s*******e
发帖数: 1389 | 1 昨天仔细读了这篇文章
数据量很大，结果非常神奇，机制一概没有
如果顺着这篇文章的思路，证据完整、完美（除了axon bundle的交叉部分没有看懂，
不知道是不是单眼注射）
但是这篇文章的结果违背了我做了十几年发育生物学的训练和对其理解
一个基因的敲降，可以能将Glia转分化，然后这个转分化的神经能和导弹一样连接到大
脑皮层，在意识层面产生新的视觉？
而且文中明确这种被转化的新神经与大脑的连接并不依赖旧有神经的消失
简直......
我试图认可结果，寻找其他解释，因为我不是做小鼠视网膜神经的，无法判断数据质量
。而按照文章所说，证据太强了，没有其他可能。
不知道有没有内行评价一下？ |
P****R
发帖数: 22479 | |
g********0
发帖数: 6201 | 3 you can you up, no can no bb.
【在 s*******e 的大作中提到】
: 昨天仔细读了这篇文章
: 数据量很大，结果非常神奇，机制一概没有
: 如果顺着这篇文章的思路，证据完整、完美（除了axon bundle的交叉部分没有看懂，
: 不知道是不是单眼注射）
: 但是这篇文章的结果违背了我做了十几年发育生物学的训练和对其理解
: 一个基因的敲降，可以能将Glia转分化，然后这个转分化的神经能和导弹一样连接到大
: 脑皮层，在意识层面产生新的视觉？
: 而且文中明确这种被转化的新神经与大脑的连接并不依赖旧有神经的消失
: 简直......
: 我试图认可结果，寻找其他解释，因为我不是做小鼠视网膜神经的，无法判断数据质量
|
f*****e
发帖数: 34 | |
c********6
发帖数: 693 | 5 他在美国做博士后10个月可以发两篇Cell. 我记得是建立了一次性敲掉6个基因的老鼠
吧. 严谨的老实人做重复实验严格验证off-target都得至少10个月.
楼主还不醒醒? |
x*********4
发帖数: 1 | 6 士别三日刮目相看。
给人一个机会吧。
【在 c********6 的大作中提到】
: 他在美国做博士后10个月可以发两篇Cell. 我记得是建立了一次性敲掉6个基因的老鼠
: 吧. 严谨的老实人做重复实验严格验证off-target都得至少10个月.
: 楼主还不醒醒?
|
m**********r
发帖数: 26 | 7 It is a very surprising result. Interestingly, when another group knocked
down the same gene https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.08.
030981v1), they got a very different result. They cannot both be right.
Actually I have concerns with both papers. One very critical piece of data
missing in both papers is that the gene was actually expressed in Muller
cells, and that it was efficiently knocked down. There are additional major
issues with both papers. |
s*******e
发帖数: 1389 | 8 话别说一半啊，多写点
major
【在 m**********r 的大作中提到】
: It is a very surprising result. Interestingly, when another group knocked
: down the same gene https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.08.
: 030981v1), they got a very different result. They cannot both be right.
: Actually I have concerns with both papers. One very critical piece of data
: missing in both papers is that the gene was actually expressed in Muller
: cells, and that it was efficiently knocked down. There are additional major
: issues with both papers.
|
m**********r
发帖数: 26 | 9 Seth Blackshaw from Johns Hopkins made some comments on these papers, which
can be found on twitter.
I agree with him that the origin of the presumably regenerated ganglion
cells or cones was not well established in either paper since the promotor
in the virus vector could mistarget. That needs to be convincingly
demonstrated by genetic means as he suggested. However, I don't agree with
him that the reprogramming could have been caused by non-specific effects of
the virus vector; the chance for that to happen is zero.
I will make some additional comments just on the Cell paper since the bioXiv
paper is too preliminary. Other than the expression data missing, to
establish that Muller cells were indeed reprogrammed into ganglion cells,
they need to show what happened to Muller cells during the transition. That
would include Muller cells in the process of migrating from INL to GCL and
beginning to lose characteristics of Muller cells and gain characteristics
of Ganglion cells in terms of morphology and marker gene expression. A more
comprehensive and detailed analysis of the reprogrammed ganglion cells in
terms of dendritic projection and morphology, axon projection, subtype
marker expression, and electric physiology is also needed.
Among all this, the easiest experiment probably is, instead of just showing
a few cells on retinal sections with a couple of markers, to demonstrate by
flat-mount imaging a field of regenerated ganglion cells extending their
axons to the optic disk at the different time points of reprogramming.
All in all, the authors made extraordinary claims, which must be
substantiated by extraordinary evidence. The above questions are all very
obvious. I don't know how the paper passed Cell's review process without
them being addressed.
【在 s*******e 的大作中提到】
: 话别说一半啊，多写点
:
: major
|
m**********r
发帖数: 26 | 10 I just realize that Yang is the first author of the Cell paper from the
Jaenisch lab showing the generation of knockin mice using CRISPR with an
efficiency nobody else could reproduce. He has since published quite a few
more papers using CRISPR. I was not successful using one of his methods (
Tild-CRISPR ). I would not have tried it if I knew it was the same guy.
He has 29 people in his lab. Hope he is making good use of the resource he
is enjoying.
https://www.the-scientist.com/news-opinion/study-challenges-crispr-method-
for-making-conditional-knockout-mice--64875 |
|
|
P****R
发帖数: 22479 | 11 无法重复的就是·假的。
【在 m**********r 的大作中提到】
: I just realize that Yang is the first author of the Cell paper from the
: Jaenisch lab showing the generation of knockin mice using CRISPR with an
: efficiency nobody else could reproduce. He has since published quite a few
: more papers using CRISPR. I was not successful using one of his methods (
: Tild-CRISPR ). I would not have tried it if I knew it was the same guy.
: He has 29 people in his lab. Hope he is making good use of the resource he
: is enjoying.
: https://www.the-scientist.com/news-opinion/study-challenges-crispr-method-
: for-making-conditional-knockout-mice--64875
|
s*********m
发帖数: 15 | 12 Because you are not the reviewer of this paper for Cell.
which
of
bioXiv
【在 m**********r 的大作中提到】
: Seth Blackshaw from Johns Hopkins made some comments on these papers, which
: can be found on twitter.
: I agree with him that the origin of the presumably regenerated ganglion
: cells or cones was not well established in either paper since the promotor
: in the virus vector could mistarget. That needs to be convincingly
: demonstrated by genetic means as he suggested. However, I don't agree with
: him that the reprogramming could have been caused by non-specific effects of
: the virus vector; the chance for that to happen is zero.
: I will make some additional comments just on the Cell paper since the bioXiv
: paper is too preliminary. Other than the expression data missing, to
|
c********6
发帖数: 693 | 13 我所认识的人也没有任何人能够重复出来.
在我的印象中, 像Jaenisch, BELMONTE 这种实验室就是造假集中营的代名词. 看着他
们的文章最好绕着走, 投文章的时候一定要排除这两个实验室的审稿人.
太可怕了,国内很多根本不懂,看见发Cell, Nature就牛逼, 殊不知只要进了这两个实验
室都是学到一些造假的技术.
【在 m**********r 的大作中提到】
: I just realize that Yang is the first author of the Cell paper from the
: Jaenisch lab showing the generation of knockin mice using CRISPR with an
: efficiency nobody else could reproduce. He has since published quite a few
: more papers using CRISPR. I was not successful using one of his methods (
: Tild-CRISPR ). I would not have tried it if I knew it was the same guy.
: He has 29 people in his lab. Hope he is making good use of the resource he
: is enjoying.
: https://www.the-scientist.com/news-opinion/study-challenges-crispr-method-
: for-making-conditional-knockout-mice--64875
|
c********6
发帖数: 693 | 14 错, 因为徐国良是杨辉的博士导师, 蒲慕明帮杨辉改的文章和联系的送审.
【在 s*********m 的大作中提到】
: Because you are not the reviewer of this paper for Cell.
:
: which
: of
: bioXiv
|
c********6
发帖数: 693 | 15 从网上看到的下面两个简介, 原来徐国良赖以评为中科院院士的两篇高影响力文章都是
杨辉瞬间做出来的. 亮瞎了大伙的狗眼.
