t********n
发帖数: 64 | 1 Yifan Cheng，82年武大本科毕业，91年中科院物理所PhD毕业，2006年在UCSF拿到
faculty的位置，他实验室最近发的关于冰冻电镜的paper可以达到3.3A的分辨率！而且
听说最近和David Julius合作把TRPV1的结构给解了，两篇nature article马上就要出
来了！这根本是改变结构生物学界，尤其是膜蛋白的游戏规则了吧，以后是不是只要能
拿到高纯度的蛋白，解析高分辨率结构的机会就很大了
实验室主页
http://cryoem.ucsf.edu/index.html |
y***i
发帖数: 11639 | 2 没那么简单。我是想象不出冰冻电镜怎么可能和结晶解结构竞争。
【在 t********n 的大作中提到】
: Yifan Cheng，82年武大本科毕业，91年中科院物理所PhD毕业，2006年在UCSF拿到
: faculty的位置，他实验室最近发的关于冰冻电镜的paper可以达到3.3A的分辨率！而且
: 听说最近和David Julius合作把TRPV1的结构给解了，两篇nature article马上就要出
: 来了！这根本是改变结构生物学界，尤其是膜蛋白的游戏规则了吧，以后是不是只要能
: 拿到高纯度的蛋白，解析高分辨率结构的机会就很大了
: 实验室主页
: http://cryoem.ucsf.edu/index.html
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s******y
发帖数: 28562 | 3 不需要结晶呗，所以对于一些难于结晶的东西可以饶过这个问题
【在 y***i 的大作中提到】
: 没那么简单。我是想象不出冰冻电镜怎么可能和结晶解结构竞争。
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x********e
发帖数: 35261 | 4 对呀 像nuclear pore complex 只能靠电镜解
【在 s******y 的大作中提到】
: 不需要结晶呗，所以对于一些难于结晶的东西可以饶过这个问题
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s*******7
发帖数: 399 | 5 看到这个吓一跳，TRP结构终于被解出来了，期待paper。。。 |
y***i
发帖数: 11639 | 6 我是针对他说的“这根本是改变结构生物学界，尤其是膜蛋白的游戏规则”。改这游
戏规则可没那么简单。
【在 s******y 的大作中提到】
: 不需要结晶呗，所以对于一些难于结晶的东西可以饶过这个问题
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A****0
发帖数: 1367 | 7 看这个人的简历，真是佩服，15年千老辗转无数国家，终于发光了。
本人不是搞生物的，但是想搭车问一下，假如分辨率达到3.3A，是不是可以直接看到绑
定在蛋白上的水分子了，因为我记得水的大小好像是 2.8A.那进一步可不可以直接观察
到氢键？ 问题可能有点幼稚，让大牛们见笑了。
【在 t********n 的大作中提到】
: Yifan Cheng，82年武大本科毕业，91年中科院物理所PhD毕业，2006年在UCSF拿到
: faculty的位置，他实验室最近发的关于冰冻电镜的paper可以达到3.3A的分辨率！而且
: 听说最近和David Julius合作把TRPV1的结构给解了，两篇nature article马上就要出
: 来了！这根本是改变结构生物学界，尤其是膜蛋白的游戏规则了吧，以后是不是只要能
: 拿到高纯度的蛋白，解析高分辨率结构的机会就很大了
: 实验室主页
: http://cryoem.ucsf.edu/index.html
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M********r
发帖数: 142 | 8 分辨率3.3，意思是3.3A大小显示的是一个点。
【在 A****0 的大作中提到】
: 看这个人的简历，真是佩服，15年千老辗转无数国家，终于发光了。
: 本人不是搞生物的，但是想搭车问一下，假如分辨率达到3.3A，是不是可以直接看到绑
: 定在蛋白上的水分子了，因为我记得水的大小好像是 2.8A.那进一步可不可以直接观察
: 到氢键？ 问题可能有点幼稚，让大牛们见笑了。
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M******n
发帖数: 92 | 9 尼玛3.3A就算改变游戏规则？离精确差得还太远~
光误差和水分子就足以把结构搞混。。。 |
s*******7
发帖数: 399 | 10 有的东西太重要了，这个精度对这个蛋白来说已经足够发 Nature Articles了。TRP 非
常难搞，Gouaux 和 Mackinnon 都不碰的。 |
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q******g
发帖数: 3858 | 11 对于cryo-electro，这个精度绝对算突破了。而且可以用于很多不容易得到晶体的蛋白
，特别是膜蛋白和蛋白复合体。很好奇，他的技术有什么特点。因为一般来说， cryo-
electromicroscopy就是拍很多电镜照片，按照不同方向，进行叠加。叠加越多，清晰
度越高。不知道他是否用这个办法。 |
l**********1
发帖数: 5204 | 12 No.
