E******T
发帖数: 59 | 1 microRNA target的预测方法的生物信息学研究
microRNA target的预测工作已经有块10年的历史了，最早的MIT Broad研究所的
TargetScan方法在2005年发表问世，他主要是根据target靶点和生物上的保守性来预测
。 其详细的机制下面来讲。 到后来的Upenn的DIANA-microT,主要是根据计算microRNA
和他的target mRNA的结合能来预测。期间还有其他的，比如PicTar, miRanda, PITA,
等等，大概的方法都大差不差。
大家知道microRNA首先是在一些蛋白的帮助下，比如Dicer,Ago2等，找到相对应的mRNA
target。 microRNA序列很小，大概有20bp作用，但是他们能形成一个特定的二级机构
。其中一个很重要的位置就是target 种子序列（seeds），他是大概10bp左右的序列，
专门用来结合mRNA。而且mRNA上面也有和seeds种子序列想对的序列。 对 每一种
microRNA来说，都有他们特异的seeds序列。当microRNA遇到mRNA的时候，有很多因素
可以影响他们相互结合... 阅读全帖 |
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l******n
发帖数: 105 | 2 对，之前大家都被1993年microRNA lin-4主要抑制lin-14 RNA的翻译、而对lin-14 RNA
降解影响很小的情况误导了。
后来用cDNA microarray发现microRNA减少target RNA量的幅度非常小，就还是以为
microRNA主要是直接抑制target RNA的翻译，促进target RNA的降解是次要的。
实际上现在Bartel证明microRNA整个减少target蛋白的作用幅度就非常小（已经发表的
绝大部分direct target蛋白减少非常显著的文章，其实都是特例，因为target蛋白减
少幅度很小的情况很难发表文章），而且其中至少84％甚至90％都是促进target RNA的
降解产生的，直接抑制target RNA的翻译只占16％，甚至只占10%。
过去做microRNA抑制翻译的生化机理的实验几乎全是用串联3个，甚至7个microRNA
target的artificial 3'UTR来做，很可能根本不反映生理情况下的作用机制。
这对用RNA-Seq寻找microRNA direct target是一个福音啊。 |
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d*******i
发帖数: 1423 | 3 标 题: 反对中医药的和支持转基因的悲剧了：植物microRNA可以通过食物摄取方式进
入人体,通过调控人体内靶基因表达方式影响生理功能
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Sep 20 02:04:36 2011, 美东)
南京大学生命科学学院，江苏MicRNA生物学与生物技术工程研究中心等处的研究人员发
现植物的微小核糖核酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组织
器官。并且，一旦进入体内，它们将通过调控人体内靶基因表达的方式影响人体的生理
功能，进而发挥生物学作用。这一研究成果公布在Cell research杂志上。
生物通报道：来自南京大学生命科学学院，江苏MicRNA生物学与生物技术工程研究中心
等处的研究人员发现植物的微小核糖核酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进
入人体血液和组织器官。并且，一旦进入体内，它们将通过调控人体内靶基因表达的方
式影响人体的生理功能，进而发挥生物学作用。这一研究成果公布在Cell research杂
志上。
领导这一研究的是南京大学生命科学学院张辰宇教授，其研究组主要从事人体及细胞能
量代谢的分子作用... 阅读全帖 |
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c********r
发帖数: 1125 | 4 上次跟oliver hobert聊天，（做线虫的，发现了线虫里面几个比较重要的microrna 调
控神经元的不对称发育）。
他自己认为，软件算法预测microrna基本是扯淡的，难度太大，太不准确。
在线虫里面最早的microrna发现是靠正向遗传筛选发现的，在高等动物／细胞里实现有
点困难。。。
至于从某个基因出发找可能调控的microrna。
（1）生物信息预测：当然可能都是错的，需要实验验证。
（2）有商业化的micro-array，你可以ko/kd你那个基因然然后比较跟野生型哪些
microrna上调下调了。。。虽然我觉得也很不靠谱，但是有一些大文章就是这么干的。 |
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f******g
发帖数: 1003 | 5 大家好，我最近对microRNA很感兴趣，想向大家讨教写问题。
1.能否在单细胞水平做microRNA的表达谱分析。
2.能否做microRNA敲出或者trnasgenic老鼠。
3.如果想在血液系统里面抑制某一个microRNA，能够通过静脉注射microRNA反义链的方
法达到抑制作用?
xiexie |
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T*****e
发帖数: 247 | 6 hi~
我对这一块也很感兴趣，前些时候读了一些文章。
1.能否在单细胞水平做microRNA的表达谱分析。
这个如果你能拿到单个细胞，做RNA-seq应该是可以实现的吧，这个我不大熟
2.能否做microRNA敲出或者trnasgenic老鼠。
这个文章多了去了，比如这篇Cardiomyocyte overexpression of miR-27b induces
cardiac hypertrophy and dysfunction in mice
3.如果想在血液系统里面抑制某一个microRNA，能够通过静脉注射microRNA反义链的方
法达到抑制作用?