【5】2012年4月，徐國良等人（楊輝第一作者）在Cell 在線發表了題為「Generation
of genetically modified mice by oocyte injection of androgenetic haploid
embryonic stem cells」的研究論文，該研究首次建立了來自小鼠精子的孤雄單倍體胚
胎幹細胞，並證明這些細胞能夠代替精子使卵母細胞「受精」產生半克隆小鼠（稱為「
半克隆」技術）；
【6】2011年9月，徐國良等人（楊輝共同第一作者）在Nature 在線發表了題為「The
role of Tet3 DNA dioxygenase in epigenetic reprogramming by oocytes」的研究
論文，該研究發現在小鼠受精卵中，5-甲基胞嘧啶（5mC）的氧化發生在父本基因組上
，將5mC變為5-羥甲基胞嘧啶（5hmC）。此外，該研究還證明雙加氧酶Tet3特別富集在
雄性原核中。因此，Tet3介導的DNA羥化作用參與自然受精後合子父本DNA的表觀遺傳重
編程，並且還可能有助於動物克隆過程中的體細胞核重編程；
原文網址：https://kknews.cc/science/j23an3l.html |
c********6
发帖数: 693 | 16 专访李劲松：七个月成就一项理论概念新突破
来自中科院上海生科院生物化学与细胞生物学研究所的李劲松和徐国良领导的
研究团队就取得了这样一项理论概念上的重要突破——首次建立了来自孤雄囊胚的单倍
体胚胎干细胞系，而且这些细胞保持了一定水平的雄性印记，并进一步验证了这些细胞
能够代替精子在注入卵母细胞后产生健康的小鼠。
这项成果到底具有什么理论概念上的突破意义？又有哪些未来临床应用前景？
这项成果从开始做实验到文章发表仅仅花了7个月的时间，这么短的时间内他们是如何
完成的呢？为了更深入的了解这些内容，生物通特联系了李劲松老师，就相关问题请教
了他 |
s*******e
发帖数: 1389 | 17 你说的the easiest experiment是不是他文章中的Fig 4B？
我同意你说的，应该做更多实验确认看到的表型是真的
但是我要表达一个不同观点，也是这篇文章能发的原因：
就是如果这篇文章的数据都是真的的话
证据已经足够证明他的claims，证据太强了
对照干净的一塌糊涂
如果对照都是0，那还有什么理由不相信这瞎掉的小鼠通过CRISPR复明的奇迹？
这也是为什么Seth Blackshaw argues 他们用的AAV对照可能不是一个好的对照（对照
太干净，实验组AAV是非特异的）原因
我的结论是
要么这篇文章的造假是丧心病狂的，要么就是我20多年来的发育生物学训练都错了
我会持续跟踪这篇文章的
which
of
bioXiv
【在 m**********r 的大作中提到】
: Seth Blackshaw from Johns Hopkins made some comments on these papers, which
: can be found on twitter.
: I agree with him that the origin of the presumably regenerated ganglion
: cells or cones was not well established in either paper since the promotor
: in the virus vector could mistarget. That needs to be convincingly
: demonstrated by genetic means as he suggested. However, I don't agree with
: him that the reprogramming could have been caused by non-specific effects of
: the virus vector; the chance for that to happen is zero.
: I will make some additional comments just on the Cell paper since the bioXiv
: paper is too preliminary. Other than the expression data missing, to
|
m**********r
发帖数: 26 | 18 "要么这篇文章的造假是丧心病狂的，要么就是我20多年来的发育生物学训练都错了"
Which would more likely be the case? The most likely consequence, as has
happened in many such cases both in China and the US, will be people cannot
repeat their results, they get a Cell paper under their belt, and everybody
forgets about it.
Yes, they need to do a time course of 4b. Even 4b itself has major issues.
What are the red cells in the control? They are in the same focal plane as
the ganglion cells, and should not be there based on their staining on
sections. In addition, if you look closely, there are streaks in the control
that look like axons, but just weaker. Anybody who has done this knows that
a slight shift of the focal plane can make a big difference. |
p*******k
发帖数: 1 | 19 这篇文章6个老中共一作，我的经验这种文章大概率是假的。
一般的模式是，通讯作者、一作1 分别告诉一作2，3，4，5，6，所有实验都阳性了，
就差你这个实验了，赶紧做出来别拖大家的后腿。一作2，3，4，5，6迫于压力各自造
出一作1或是通讯想要的结果。然后所有假结果凑一堆就发了。到时候要甩锅了，一作2
，3，4，5，6可以抓一个出来背锅。
而且有一类lab，对造假是有系统training的，不是说实在实验做不出来了走投无路了
才造。他们一开始就是预备好要造假了，实验计划，数据归档都是计划好的，根本不会
有破绽。
我认识一个老中，硬盘里的western 数据label了 used、unused，他根本不care哪个图
到底show的啥东西，western只要不被抓重复用图就行了。
还有一个老中，冰箱里有几套sample label了+++， ++， +， -。需要分析样品的时候
高高低低混一混，根本不用做实验。你想要啥图两天就做出阳性结果，productivity
杠杠的。
从科学方面讲，这篇文章关键在于ptbp knock down到底会不会有这种phenotype。做这一
块的可以给大家科普一下最早的那篇ptbp Cell和后来follow up paper。另外如果有这
么强的效果的话，根本也用不着CRISPR-Cas吧。
另外我觉得很神奇的是，ptbp不仅能诱导glia分化为神经细胞，而且还能诱导出TH
neuron这种高度特异的。匪夷所思。
【在 s*******e 的大作中提到】
: 昨天仔细读了这篇文章
: 数据量很大，结果非常神奇，机制一概没有
: 如果顺着这篇文章的思路，证据完整、完美（除了axon bundle的交叉部分没有看懂，
: 不知道是不是单眼注射）
: 但是这篇文章的结果违背了我做了十几年发育生物学的训练和对其理解
: 一个基因的敲降，可以能将Glia转分化，然后这个转分化的神经能和导弹一样连接到大
: 脑皮层，在意识层面产生新的视觉？
: 而且文中明确这种被转化的新神经与大脑的连接并不依赖旧有神经的消失
: 简直......
: 我试图认可结果，寻找其他解释，因为我不是做小鼠视网膜神经的，无法判断数据质量
|
c********6
发帖数: 693 | 20 国内的实验室不都是这么干的么？曹雪涛 魏于全 之流的， 还有后续的各个小PI。
作2
【在 p*******k 的大作中提到】
: 这篇文章6个老中共一作，我的经验这种文章大概率是假的。
: 一般的模式是，通讯作者、一作1 分别告诉一作2，3，4，5，6，所有实验都阳性了，
: 就差你这个实验了，赶紧做出来别拖大家的后腿。一作2，3，4，5，6迫于压力各自造
: 出一作1或是通讯想要的结果。然后所有假结果凑一堆就发了。到时候要甩锅了，一作2
: ，3，4，5，6可以抓一个出来背锅。
: 而且有一类lab，对造假是有系统training的，不是说实在实验做不出来了走投无路了
: 才造。他们一开始就是预备好要造假了，实验计划，数据归档都是计划好的，根本不会
: 有破绽。
: 我认识一个老中，硬盘里的western 数据label了 used、unused，他根本不care哪个图
: 到底show的啥东西，western只要不被抓重复用图就行了。
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x*********4
发帖数: 1 | 21 看来老中对科学已经成为负作用了。
我明天给川普椭圆办公室写一个备忘录。
作2
【在 p*******k 的大作中提到】
: 这篇文章6个老中共一作，我的经验这种文章大概率是假的。
: 一般的模式是，通讯作者、一作1 分别告诉一作2，3，4，5，6，所有实验都阳性了，
: 就差你这个实验了，赶紧做出来别拖大家的后腿。一作2，3，4，5，6迫于压力各自造
: 出一作1或是通讯想要的结果。然后所有假结果凑一堆就发了。到时候要甩锅了，一作2
: ，3，4，5，6可以抓一个出来背锅。
: 而且有一类lab，对造假是有系统training的，不是说实在实验做不出来了走投无路了
: 才造。他们一开始就是预备好要造假了，实验计划，数据归档都是计划好的，根本不会
: 有破绽。
: 我认识一个老中，硬盘里的western 数据label了 used、unused，他根本不care哪个图
: 到底show的啥东西，western只要不被抓重复用图就行了。
|
f****y
发帖数: 104 | 22 这个杨辉是个人渣，臭名昭著的爱偷别人idea。这篇cell也是听了别人的talk，然后重
复别人的实验，赤裸裸抢来的。 |
c********6
发帖数: 693 | 23 然后根据别人讲的, 一点点的造data.
只知道他老是把Jaenisch当竞争对手, 感觉此人脑袋有问题, 不像是为了解决科研问题
而做科研.