pls check
>The high frame rate (10–40 frames per second) of new CMOS-based direct
cameras provides a means to correct for such image blurring by recording a
‘movie’ throughout the exposure. That is, a single exposure is
fractionated into a number of subframes with sufficiently short duration
such that the motion is frozen to an acceptable level13. The drawback is
that although the signal decreases with fractionation, the camera readout
noise on each subframe remains constant15. Even so, in the case of large
objects such as viruses20,21 or ribosomes22, it has been possible to use the
subframes during the refinement as if they were independent images,
resulting in an increase in resolution. However, for smaller objects, the
much lower SNR of each particle within a single subframe compromises the
ability to accurately determine particle orientation. For this reason, we
used a detector that minimizes both detection and readout noise, and we
chose to correct beam-induced motion at the level of either the whole frame
or large fractions of a frame.
from
Cheng YF group 2013 Nature Methods paper
PDF link:
URL: <http://macserv1.structbio.pitt.edu/pipermail/zhanglab/attachments/20130507/80d6fbb4/attachment-0004.pdf>
and above paper its Reference No, 22 @eLife 2013 paper,
HTTP double dot//macserv1.structbio.pitt.edu/pipermail/zhanglab/attachments/
20130507/80d6fbb4/attachment-0007.pdf
both PDF links were from
http://macserv1.structbio.pitt.edu/pipermail/zhanglab/2013-May/
cryo-
【在 q******g 的大作中提到】
: 对于cryo-electro，这个精度绝对算突破了。而且可以用于很多不容易得到晶体的蛋白
: ，特别是膜蛋白和蛋白复合体。很好奇，他的技术有什么特点。因为一般来说， cryo-
: electromicroscopy就是拍很多电镜照片，按照不同方向，进行叠加。叠加越多，清晰
: 度越高。不知道他是否用这个办法。
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c***n
发帖数: 196 | 13 这个电镜是神器啊，贵得很。
俺们做物理的都1A了。。。 |
A******y
发帖数: 2041 | 14 I could be wrong but the angstrom in EM is different than in crystallography
. |
z*******o
发帖数: 1794 | 15 真心佩服，这么能熬
【在 A****0 的大作中提到】
: 看这个人的简历，真是佩服，15年千老辗转无数国家，终于发光了。
: 本人不是搞生物的，但是想搭车问一下，假如分辨率达到3.3A，是不是可以直接看到绑
: 定在蛋白上的水分子了，因为我记得水的大小好像是 2.8A.那进一步可不可以直接观察
: 到氢键？ 问题可能有点幼稚，让大牛们见笑了。
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c**********n
发帖数: 177 | 16 冷冻电镜也要有晶体结构做模型啊！3.3看residue还是太勉强了。。。不过冷冻电镜做
到3.3已经太牛，太牛了。 |
s******y
发帖数: 28562 | 17 这么看来，其实就是劈里啪啦的对着同个体拍上一堆照片，然后再进行平均处理？
这个倒是个好主意。因为如果对不同个体进行平均，有一个风险就是会把不同状态的结
构进行平均了。
the
【在 l**********1 的大作中提到】
: No.
: pls check
: >The high frame rate (10–40 frames per second) of new CMOS-based direct
: cameras provides a means to correct for such image blurring by recording a
: ‘movie’ throughout the exposure. That is, a single exposure is
: fractionated into a number of subframes with sufficiently short duration
: such that the motion is frozen to an acceptable level13. The drawback is
: that although the signal decreases with fractionation, the camera readout
: noise on each subframe remains constant15. Even so, in the case of large
: objects such as viruses20,21 or ribosomes22, it has been possible to use the
|
l**********1
发帖数: 5204 | 18 You noted that is ordinary approach what published on @eLife 2013
and Cheng YF group borrowed that STED laser microscopy’s Philosophy as Cryo
-EM Methodology
pls check,
http://ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31646749/
285th floor
or
http://zeiss-campus.magnet.fsu.edu/tutorials/superresolution/st
【在 s******y 的大作中提到】
: 这么看来，其实就是劈里啪啦的对着同个体拍上一堆照片，然后再进行平均处理？
: 这个倒是个好主意。因为如果对不同个体进行平均，有一个风险就是会把不同状态的结
: 构进行平均了。
:
: the
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d****b
发帖数: 262 | 19 新的电镜 新的成像系统（DDD) 计算机大规模运算
很快就铺开了
【在 t********n 的大作中提到】
: Yifan Cheng，82年武大本科毕业，91年中科院物理所PhD毕业，2006年在UCSF拿到
: faculty的位置，他实验室最近发的关于冰冻电镜的paper可以达到3.3A的分辨率！而且
: 听说最近和David Julius合作把TRPV1的结构给解了，两篇nature article马上就要出
: 来了！这根本是改变结构生物学界，尤其是膜蛋白的游戏规则了吧，以后是不是只要能
: 拿到高纯度的蛋白，解析高分辨率结构的机会就很大了
: 实验室主页
: http://cryoem.ucsf.edu/index.html
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c*******0
发帖数: 190 | 20 The pic. in his website seems that he is not as old as the age should be... |
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z********i
发帖数: 610 | 21 那是他以前的照片，那是还是个胖子。后来体检查出点问题，现在检查跑步，已经是个
瘦子了。成功的男人后面有个默默无闻的女人，他们两口子非常乐观，听说他实验室的
网站还是他老婆做的。
还有一个做电镜的中国人也很传奇，以前是系里网管，现在是UCLA的director。
【在 c*******0 的大作中提到】
: The pic. in his website seems that he is not as old as the age should be...
