j*********g
发帖数: 463 | 1 至少500million起？有效的reads不足10%吧。
如果测若干个样品，比如WT vs 两种KO／处理，加上重复，还是很贵吧。
有人说说么…… |
e*********6
发帖数: 3453 | |
j*********g
发帖数: 463 | 3 想看清楚TADs内的interaction呢，每个基因的promoter的contacts，就得1kb么？
billion级的reads数？感觉很夸张啊，没人优化一下减少测序通量
：看你要多高的分辨率了啊
【在 e*********6 的大作中提到】
: 看你要多高的分辨率了啊
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e*********6
发帖数: 3453 | 4 你可以考虑一些特殊的HiC衍生品，在测序之前，通过某些方法做了一步过滤，比如说
，只有某蛋白质binding的，才会被过滤留下了。
搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低，但是，好像实验难
度还挺高，尤其是用抗体进行过滤这一步。
TADs 其实有好多层的结构，看你需要看到那层了。
【在 j*********g 的大作中提到】
: 想看清楚TADs内的interaction呢，每个基因的promoter的contacts，就得1kb么？
: billion级的reads数？感觉很夸张啊，没人优化一下减少测序通量
:
: ：看你要多高的分辨率了啊
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j*********g
发帖数: 463 | 5 target /promoter Hi-C不错，实验难度不大，只是需要合成特殊的probe。
但是测序深度也不低，需要500million reads得到1kb的分辨率
请教TADs有多层结构，一般指哪些？
：你可以考虑一些特殊的HiC衍生品，在测序之前，通过某些方法做了一步过滤，比如说
：，只有某蛋白质binding的，才会被过滤留下了。
：搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低，但是，好像实验难
：度还挺高，尤其是用抗体进行过滤这一步。
：TADs 其实有好多层的结构，看你需要看到那层了。
【在 e*********6 的大作中提到】
: 你可以考虑一些特殊的HiC衍生品，在测序之前，通过某些方法做了一步过滤，比如说
: ，只有某蛋白质binding的，才会被过滤留下了。
: 搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低，但是，好像实验难
: 度还挺高，尤其是用抗体进行过滤这一步。
: TADs 其实有好多层的结构，看你需要看到那层了。
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R****n
发帖数: 708 | 6 我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临床
样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
vitro试验。
【在 e*********6 的大作中提到】
: 你可以考虑一些特殊的HiC衍生品，在测序之前，通过某些方法做了一步过滤，比如说
: ，只有某蛋白质binding的，才会被过滤留下了。
: 搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低，但是，好像实验难
: 度还挺高，尤其是用抗体进行过滤这一步。
: TADs 其实有好多层的结构，看你需要看到那层了。
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j*********g
发帖数: 463 | 7 用CRISPR/Cas9切掉interaction区域，看是否破坏TADs并且影响基因表达
：我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临
床样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
：vitro试验。
【在 R****n 的大作中提到】
: 我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临床
: 样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
: vitro试验。
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R****n
发帖数: 708 | 8 这个后期筛细胞时间太长了吧，有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
in-
【在 j*********g 的大作中提到】
: 用CRISPR/Cas9切掉interaction区域，看是否破坏TADs并且影响基因表达
:
: ：我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临
: 床样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
: ：vitro试验。
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e*********6
发帖数: 3453 | 9 tad放大里边还有小tad, 再放大还有更小的tad
：target /promoter Hi-C不错，实验难度不大，只是需要合成特殊的probe。
： |
e*********6
发帖数: 3453 | 10 两个位置相互靠近是个概率事件，和真正的功能相互作用有关，但是，也有很多噪音和
误差
：我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临
床样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
：vitro试验。 |
j*********g
发帖数: 463 | 11 proximal ligation assay (PLA)
分别用biotin-DNA FISH探针标记两个区域，用streptavidin的抗体检测，两个抗体只
有足够近才会发光。我记得我以前说过这种方法、版上还有人试了
就是结合原位DNA－ISH和PLA （proximity ligation assay）。两个特定区域的biotin
标记的DNA探针，如果结合的足够近（<40nm），用PLA标记的二抗可以检测到发光。
：这个后期筛细胞时间太长了吧，有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
【在 R****n 的大作中提到】
: 这个后期筛细胞时间太长了吧，有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
:
: in-
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j*********g
发帖数: 463 | 12 就是TAD套TAD？
有什么规律吗
【在 e*********6 的大作中提到】
: tad放大里边还有小tad, 再放大还有更小的tad
:
: ：target /promoter Hi-C不错，实验难度不大，只是需要合成特殊的probe。
: ：
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e*********6
发帖数: 3453 | 13 一个大tad里有5个中tad, 一个中tad里有5个小的，如果分辨率提高，里边可能还有更
小的。具体数字不一定是5，举例而已
：就是TAD套TAD？
：有什么规律吗 |
R****n
发帖数: 708 | 14 就是我做的，后来觉得这个试验的问题很多。可不可以用FRET做，最好是live imaging
.这样可以在时间轴上统计接触频率。
biotin
【在 j*********g 的大作中提到】
: proximal ligation assay (PLA)
: 分别用biotin-DNA FISH探针标记两个区域，用streptavidin的抗体检测，两个抗体只
: 有足够近才会发光。我记得我以前说过这种方法、版上还有人试了
: 就是结合原位DNA－ISH和PLA （proximity ligation assay）。两个特定区域的biotin
: 标记的DNA探针，如果结合的足够近（<40nm），用PLA标记的二抗可以检测到发光。
:
: ：这个后期筛细胞时间太长了吧，有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
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