your product is stable or use other protocol to
precipitate proteins. use centrifuge to remove most of insoluble particles
then use an 0.2 um filter to clean your sample. Now it would be safe to your
column. I use this protocle for years and do not find any damage to column. |
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