【在 f****y 的大作中提到】
: 这个杨辉是个人渣，臭名昭著的爱偷别人idea。这篇cell也是听了别人的talk，然后重
: 复别人的实验，赤裸裸抢来的。
|
m**********r
发帖数: 26 | 24 这篇文章有问题的迹象：
Fig 3C, top row, which is control and supposed to show that there are no
Brn3b positive cells in the ganglion cell layer (最里面一层细胞）。但这一层
明显的是被故意切掉了，但没切干净，留下两个切掉一半的Brn3a positive 细胞（top
row 第二个panel 最底边，白色细胞）。这层被人为切掉的另一个迹象是dapi染色没
有细胞。做视网膜的人都知道这层不只有RGCs，别的细胞应该还在才对。 |
f****y
发帖数: 104 | 25 发到pubpeer上去吧
top
【在 m**********r 的大作中提到】
: 这篇文章有问题的迹象：
: Fig 3C, top row, which is control and supposed to show that there are no
: Brn3b positive cells in the ganglion cell layer (最里面一层细胞）。但这一层
: 明显的是被故意切掉了，但没切干净，留下两个切掉一半的Brn3a positive 细胞（top
: row 第二个panel 最底边，白色细胞）。这层被人为切掉的另一个迹象是dapi染色没
: 有细胞。做视网膜的人都知道这层不只有RGCs，别的细胞应该还在才对。
|
c*****u
发帖数: 439 | 26 是付向东？
听说付 17 年去神经所 讲了类似的工作，但是付的他们的还在审稿， 没发出来。
感觉被抢了
【在 f****y 的大作中提到】
: 这个杨辉是个人渣，臭名昭著的爱偷别人idea。这篇cell也是听了别人的talk，然后重
: 复别人的实验，赤裸裸抢来的。
|
c*****u
发帖数: 439 | 27 是付向东？
听说付 17 年去神经所 讲了类似的工作，但是付的他们的还在审稿， 没发出来。
感觉被抢了
【在 f****y 的大作中提到】
: 这个杨辉是个人渣，臭名昭著的爱偷别人idea。这篇cell也是听了别人的talk，然后重
: 复别人的实验，赤裸裸抢来的。
|
f****y
发帖数: 104 | 28 是的，付向东是专做RNA剪切的。杨辉一个做老鼠的，怎么会突然去做一个RNA剪切相关
蛋白？
【在 c*****u 的大作中提到】
: 是付向东？
: 听说付 17 年去神经所 讲了类似的工作，但是付的他们的还在审稿， 没发出来。
: 感觉被抢了
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x*********7
发帖数: 427 | |
f****y
发帖数: 104 | 30 博士期间发的cell也没有人能重复。别人做好几年的东西，他几个月就能搞定，让别人
如何重复？生物是实验科学，老鼠细胞生长都需要时间，实验条件都需要摸索，又不是
数学......
【在 x*********7 的大作中提到】
: 据说杨辉当年博后的两篇cell都无法重复？
|
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f*****e
发帖数: 34 | 31 杨辉共一第二（王皓毅是正一）的那篇Knock-Out文章没啥问题吧。大家质疑的好像是
杨辉做Knock-In的那一篇。
【在 x*********7 的大作中提到】
: 据说杨辉当年博后的两篇cell都无法重复？
|
c********6
发帖数: 693 | 32 他博士期间的文章确实是没有办法重复.
【在 f****y 的大作中提到】
: 博士期间发的cell也没有人能重复。别人做好几年的东西，他几个月就能搞定，让别人
: 如何重复？生物是实验科学，老鼠细胞生长都需要时间，实验条件都需要摸索，又不是
: 数学......
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x*******t
发帖数: 3764 | 33 国内造假成本低啊，基本不用负什么后果，这个还有老浦罩着。。其他人估计以后造的
更起劲儿了 |
Y******U
发帖数: 1 | 34 这是杨辉的回应，你看看：
这是之前几天回复质疑的信，抱歉，附件和原邮件不能给你，response还在审稿中。
对我每篇学术文章的质疑，欢迎发信给杂志社或者我来讨论，我只会回复学术的部分，
谢谢！
关于我在MIT的文章，Genome Biology 文章刚在线的时候，我已经和editor取得联系，
她欢迎我们写response回复，因为涉及到一些实验，最近刚刚和文章共同第一作者
Haoyi Wang与通讯作者Rudolf Jaenisch准备好，文章正在投稿中。以下是回复，详见
附件：
Gurumurthy et al. [1]recently reported that a method developed by Yang et al
. to generate floxed allele (designated as “two donor method” by
Gurumurthy et al.) [2] had poor reproducibility. They claimed that three
centers could not reproduce our results on generating conditional alleles of
the Mecp2 locus and that the “two-donor method” had very low successful
rate on other loci.
Here, we provide our responses to these claims:
1. Our results on Mecp2 locus published by Yang et al have been
reproduced by independent experiments in the Jaenisch (8-10% correct alleles
), Yang (8% correct alleles) and Hatada’s groups (2-6% correct alleles) [3]
, respectively.
2. The conditions used by Gurumurthy et al. [1] do not correspond to the
conditions used in our paper. The concentrations of CRISPR reagents used in
the Gurumurthy et al.’s study [1]on the Mecp2 locus (10 ng/μl for Cas9
mRNA, 10 ng/μl for sgRNA and 10 ng/μl for oligos) were much lower (10 fold
lower RNA and 20 fold lower oligo donor concentration) than those used in
the Yang et al.’s experiments (Cas9 100 ng/μl, sgRNA 50 ng/μl and 100 ng/
μl for each oligo) [2] and Yang et al.’s previous [4] and following
publications [5-8]. It is well known that the concentrations of CRISPR
reagents are well correlated with the genome editing efficiency.
3. We utilized piezo-driven zygote injection method in our original paper
, which allows for injecting CRISPR components at much higher concentration.
The difference between this method and pronuclear injection method used by
Gurumurthy et al. might also contribute to the difference of successful
rates.
4. Multiple peer-reviewed publications [3, 9-12] have successfully used
our method to create conditional knockout (CKO) mice (9 out of 11 loci
succeeded, 2.5% to 18% efficiency). We note that the efficiency of
generating CKO mice by CRISPR/Cas9 is highly dependent on the professional
skills and well-built platforms. Thus, it is inappropriate to calculate the
editing efficiency based on data from different labs and “core facilities”
with varying capability and using different methodologies.
5. With any genome editing method or strategy being used, the
efficiencies at different genomic loci are often highly variable. In the
2013 proof of concept paper, we showed the feasibility of generating floxed
allele at Mecp2locus using CRISPR. As a X-linked gene, Mecp2has a higher
chance of having two independent loxP insertion events residing on the same
X chromosome, since half of the embryos are males. To assume the efficiency
we demonstrated at Mecp2locus will be directly translated to the successful
rate at other genomic loci seems premature.
We agree with the Gurumurthy et al’s comment that the “one-donor method”
offers higher success rate for generating floxed alleles in general, while
the efficiency of “one-donor method” is also variable depending on the
genomic loci and donor plasmid design. Before the publication of Gurumurthy
et al., we also noted this, and developed a “one-donor method”, termed “
Tild-CRISPR” method [8], and demonstrated the feasibility and high
efficiency in generating CKO mice.
With the fast improvement of genome editing technologies, we and many others
constantly optimize our protocols. We welcome all discussions about the
choice of optimal strategy for particular applications, however, we think
the reproducibility of any published work can only be validated by using the
exact same experimental methods and technical parameters.
