n********e
发帖数: 72 | 1 简单地讲，我有一实验涉及到一组对照(ctrl)，一组处理(treatment)。每
组设置三个生物学重复(biological replicates)。每个生物学重复在样品制
备完成后，进行三次实验(technical replicates)，获取三个数据点。
有以下两种分析方法:
1)
取每个生物学重复的三次技术重复的平均值，记为一个数据点，这样就有
三个对照组数据，三个处理组数据。对这两组数据进行两个样本的两尾t检
验(two tail student's t-test)，得:
Ctrl 三个数据平均值(Mean) 30.4, 标准差(Sd) 5.1,
Treatment 三个数据平均值 22.9, 标准差 3.3
t 值 2.1 查表在 95% 水平上差异不显著 (p>0.05).
2)
保留每个技术重复的数据点，这样每个组就有九个数据点（3生物重复 X 3
技术重复），然后再对这两组数据做统计分析：
Ctrl 三个数据平均值(Mean) 30.4, 标准差(Sd) 4.5,
Treatment 三个数据平均值 22.9, 标准差 2.8
t 值 4.2 查表在 95% 水平上差异显著 (p<0.05).
因此两个方法得出截然不同的结论。晚辈愚钝，望大牛赐教这两个方法取
哪种？或者都不合适，该以何种方式分析这两组数据的差异？谢谢！ |
l********e
发帖数: 415 | 2 首先，第一种用的是biological replicate, 比较好。
其次，结果不一样的原因是两种算法的n值不一样，第一种是3，第二种是9. 因为实际
上只有3个biological replicate, 所以第二种算法其实是错的。
最后，任何biological replicate小于5的实验，基本上都是耍流氓。
【在 n********e 的大作中提到】
: 简单地讲，我有一实验涉及到一组对照(ctrl)，一组处理(treatment)。每
: 组设置三个生物学重复(biological replicates)。每个生物学重复在样品制
: 备完成后，进行三次实验(technical replicates)，获取三个数据点。
: 有以下两种分析方法:
: 1)
: 取每个生物学重复的三次技术重复的平均值，记为一个数据点，这样就有
: 三个对照组数据，三个处理组数据。对这两组数据进行两个样本的两尾t检
: 验(two tail student's t-test)，得:
: Ctrl 三个数据平均值(Mean) 30.4, 标准差(Sd) 5.1,
: Treatment 三个数据平均值 22.9, 标准差 3.3
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n********e
发帖数: 72 | 3
多谢回复，我之前也是倾向于第一种。
【在 l********e 的大作中提到】
: 首先，第一种用的是biological replicate, 比较好。
: 其次，结果不一样的原因是两种算法的n值不一样，第一种是3，第二种是9. 因为实际
: 上只有3个biological replicate, 所以第二种算法其实是错的。
: 最后，任何biological replicate小于5的实验，基本上都是耍流氓。
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c******o
发帖数: 1184 | 4 据路边社报道万恶的NIH现在要求性别平等，推荐公母各〉7只 |
l***y
发帖数: 4671 | 5 做假设检验的第一步就是：你的假设是什么？
两种replicates （统计上的术语是 replicates 和 repeats）的假设是不同的，不能
放在一起做 t-test。正确的做法是用 anova，两个null hyp，一个是不同条件下没有
区别（服从同样分布），另一个是实验手段稳健（也就是技术重复服从同样分布）。
【在 n********e 的大作中提到】
: 简单地讲，我有一实验涉及到一组对照(ctrl)，一组处理(treatment)。每
: 组设置三个生物学重复(biological replicates)。每个生物学重复在样品制
: 备完成后，进行三次实验(technical replicates)，获取三个数据点。
: 有以下两种分析方法:
: 1)
: 取每个生物学重复的三次技术重复的平均值，记为一个数据点，这样就有
: 三个对照组数据，三个处理组数据。对这两组数据进行两个样本的两尾t检
: 验(two tail student's t-test)，得:
: Ctrl 三个数据平均值(Mean) 30.4, 标准差(Sd) 5.1,
: Treatment 三个数据平均值 22.9, 标准差 3.3
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x********e
发帖数: 35261 | 6 当然第一种，第二种不make sense
【在 n********e 的大作中提到】
: 简单地讲，我有一实验涉及到一组对照(ctrl)，一组处理(treatment)。每
: 组设置三个生物学重复(biological replicates)。每个生物学重复在样品制
: 备完成后，进行三次实验(technical replicates)，获取三个数据点。
: 有以下两种分析方法:
: 1)
: 取每个生物学重复的三次技术重复的平均值，记为一个数据点，这样就有
: 三个对照组数据，三个处理组数据。对这两组数据进行两个样本的两尾t检
: 验(two tail student's t-test)，得:
: Ctrl 三个数据平均值(Mean) 30.4, 标准差(Sd) 5.1,
: Treatment 三个数据平均值 22.9, 标准差 3.3
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h********n
发帖数: 4079 | 7 technical replicates is not important in your case. 就好比说你的三个
biological replicates里面的每个样品里测某个蛋白的量, 不需要跑三次western. |
D*a
发帖数: 6830 | 8 还是要看做什么，那如果是rt pcr就需要了
楼主说清楚到底是sample还是老鼠，蛋白还是mRNA还是血糖又剧透不了，为啥非要弄这
些大词。
【在 h********n 的大作中提到】
: technical replicates is not important in your case. 就好比说你的三个
: biological replicates里面的每个样品里测某个蛋白的量, 不需要跑三次western.
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n********e
发帖数: 72 | 9 多谢楼上各位的回复。这就是一个简单的生理学实验，样本是模式生物的液氮研磨液，
与简单化合物发生化学反应后检测产物的含量。我觉得这个更多是一个普遍的统计分析
的问题，所以就描述得比较抽象。 |
F******p
发帖数: 2099 | 10 当然是一。 3x3 不是一次并行做的，不能等同对待，各自含有不同的系统误差。 |
