l**********r
发帖数: 4612 | 1 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: wayofflyingg (小小熊熊), 信区: Military
标 题: 南京大学miRNA理论颠覆转基因安全神话,引世界轰动! 核心提示：南京大学张辰宇教授课题组一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 30 12:05:49 2012, 美东)
南京大学miRNA理论颠覆转基因安全神话,引世界轰动!
核心提示：南京大学张辰宇教授课题组一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核
酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组织器官。并且,一旦进
入体内,它们将通过调控人体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能,进而发挥生物学
作用.南京大学的miRNA理论发表以后引起世界极大关注，美国老牌权威杂志《大西洋月
刊》不得不发出惊呼：转基因食品确实具有非常真实的危险，会给人类的健康带来麻烦！
这回真的是“麻烦大了”，因为转基因的生物被人类做了手脚后，牵一发会动全身，那
么复杂的一个巨大系统，往... 阅读全帖 |
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m*****u
发帖数: 723 | 2 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
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标 题: 南京大学miRNA理论颠覆转基因安全神话,引世界轰动! 核心提示：南京大学张辰宇教授课题组一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 30 12:05:49 2012, 美东)
南京大学miRNA理论颠覆转基因安全神话,引世界轰动!
核心提示：南京大学张辰宇教授课题组一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核
酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组织器官。并且,一旦进
入体内,它们将通过调控人体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能,进而发挥生物学
作用.南京大学的miRNA理论发表以后引起世界极大关注，美国老牌权威杂志《大西洋月
刊》不得不发出惊呼：转基因食品确实具有非常真实的危险，会给人类的健康带来麻烦！
这回真的是“麻烦大了”，因为转基因的生物被人类做了手脚后，牵一发会动全身，那
么复杂的一个巨大系统，往... 阅读全帖 |
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w**********g
发帖数: 1985 | 3 南京大学miRNA理论颠覆转基因安全神话,引世界轰动!
核心提示：南京大学张辰宇教授课题组一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核
酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组织器官。并且,一旦进
入体内,它们将通过调控人体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能,进而发挥生物学
作用.南京大学的miRNA理论发表以后引起世界极大关注，美国老牌权威杂志《大西洋月
刊》不得不发出惊呼：转基因食品确实具有非常真实的危险，会给人类的健康带来麻烦！
这回真的是“麻烦大了”，因为转基因的生物被人类做了手脚后，牵一发会动全身，那
么复杂的一个巨大系统，往里面插几个基因，算是“已知”的改动，会不会因此多了或
者少了几个microRNA？在新知的微小核糖核酸面前，转基因食品的安全性是不可能有保
证的，因为干转基因、测转基因的那一套“严格的”规定，根本就没有考虑微小核糖核
酸。而肆意生产销售的转基因食品饲料对动物的杀伤力，已经被一再地证明了。那个只
能骗骗傻子和官员的“小鼠7天灌胃”实验，无疑已经永远钉在中国科技史的耻辱柱上
了！
转基因毒蛋白进入人体血液的机理，终于被揭开了!