PS: 和Genome Biology的editor 私下交流，这篇文章原本在Nature Methods审稿，但
是有一个reviewer就是用我们这种方法日常做CKO小鼠，所以文章拒了。转投Genome
Biology的时候，也有一个reviewer用我们这种方法日常做CKO小鼠，所以他们的文章关
注点改为比较我们的CKO方法和最新发展的"one-donor method"，才发表出来。我一直
不明白，许多人已经重复出我们的实验结果，也有许多人用该方法做CKO小鼠，这篇文
章也能说造假吗？数据不可信吗？当然更多人做不出来，我认为很大原因是因为本身的
实验体系不好，这篇文章的所有实验室（绝大大数是core facility）都没有先严格重
复我们的实验结果，再在此基础上设计新的实验。我认为这不是受过好的科研训练的人
应有的做事方式，我也没有收到他们的任何来信询问我该实验的实验细节和tricks。
关于我“其他文章也有很多问题”，我将我之前发表的文章都放到附件中，欢迎质疑者
发信给我和大家，一一指出，我会做一一答复。
我也将我自博士期间以来发表的一些重要文章做一个简明阐述：
博士期间：Publication list 30: 孤雄单倍体的建立，这个已有一些实验室同样建立
，比如周琪老师组，同时李劲松老师组也有许多后续的工作。但我相信更多实验室建立
不了这个体系，技术要求太高，所以很难像CRISPR那样广泛使用。不过李劲松老师建立
的孤雄单倍体平台会促进该技术的进一步应用。
博后期间：Publication list 27, 28: 首次报道利用CRISPR技术可以制作各种基因修
饰小鼠，两篇文章都有数千次引用，也有无数个实验室重复和应用。当然技术还在不断
优化和进步，我建立实验室后也发表过相应的文章，见Publication list 14, 20
独立PI期间：Publication list 18: 首次报道利用CRISPR可以敲除整体染色体。同期
其他实验室也有报道，得到验证。
Publication list 7, 11：首次报道单碱基编辑技术的脱靶安全性问题，这两个工作都
是back to back发表，相互很好的印证了彼此的结论。同时我们通过生物学改造获得高
保真单碱基编辑工具的文章也已经在Nature Methods接收，同期Nature Biotechnology
的David Liu的文章的结果也跟我们有很好的印证。值得一提的是，我们在Science文章
中建立的高敏感检测脱靶的GOTI技术，技术要求很高，只有少数实验室具备这个实验条
件，但这些并不影响我们实验数据和结论的可靠性。
Publication list 1, 15：利用各种基因编辑技术做胶质细胞向神经元转分化研究，并
且在最近的Cell文章中利用该方法治疗帕金森及RGC loss的小鼠模型。这篇文章两种疾
病的治疗效果皆是该领域最好的，势必引起很大关注和争议，但我们相信在不久之后，
许多实验室都能在自己各自的系统中得到验证。
最后说说我对最近一些事情的整体看法：
我个人对于外界的评论和质疑其实并不关注或看重，只要不是杂志编辑部或者同行邮件
的询问质疑，都尽量置之不理。我非常珍惜现在中国良好的科研环境，所以格外珍惜每
一点时间。只需一心在科研上面，不停有好的工作展示给同行，就足够了。也很钦佩像
蒲老师、王晓东老师、施一公老师那样，呵护着我们这群青年PI，不用花费过多时间申
请经费，有很好的core facility，在文章思路或写作上给予我们一定的指导。所有这
些让我们有更多时间聚焦于科学本身。
此外，“最近一堆年轻人认为杨辉在MIT的文章涉嫌造假”。我相信绝大多数不是这个
领域的专家，我认为正确的方式是写信给Cell的editor，质疑这篇文章的真实性、可靠
性，而不是靠公众的舆论来挑取自己想要接收的信息。他们似乎不在乎质疑我们工作的
文章的数据可靠性，也更接受10个月（其实不到半年时间）发两篇Cell只有造假才有的
可能。然后近一年又把CNS都发了一遍，造假就实锤了。我觉得这不是一个好的风气，
似乎许多人接受不了同代人比自己出色太多。
张锋一直是我追敢的目标，从PhD开始就一直很出色，很快的fellow经历，刚独立就发
表了最重要的工作，后续更是一系列的重要文章，也成立了自己的公司，将CRISPR技术
第一次应用于人治疗失明。
而我，PhD和Postdoc相对都很顺，但是回国独立头三年没有发表一篇文章，直到第5年
才陆续有重要工作出现。也开始向临床迈进，希望两年内能够国内上临床，最终造福国
内的患者。虽然时间有点落后张锋了，但我仍然坚信有赶上和超过他的一天。
所以希望““最近一堆年轻人”能找到自己追赶的目标，再为之努力，而不是传一些不
在自己学术水平范围内能够judgement的事情。学术圈毕竟不是娱乐圈。
杨辉
【在 s*******e 的大作中提到】
: 昨天仔细读了这篇文章
: 数据量很大，结果非常神奇，机制一概没有
: 如果顺着这篇文章的思路，证据完整、完美（除了axon bundle的交叉部分没有看懂，
: 不知道是不是单眼注射）
: 但是这篇文章的结果违背了我做了十几年发育生物学的训练和对其理解
: 一个基因的敲降，可以能将Glia转分化，然后这个转分化的神经能和导弹一样连接到大
: 脑皮层，在意识层面产生新的视觉？
: 而且文中明确这种被转化的新神经与大脑的连接并不依赖旧有神经的消失
: 简直......
: 我试图认可结果，寻找其他解释，因为我不是做小鼠视网膜神经的，无法判断数据质量
|
m**********r
发帖数: 26 | 35 "这篇文章原本在Nature Methods审稿，但
是有一个reviewer就是用我们这种方法日常做CKO小鼠，所以文章拒了。转投Genome
Biology的时候，也有一个reviewer用我们这种方法日常做CKO小鼠，所以他们的文章关
注点改为比较我们的CKO方法和最新发展的"one-donor method"，才发表出来。我一直
不明白，许多人已经重复出我们的实验结果，也有许多人用该方法做CKO小鼠，这篇文
章也能说造假吗？数据不可信吗？当然更多人做不出来，我认为很大原因是因为本身的
实验体系不好，这篇文章的所有实验室（绝大大数是core facility）都没有先严格重
复我们的实验结果，再在此基础上设计新的实验。我认为这不是受过好的科研训练的人
应有的做事方式，我也没有收到他们的任何来信询问我该实验的实验细节和tricks。"
Nature Methods 和 Genome Biology 的reviewer 信息他怎么知道的？It is a very
typical strategy to blame other people for not following their procedure
exactly as the reason to not be able to reproduce their results. 如果有人是
用他们这种方法日常做CKO小鼠， 是谁，文章发在哪？ 效率多高？
另外，对最新的这篇Cell文章，Ptbp1在Muller细胞里有表达和被敲除的证据呢？
Figure 3c 里被切掉一半的brn3a阳性细胞和GCL是怎么回事？ |
c********6
发帖数: 693 | 36 有人说对于杨辉的质疑是下三滥, 你怎么认为?
【在 s*******e 的大作中提到】
: 昨天仔细读了这篇文章
: 数据量很大，结果非常神奇，机制一概没有
: 如果顺着这篇文章的思路，证据完整、完美（除了axon bundle的交叉部分没有看懂，
: 不知道是不是单眼注射）
: 但是这篇文章的结果违背了我做了十几年发育生物学的训练和对其理解
: 一个基因的敲降，可以能将Glia转分化，然后这个转分化的神经能和导弹一样连接到大
: 脑皮层，在意识层面产生新的视觉？
: 而且文中明确这种被转化的新神经与大脑的连接并不依赖旧有神经的消失
: 简直......
: 我试图认可结果，寻找其他解释，因为我不是做小鼠视网膜神经的，无法判断数据质量
|
x*********7
发帖数: 427 | 37 以下是真的吗？
1. Our results on Mecp2 locus published by Yang et al have been
reproduced by independent experiments in the Jaenisch (8-10% correct alleles
), Yang (8% correct alleles) and Hatada’s groups (2-6% correct alleles) [3]
, respectively. |
c********6
发帖数: 693 | 38 真的不真的不是那么清楚, 但是至少从他所举的例子来看, 第一个Jaenisch, 第二个他
自己, 这两个都不能够拿来作为验证了他文章的证据; 只有第三个Izuho Hatada, 一个
做表观调控的实验室, 也是唯一一个号称用Yang hui的方法能够达到2-6%的效率, 这就
很奇怪了, 他做表观的不可能基因编辑技术能够超过广大专门做小鼠基因编辑的实验室
, 他们又是怎么做到全世界公开谴责杨辉的那20个实验室做不到的事情的呢?
alleles
3]
【在 x*********7 的大作中提到】
: 以下是真的吗？
: 1. Our results on Mecp2 locus published by Yang et al have been
: reproduced by independent experiments in the Jaenisch (8-10% correct alleles
: ), Yang (8% correct alleles) and Hatada’s groups (2-6% correct alleles) [3]
: , respectively.
|
m********e
发帖数: 1156 | 39 还是雪涛兄威武，领导中国医学科学院，南开大学。在人民大会堂给全体科研人员讲学
术道德。 |
c********6
发帖数: 693 | |
|
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J********7
发帖数: 1 | 41 蒲慕明也不差呀, 之前还专门做过《科学诚信和创新性》的报告,结果带着自己所里的
PI投别人的文章. 而且自己不出面~
真是对国内的学术环境担忧,那些辛辛苦苦一步一个脚印做科研的估计以后都没有出路
了~速度怎么能够赶的上!!!
