S**********e
发帖数: 1789 | 1 最近用了400多个乳腺癌病人组织，根据他们复发的时间（跟踪8年左右）筛到几个
miRNA, 已经在其它肿瘤里有报道了，跟proliferation, migration等等有关。这几天
用MDA-MB-231细胞做验证，miRNA买自Ambion, 用lipofectamin RNAiMAX转的，结果什
么表型也没看到。很是奇怪，别人的表型这么强，为什么我在乳腺癌里什么也没看到呢
？ 难道有什么细节漏掉了？ 请有经验的同学指导一下。
有篇文章用pcDNA3.1转miRNA，这个对吗？这不是表达蛋白的载体吗？ 也能表达miRNA? |
j****x
发帖数: 1704 | 2 有转染效率的control吗？效率不够的话看不到表型很正常，miRNA转染虽说并不tricky
，但有时候也会不稳定。
用质粒表达miRNA不稀奇。你直接转染的其实是miRNA mimics,拿载体表达的是miRNA
precursor. |
S**********e
发帖数: 1789 | 3 转染效率的确是个问题。这个细胞对质粒转染效率是没问题的，但miRNA的确不知道。
看样子要搞一个对照看看了。
载体表达miRNA没问题，这个我知道，我也买了一个表达miRNA的质粒，但pcDNA表达
miRNA不知道是否正确。 表达蛋白的载体也可以表达miRNA?
tricky
【在 j****x 的大作中提到】
: 有转染效率的control吗？效率不够的话看不到表型很正常，miRNA转染虽说并不tricky
: ，但有时候也会不稳定。
: 用质粒表达miRNA不稀奇。你直接转染的其实是miRNA mimics,拿载体表达的是miRNA
: precursor.
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j****x
发帖数: 1704 | 4
mRNA和pri-miRNA都可以由POL II转录，这和是否翻译成蛋白没有关系啊。所谓蛋白表
达载体，pcDNA3.1本质上是一个mRNA表达载体，你拿来表达一个lncRNA或者假基因也没
任何问题。
【在 S**********e 的大作中提到】
: 转染效率的确是个问题。这个细胞对质粒转染效率是没问题的，但miRNA的确不知道。
: 看样子要搞一个对照看看了。
: 载体表达miRNA没问题，这个我知道，我也买了一个表达miRNA的质粒，但pcDNA表达
: miRNA不知道是否正确。 表达蛋白的载体也可以表达miRNA?
:
: tricky
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S**********e
发帖数: 1789 | 5 谢谢解答！
【在 j****x 的大作中提到】
:
: mRNA和pri-miRNA都可以由POL II转录，这和是否翻译成蛋白没有关系啊。所谓蛋白表
: 达载体，pcDNA3.1本质上是一个mRNA表达载体，你拿来表达一个lncRNA或者假基因也没
: 任何问题。
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N******n
发帖数: 3003 | 6
miRNA?
你这个怎么筛选的？ 你可以根据mRNA和miRNA的表达水平看看他们的表达和target情
况，有很多数据库TCGA可以做，如果效果好，再做下面的。
【在 S**********e 的大作中提到】
: 最近用了400多个乳腺癌病人组织，根据他们复发的时间（跟踪8年左右）筛到几个
: miRNA, 已经在其它肿瘤里有报道了，跟proliferation, migration等等有关。这几天
: 用MDA-MB-231细胞做验证，miRNA买自Ambion, 用lipofectamin RNAiMAX转的，结果什
: 么表型也没看到。很是奇怪，别人的表型这么强，为什么我在乳腺癌里什么也没看到呢
: ？ 难道有什么细节漏掉了？ 请有经验的同学指导一下。
: 有篇文章用pcDNA3.1转miRNA，这个对吗？这不是表达蛋白的载体吗？ 也能表达miRNA?
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H*****e
发帖数: 120 | 7 I also use viral vector too. But you need to use the pre-miRNA sequence not
miRNA. Pre-miRNA will be processed to produce miRNA. But not a lot.
Sometime it is good enough. Some time, it is not. |
S**********e
发帖数: 1789 | 8 我用的Ambion的 mirVana™ miRNA Mimics, 这个可以吧？
另外我也买了一个现成的带有miRNA载体，花了我500大刀，加上vector快1000刀了，也
没看到什么明显变化。 当然除了生长和移动，我还没做其它实验。
not
【在 H*****e 的大作中提到】
: I also use viral vector too. But you need to use the pre-miRNA sequence not
: miRNA. Pre-miRNA will be processed to produce miRNA. But not a lot.
: Sometime it is good enough. Some time, it is not.
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S**********e
发帖数: 1789 | 9 我有400多病人组织，然后做了Nanostring miRNA array (800个miRNA)。然后根据8年
follow up的数据（复发和死亡），用统计学方法cox regression, 找到一些跟复发相
关的miRNA.现在要在细胞系验证了。我没有用周边正常组织，只看肿瘤组织中哪些
miRNA跟复发时间有关。所以这个方法跟肿瘤比较正常组织不太一样。
因为我用triple negative, TCGA数据太少了，power不够。
【在 N******n 的大作中提到】
:
: miRNA?