附文一... 阅读全帖 |
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s********e
发帖数: 323 | 4 我是学统计的，对miRNA一点也不懂。
我们的数据里有一些miRNA以及sequence信息，都是mature miRNA。然后我们找了个别
人发表的数据，想在里面找和我们的miRNA match的。但是发现别人的数据里都是
precursor，而不是mature miRNA，然后给的sequence和我在网上找到的相应的miRNA
precursor的也不一样。请问如何来判断这些miRNA是不是和我们的一样？仅仅看名字可
靠吗？比如hsa-mir-1-1就一定对应也hsa-mir-1吗？
多谢了！ |
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R******d
发帖数: 1436 | 5 请问这两个id之间有什么区别？好比hsa-miR-371-3p和miR-34a/34b-5p/34c/34c-5p/
449/449abc/699
如果一个miRNA属于某个miRNA family（即多个miRNA的组合），为什么miRNA family也
有target site的记录？（我从targetscan的记录里看到的）
再，miRNA，siRNA，小RNA，反义RNA之间有什么区别和联系？
多谢了。 |
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l*******i
发帖数: 153 | 6 因为效率的问题，老板要求我试试miRNA cluster.前前后后试了三次，最初一周内
细胞生长加快，但始终没有colony出现；如果miRNA cluster和OSKM连用的话，倒是可
以非常显著地提高reprogramming的效率。
到目前为止，似乎只有两篇文章证实这个方法的，但效率差别太大；要命的是，第
一篇文章（号称效率提高至10%的那篇）是将miRNA302/367通过lentiviral vector整合
到genome上；而在moleculer therapy上的一篇文章表明，lentiviral vector本身就可
以将fibroblast诱导成iPS。第二篇文章通过连续四天转染mature miRNAs,可以得到iPS
，但是效率极为低（与第一篇文章用的miRNA有些不同）
我现在怀疑第一篇文章的可重复性：第一，单纯通过miRNA cluster，得不到iPS；
第二，即使能得到，效率应该也没有像该文章宣称的那样。联系文章作者，请教实验细
节，没有得到任何回复。不知版里有没有人试过这种方法？
现在越来越发现，iPS就是一个坑，临床应... 阅读全帖 |
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x******a
发帖数: 143 | 7 Drosophila, 有几个candidate genes，想预测3UTR 上的miRNA targets。试了几个
program（miranda，pita）但是结果都很大不同，而且用script run出来的和网页上现
成的也不一样。自己跑script 给出来的结果很多，不知道什么是合适的cut off。我主
要想比较sister species的difference，所以不想强调conservation。
不知道有没有大侠有没有经验，指点我一下，我没有任何mirna的经验，只是在狂读
paper。
还有就是想看gonad tissues的miRNA profile，好结合起来predict这几个基因是ovary
/testis-specific express) 上可能的functional targets。没有找到现成的文章，找
到了一些sra上的illumina data，modencode的还有没有发表文章吧。我只是相看看表
达水平，试了miRExpress，最后一步怎么都不没法让它work，其它的程序好像看起来很
麻烦，主要目的都是novel miRNA discove... 阅读全帖 |
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j******9
发帖数: 128 | 8 Hi
I did some miRNAs files in patient samples, and some miRNAs were upregulated
, but some miRNAs were down regulated. Now I want to look into the signal
pathway associated with these miRNAs. Is such software for predicting theie
targets signal pathway available? Who would like to refer me some software
have such function(input several miRNAs and then get the network chart)?
Thanks in advance |
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u*********1
发帖数: 2518 | 9 predicted miRNA target实在是太多的false positive了；TF binding也是一样
而且我记得在好几年前miRNA bind 3'UTR to suppress mRNA expression的经典theory
就被颠覆了，miRNA可以bind到5‘UTR，CDS，intron，intergenic等等，可以increase
可以decrease表达量，这种研究应该太多了吧
现在都没人单纯做miRNA了吧？都是做lincRNA，或者miRNA和TF搅合到一起的复杂机制
。。。 |
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s**s
发帖数: 122 | 10 想检测一下konckout老鼠骨细胞里miRNA的表达，和wt比较。我是新手，对miRNA不懂。
是不是老鼠的miRNA就只有700个左右？有没有小的chip可以直接检测miRNA的表达？请
推荐个公司。 |
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c*******3
发帖数: 80 | 11 你可以上一些miRNA的database比对你的miRNA sequence。比如现今比较常用的miRNA
sequence database有
miRBase：http://www.mirbase.org/ 将你得到的sequence 与其中的进行比对。hsa-mir-1-1 不一定对应 hsa-mir-
1, 因为hsa－mir－1 还包括 hsa－mir－1－2。 |
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j******i
发帖数: 939 | 12 我们有个感兴趣的基因可能受miRNA调控，在进一步深入之前，我们想知道它是否是某
个miRNA的靶，有什么软件或网站可以预测出是哪个miRNA吗 |
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R******d