【在 m********e 的大作中提到】
: 还是雪涛兄威武，领导中国医学科学院，南开大学。在人民大会堂给全体科研人员讲学
: 术道德。
|
c********6
发帖数: 693 | 42 杨辉不守规矩, 乱造数据, 给中国的学术界造成了无可估量的名誉上的损失. |
s*******e
发帖数: 1389 | 43 昨天仔细读了这篇文章
数据量很大，结果非常神奇，机制一概没有
如果顺着这篇文章的思路，证据完整、完美（除了axon bundle的交叉部分没有看懂，
不知道是不是单眼注射）
但是这篇文章的结果违背了我做了十几年发育生物学的训练和对其理解
一个基因的敲降，可以能将Glia转分化，然后这个转分化的神经能和导弹一样连接到大
脑皮层，在意识层面产生新的视觉？
而且文中明确这种被转化的新神经与大脑的连接并不依赖旧有神经的消失
简直......
我试图认可结果，寻找其他解释，因为我不是做小鼠视网膜神经的，无法判断数据质量
。而按照文章所说，证据太强了，没有其他可能。
不知道有没有内行评价一下？ |
g********0
发帖数: 6201 | 44 you can you up, no can no bb.
【在 s*******e 的大作中提到】
: 昨天仔细读了这篇文章
: 数据量很大，结果非常神奇，机制一概没有
: 如果顺着这篇文章的思路，证据完整、完美（除了axon bundle的交叉部分没有看懂，
: 不知道是不是单眼注射）
: 但是这篇文章的结果违背了我做了十几年发育生物学的训练和对其理解
: 一个基因的敲降，可以能将Glia转分化，然后这个转分化的神经能和导弹一样连接到大
: 脑皮层，在意识层面产生新的视觉？
: 而且文中明确这种被转化的新神经与大脑的连接并不依赖旧有神经的消失
: 简直......
: 我试图认可结果，寻找其他解释，因为我不是做小鼠视网膜神经的，无法判断数据质量
|
f*****e
发帖数: 34 | |
c********6
发帖数: 693 | 46 他在美国做博士后10个月可以发两篇Cell. 我记得是建立了一次性敲掉6个基因的老鼠
吧. 严谨的老实人做重复实验严格验证off-target都得至少10个月.
楼主还不醒醒? |
m**********r
发帖数: 26 | 47 It is a very surprising result. Interestingly, when another group knocked
down the same gene https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.08.
030981v1), they got a very different result. They cannot both be right.
Actually I have concerns with both papers. One very critical piece of data
missing in both papers is that the gene was actually expressed in Muller
cells, and that it was efficiently knocked down. There are additional major
issues with both papers. |
s*******e
发帖数: 1389 | 48 话别说一半啊，多写点
major
【在 m**********r 的大作中提到】
: It is a very surprising result. Interestingly, when another group knocked
: down the same gene https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.08.
: 030981v1), they got a very different result. They cannot both be right.
: Actually I have concerns with both papers. One very critical piece of data
: missing in both papers is that the gene was actually expressed in Muller
: cells, and that it was efficiently knocked down. There are additional major
: issues with both papers.
|
m**********r
发帖数: 26 | 49 Seth Blackshaw from Johns Hopkins made some comments on these papers, which
can be found on twitter.
I agree with him that the origin of the presumably regenerated ganglion
cells or cones was not well established in either paper since the promotor
in the virus vector could mistarget. That needs to be convincingly
demonstrated by genetic means as he suggested. However, I don't agree with
him that the reprogramming could have been caused by non-specific effects of
the virus vector; the chance for that to happen is zero.
I will make some additional comments just on the Cell paper since the bioXiv
paper is too preliminary. Other than the expression data missing, to
establish that Muller cells were indeed reprogrammed into ganglion cells,
they need to show what happened to Muller cells during the transition. That
would include Muller cells in the process of migrating from INL to GCL and
beginning to lose characteristics of Muller cells and gain characteristics
of Ganglion cells in terms of morphology and marker gene expression. A more
comprehensive and detailed analysis of the reprogrammed ganglion cells in
terms of dendritic projection and morphology, axon projection, subtype
marker expression, and electric physiology is also needed.
Among all this, the easiest experiment probably is, instead of just showing
a few cells on retinal sections with a couple of markers, to demonstrate by
flat-mount imaging a field of regenerated ganglion cells extending their
axons to the optic disk at the different time points of reprogramming.
All in all, the authors made extraordinary claims, which must be
substantiated by extraordinary evidence. The above questions are all very
obvious. I don't know how the paper passed Cell's review process without
them being addressed.
【在 s*******e 的大作中提到】
: 话别说一半啊，多写点
:
: major
|
m**********r
发帖数: 26 | 50 I just realize that Yang is the first author of the Cell paper from the
Jaenisch lab showing the generation of knockin mice using CRISPR with an
efficiency nobody else could reproduce. He has since published quite a few
more papers using CRISPR. I was not successful using one of his methods (
Tild-CRISPR ). I would not have tried it if I knew it was the same guy.
He has 29 people in his lab. Hope he is making good use of the resource he
is enjoying.
https://www.the-scientist.com/news-opinion/study-challenges-crispr-method-
for-making-conditional-knockout-mice--64875 |
|
|
s*********m
发帖数: 15 | 51 Because you are not the reviewer of this paper for Cell.
which
of
bioXiv
【在 m**********r 的大作中提到】
: Seth Blackshaw from Johns Hopkins made some comments on these papers, which
: can be found on twitter.
: I agree with him that the origin of the presumably regenerated ganglion
: cells or cones was not well established in either paper since the promotor
: in the virus vector could mistarget. That needs to be convincingly
: demonstrated by genetic means as he suggested. However, I don't agree with
: him that the reprogramming could have been caused by non-specific effects of
: the virus vector; the chance for that to happen is zero.
: I will make some additional comments just on the Cell paper since the bioXiv
: paper is too preliminary. Other than the expression data missing, to
|
c********6
发帖数: 693 | 52 我所认识的人也没有任何人能够重复出来.
在我的印象中, 像Jaenisch, BELMONTE 这种实验室就是造假集中营的代名词. 看着他
们的文章最好绕着走, 投文章的时候一定要排除这两个实验室的审稿人.
太可怕了,国内很多根本不懂,看见发Cell, Nature就牛逼, 殊不知只要进了这两个实验
室都是学到一些造假的技术.
【在 m**********r 的大作中提到】
: I just realize that Yang is the first author of the Cell paper from the
: Jaenisch lab showing the generation of knockin mice using CRISPR with an
: efficiency nobody else could reproduce. He has since published quite a few
: more papers using CRISPR. I was not successful using one of his methods (
: Tild-CRISPR ). I would not have tried it if I knew it was the same guy.
: He has 29 people in his lab. Hope he is making good use of the resource he
: is enjoying.
: https://www.the-scientist.com/news-opinion/study-challenges-crispr-method-
: for-making-conditional-knockout-mice--64875
|
c********6
发帖数: 693 | 53 错, 因为徐国良是杨辉的博士导师, 蒲慕明帮杨辉改的文章和联系的送审.
【在 s*********m 的大作中提到】
: Because you are not the reviewer of this paper for Cell.
:
: which
: of
: bioXiv
|
c********6
发帖数: 693 | 54 从网上看到的下面两个简介, 原来徐国良赖以评为中科院院士的两篇高影响力文章都是
杨辉瞬间做出来的. 亮瞎了大伙的狗眼.