这个是可以的，用antagomir，参见05年的这篇nature，Silencing of microRNAs in
vivo with ‘antagomirs’据说可以持续23天，好像还可以用LNA去抑制。
以上 |
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b*******0
发帖数: 125 | 7 There has been a lot of controversy in recent years over the issue of
whether exogenous microRNA molecules can be absorbed from food and even have
a physiological effect. A new study using mouse models settles the question
by demonstrating that the posited dietary uptake does not take place. This
questions the potentially promising concept of creating functional foods
based on microRNAs.
The scientific world was astonished when, in 2011, Chinese researchers
claimed to have found evidence suggest... 阅读全帖 |
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T*****n
发帖数: 274 | 8 本人是microRNA的门外汉，以下想法纯属非常immature。
我的gene of interest在RNA水平受到调控，如果可以排除transcription
的因素（by promoter activity, polII recruitment, ect..)，
是否可以猜测有microRNA在起作用？可以的话，是否有in silico的方法
去推测哪种microRNA可能involved，还是只能用candidate approach
的实验方法一一检验？简言之，是否可以由target gene去寻找对应的microRNA?
欢迎讨论，谢谢指教！ |
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d*******i
发帖数: 1423 | 9 南京大学生命科学学院，江苏MicRNA生物学与生物技术工程研究中心等处的研究人员发
现植物的微小核糖核酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组织
器官。并且，一旦进入体内，它们将通过调控人体内靶基因表达的方式影响人体的生理
功能，进而发挥生物学作用。这一研究成果公布在Cell research杂志上。
生物通报道：来自南京大学生命科学学院，江苏MicRNA生物学与生物技术工程研究中心
等处的研究人员发现植物的微小核糖核酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进
入人体血液和组织器官。并且，一旦进入体内，它们将通过调控人体内靶基因表达的方
式影响人体的生理功能，进而发挥生物学作用。这一研究成果公布在Cell research杂
志上。
领导这一研究的是南京大学生命科学学院张辰宇教授，其研究组主要从事人体及细胞能
量代谢的分子作用机理及其相关疾病的发病机理研究，在国际顶级学术期刊在Cell,
Nature, Science及其系列杂志发表多篇文章，具体参见专访南京大学生科院院长张辰
宇：勿以善小而不为。
据EurekAlert报道，微小核糖核酸（microR... 阅读全帖 |
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d*******i
发帖数: 1423 | 10 南京大学生命科学学院，江苏MicRNA生物学与生物技术工程研究中心等处的研究人员发
现植物的微小核糖核酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组织
器官。并且，一旦进入体内，它们将通过调控人体内靶基因表达的方式影响人体的生理
功能，进而发挥生物学作用。这一研究成果公布在Cell research杂志上。
生物通报道：来自南京大学生命科学学院，江苏MicRNA生物学与生物技术工程研究中心
等处的研究人员发现植物的微小核糖核酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进
入人体血液和组织器官。并且，一旦进入体内，它们将通过调控人体内靶基因表达的方
式影响人体的生理功能，进而发挥生物学作用。这一研究成果公布在Cell research杂
志上。
领导这一研究的是南京大学生命科学学院张辰宇教授，其研究组主要从事人体及细胞能
量代谢的分子作用机理及其相关疾病的发病机理研究，在国际顶级学术期刊在Cell,
Nature, Science及其系列杂志发表多篇文章，具体参见专访南京大学生科院院长张辰
宇：勿以善小而不为。
据EurekAlert报道，微小核糖核酸（microR... 阅读全帖 |
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w****l
发帖数: 229 | 11 做了几组microRNA profiling,现在我想看一下，哪几个cluster的microRNA在我的
sample里detect到了。如果不是一个一个去查，有没有可能，我输入一组microRNA, 可
以有软件或者网站告诉我，他们属于哪些 microRNA cluster.谢谢 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 13 正打算在这个方面做个课题。有一下几个疑问
1. microRNA是怎么检测出来的？特定的序列吗？还是其他什么方法。
2. microRNA很短，对哺乳动物的基因组来说，可能有很多个位置能转录出来这种
microRNA
3. 有些数据库提供了一些microRNA对基因的影响，这种相互作用是如何检测出来的？ |
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w**********g
发帖数: 1985 | 14 南京大学miRNA理论颠覆转基因安全神话,引世界轰动!
