t******e
发帖数: 37 | 1 Situated in Southern California, Zymo Research Corporation is a privately
owned biotechnology company that has gained recognition for its top quality
products in nucleic acid purification and analysis. Most recently, Zymo
Research has been noted for its ground-breaking products in the growing
field of Epigenetics by being a recipient of the Frost and Sullivan 2010
North American Product Quality Leadership Award for Epigenetics. For further
information about Zymo Research Corp., please visit www.... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 2 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 3 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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n****v
发帖数: 17 | 4 我在一个比较大的sequencing center做bioinformatics，在next generation
sequencing领域有数年研究经验，专攻CNV及其association study。有review经验。为
办绿卡及结交同行，求更多审稿机会。
我可以给你发CV。
关键词：bioinformatics, NGS, CNV, rare variants. |
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a****k
发帖数: 1130 | 5 我怎么觉得bioinformatics超级有用的呢。。。之前自己的文章都是靠bioinformatics
帮了忙。再加上最近那篇MCU用到phylogenetics等一系列方法找到大家这么多年想要找
的蛋白，无比崇拜，无比赏心悦目啊
我觉得最主要的是要找到一个很好的有价值的问题，然后运用这个方法手段给与帮助。 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 6 我觉得genomics/bioinformatics的和一般的benchwork还是有点不大一样吧？算是一个
比较宽泛的手艺。
而且国内什么BGI测序做的那么红火，很有钱的样子。我觉得找个一般的技术员的工作
或者postdoc什么的还是ok的吧？
当然我很清楚如果希望有更好的事业上的发展，肯定还是要在美国继续混混（postdoc
啦，industry啦），再回国。。
但时代变的那么快。而且中国现在好像很有钱的样子（sequencing）。如果能赶上
personalized medicine的潮流，先赶紧回去占坑也蛮不错的。
另外趁着年轻改行也不错。所以敢问各位有了解中国现在bioinformatics的job market
的吗？美国的fresh phd回去如何？（甚至master？）我想了解的不仅仅是academics，
而是industry的情况。
还有，本人和大部分前辈相比，不同的是，我是同志，所以一方面不会有小孩儿的牵挂
、或者是过多世俗攀比的无奈，因此我不需要太多钱，唯一的牵挂就是能让父母安享晚
年为他们养老送终；另外一方面在美国个人生活实在太糟糕根本找不到男人。而国内的
... 阅读全帖 |
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c*******d
发帖数: 192 | 7 The Shapiro Laboratory at Columbia University in New York City, working
together with the NIH Vaccine Research Center (VRC), in Bethesda, MD, seeks
a postdoctoral or staff scientist-level researcher in computational biology
and bioinformatics. Work will involve analyses of high-throughput 454
antibody sequences from HIV infected patients. The goal is to understand
the maturation of these antibodies from their genomically-encoded precursors
in order to inform rational vaccine development. (See... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 8 well，我两个老板。一个是疾病研究的大牛，就是有钱做很多whole-genome
sequencing的。当然他对sequencing/bioinfor一无所知
主要跟另外一个bioinformatics的老板。但他自己又不是专业出身的。自己是生物背景
的，然后又是医生。但稍微懂一点计算机。
所以可以说自己更像是做genomics study的，而不是bioinformatics；毕竟老板都不是
cs的。而且老板也是医生，压力不会像其他只搞学术的那么大。所以也很nice
加上自己是joint student；所以感觉都是自己弄。 |
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f********x
发帖数: 99 | 10 One (of two) PhD research assistant position is available for Spring 2013 at
bioinformatics lab in School of Computing, Clemson University. We are
collaborating with researcher from USDA to study the disease resistance
related genes in citrus using next-generation sequence technology. The major
researches are focused on developing new algorithms and methodologies to
analyze next-generation sequencing data.
REQUIRED QUALIFICATIONS:
- Research experience on next-generation sequence analysis. RNA-S... 阅读全帖 |
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f********x
发帖数: 99 | 11 One (of two) PhD research assistant position is available for Spring 2013 at
bioinformatics lab in School of Computing, Clemson University. We are
collaborating with researcher from USDA to study the disease resistance
related genes in citrus using next-generation sequence technology. The major
researches are focused on developing new algorithms and methodologies to
analyze next-generation sequencing data.