【5】2012年4月，徐國良等人（楊輝第一作者）在Cell 在線發表了題為「Generation
of genetically modified mice by oocyte injection of androgenetic haploid
embryonic stem cells」的研究論文，該研究首次建立了來自小鼠精子的孤雄單倍體胚
胎幹細胞，並證明這些細胞能夠代替精子使卵母細胞「受精」產生半克隆小鼠（稱為「
半克隆」技術）；
【6】2011年9月，徐國良等人（楊輝共同第一作者）在Nature 在線發表了題為「The
role of Tet3 DNA dioxygenase in epigenetic reprogramming by oocytes」的研究
論文，該研究發現在小鼠受精卵中，5-甲基胞嘧啶（5mC）的氧化發生在父本基因組上
，將5mC變為5-羥甲基胞嘧啶（5hmC）。此外，該研究還證明雙加氧酶Tet3特別富集在
雄性原核中。因此，Tet3介導的DNA羥化作用參與自然受精後合子父本DNA的表觀遺傳重
編程，並且還可能有助於動物克隆過程中的體細胞核重編程；
原文網址：https://kknews.cc/science/j23an3l.html |
c********6
发帖数: 693 | 55 专访李劲松：七个月成就一项理论概念新突破
来自中科院上海生科院生物化学与细胞生物学研究所的李劲松和徐国良领导的
研究团队就取得了这样一项理论概念上的重要突破——首次建立了来自孤雄囊胚的单倍
体胚胎干细胞系，而且这些细胞保持了一定水平的雄性印记，并进一步验证了这些细胞
能够代替精子在注入卵母细胞后产生健康的小鼠。
这项成果到底具有什么理论概念上的突破意义？又有哪些未来临床应用前景？
这项成果从开始做实验到文章发表仅仅花了7个月的时间，这么短的时间内他们是如何
完成的呢？为了更深入的了解这些内容，生物通特联系了李劲松老师，就相关问题请教
了他 |
s*******e
发帖数: 1389 | 56 你说的the easiest experiment是不是他文章中的Fig 4B？
我同意你说的，应该做更多实验确认看到的表型是真的
但是我要表达一个不同观点，也是这篇文章能发的原因：
就是如果这篇文章的数据都是真的的话
证据已经足够证明他的claims，证据太强了
对照干净的一塌糊涂
如果对照都是0，那还有什么理由不相信这瞎掉的小鼠通过CRISPR复明的奇迹？
这也是为什么Seth Blackshaw argues 他们用的AAV对照可能不是一个好的对照（对照
太干净，实验组AAV是非特异的）原因
我的结论是
要么这篇文章的造假是丧心病狂的，要么就是我20多年来的发育生物学训练都错了
我会持续跟踪这篇文章的
which
of
bioXiv
【在 m**********r 的大作中提到】
: Seth Blackshaw from Johns Hopkins made some comments on these papers, which
: can be found on twitter.
: I agree with him that the origin of the presumably regenerated ganglion
: cells or cones was not well established in either paper since the promotor
: in the virus vector could mistarget. That needs to be convincingly
: demonstrated by genetic means as he suggested. However, I don't agree with
: him that the reprogramming could have been caused by non-specific effects of
: the virus vector; the chance for that to happen is zero.
: I will make some additional comments just on the Cell paper since the bioXiv
: paper is too preliminary. Other than the expression data missing, to
|
m**********r
发帖数: 26 | 57 "要么这篇文章的造假是丧心病狂的，要么就是我20多年来的发育生物学训练都错了"
Which would more likely be the case? The most likely consequence, as has
happened in many such cases both in China and the US, will be people cannot
repeat their results, they get a Cell paper under their belt, and everybody
forgets about it.
Yes, they need to do a time course of 4b. Even 4b itself has major issues.
What are the red cells in the control? They are in the same focal plane as
the ganglion cells, and should not be there based on their staining on
sections. In addition, if you look closely, there are streaks in the control
that look like axons, but just weaker. Anybody who has done this knows that
a slight shift of the focal plane can make a big difference. |
p*******k
发帖数: 1 | 58 这篇文章6个老中共一作，我的经验这种文章大概率是假的。
一般的模式是，通讯作者、一作1 分别告诉一作2，3，4，5，6，所有实验都阳性了，
就差你这个实验了，赶紧做出来别拖大家的后腿。一作2，3，4，5，6迫于压力各自造
出一作1或是通讯想要的结果。然后所有假结果凑一堆就发了。到时候要甩锅了，一作2
，3，4，5，6可以抓一个出来背锅。
而且有一类lab，对造假是有系统training的，不是说实在实验做不出来了走投无路了
才造。他们一开始就是预备好要造假了，实验计划，数据归档都是计划好的，根本不会
有破绽。
我认识一个老中，硬盘里的western 数据label了 used、unused，他根本不care哪个图
到底show的啥东西，western只要不被抓重复用图就行了。
还有一个老中，冰箱里有几套sample label了+++， ++， +， -。需要分析样品的时候
高高低低混一混，根本不用做实验。你想要啥图两天就做出阳性结果，productivity
杠杠的。
从科学方面讲，这篇文章关键在于ptbp knock down到底会不会有这种phenotype。做这一
块的可以给大家科普一下最早的那篇ptbp Cell和后来follow up paper。另外如果有这
么强的效果的话，根本也用不着CRISPR-Cas吧。
另外我觉得很神奇的是，ptbp不仅能诱导glia分化为神经细胞，而且还能诱导出TH
neuron这种高度特异的。匪夷所思。
【在 s*******e 的大作中提到】
: 昨天仔细读了这篇文章
: 数据量很大，结果非常神奇，机制一概没有
: 如果顺着这篇文章的思路，证据完整、完美（除了axon bundle的交叉部分没有看懂，
: 不知道是不是单眼注射）
: 但是这篇文章的结果违背了我做了十几年发育生物学的训练和对其理解
: 一个基因的敲降，可以能将Glia转分化，然后这个转分化的神经能和导弹一样连接到大
: 脑皮层，在意识层面产生新的视觉？
: 而且文中明确这种被转化的新神经与大脑的连接并不依赖旧有神经的消失
: 简直......
: 我试图认可结果，寻找其他解释，因为我不是做小鼠视网膜神经的，无法判断数据质量
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c********6
发帖数: 693 | 59 国内的实验室不都是这么干的么？曹雪涛 魏于全 之流的， 还有后续的各个小PI。
作2
【在 p*******k 的大作中提到】
: 这篇文章6个老中共一作，我的经验这种文章大概率是假的。
: 一般的模式是，通讯作者、一作1 分别告诉一作2，3，4，5，6，所有实验都阳性了，
: 就差你这个实验了，赶紧做出来别拖大家的后腿。一作2，3，4，5，6迫于压力各自造
: 出一作1或是通讯想要的结果。然后所有假结果凑一堆就发了。到时候要甩锅了，一作2
: ，3，4，5，6可以抓一个出来背锅。
: 而且有一类lab，对造假是有系统training的，不是说实在实验做不出来了走投无路了
: 才造。他们一开始就是预备好要造假了，实验计划，数据归档都是计划好的，根本不会
: 有破绽。
: 我认识一个老中，硬盘里的western 数据label了 used、unused，他根本不care哪个图
: 到底show的啥东西，western只要不被抓重复用图就行了。
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f****y
发帖数: 104 | 60 这个杨辉是个人渣，臭名昭著的爱偷别人idea。这篇cell也是听了别人的talk，然后重
复别人的实验，赤裸裸抢来的。 |
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c********6
发帖数: 693 | 61 然后根据别人讲的, 一点点的造data.
只知道他老是把Jaenisch当竞争对手, 感觉此人脑袋有问题, 不像是为了解决科研问题
而做科研.
【在 f****y 的大作中提到】
: 这个杨辉是个人渣，臭名昭著的爱偷别人idea。这篇cell也是听了别人的talk，然后重
: 复别人的实验，赤裸裸抢来的。
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m**********r
发帖数: 26 | 62 这篇文章有问题的迹象：
Fig 3C, top row, which is control and supposed to show that there are no
Brn3b positive cells in the ganglion cell layer (最里面一层细胞）。但这一层
明显的是被故意切掉了，但没切干净，留下两个切掉一半的Brn3a positive 细胞（top
row 第二个panel 最底边，白色细胞）。这层被人为切掉的另一个迹象是dapi染色没
有细胞。做视网膜的人都知道这层不只有RGCs，别的细胞应该还在才对。 |
f****y
发帖数: 104 | 63 发到pubpeer上去吧
top
【在 m**********r 的大作中提到】
: 这篇文章有问题的迹象：
: Fig 3C, top row, which is control and supposed to show that there are no
: Brn3b positive cells in the ganglion cell layer (最里面一层细胞）。但这一层
: 明显的是被故意切掉了，但没切干净，留下两个切掉一半的Brn3a positive 细胞（top
: row 第二个panel 最底边，白色细胞）。这层被人为切掉的另一个迹象是dapi染色没
: 有细胞。做视网膜的人都知道这层不只有RGCs，别的细胞应该还在才对。
|
c*****u
发帖数: 439 | 64 是付向东？
听说付 17 年去神经所 讲了类似的工作，但是付的他们的还在审稿， 没发出来。
感觉被抢了
【在 f****y 的大作中提到】
: 这个杨辉是个人渣，臭名昭著的爱偷别人idea。这篇cell也是听了别人的talk，然后重
: 复别人的实验，赤裸裸抢来的。
|
c*****u
发帖数: 439 | 65 是付向东？
听说付 17 年去神经所 讲了类似的工作，但是付的他们的还在审稿， 没发出来。
感觉被抢了
【在 f****y 的大作中提到】
: 这个杨辉是个人渣，臭名昭著的爱偷别人idea。这篇cell也是听了别人的talk，然后重
: 复别人的实验，赤裸裸抢来的。
|
f****y
发帖数: 104 | 66 是的，付向东是专做RNA剪切的。杨辉一个做老鼠的，怎么会突然去做一个RNA剪切相关
蛋白？
【在 c*****u 的大作中提到】
: 是付向东？
: 听说付 17 年去神经所 讲了类似的工作，但是付的他们的还在审稿， 没发出来。
: 感觉被抢了
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x*********7
发帖数: 427 | |
f****y
发帖数: 104 | 68 博士期间发的cell也没有人能重复。别人做好几年的东西，他几个月就能搞定，让别人
如何重复？生物是实验科学，老鼠细胞生长都需要时间，实验条件都需要摸索，又不是
数学......