核心提示：南京大学张辰宇教授课题组一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核
酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组织器官。并且,一旦进
入体内,它们将通过调控人体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能,进而发挥生物学
作用.南京大学的miRNA理论发表以后引起世界极大关注，美国老牌权威杂志《大西洋月
刊》不得不发出惊呼：转基因食品确实具有非常真实的危险，会给人类的健康带来麻烦！
这回真的是“麻烦大了”，因为转基因的生物被人类做了手脚后，牵一发会动全身，那
么复杂的一个巨大系统，往里面插几个基因，算是“已知”的改动，会不会因此多了或
者少了几个microRNA？在新知的微小核糖核酸面前，转基因食品的安全性是不可能有保
证的，因为干转基因、测转基因的那一套“严格的”规定，根本就没有考虑微小核糖核
酸。而肆意生产销售的转基因食品饲料对动物的杀伤力，已经被一再地证明了。那个只
能骗骗傻子和官员的“小鼠7天灌胃”实验，无疑已经永远钉在中国科技史的耻辱柱上
了！
转基因毒蛋白进入人体血液的机理，终于被揭开了!
附文一... 阅读全帖 |
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n**********1
发帖数: 251 | 15 最近在做microRNA相关的一些东西，目前已经检测了有一些基因的表达变化和一些
microRNA有相关性，下面的问题就是如果证明这个microRNA是结合在这个基因的mRNA上
面，直接抑制这个基因的表达，也就是如何证明两者的直接作用的关系，多谢。 |
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b*******e
发帖数: 4 | 16 打算定个试剂盒提去植物的microRNA，但定的时候没仔细看，等货到了发现说明上只是
说用于提取动物或人细胞或组织的microRNA，没说能不能用于植物的。
请版上各位高人帮俺看看这个试剂盒能用于植物么？要是不行也不知道能不能退啊，又
要被老板骂了。。。。哭。。。。
miRNeasy Mini Kit
For purification of microRNA and total RNA from tissues and cells
Effective purification of miRNA and total RNA
Efficient enrichment of miRNA and RNAs <200 nucleotides
Cat. no. 217004
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T*****n
发帖数: 274 | 17 可否展开说说？
其实这个问题有两层意思：
其一，是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调控；
其二才是操作的层面，如何去找相应的microRNA。是否就是用target gene
mRNA去blast microRNA database? 就算会找到很多miRNA，只要能缩小
candidate pool, 也算是有效的strategy。 |
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x*******e
发帖数: 111 | 18 Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of
cross-kingdom regulation by microRNA
Lin Zhang1,*, Dongxia Hou1,*, Xi Chen1,*, Donghai Li1,*, Lingyun Zhu1,2,
Yujing Zhang1, Jing Li1, Zhen Bian1, Xiangying Liang1, Xing Cai1, Yuan Yin1,
Cheng Wang1, Tianfu Zhang1, Dihan Zhu1, Dianmu Zhang1, Jie Xu1, Qun Chen1,
Yi Ba3, Jing Liu1, Qiang Wang1, Jianqun Chen1, Jin Wang1, Meng Wang1, Qipeng
Zhang1, Junfeng Zhang1, Ke Zen1 and Chen-Yu Zhang1
1Jiangsu Engineering Research Cent... 阅读全帖 |
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x*******e
发帖数: 111 | 19 Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of
cross-kingdom regulation by microRNA
Lin Zhang1,*, Dongxia Hou1,*, Xi Chen1,*, Donghai Li1,*, Lingyun Zhu1,2,
Yujing Zhang1, Jing Li1, Zhen Bian1, Xiangying Liang1, Xing Cai1, Yuan Yin1,
Cheng Wang1, Tianfu Zhang1, Dihan Zhu1, Dianmu Zhang1, Jie Xu1, Qun Chen1,
Yi Ba3, Jing Liu1, Qiang Wang1, Jianqun Chen1, Jin Wang1, Meng Wang1, Qipeng
Zhang1, Junfeng Zhang1, Ke Zen1 and Chen-Yu Zhang1
1Jiangsu Engineering Research Cent... 阅读全帖 |
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m***n
发帖数: 337 | 20 这是英文摘要！
Functions of microRNA in Acute Lymphoblastic Leukemia
Key word: acute lymphoblastic leukemia； microRNA； cytokine
Notes:
this is english abstract, the manuscript is written by Chinese and it is for
a Chinese Journal. if you want to review, please PM me. |
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A*F
发帖数: 2272 | 21 有两篇文章需要reviewer
领域分别是:
1.microRNA, transcription regulation in adipocytes
2.microRNA, apoptosis, endothelial cells
每篇文章需要2-3名reviewer
**研究领域相近**的请把cv或者近期发表文章列表发到b********[email protected]
谢谢 |
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f******g
发帖数: 1003 | 22 现在的公司能否用极少数(100 cells)细胞来做microRNA表达量分析(microRNA 芯片)?