REQUIRED QUALIFICATIONS:
• Research experience on next-generation sequence analys... 阅读全帖 |
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w********u
发帖数: 71 | 12 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: wenxinsiju (文心思居), 信区: Postdoc
标 题: Post-doctoral Research Fellow Postion (Bioinformatics) in Hong Kong
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Sep 12 02:22:26 2012, 美东)
Post-doctoral Research Fellow at Department of Computer Science, Hong Kong
Baptist University
Applicants should possess a PhD Degree in Bioinformatics, Computational
Biology, Computer Science, or other relevant disciplines, and demonstrate
abilities to conduct high-impact research in one of the following research
topic... 阅读全帖 |
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b*****e
发帖数: 12 | 13 Bioinformatics Postdoctoral Fellowship -- Harvard Medical School
A postdoctoral fellowship is available in the laboratory of William Pu,
Associate Professor, Harvard Medical School. The fellow will study the
transcriptional and epigenetic regulation of heart development and heart
function. The postdoctoral fellow will integrate numerous ChIP-seq and RNA-
seq datasets to develop new insights into the regulation of organ formation,
function, and regeneration. The applicant should be highly motivat... 阅读全帖 |
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y***a
发帖数: 124 | 14 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: yysea (紫石), 信区: Postdoc
标 题: 求推荐 bioinformatics 的 labs
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 28 18:33:29 2013, 美东)
想做 bioinformatics 的 postdoc，请问都有什么好lab牛lab可以去试试？
谢谢啦 |
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s*r
发帖数: 2757 | 15 http://madhadron.com/a-farewell-to-bioinformatics
...
Bioinformatics is an attempt to make molecular biology relevant to reality.
All the molecular biologists, devoid of skills beyond those of a laboratory
technician, cried out for the mathematicians and programmers to magically
extract science from their mountain of shitty results.
And so the programmers descended and built giant databases where huge
numbers of shitty results could be searched quickly. They wrote algorithms
to organize s... 阅读全帖 |
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s*****j
发帖数: 6435 | 16 想起来前些年去开个会, 有个分会场专门讲 bioinformatics. 上去讲的都是大都是各
个大学里 bioinformatics center 的头头. 都是将我们做了多少数据, 多少人在用,
blah blah blah. 现在前景大好.
我就问, 说如果我要改行搞这个, 需要学多少统计? 是要到学校里去学几年, 还是啃
一本 "statistics for biologist" 就够了. 结果大家都笑了, 我说你们笑什么. 坐
主席台上的分会主席说, 我什么统计都没学过.
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laboratory |
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e******7
发帖数: 504 | 17 兄弟目前在生物实验室，想学bioinformatic，之前是血化工的，不过最近几年也没用
，都忘没了，倒是生物最近学到不少东西，经老板建议说学点bioinformatic不错，一
点基础没有啊，大家给点建议啊，计算机方面怎么开始啊，学什么课程，哪弄教材什么
的呢？
拜佛求，多谢万能空间 |
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P*****D
发帖数: 141 | 18 谢谢你呀！
研究了一下，觉得bioinformatics学出来也不一定好找工作，而且其实我对computer
science什么的其实不感兴趣，想学bioinformatics也是出于生存压力。
老公休学在家，身份压力一个人承担，自己又不强，只能NIW排期。lab 没有funding，
眼看没有工作了，自己又找不到出路，希望自己能度过这个难关吧。 |
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e*******o
发帖数: 4654 | 19
与21世纪是生物的世纪相比，怎么样？
学bioinformatics自己不把编程学好，好意思称自己是搞bioinformatics？
学好了编程，就能找到工作了吧。 |
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m*****n
发帖数: 1 | 20 MS/PhD in Life Sciences (bioinformatics) UNLV Spring 2015
We are seeking motivated students who are excited to begin their study in
the newly developing field of bioinformatics. We study the genomes of fruit
flies, mosquitoes, mammals and humans to understand the biological signals
embedded in the DNA.