【在 x*********7 的大作中提到】
: 据说杨辉当年博后的两篇cell都无法重复？
|
f*****e
发帖数: 34 | 69 杨辉共一第二（王皓毅是正一）的那篇Knock-Out文章没啥问题吧。大家质疑的好像是
杨辉做Knock-In的那一篇。
【在 x*********7 的大作中提到】
: 据说杨辉当年博后的两篇cell都无法重复？
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c********6
发帖数: 693 | 70 他博士期间的文章确实是没有办法重复.
【在 f****y 的大作中提到】
: 博士期间发的cell也没有人能重复。别人做好几年的东西，他几个月就能搞定，让别人
: 如何重复？生物是实验科学，老鼠细胞生长都需要时间，实验条件都需要摸索，又不是
: 数学......
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x*******t
发帖数: 3764 | 71 国内造假成本低啊，基本不用负什么后果，这个还有老浦罩着。。其他人估计以后造的
更起劲儿了 |
Y******U
发帖数: 1 | 72 这是杨辉的回应，你看看：
这是之前几天回复质疑的信，抱歉，附件和原邮件不能给你，response还在审稿中。
对我每篇学术文章的质疑，欢迎发信给杂志社或者我来讨论，我只会回复学术的部分，
谢谢！
关于我在MIT的文章，Genome Biology 文章刚在线的时候，我已经和editor取得联系，
她欢迎我们写response回复，因为涉及到一些实验，最近刚刚和文章共同第一作者
Haoyi Wang与通讯作者Rudolf Jaenisch准备好，文章正在投稿中。以下是回复，详见
附件：
Gurumurthy et al. [1]recently reported that a method developed by Yang et al
. to generate floxed allele (designated as “two donor method” by
Gurumurthy et al.) [2] had poor reproducibility. They claimed that three
centers could not reproduce our results on generating conditional alleles of
the Mecp2 locus and that the “two-donor method” had very low successful
rate on other loci.
Here, we provide our responses to these claims:
1. Our results on Mecp2 locus published by Yang et al have been
reproduced by independent experiments in the Jaenisch (8-10% correct alleles
), Yang (8% correct alleles) and Hatada’s groups (2-6% correct alleles) [3]
, respectively.
2. The conditions used by Gurumurthy et al. [1] do not correspond to the
conditions used in our paper. The concentrations of CRISPR reagents used in
the Gurumurthy et al.’s study [1]on the Mecp2 locus (10 ng/μl for Cas9
mRNA, 10 ng/μl for sgRNA and 10 ng/μl for oligos) were much lower (10 fold
lower RNA and 20 fold lower oligo donor concentration) than those used in
the Yang et al.’s experiments (Cas9 100 ng/μl, sgRNA 50 ng/μl and 100 ng/
μl for each oligo) [2] and Yang et al.’s previous [4] and following
publications [5-8]. It is well known that the concentrations of CRISPR
reagents are well correlated with the genome editing efficiency.
3. We utilized piezo-driven zygote injection method in our original paper
, which allows for injecting CRISPR components at much higher concentration.
The difference between this method and pronuclear injection method used by
Gurumurthy et al. might also contribute to the difference of successful
rates.
4. Multiple peer-reviewed publications [3, 9-12] have successfully used
our method to create conditional knockout (CKO) mice (9 out of 11 loci
succeeded, 2.5% to 18% efficiency). We note that the efficiency of
generating CKO mice by CRISPR/Cas9 is highly dependent on the professional
skills and well-built platforms. Thus, it is inappropriate to calculate the
editing efficiency based on data from different labs and “core facilities”
with varying capability and using different methodologies.
5. With any genome editing method or strategy being used, the
efficiencies at different genomic loci are often highly variable. In the
2013 proof of concept paper, we showed the feasibility of generating floxed
allele at Mecp2locus using CRISPR. As a X-linked gene, Mecp2has a higher
chance of having two independent loxP insertion events residing on the same
X chromosome, since half of the embryos are males. To assume the efficiency
we demonstrated at Mecp2locus will be directly translated to the successful
rate at other genomic loci seems premature.
We agree with the Gurumurthy et al’s comment that the “one-donor method”
offers higher success rate for generating floxed alleles in general, while
the efficiency of “one-donor method” is also variable depending on the
genomic loci and donor plasmid design. Before the publication of Gurumurthy
et al., we also noted this, and developed a “one-donor method”, termed “
Tild-CRISPR” method [8], and demonstrated the feasibility and high
efficiency in generating CKO mice.
With the fast improvement of genome editing technologies, we and many others
constantly optimize our protocols. We welcome all discussions about the
choice of optimal strategy for particular applications, however, we think
the reproducibility of any published work can only be validated by using the
exact same experimental methods and technical parameters.
PS: 和Genome Biology的editor 私下交流，这篇文章原本在Nature Methods审稿，但
是有一个reviewer就是用我们这种方法日常做CKO小鼠，所以文章拒了。转投Genome
Biology的时候，也有一个reviewer用我们这种方法日常做CKO小鼠，所以他们的文章关
注点改为比较我们的CKO方法和最新发展的"one-donor method"，才发表出来。我一直
不明白，许多人已经重复出我们的实验结果，也有许多人用该方法做CKO小鼠，这篇文
章也能说造假吗？数据不可信吗？当然更多人做不出来，我认为很大原因是因为本身的
实验体系不好，这篇文章的所有实验室（绝大大数是core facility）都没有先严格重
复我们的实验结果，再在此基础上设计新的实验。我认为这不是受过好的科研训练的人
应有的做事方式，我也没有收到他们的任何来信询问我该实验的实验细节和tricks。
关于我“其他文章也有很多问题”，我将我之前发表的文章都放到附件中，欢迎质疑者
发信给我和大家，一一指出，我会做一一答复。
我也将我自博士期间以来发表的一些重要文章做一个简明阐述：
博士期间：Publication list 30: 孤雄单倍体的建立，这个已有一些实验室同样建立
，比如周琪老师组，同时李劲松老师组也有许多后续的工作。但我相信更多实验室建立
不了这个体系，技术要求太高，所以很难像CRISPR那样广泛使用。不过李劲松老师建立
的孤雄单倍体平台会促进该技术的进一步应用。
博后期间：Publication list 27, 28: 首次报道利用CRISPR技术可以制作各种基因修