发帖数: 1436 | 13 targetscan预测的保守miRNA大概700不到，miRNA family只有150多点。有另外一个问
题：
同一个miRNA family为什么带有不同的前缀？好比：
CAMTA1:miR-590/590-3p
CLSTN1:miR-590/590-3p
EFHD2:miR-590/590-3p
和
RER1:miR-290-5p/292-5p/371-5p
ALDH4A1:miR-290-5p/292-5p/371-5p
ZMYM6:miR-290-5p/292-5p/371-5p
多谢。 |
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A*****7
发帖数: 197 | 14 正在做几个GENOME－WIDE 的miRNA screen，
１） 做miRNA mimics screen 好， 还是miRNA inhibitor screen 好？
如果选择最好的positive control？ 是非得用另一个已经发表过的miRNA 做positive
control 呢， 还是可以用siRNA targeted 的一个已知gene 做cotnrol？
谢谢！ |
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w***a
发帖数: 432 | 15 这片文章里有讲过一点。和shRNA一样表达。
@Article{Chen2004,
Title = {MicroRNAs modulate hematopoietic lineage
differentiation.},
Author = {Chang-Zheng Chen and Ling Li and Harvey F
Lodish and David P Bartel},
Journal = {Science},
Year = {2004},
Month = {Jan},
Note = {mark},
Number = {5654},
Pages = {83--86},
Volume = {303},
Abst... 阅读全帖 |
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O**********a
发帖数: 317 | 16 miRNA应该是只是fine－tune的作用吧，而不是起决定性的作用。
RNA领域的造假很多，我看到miRNA的文章总是犯嘀咕。
比如，敲除一个miRNA，就能怎样怎样明显的phenotype。
我想请教做过miRNA的，说实话你们真的看到表型了吗？ |
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b*******0
发帖数: 125 | 17 NATURE | ARTICLE
Hypothalamic stem cells control ageing speed partly through exosomal miRNAs
Yalin Zhang, Min Soo Kim, Baosen Jia, Jingqi Yan, Juan Pablo
Zuniga-Hertz, Cheng Han & Dongsheng Cai
Abstract
It has been proposed that the hypothalamus helps to control ageing, but the
mechanisms responsible remain unclear. Here we develop several mouse models
in which hypothalamic stem/progenitor cells that co-express Sox2 and Bmi1
are ablated, as we observed that ageing in mice start... 阅读全帖 |
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L*******a
发帖数: 824 | 18 这文章和转基因食品没啥关系。。。作者躺枪了。。。
miRNA不能表达成为蛋白质只能调控人体本身的蛋白质表达
miRNA不能整合到人体自身的DNA中
转基因食品不一定能够改变这些特定的miRNA
想证明转基因食品对人体无害是很难的 几乎是不可能的任务
目前有一些在老鼠身上的实验证明了转基因食品可能致癌 但是实验设计和结果仍然存
在争议
食物的基因也不是一直不变的 杂交水稻也是一种转基因食品
以人类人口目前的增长速度 通过转基因提高农作物产量几乎是唯一出路了 虽然技术
仍然不成熟 但是希望大家要宽容一些 给转基因技术一些空间和支持 科学才是人类
发展的"原力"
BTW As of 2013, roughly 85% of corn, 91% of soybeans, and 88% of cotton
produced in the United States are genetically modified. And In fact, 75% of
what's found in your grocery store comes from corn...
Are you ... 阅读全帖 |
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h****g
发帖数: 439 | 19 在两种同一类型的肿瘤细胞转染mirna mimic，qpcr发现转染后两种细胞中的mirna量都
显著升高。
其中在一个细胞系中发现某蛋白下调，但是在另一个细胞中却不起作用。
刚刚涉入mirna不久，哪位大侠给解释解释这种情况是为啥？ |
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s*******g
发帖数: 3332 | 20 你看到的蛋白上调下调不一定是miRNA直接作用导致的
同。按说mirna是作用在3‘UTR，不同的突变位点不会对mirna的作用有影响啊 |
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t*d
发帖数: 1290 | 21 做了miRNA binding site 的点突变吗？否则不好确定是miRNA的直接targets吧。
另外，miRNA 的作用机制不是很清楚。比如RNA的二级结构可以影响它的binding 效率
。你的基因中的不同突变会不会影响 target的二级结构呢？ |
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c*********t
发帖数: 340 | 22 ffff6699 is right
I just had an exam on this question:)
siRNA is exogeneous,about 21nt, usually completely complementary
miRNA is endogeneous, about 70nt, processed to give smaller, mature miRNA of
approximately the same size of that of siRNA; usually not 100%
complementary. Could result in mRNA degradation, inhibition of translation,
etc.. For translation inhibition it binds to 3'UTR most of the times but