xiexie |
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l******u
发帖数: 936 | 23
we have modified one commercial kit to get total-RNA with small RNA from
laser microdissected cryosections.
sure, it require RT and pre-amplification
just treat it as usual way as total RNA preparation for microarray.
microRNAs are such short ~22 nucleotide RNA sequences, so they are more
stable than mRNA, some people even do microRNA array from paraffin samples. |
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s****6
发帖数: 34 | 24 Hello, Friends,
When I suspect one specific mRNA is a target of one microRNA, and I didn't
get a clue from those popular web-based target prediction tools. Can I
manually compare this microRNA with the 5'UTR and 3 UTR of that mRNA for
seed matching? What software could be used for this purpose?
Thanks a lot for any pointers! |
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l******n
发帖数: 105 | 25 原来觉得即使做了mRNA表达谱也还是会漏掉这个microRNA的direct target中的很大一
部分（比如某个micrRNA有300个target，mRNA表达谱检测只能找到100个，漏掉200个）。
而现在看来mRNA表达谱会找到这个microRNA的几乎全部direct target（比如找到300个
target中的270个）。这样RNA-Seq就足够了。
而且RNA-Seq比SILAC这种Proteomics的方法成本便宜太多了，很多实验室都用得起。 |
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c****e
发帖数: 188 | 26 I have two sets of microarray data, mRNA and microRNA, in the same samples.
I need a bioinformatic tool to help me find the connection between the
significantly differentially expressed microRNA and mRNA, and identify the
pathway involved in this interaction. Anybody has good suggestions? Thanks!! |
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j****x
发帖数: 1704 | 27 推荐Partek Genomics Suite，个人认为是目前最好的高通量数据分析软件：跨平台，
能够整合分析各类芯片及NGS数据，下游扩展也很丰富。不过软件卖的比较贵。
如果你对bioinformatics及其相关软件不是很熟悉，那么不建议从原始数据开始处理。
通常一般从公司或者core facility拿到processed data之后，那么可以尝试使用一些
现成的webserver，比如：
MicroRNA and mRNA integrated analysis (MMIA): a web tool for examining
biological functions of microRNA expression
Nucl. Acids Res. (2009) 37 (suppl 2): W356-W362.
http://129.79.244.122/~MMIA/
.
!! |
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p******6
发帖数: 410 | 28 手头有几个临床标本，是相对比较罕见的肿瘤，准备做个microRNA profiling,有可能
要送到公司去做，除非是贵的做不起。不一定要做非常comprehensive的，纯肿瘤的
microRNA profiling估计也行。所以需要知道个大概沽价，各个公司网站上也都不明说
，还请高手指点。 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 29 microRNA是一种有特定序列的RNA吗？如果是，怎么知道某个序列是microRNA。如果不
是，如何界定mircroRNA。另外，感觉搜一下，好多结果出来，没有一个大的picture |
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g******g
发帖数: 63 | 30 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: guccibag (古奇), 信区: Biology
标 题: 寻同伴参加microRNA meeting in Banff, Alberta, Canada
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 18 13:32:58 2010, 美东)
请问版面有人去2011年，2月11到16的microRNA的会议啊？在加拿大的Banff
请站内联系啊。 |
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g******g
发帖数: 63 | 31 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: guccibag (古奇), 信区: Biology
标 题: 寻同伴参加microRNA meeting in Banff, Alberta, Canada
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 18 13:32:58 2010, 美东)
请问版面有人去2011年，2月11到16的microRNA的会议啊？在加拿大的Banff
请站内联系啊。 |
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y***i
发帖数: 11639 | 32 土人。这说明所有植物作为食物都有未知影响。
但这个和转基因毛关系都没有。因为转基因成分无论如何都不会做为microRNA出现。
和这个效应完全没有关系。
这和中医药也没关系。。。。楼主v5 |
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d**********1
发帖数: 108 | 33 看来，你这傻逼是认定了，中药里面的植物，那是没有MicroRNA的。 |
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h******e
发帖数: 1737 | 34 "Unstable RNA" usually refers to a long chain of RNA molecule, which
is easier to be digested by wide-existing RNAse.（Especially "valuable"
mRNAs) MicroRNA，or say MiRNA is relatively smaller molecule and it is
much more stable.