饰小鼠，两篇文章都有数千次引用，也有无数个实验室重复和应用。当然技术还在不断
优化和进步，我建立实验室后也发表过相应的文章，见Publication list 14, 20
独立PI期间：Publication list 18: 首次报道利用CRISPR可以敲除整体染色体。同期
其他实验室也有报道，得到验证。
Publication list 7, 11：首次报道单碱基编辑技术的脱靶安全性问题，这两个工作都
是back to back发表，相互很好的印证了彼此的结论。同时我们通过生物学改造获得高
保真单碱基编辑工具的文章也已经在Nature Methods接收，同期Nature Biotechnology
的David Liu的文章的结果也跟我们有很好的印证。值得一提的是，我们在Science文章
中建立的高敏感检测脱靶的GOTI技术，技术要求很高，只有少数实验室具备这个实验条
件，但这些并不影响我们实验数据和结论的可靠性。
Publication list 1, 15：利用各种基因编辑技术做胶质细胞向神经元转分化研究，并
且在最近的Cell文章中利用该方法治疗帕金森及RGC loss的小鼠模型。这篇文章两种疾
病的治疗效果皆是该领域最好的，势必引起很大关注和争议，但我们相信在不久之后，
许多实验室都能在自己各自的系统中得到验证。
最后说说我对最近一些事情的整体看法：
我个人对于外界的评论和质疑其实并不关注或看重，只要不是杂志编辑部或者同行邮件
的询问质疑，都尽量置之不理。我非常珍惜现在中国良好的科研环境，所以格外珍惜每
一点时间。只需一心在科研上面，不停有好的工作展示给同行，就足够了。也很钦佩像
蒲老师、王晓东老师、施一公老师那样，呵护着我们这群青年PI，不用花费过多时间申
请经费，有很好的core facility，在文章思路或写作上给予我们一定的指导。所有这
些让我们有更多时间聚焦于科学本身。
此外，“最近一堆年轻人认为杨辉在MIT的文章涉嫌造假”。我相信绝大多数不是这个
领域的专家，我认为正确的方式是写信给Cell的editor，质疑这篇文章的真实性、可靠
性，而不是靠公众的舆论来挑取自己想要接收的信息。他们似乎不在乎质疑我们工作的
文章的数据可靠性，也更接受10个月（其实不到半年时间）发两篇Cell只有造假才有的
可能。然后近一年又把CNS都发了一遍，造假就实锤了。我觉得这不是一个好的风气，
似乎许多人接受不了同代人比自己出色太多。
张锋一直是我追敢的目标，从PhD开始就一直很出色，很快的fellow经历，刚独立就发
表了最重要的工作，后续更是一系列的重要文章，也成立了自己的公司，将CRISPR技术
第一次应用于人治疗失明。
而我，PhD和Postdoc相对都很顺，但是回国独立头三年没有发表一篇文章，直到第5年
才陆续有重要工作出现。也开始向临床迈进，希望两年内能够国内上临床，最终造福国
内的患者。虽然时间有点落后张锋了，但我仍然坚信有赶上和超过他的一天。
所以希望““最近一堆年轻人”能找到自己追赶的目标，再为之努力，而不是传一些不
在自己学术水平范围内能够judgement的事情。学术圈毕竟不是娱乐圈。
杨辉
【在 s*******e 的大作中提到】
: 昨天仔细读了这篇文章
: 数据量很大，结果非常神奇，机制一概没有
: 如果顺着这篇文章的思路，证据完整、完美（除了axon bundle的交叉部分没有看懂，
: 不知道是不是单眼注射）
: 但是这篇文章的结果违背了我做了十几年发育生物学的训练和对其理解
: 一个基因的敲降，可以能将Glia转分化，然后这个转分化的神经能和导弹一样连接到大
: 脑皮层，在意识层面产生新的视觉？
: 而且文中明确这种被转化的新神经与大脑的连接并不依赖旧有神经的消失
: 简直......
: 我试图认可结果，寻找其他解释，因为我不是做小鼠视网膜神经的，无法判断数据质量
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m**********r
发帖数: 26 | 73 "这篇文章原本在Nature Methods审稿，但
是有一个reviewer就是用我们这种方法日常做CKO小鼠，所以文章拒了。转投Genome
Biology的时候，也有一个reviewer用我们这种方法日常做CKO小鼠，所以他们的文章关
注点改为比较我们的CKO方法和最新发展的"one-donor method"，才发表出来。我一直
不明白，许多人已经重复出我们的实验结果，也有许多人用该方法做CKO小鼠，这篇文
章也能说造假吗？数据不可信吗？当然更多人做不出来，我认为很大原因是因为本身的
实验体系不好，这篇文章的所有实验室（绝大大数是core facility）都没有先严格重
复我们的实验结果，再在此基础上设计新的实验。我认为这不是受过好的科研训练的人
应有的做事方式，我也没有收到他们的任何来信询问我该实验的实验细节和tricks。"
Nature Methods 和 Genome Biology 的reviewer 信息他怎么知道的？It is a very
typical strategy to blame other people for not following their procedure
exactly as the reason to not be able to reproduce their results. 如果有人是
用他们这种方法日常做CKO小鼠， 是谁，文章发在哪？ 效率多高？
另外，对最新的这篇Cell文章，Ptbp1在Muller细胞里有表达和被敲除的证据呢？
Figure 3c 里被切掉一半的brn3a阳性细胞和GCL是怎么回事？ |
c********6
发帖数: 693 | 74 有人说对于杨辉的质疑是下三滥, 你怎么认为?
【在 s*******e 的大作中提到】
: 昨天仔细读了这篇文章
: 数据量很大，结果非常神奇，机制一概没有
: 如果顺着这篇文章的思路，证据完整、完美（除了axon bundle的交叉部分没有看懂，
: 不知道是不是单眼注射）
: 但是这篇文章的结果违背了我做了十几年发育生物学的训练和对其理解
: 一个基因的敲降，可以能将Glia转分化，然后这个转分化的神经能和导弹一样连接到大
: 脑皮层，在意识层面产生新的视觉？
: 而且文中明确这种被转化的新神经与大脑的连接并不依赖旧有神经的消失
: 简直......
: 我试图认可结果，寻找其他解释，因为我不是做小鼠视网膜神经的，无法判断数据质量
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x*********7
发帖数: 427 | 75 以下是真的吗？
1. Our results on Mecp2 locus published by Yang et al have been
reproduced by independent experiments in the Jaenisch (8-10% correct alleles
), Yang (8% correct alleles) and Hatada’s groups (2-6% correct alleles) [3]
, respectively. |
c********6
发帖数: 693 | 76 真的不真的不是那么清楚, 但是至少从他所举的例子来看, 第一个Jaenisch, 第二个他
自己, 这两个都不能够拿来作为验证了他文章的证据; 只有第三个Izuho Hatada, 一个
做表观调控的实验室, 也是唯一一个号称用Yang hui的方法能够达到2-6%的效率, 这就
很奇怪了, 他做表观的不可能基因编辑技术能够超过广大专门做小鼠基因编辑的实验室
, 他们又是怎么做到全世界公开谴责杨辉的那20个实验室做不到的事情的呢?
alleles
3]
【在 x*********7 的大作中提到】
: 以下是真的吗？
: 1. Our results on Mecp2 locus published by Yang et al have been
: reproduced by independent experiments in the Jaenisch (8-10% correct alleles
: ), Yang (8% correct alleles) and Hatada’s groups (2-6% correct alleles) [3]
: , respectively.
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m********e
发帖数: 1156 | 77 还是雪涛兄威武，领导中国医学科学院，南开大学。在人民大会堂给全体科研人员讲学
术道德。 |
c********6
发帖数: 693 | |
J********7
发帖数: 1 | 79 蒲慕明也不差呀, 之前还专门做过《科学诚信和创新性》的报告,结果带着自己所里的
PI投别人的文章. 而且自己不出面~
真是对国内的学术环境担忧,那些辛辛苦苦一步一个脚印做科研的估计以后都没有出路
了~速度怎么能够赶的上!!!
【在 m********e 的大作中提到】
: 还是雪涛兄威武，领导中国医学科学院，南开大学。在人民大会堂给全体科研人员讲学
: 术道德。
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c********6
发帖数: 693 | 80 杨辉不守规矩, 乱造数据, 给中国的学术界造成了无可估量的名誉上的损失. |
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s*******e
发帖数: 1389 | 81 过了一年
没有想到这么快就有人动手重复，并有非常坚实的数据说明这是一场闹剧
清者自清
【在 c********6 的大作中提到】
: 有人说对于杨辉的质疑是下三滥, 你怎么认为?
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s*******e
发帖数: 1389 | 82 出来走两步
【在 g********0 的大作中提到】
: you can you up, no can no bb.
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s*******e
发帖数: 1389 | 83 今天再看这个回应
请生物千老 YiCaiJHU 谈谈感想~~~
al
【在 Y******U 的大作中提到】
: 这是杨辉的回应，你看看：
: 这是之前几天回复质疑的信，抱歉，附件和原邮件不能给你，response还在审稿中。
: 对我每篇学术文章的质疑，欢迎发信给杂志社或者我来讨论，我只会回复学术的部分，
: 谢谢！
: 关于我在MIT的文章，Genome Biology 文章刚在线的时候，我已经和editor取得联系，
: 她欢迎我们写response回复，因为涉及到一些实验，最近刚刚和文章共同第一作者
: Haoyi Wang与通讯作者Rudolf Jaenisch准备好，文章正在投稿中。以下是回复，详见
: 附件：
: Gurumurthy et al. [1]recently reported that a method developed by Yang et al
: . to generate floxed allele (designated as “two donor method” by
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