some miRNA binds to 5'UTR or intronic regions too
This was what i wrote down and got full |
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m*****n
发帖数: 760 | 23 最近在做一些miRNA qPCR，mouse brain sample，
用的是Exiqon的universal miRNA PCR，
reference ctrl试过5s rRNA和U6，可是这2个ctrl好像不是很consistent，
所以不知道如何去normalize data。
请问版上大牛，你们在做miRNA qPCR时，用什么reference ctrl？ |
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k****x
发帖数: 265 | 24 miRNA，siRNA，小RNA，反义RNA之
miRNA refer to small RNAs with specific length (7-8 ncls)
and mainly repress genes, and mainly generated by cell itself
siRNA can be any RNAs that interference with other RNAs, I think
小RNA are more general, I guess, including others
反义RNA, means a RNA complementary to another RNA， I think |
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R******d
发帖数: 1436 | 25 再多问一句：
可以不可以把miRNA family中的所有miRNA的表达水平合并（比如用平均值）来说明这
个family的表达水平？
family的定义大概是有共同的seed序列，是否属于同一个family的miRNA表达水平会相
似或接近？ |
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d*******l
发帖数: 56 | 26 实验准备构建miRNA表达的质粒构建，有两个问题向大牛们请教
1）用pre-miRNA和pri-miRNA序列构建质粒，我发现文献上两者都有。两者哪个更好？
各有什么优点和缺点。
2）用genomic DNA做模板好，还是用RNA转换成cDNA做模板好？
第一次做，真心求教 |
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c*****g
发帖数: 66 | 27 1）肯定是pri好，miRNA的preprocessing应该是context dependent，比如说有些
intronic的miRNA的mature是coupled with splicing的。当然，你可以minimally
define可以被细胞preprocess的pre-miRNA，那肯定会更简单一些，这个是不是叫shRNA？
2）关键的问题是你的RNA包含了你需要的所有序列吗？如果是，不就是一串DNA吗，什
么做模板没区别。 |
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b*******0
发帖数: 125 | 28 想做miRNA qPCR。查了一下 选择了qiagen 的 miScript II RT Kit 以及miScript
SYBR Green PCR Kit。 这还提及 miRNA 提取试剂盒（mirVana miRNA Isolation kit
(Ambion)）的就吓了老板一大跳。贵啊！
求推荐。 |
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b*********8
发帖数: 44 | 29 最近想过表达一个21-22nt的miRNA,
1. 请问对于一般这个miRNA 与目标序列有多上个碱基完全匹配才能完全有效？4个碱基
错配会不会有效？
2. 一般要表达多长miRNA？只表达stem loop区段够不够？
谢谢！ |
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b*********8
发帖数: 44 | 30 谢谢各位的回复。
我没有做miRNA的经验。我自己想合成一段miRNA,大约300bp,包含stem-loop序列和上下
游各100bp,然后把他克隆到带有启动子和终止子的bianary vector中用于过表达，这样
可以吗？
To Xiren:
一般来说2-7位最重要，不能有任何错配，3‘端最不重要。这里说的2-7位是针对miRNA
序列来说的吧，不是针对目标序列把？请问能推荐一下参考文献吗？
非常感谢！ |
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r*****t
发帖数: 4793 | 31 我想看几个miRNA的表达
手头有RT的产物，用的是random hexamer为引物做的
我一般做qPCR时扩增80bp的片段
用这样的条件可以对一般的miRNA或miRNA前提进行检测么？
谢谢！ |
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A*****7
发帖数: 197 | 32 miRNA mimics： 大约1240
miRNA inhibitor： 大约跟1240
基本就是 mimic /inhibitor 各１６ 个96－well plates。。。。
triplicates ： 就是mimic /inhibitor 各共48 个96－well plates。。。
总计96 个96－well plates。。。
就是想看miRNAs 对一个蛋白的表达， 把并不复杂。ELISA 就行。
哪位在公司做过这类服务， 总计要多少时间， 多少钱？
谢谢！ |
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w*e
发帖数: 740 | 33 求推荐miRNA提取kit。
用二代测序已经做了whole transcriptome analysis,发现reads当中很少miRNA. 之前
用的life tech的pico pure试剂盒提取的总RNA.请问如果想富集miRNA，那种试剂盒最
好？
谢谢 |
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c**********u
发帖数: 7276 | 34 转基因食物的基本点是中心法则。microRNA是本世纪提出来的，已经证明这个法则是不
对的，或者说至少不完善的。刚刚查了下，人体的基因的30%是被miRNA修饰的。癌症近
几年如果说突破应该就算发现miRNA的作用吧。所以说吃啥长啥这朴素的唯物思想比你
这转基因的考普多了。
任何食物都会留下基因，dna碎片，但自然环境下的食物那都是和人类共存了几千年的
。这岂是你大规模的转基因一次突变能比较的吗？ |
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X***n
发帖数: 366 | 35 3'-UTR alternative splicing?
