a***y
发帖数: 19743 | 1 别人的实验数据帮分析。
有三个replicate的control，用来作为基数算实验组fold change的
有些时间point，replicate之间Ct差异较大。如果efficiency是1，1 Ct是大约2倍，那
么有些时间段内
9个(3 x 3)Ct值的range差异可以有常常大于2-3，有个时间段range有4-5。
这个control还能用么？这个实验数据还能发表么？
相比之下各个实验组内的数据Ct差异都很小。
我感觉这个control差异这么大，作为基数很problematic，而且差异这么大的Ct值做算
术平均数距离真实值差异也太大了，必须换一个算法。（以前版上有人求excel表格，
还有没有啊？）
谢谢了！发包子感谢回答的。 |
a***y
发帖数: 19743 | 2 up一下
【在 a***y 的大作中提到】
: 别人的实验数据帮分析。
: 有三个replicate的control，用来作为基数算实验组fold change的
: 有些时间point，replicate之间Ct差异较大。如果efficiency是1，1 Ct是大约2倍，那
: 么有些时间段内
: 9个(3 x 3)Ct值的range差异可以有常常大于2-3，有个时间段range有4-5。
: 这个control还能用么？这个实验数据还能发表么？
: 相比之下各个实验组内的数据Ct差异都很小。
: 我感觉这个control差异这么大，作为基数很problematic，而且差异这么大的Ct值做算
: 术平均数距离真实值差异也太大了，必须换一个算法。（以前版上有人求excel表格，
: 还有没有啊？）
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A*******e
发帖数: 284 | 3 如果是我 这个数据就直接扔掉，control的ct差异这么大，那整个东西我都不信了。
我也遇到过这样的，都是core facility的那帮人加样太马虎，所以重复不好，我直接
丢了。 |
a***y
发帖数: 19743 | 4 谢谢。给你发包子了。
补充说明一下
这个是三个biological replicate
然后跑qPCR的时候有每个biological replicate有三个tech rep
qPCR tech rep之间差异很小，所以不是loading的问题
biological rep之间Ct差异很大。作为control，我觉得有这么大的差异，使得数据分
析和结果分析几乎不可能……除非接受平均值是可信的。
还有谁能给点意见？
谢谢！
【在 A*******e 的大作中提到】
: 如果是我 这个数据就直接扔掉，control的ct差异这么大，那整个东西我都不信了。
: 我也遇到过这样的，都是core facility的那帮人加样太马虎，所以重复不好，我直接
: 丢了。
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b*******n
发帖数: 8420 | 5 据说这很常见。
【在 a***y 的大作中提到】
: 谢谢。给你发包子了。
: 补充说明一下
: 这个是三个biological replicate
: 然后跑qPCR的时候有每个biological replicate有三个tech rep
: qPCR tech rep之间差异很小，所以不是loading的问题
: biological rep之间Ct差异很大。作为control，我觉得有这么大的差异，使得数据分
: 析和结果分析几乎不可能……除非接受平均值是可信的。
: 还有谁能给点意见？
: 谢谢！
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a***y
发帖数: 19743 | 6 treatment group没有这个问题
control有
不正常啊。
【在 b*******n 的大作中提到】
: 据说这很常见。
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