q******g
发帖数: 3858 | 1 比如我做了一个实验，重复了三次（biological replicates)，每次都有三个well (
technique repleicates). 得到数据
1：4，5，6
2：3， 5，7
3：5， 5，5
最后的结果，我是每次实验取平均值，还是把9个数据放在一起去平均值呢？
a, 如果每次取平均值，最后结果就是5，但误差是0，
b, 9个数据放在一起，平均值也是5， 但误差是0.373。
我觉得应该按照a来算结果，但误差的算法似乎不对，应该把每次实验的误差算到最后
的结果里才对。
而b的算法，似乎是9次的结果，把误差又算小了。
很困惑阿， 谁能给我讲讲？ | D*a
发帖数: 6830 | 2 有的实验biological replicates可以混一起平均，有的实验不可以，你这么弄，谁知
道是哪一类 | G******n
发帖数: 289 | 3 estimate = {4, 5, 6, 3, 5, 7, 5, 5, 5}
bio = {1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3}
if ignore technical replicates
assume:
hat_estimate = beta0 + beta1 * bio + error
beta1 for bio estimate will be almost 0 and
beta0 will be 5, with std error as 0.7454 | q******g
发帖数: 3858 | 4 比如mtt assay, BrdU assay, annexin V staining.
【在 D*a 的大作中提到】
: 有的实验biological replicates可以混一起平均，有的实验不可以，你这么弄，谁知
: 道是哪一类
| q******g
发帖数: 3858 | 5 你用什么算的beta0， beta1？有什么书推荐给我看看吗？谢谢了。
【在 G******n 的大作中提到】
: estimate = {4, 5, 6, 3, 5, 7, 5, 5, 5}
: bio = {1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3}
: if ignore technical replicates
: assume:
: hat_estimate = beta0 + beta1 * bio + error
: beta1 for bio estimate will be almost 0 and
: beta0 will be 5, with std error as 0.7454
| n**********0
发帖数: 66 | 6 用Linear regression 有很多Assumption的，这么用violate了很多。首先同一组的
error不一定是independent，第二你的sample size太小了。LZ只是想问下到底怎么取
平均值吧。
【在 G******n 的大作中提到】
: estimate = {4, 5, 6, 3, 5, 7, 5, 5, 5}
: bio = {1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3}
: if ignore technical replicates
: assume:
: hat_estimate = beta0 + beta1 * bio + error
: beta1 for bio estimate will be almost 0 and
: beta0 will be 5, with std error as 0.7454
| q******g
发帖数: 3858 | 7 是啊，你有什么建议吗？
【在 n**********0 的大作中提到】
: 用Linear regression 有很多Assumption的，这么用violate了很多。首先同一组的
: error不一定是independent，第二你的sample size太小了。LZ只是想问下到底怎么取
: 平均值吧。
| h*********9
发帖数: 35 | 8 统计问题去统计版问哈，这边的建议都够呛。
你这个问题，把 technical replicates 做平均，当作一个数好了。再用
biological replicates 算 mean and standard deviation.
【在 q******g 的大作中提到】
: 是啊，你有什么建议吗？
| v**********m
发帖数: 5516 | 9 基本同意。不同层次的重复性不能混淆。
仪器，实验系统，实验对象的重复性不同。他们之间是有区别的。
【在 h*********9 的大作中提到】
: 统计问题去统计版问哈，这边的建议都够呛。
: 你这个问题，把 technical replicates 做平均，当作一个数好了。再用
: biological replicates 算 mean and standard deviation.
| q******g
发帖数: 3858 | 10 我这个问题好像没有那么复杂。
我现在是按你说的这种方法来计算。但感觉每次实验中的误差不能反映到最后的结果里。
【在 h*********9 的大作中提到】
: 统计问题去统计版问哈，这边的建议都够呛。
: 你这个问题，把 technical replicates 做平均，当作一个数好了。再用
: biological replicates 算 mean and standard deviation.
| | | t*******o
发帖数: 424 | 11 用linear mixed effect model
【在 q******g 的大作中提到】
: 比如我做了一个实验，重复了三次（biological replicates)，每次都有三个well (
: technique repleicates). 得到数据
: 1：4，5，6
: 2：3， 5，7
: 3：5， 5，5
: 最后的结果，我是每次实验取平均值，还是把9个数据放在一起去平均值呢？
: a, 如果每次取平均值，最后结果就是5，但误差是0，
: b, 9个数据放在一起，平均值也是5， 但误差是0.373。
: 我觉得应该按照a来算结果，但误差的算法似乎不对，应该把每次实验的误差算到最后
: 的结果里才对。
| G******n
发帖数: 289 | 12 有很多啊……随便一本就够入门级别的了……深入点的可以看看那本elements of
statistical learning
【在 q******g 的大作中提到】
: 你用什么算的beta0， beta1？有什么书推荐给我看看吗？谢谢了。
| G******n
发帖数: 289 | 13 linear model在处理dummy的时候可以认为是在估算平均值。
楼主这个问最好用linear model解决。
我这只是简单的，可以用来估算。
如果楼主要做严格的modeling，需要用mixed model，考虑technical variance，加上
unknown random variable，会好一些。
iid是另外一回事，看lz做的是什么实验，有的时候assume iid可以是conservative
【在 n**********0 的大作中提到】
: 用Linear regression 有很多Assumption的，这么用violate了很多。首先同一组的
: error不一定是independent，第二你的sample size太小了。LZ只是想问下到底怎么取
: 平均值吧。
| G******n
发帖数: 289 | 14 同意！mixed model不错~~~
但是lz可能只是想“简单”看看……
【在 t*******o 的大作中提到】
: 用linear mixed effect model
| h*********9
发帖数: 35 | 15 就这么几个数，mixed model 能收敛不？
很多学校统计系都有免费咨询的。
【在 G******n 的大作中提到】
: 同意！mixed model不错~~~
: 但是lz可能只是想“简单”看看……
| q******g
发帖数: 3858 | |
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