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a*******8
发帖数: 8 | 22 我觉得之所以辗转各国，更重要的是他的phd学位是在中国拿的，如果是在美国拿的话
，做老板的速度会快些
【在 A****0 的大作中提到】
: 看这个人的简历，真是佩服，15年千老辗转无数国家，终于发光了。
: 本人不是搞生物的，但是想搭车问一下，假如分辨率达到3.3A，是不是可以直接看到绑
: 定在蛋白上的水分子了，因为我记得水的大小好像是 2.8A.那进一步可不可以直接观察
: 到氢键？ 问题可能有点幼稚，让大牛们见笑了。
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y***i
发帖数: 11639 | 23 这个主意20年前就有了。好几个实验室对着核糖体噼里啪啦的做了N年直到一个邪恶
的结构实验室把核糖体直接结晶了。
根本是个苦力活，要拍不同角度的照片，要做3维组合，机理上我根本想象不出怎么
能和结晶拼结果。我觉得只能在一边捡漏。
a
readout
【在 s******y 的大作中提到】
: 这么看来，其实就是劈里啪啦的对着同个体拍上一堆照片，然后再进行平均处理？
: 这个倒是个好主意。因为如果对不同个体进行平均，有一个风险就是会把不同状态的结
: 构进行平均了。
:
: the
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s******y
发帖数: 28562 | 24 我觉得这个需要非常好的装备吧？一般电镜成像的过程中很容易就把样品烤坏了，叠加
出来的东西就不知道是不是可信的了。
我觉得电镜成像和结晶其实是做不同的东西的啊，有些东西，比方说比较大的复合结构
，一般来说电镜比结晶好做。当然，分辨率没办法和结晶比，而且内部结构也很难直接
用电镜解析出来吧。
【在 y***i 的大作中提到】
: 这个主意20年前就有了。好几个实验室对着核糖体噼里啪啦的做了N年直到一个邪恶
: 的结构实验室把核糖体直接结晶了。
: 根本是个苦力活，要拍不同角度的照片，要做3维组合，机理上我根本想象不出怎么
: 能和结晶拼结果。我觉得只能在一边捡漏。
:
: a
: readout
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d********l
发帖数: 293 | 25 恩，结晶也是个苦力活，而且好苦力。。。
【在 y***i 的大作中提到】
: 这个主意20年前就有了。好几个实验室对着核糖体噼里啪啦的做了N年直到一个邪恶
: 的结构实验室把核糖体直接结晶了。
: 根本是个苦力活，要拍不同角度的照片，要做3维组合，机理上我根本想象不出怎么
: 能和结晶拼结果。我觉得只能在一边捡漏。
:
: a
: readout
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b*l
发帖数: 1118 | 26 可信度的确是个问题，科学网看到的
http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2013/8/280953.shtm
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23757493
【在 s******y 的大作中提到】
: 我觉得这个需要非常好的装备吧？一般电镜成像的过程中很容易就把样品烤坏了，叠加
: 出来的东西就不知道是不是可信的了。
: 我觉得电镜成像和结晶其实是做不同的东西的啊，有些东西，比方说比较大的复合结构
: ，一般来说电镜比结晶好做。当然，分辨率没办法和结晶比，而且内部结构也很难直接
: 用电镜解析出来吧。
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l**********1
发帖数: 5204 | |
M****o
发帖数: 4860 | 28 v5
【在 z********i 的大作中提到】
: 那是他以前的照片，那是还是个胖子。后来体检查出点问题，现在检查跑步，已经是个
: 瘦子了。成功的男人后面有个默默无闻的女人，他们两口子非常乐观，听说他实验室的
: 网站还是他老婆做的。
: 还有一个做电镜的中国人也很传奇，以前是系里网管，现在是UCLA的director。
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y***i
发帖数: 11639 | 29 对，所以要用低能量成像，这同时降低了信号强度。一个片子只能照一个或者几个角
度，用很多张片子来重构结构。不同篇子上的蛋白质个体，他们各自的角度还要根据照
片和模型去估计，这又引入误差。总之是个超级吃力又不讨好的活。还要胆战心惊的担
心被x-ray抢了生意， 核糖体都被人结晶了的时代还有人干这个，我觉得简直是脑袋被