Rnase,
stable. |
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s*******a
发帖数: 599 | 35 一个2分左右的杂志，内容是关于
microRNA gene expression profile in arsenic-treated human keratinocytes
如果感兴趣，请把姓名，brief research background and working email 发到站内油
箱，我会向编辑推荐的。 |
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Q**e
发帖数: 49 | 36 各位绿友
求全文
MicroRNAs as early biomarkers in obesity and related metabolic and
cardiovascular diseases.
多谢 |
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m********2
发帖数: 20 | 37 phD期间是植物发育生物学方向，后来博后改做 microRNAs 和癌症。
文章引用率还行，近期准备着手绿卡的申请，但是苦于没有独立的审稿，求审稿机会，
谢谢大家！
祝大家早日都绿！ |
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发帖数: 1 | 38 因引用次数太少，需要提高，肿瘤，肝脏代谢疾病，microrna， ncrna 方向， 希望能
够找到可以提供引用帮助的朋友， 万分感激！！ 有意者请站内。本人手头有一些文章
要投，需要的话可以提供帮助。 |
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f******g
发帖数: 1003 | 39 极少数(100 cells)细胞能够提取出足够的RNA吗
我问过一个公司，他们说极少数细胞可以做芯片，但是microRNA很困难 |
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f******g
发帖数: 1003 | 40 请问你用什么kit从１００细胞中提取RNA呢?
还需要逆转录吗?
microRNA很容易降解，如何防止呢?
thank you in advance. |
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X***n
发帖数: 366 | 41 TaqMan array from ABI.
95 degree heat to lysis the cell to release the total RNA.
Pool of stem loop reverse primer to do reverse transcription. RNasin to
inhibit microRNA degradation. |
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z*******g
发帖数: 12 | 42 准备从细胞里提取MicroRNA做Microarray。
先用Trizol（Invitrogene）提取总RNA后，请问还要用什么方法纯化？
请问哪个公司的kit比较好用？
谢谢！ |
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l******u
发帖数: 936 | 43 google: luciferase assay, microrna |
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g******g
发帖数: 63 | 45 请问，
在美国，关于microRNA比较好的conference是哪个啊?
谢谢分享信息～ |
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D******9
发帖数: 2665 | 46 请问如何发现基因比如P53是受那个或那些microRNA调控的， 谢谢 |
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b******s
发帖数: 228 | 47 想在哺乳动物细胞中表达几个microRNAs， 是不是用一般的表达载体就行了, 比如
pcDNA3或某些
lentivirus载体？有什么需要特别注意的吗？
谢谢！ |
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l******u
发帖数: 936 | 48 是大牛，但是在microRNA这块做的一般，属于过气的大牛，上月刚听他一个lecture，
比较失
望。 |
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s******r
发帖数: 2876 | 49 这种牛的实验室，全靠自己，老板不会给你指导的，
如果自己非常独立，可能比较适合。
是大牛，但是在microRNA这块做的一般，属于过气的大牛，上月刚听他一个lecture，
比较失
望。 |
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l*******k
发帖数: 361 | 50 He is a very nice and reasonable person, the imaging technique in his lab is
fabulous. He is also very good at presentation. Two lectures that I took 5 years ago were fantastic. His students and postdocs get very good training both on
techniques and research. The only concern is the limitation of the equipment
, however, it should not be a problem for most research institutions now.
by the way, he does some work on non-coding RNA but not sure it is MicroRNA related
发信人: sunnyday (艳阳天), 信区: Biolo |
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