Potential projects include studying gene rearrangements using comparative
genomics of closely related species, or inferring genomic regions that are
sensitive to insertion/deletions in the human g... 阅读全帖 |
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P*****6
发帖数: 273 | 21 有谁觉得做bioinformatics 的数据分析python比R好的？处理字符串，web内容的肯定
是python强。 数据处理我用R比较多，不过真心觉得R的Package就是小作坊。在
bioinformatics越来越复杂化，系统化的今天，很难整合，
python不知如何？有大量使用的说说，他的分析模块，特别是针对生物信息的发展的怎
么样了？ |
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r********e
发帖数: 56 | 22 大家好！
我是生物博，毕业回国工作几年才发现生物是个坑，想出美国来学个ms转行。为了在签
证官那里好说通为什么再学个ms，想申请和生物看起来有点关系又有区别的
bioinformatics，在生物口好像也就这个方向还比较感兴趣，也贴近cs。
国内人申请bioinfo ms的消息特别少，这个专业现在也查不到公认排名，所以想到问一
下各位：bioinformatics有没有相对容易拿到ad的学校？就像cs有几个有名的狂发ad的
学校。如果没有这种学校，那么bioinfo的大致排名也非常有帮助！
求指路！
后半辈子在此一举！先多谢大家！ |
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e*******o
发帖数: 4654 | 23 no related to this post.
but salary of some bioinformatics position are fucking crazy.
http://www.nature.com/naturejobs/science/jobs/452617-bioinforma
Qualifications:
This position requires a 4-year degree in computer science, management
information system, computer information systems, bioinformatics, or a
related discipline.
Preferred skills include knowledge of the Unix operating system,
demonstrated ability to program in scripting languages including php, bash,
awk, and perl; ability to unde... 阅读全帖 |
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W***o
发帖数: 6519 | 24 what? do you mean either MHP and I are not 人 or we are not 正经?
"能不能找个做bioinformatics的实验室做postdoc" --- you always CAN, but the
possibility depends on your skills in bioinformatics and who you know. |
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d***s
发帖数: 1062 | 25 就上了2门bioinformatics的课，一门是简单的bio-programming课程，一门是NGS。
会点perl和Linux，课程作业和project大部分时间都在google。
RNA-seq的pipeline大致会，主要是不知道怎样改进完善结果。
明年博士就毕业了，像我这样的怎么转bioinformatics啊。 |
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r*****q
发帖数: 216 | 26 设想的优势就是不用学任何programming，完全不用写 command-line code 就跟用
window desktop application 一样 鼠标点就行 就可以完成RNA的perprocessing分析
。 提供在windows 上run的solution。 使用业界标准的 processing tool
赞先只做 RNA-seq的 per-processing 包括 QA mapping 到output count data.
Tuxedo suite 用的时候也不是直接就能用啊。 你要学学怎么用。 再把相应的gtf 和
fa 啥的都找好。 然后你有multiple sample的时候 code 也得小改一下。当然 做完一
次之后 估计就不会再动了
请问您是专门做bioinformatics的吗？这个tool的target user 可能是lab里面的
postdoc 懂一点bioinformatics 但又需要开始分析这样的data |
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C*********s
发帖数: 31 | 27 本人bioinformatics phd第五年
NGS领域
目前给bioinformatics/BMC genomics/plos one正式审过10篇
邮箱联系
leofountain AT gmail.com
跪谢各位大大! |
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S**********l
发帖数: 30 | 28 有意者请直接和我联系， 把 CV 和 cover letter (optional) 发 给我：x i n w e i
_ s h e r @merck.com (去掉空格）
https://merck.taleo.net/careersection/merck_external_career_section/
jobdetail.ftl?job=IT+000402&lang=en
Responsibilities include but are not limited to:
• Develop computational methods and pipeline for vaccine design using
NGS data
• Apply the established methods on Merck data and public data and
identify vaccine candidate genes.