同。按说mirna是作用在3‘UTR，不同的突变位点不会对mirna的作用有影响啊 |
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X***n
发帖数: 366 | 36 siRNA is fully reverse complement to targeting site, so it induces target
mRNA degradation. miRNA is partially reverse complement to targeting site,
it inhibit mRNA translation. In addition, the biogenesis of siRNA and miRNA
is somewhat different. |
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a***e
发帖数: 1010 | 37 In S. Pombe and A. Thaliana, miRNAs are able to induce histone modification
and heterochromatin formation, which eventually inhibit transcription.
However, it is still controversial whether miRNAs translocate into the
nucleus and inhibit trasncription in metazoans.
It is big leap if you can demonstrate this. |
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n********k
发帖数: 2818 | 38 Hey, folks:
We are planning to perform some ChIP/RNA-Seq as well as miRNA array
analysis some time soon. I was wondering any of you could kind of share
some of your experience in general.
Thanks a lot.
Something like: which services do you use(in house, or company), software,
etc etc. Which protocols, Kits? Pros and Cons, critical steps and tricks...
how many reads do you have, is it enough to cover the genome or enough for
the purpose? replicates? what about mRNA v lncRNA v miRNA, do y... 阅读全帖 |
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R****n
发帖数: 708 | 39 I am trying to quantify the miRNA by taqman miRNA assay. There is a miR-574
that I am interested in. But invitrogen only make hsa-miR-574-3p. the
sequence seems different. Should I order this one? |
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m******g
发帖数: 69 | 40 我们买了一种小的LNA,用了沉默一种miRNA,可是用什么样的条件才能transfect LNA到
cultured cell里面，来达到沉默miRNA. 谁做个相关的实验，有paper和protocol吗，
我是本科生，老板让我做这个，没什么头绪。 |
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n********k
发帖数: 2818 | 41 I'll answer as I know:
5p/3p: miRNA transcribed from 5 prime/3 prime(essentially the 5p and 3p are
antisense to each other).
The family member or clusters are case by case I believe(not sure though).
Some are very similar, sharing the seeds sequences while the other are not
but within the same genome regions.
siRNA are completely matched/complementary to their targeting sequences---
used to be only for exogenous but now we know there are endogenous ones as
well.
small RNA means small RNAs--sma... 阅读全帖 |
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R******d
发帖数: 1436 | 43 找到了一个miFam.dat，可以把miRNA换成miRNA family，probe的还是没找到 |
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Z******5
发帖数: 435 | 44 设计miRNA？microRNA？
还是siRNA？ |
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p*****e
发帖数: 332 | 46 hi,最近看了一些miRNA的文献，始终有个小问题困扰着我。
文献中的miRNA大都是编号，请问这些编号是怎么来的？同一个编号在人，老鼠，
鱼以及植物中是一样的功能么？ |
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c********b
发帖数: 363 | 48 看样子你是想了解过表达一个miRNA的功能而不是用miRNA去down regulate一个基因来
看表型。
一般不太可能找到cDNA，因为太短了，一般用kit提RNA时都被去掉了，除非专门做的小
RNA（18-120 nt) 的EST.
很简单，你延伸两边各100nt，然后用mFOLD看看还是不是一个stem-loop，如果是就直
接用，不是就trim掉不是的那一部分。
blast |
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m*******n
发帖数: 387 | 49 预测的miRNA target protein，处理之后发现蛋白不下降，反而明显增加了
有啥可能性？
第一次做，miRNA 终浓度用到了20nM |
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v*******1
发帖数: 34 | 50 想找一种miRNA，在某种细胞里表达，在另一种细胞里不表达，板上的大牛小牛们可以
给点建议吗？
或者有什么data base 可以查miRNA 在不同细胞的 expression level？
老板一拍脑袋的idea，我也没做过细胞里的东西，愁死了 |
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