: 你这个怎么筛选的？ 你可以根据mRNA和miRNA的表达水平看看他们的表达和target情
: 况，有很多数据库TCGA可以做，如果效果好，再做下面的。
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N******n
发帖数: 3003 | 10 还要你也可以看看他们的targets的变化情况，如果一致，可能性就会高很多。我做了
一些miRNA target预测,和他们关系的研究，如果你感兴趣，我们可以继续。
【在 S**********e 的大作中提到】
: 我有400多病人组织，然后做了Nanostring miRNA array (800个miRNA)。然后根据8年
: follow up的数据（复发和死亡），用统计学方法cox regression, 找到一些跟复发相
: 关的miRNA.现在要在细胞系验证了。我没有用周边正常组织，只看肿瘤组织中哪些
: miRNA跟复发时间有关。所以这个方法跟肿瘤比较正常组织不太一样。
: 因为我用triple negative, TCGA数据太少了，power不够。
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l***s
发帖数: 841 | 11 miRNA biomarkers for breast cancer prognosis - 这个题目已经有太多文章了，包
括triple negative。 你的研究和那些发表的有何区别？N年前，我们开始做miRNA
biomarkers的时候，就已经决定绕开breast cancer，就是因为novelty的问题。
【在 S**********e 的大作中提到】
: 我有400多病人组织，然后做了Nanostring miRNA array (800个miRNA)。然后根据8年
: follow up的数据（复发和死亡），用统计学方法cox regression, 找到一些跟复发相
: 关的miRNA.现在要在细胞系验证了。我没有用周边正常组织，只看肿瘤组织中哪些
: miRNA跟复发时间有关。所以这个方法跟肿瘤比较正常组织不太一样。
: 因为我用triple negative, TCGA数据太少了，power不够。
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S**********e
发帖数: 1789 | 12 首先，做啥不是我能决定的，的确已经有breast cancer发表了。我只能说在triple
negative里，我们的样本数量最大，这算一个优势。你知道，这种筛选，重复性很差的
，样本越大越好了。另外一个，我们跟别人不同的是，我们只看肿瘤本身。大部分文章
都是比较肿瘤和周边组织，或者母细胞系和转移细胞。这样做的确可以找到跟转移相关
的基因，但大部分不能用于预测，原因很简单，这些抑制肿瘤转移的基因在大部分病人
中已经很低甚至缺失了，尽然缺失了，大家都一样，也就不能预测复发了。这个我也发
现是事实，nature发表过的很多跟转移相关的基因，在我们的病人里90%以上缺失了，
他们的确跟转移有关，但无法区分病人。我们找到的几个miRNA在大部分病人里还有表
达，但病人之间有差异，这样才能结合临床数据，用统计模型看这些是不是可以预测复
发。
老板分给我这个，我只能尽力了。至于是不是最后去了plos one, 不是我能改变的。
【在 l***s 的大作中提到】
: miRNA biomarkers for breast cancer prognosis - 这个题目已经有太多文章了，包
: 括triple negative。 你的研究和那些发表的有何区别？N年前，我们开始做miRNA
: biomarkers的时候，就已经决定绕开breast cancer，就是因为novelty的问题。
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l***s
发帖数: 841 | 13 做prognosis，大家都是只做tumor啊。。 样本量大，固然是个优势。主要的问题是怎
样address别人已发表的文章。若结果一致，审稿人会说你没新意；若不一致，会让你
解释问什么不一致，别人为什么不对。反正都是死。。。 我们五年前就碰到这个问题
。结果能发8分的miRNA Biomarker文章，最后勉强塞到一个4分的杂志发了。 对此要尤
其小心。400例病人是一个大项目，希望不要出问题。
【在 S**********e 的大作中提到】
: 首先，做啥不是我能决定的，的确已经有breast cancer发表了。我只能说在triple
: negative里，我们的样本数量最大，这算一个优势。你知道，这种筛选，重复性很差的
: ，样本越大越好了。另外一个，我们跟别人不同的是，我们只看肿瘤本身。大部分文章
: 都是比较肿瘤和周边组织，或者母细胞系和转移细胞。这样做的确可以找到跟转移相关
: 的基因，但大部分不能用于预测，原因很简单，这些抑制肿瘤转移的基因在大部分病人
: 中已经很低甚至缺失了，尽然缺失了，大家都一样，也就不能预测复发了。这个我也发
: 现是事实，nature发表过的很多跟转移相关的基因，在我们的病人里90%以上缺失了，
: 他们的确跟转移有关，但无法区分病人。我们找到的几个miRNA在大部分病人里还有表
: 达，但病人之间有差异，这样才能结合临床数据，用统计模型看这些是不是可以预测复
: 发。
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S**********e
发帖数: 1789 | 14 咱们生物就是有这个问题。所以没人愿意重复，都是引来引去，把一些根本不对的东西
或者根本无法重复的东西作为自己的依据。我早就有这个想法，这文章怎么也会落在那
几个做breast cancer miRNA人手里，非让别人捏死不可。无所谓了，反正我就是通过
这个学统计分析，方法还是学了很多的， 不行就去读个生统硕士，彻底跟实验，发
paper说拜拜，不是人干的活。
【在 l***s 的大作中提到】
: 做prognosis，大家都是只做tumor啊。。 样本量大，固然是个优势。主要的问题是怎
: 样address别人已发表的文章。若结果一致，审稿人会说你没新意；若不一致，会让你
: 解释问什么不一致，别人为什么不对。反正都是死。。。 我们五年前就碰到这个问题
: 。结果能发8分的miRNA Biomarker文章，最后勉强塞到一个4分的杂志发了。 对此要尤
: 其小心。400例病人是一个大项目，希望不要出问题。
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