Qualifications
Education Minimum Requirement:
• PhD, or met ... 阅读全帖 |
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m*********e
发帖数: 533 | 30 请问大家知道有什么比较教学和就业比较好的bioinformatics (生物信息）online
Master program （全国或者湾区都行）或者湾区的part-time bioinformatics Master
program? |
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d****z
发帖数: 29 | 31 我是 biology master, 现在在大学做tech 等绿卡，然后在网上修了几门
bioinformatics的课，想着拿到身份就可以转行到工业界， 想请教一下， 我是应该去
修一个bioinformatics 的master 还是 拿个certificates性价比会比较高一点。谢谢 |
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w********m
发帖数: 1137 | 32 bioinformatics的找工对象是data scientist，不要搞错了
有博士，有文章
hands-on大数据经验
分分钟秒所谓的data scientist
在公司里工资比马工低点
但不忙，还可以吹牛
加上学校里申请EB1绿卡方便
总体bioinformatics是个性价比很高的过渡 |
|
c****l
发帖数: 53 | 33 都有,这样看具体每个学校bioinformatics系的设置. 我现在的学校, bioinformatics
是在医学院下面一个独立的program,但教授都是从各个学院来的,也就是说我们系的学
生,可以选生物系, 医学院, 统计系, 数学系, 计算机系的老板做论文,但前提老板要 |
|
p**g
发帖数: 13 | 34 说的有道理。统计PHD呆在bioinformatics领域感觉很亏。工资起步不高，上升空间不
大。
本人就是生物背景在做bioinformatics多年， 拿到几个职位工资最好的是85K， 和统
计／CS master起步工资差不多少。
? |
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c*********r
发帖数: 1312 | 36 你开始也是做microarray方向吗？NGS发展起来后，之前的经验对于转变方向会有些帮
助吗？
关于新软件的文章，我也有点类似的感觉。Manual、UserGuide里没仔细介绍，很多功
能还得再上网搜好久。你有什么好的经验更快的上手？
不过我觉得最常用的核心软件比如EdgeR/DESeq2什么的，投入点时间掌握各种隐藏
trick还是很值得的，在很多projects里都能用，性价比还是很高的。
关于很多PI跟不上NGS的步伐，我深有同感。我09年做第一批Illumina数据时，我老板
还是反对的。去年另外一个PI做NGS，做了三个technical replicates却没有
biological replicates。。。分析他们的数据头都大了。。。
像你说的浪费数据情况也很多。所以我在想，自己技术学到之后，哪怕仔细分析一下发
表了的质量好的二手数据，估计也能发掘出不少新东西。
我觉得bioinformatics还是很重要的，也许等这一批真正接触过bioinformatics的人做
了PI之后，情况会有所好转。 |
|
d****z
发帖数: 29 | 37 我是 biology master, 现在在大学做tech 等绿卡，然后在网上修了几门
bioinformatics的课，想着拿到身份就可以转行到工业界， 想请教一下， 我是应该去
修一个bioinformatics 的master 还是 拿个certificates性价比会比较高一点。谢谢 |
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w********m
发帖数: 1137 | 38 bioinformatics的找工对象是data scientist，不要搞错了
有博士，有文章
hands-on大数据经验
分分钟秒所谓的data scientist
在公司里工资比马工低点
但不忙，还可以吹牛
加上学校里申请EB1绿卡方便
总体bioinformatics是个性价比很高的过渡 |
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c****l
发帖数: 53 | 39 都有,这样看具体每个学校bioinformatics系的设置. 我现在的学校, bioinformatics
是在医学院下面一个独立的program,但教授都是从各个学院来的,也就是说我们系的学
生,可以选生物系, 医学院, 统计系, 数学系, 计算机系的老板做论文,但前提老板要 |
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p**g
发帖数: 13 | 40 说的有道理。统计PHD呆在bioinformatics领域感觉很亏。工资起步不高，上升空间不
大。
本人就是生物背景在做bioinformatics多年， 拿到几个职位工资最好的是85K， 和统
计／CS master起步工资差不多少。
? |
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c*********r
发帖数: 1312 | 42 你开始也是做microarray方向吗？NGS发展起来后，之前的经验对于转变方向会有些帮
助吗？
关于新软件的文章，我也有点类似的感觉。Manual、UserGuide里没仔细介绍，很多功
能还得再上网搜好久。你有什么好的经验更快的上手？
不过我觉得最常用的核心软件比如EdgeR/DESeq2什么的，投入点时间掌握各种隐藏
trick还是很值得的，在很多projects里都能用，性价比还是很高的。
关于很多PI跟不上NGS的步伐，我深有同感。我09年做第一批Illumina数据时，我老板
还是反对的。去年另外一个PI做NGS，做了三个technical replicates却没有
biological replicates。。。分析他们的数据头都大了。。。
像你说的浪费数据情况也很多。所以我在想，自己技术学到之后，哪怕仔细分析一下发
表了的质量好的二手数据，估计也能发掘出不少新东西。
我觉得bioinformatics还是很重要的，也许等这一批真正接触过bioinformatics的人做
了PI之后，情况会有所好转。 |
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y********8
发帖数: 318 | 43 包括Microarray/NGS data analysis, bioinformatics algorithms/software,
machine learning in bioinformatics, genomics, epigenomics, biomarker
discovery.
如果您有相关机会，请站内联系，可提供个人简历。
谢谢！ |
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F*******t
发帖数: 2186 | 44 bioinformatics比scientific reports 強得多
也比bmc bioinformatics, bmc genomics，plos one強
好几个人都这么说过，都是五分左右的杂志？为何前者比后者好？ |
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e*********6
发帖数: 3453 | 45 请问被认可是什么意思？
有时候这是个循环论证，因为业内大佬喜欢发bioinformatics，所以bioinformatics被
认可，如果大佬改了习惯发SR，那就是SR被认可了。
这样也可以说，对一些非主流领域，SR应该更有容易发更有影响力啊 |
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发帖数: 1 | 46 谢谢
还有一个问题，既然争取bioinformatics postdoc，那肯定冲着绿卡去的。
那么有两种情况
一种是core facility
一种是某一个大牛老板下负责bioinformatics
请问哪种情况挂名文章多？这样方便绿卡申请。我觉得绿卡申请看paper数量好不公平
啊，我辛辛苦苦独立做自己的project也就一片paper，比不上人家挂名NN多
code |
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z*****e
发帖数: 33 | 47 Summer 2017 Insight Fellowships. 也许这个对你有用。
: 谢谢
: 还有一个问题，既然争取bioinformatics postdoc，那肯定冲着绿卡去的。
: 那么有两种情况
: 一种是core facility
: 一种是某一个大牛老板下负责bioinformatics
: 请问哪种情况挂名文章多？这样方便绿卡申请。我觉得绿卡申请看paper数量好
不公平
: 啊，我辛辛苦苦独立做自己的project也就一片paper，比不上人家挂名NN多
: code
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发帖数: 1 | 48 非常感谢。
ML和programming我都在练。ML也需要强大的programming来实现啊
可我现在的问题是，我能否找到bioinformatics postdoc的职位呢？
我只有genomics/disease genetics的文章，没有纯计算文章
或者如你所说的，还是找大牛老板手下的bioinformatics position？
私信来说，我关键是不想做实验了，只想dry lab
machine |
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发帖数: 1 | 49 所以说bioinformatics的skill都是可以transferable的skill，比做computer vision
更好。毕竟做CV的，除了个别牛校牛组，拿到的都是那几种数据，其实研究范围很窄，
但是bioinformatics里的数据，基本都是现实数据，并且不管是数据还是方法，都是没
有边界的，只要能解决问题就可以 |
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发帖数: 1 | 50 以后不要都自称会bioinformatics，来提几个基本要求：
1，系统性的学习过编程，本科课程就不说了，研究生基本的编译器，计算机体系结构
，算法等都要修过；
2，要在课外自发的联系过很多编程，leetcode的中等难度题目要基本会
3，遇到一种新的语言，要能很快适应，读别人的code要比较轻松，要能re-run别人的
package
4，有一定的实习经历，能再Google，Facebook这种工业界一流公司实习过，最好能到
FB AI research，MSR或者Google Brain等最前沿实习过，不过这个要求比较高，是个
Plus；
上边是硬性要求
5，要有self motivation，要经常看文献，不管生物上的最新技术最新进展在NATURE等
，还是CS上，尤其一些前沿的进展，比如NIPS和ICLR上的最新论文，要了解
6，要有biological intuitive，能即使结合最近的技术进展，来提出新方法开创新领域
7，对科研要有兴趣，能自发一周70小时
如果有满足以上条件的bioinformatics的fresh PhD的要找postdoc，我能给介绍，保证
NIH... 阅读全帖 |
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