门夹了 :)
邪恶
怎么
【在 s******y 的大作中提到】
: 我觉得这个需要非常好的装备吧？一般电镜成像的过程中很容易就把样品烤坏了，叠加
: 出来的东西就不知道是不是可信的了。
: 我觉得电镜成像和结晶其实是做不同的东西的啊，有些东西，比方说比较大的复合结构
: ，一般来说电镜比结晶好做。当然，分辨率没办法和结晶比，而且内部结构也很难直接
: 用电镜解析出来吧。
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p****u
发帖数: 2596 | 30 大器晚成=苦B
【在 t********n 的大作中提到】
: Yifan Cheng，82年武大本科毕业，91年中科院物理所PhD毕业，2006年在UCSF拿到
: faculty的位置，他实验室最近发的关于冰冻电镜的paper可以达到3.3A的分辨率！而且
: 听说最近和David Julius合作把TRPV1的结构给解了，两篇nature article马上就要出
: 来了！这根本是改变结构生物学界，尤其是膜蛋白的游戏规则了吧，以后是不是只要能
: 拿到高纯度的蛋白，解析高分辨率结构的机会就很大了
: 实验室主页
: http://cryoem.ucsf.edu/index.html
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B*H
发帖数: 2158 | |
e****s
发帖数: 1125 | 32 这也太绝对了。
Cryo EM 做大复合物的结构上还是有很大的优势的。而且和结晶有时候会互补。
比如，这几年最著名的结构之一GPCR-Gs 复合物在结晶以前就先通过EM做了一边，发在
了PNAS上。最近GPCR还会有一个复合物结构的大文章出来，据说里面也有Cyro EM的数
据。
【在 y***i 的大作中提到】
: 对，所以要用低能量成像，这同时降低了信号强度。一个片子只能照一个或者几个角
: 度，用很多张片子来重构结构。不同篇子上的蛋白质个体，他们各自的角度还要根据照
: 片和模型去估计，这又引入误差。总之是个超级吃力又不讨好的活。还要胆战心惊的担
: 心被x-ray抢了生意， 核糖体都被人结晶了的时代还有人干这个，我觉得简直是脑袋被
: 门夹了 :)
:
: 邪恶
: 怎么
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s******y
发帖数: 28562 | 33 很多亚细胞结构还是要靠电镜吧。
比方说各种细胞骨架蛋白的复合体，很难结晶的说。还有一些本身带膜的结构，比方说
lipid raft, 结晶学对此基本没有办法吧？
【在 y***i 的大作中提到】
: 对，所以要用低能量成像，这同时降低了信号强度。一个片子只能照一个或者几个角
: 度，用很多张片子来重构结构。不同篇子上的蛋白质个体，他们各自的角度还要根据照
: 片和模型去估计，这又引入误差。总之是个超级吃力又不讨好的活。还要胆战心惊的担
: 心被x-ray抢了生意， 核糖体都被人结晶了的时代还有人干这个，我觉得简直是脑袋被
: 门夹了 :)
:
: 邪恶
: 怎么
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t********n
发帖数: 64 | 34 问题是很多全长膜蛋白以目前的条件几乎结晶不出来。。。他的这个技术至少对ion
channel来说这个是巨大的突破，对整个领域都是一个很大的冲击，他马上要出来的两
篇nature是和TRP的大牛David Julius合作的，David负责提供纯化的蛋白（在293s里表
达的，rat TRPV1，稍作截短），他负责照电镜，据说三个月两篇nature的工作就出来
了，刚开始圈内的其他大牛听说是冰冻电镜也很不屑，后来看来结果就震惊了，据说连
mackinnon都有点坐不住了。TRPV1这个通道David Julius一直想说胞外孔区turret那块
也是个gate，这次的结构出来也显示确实有两个gate，据说他现在正在打算拿到不同温
度条件下的结构来找到TRPV1温度的sensor
【在 y***i 的大作中提到】
: 对，所以要用低能量成像，这同时降低了信号强度。一个片子只能照一个或者几个角
: 度，用很多张片子来重构结构。不同篇子上的蛋白质个体，他们各自的角度还要根据照
: 片和模型去估计，这又引入误差。总之是个超级吃力又不讨好的活。还要胆战心惊的担
: 心被x-ray抢了生意， 核糖体都被人结晶了的时代还有人干这个，我觉得简直是脑袋被
: 门夹了 :)
:
: 邪恶
: 怎么
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h********0
发帖数: 12056 | 35 威武！
【在 t********n 的大作中提到】
: Yifan Cheng，82年武大本科毕业，91年中科院物理所PhD毕业，2006年在UCSF拿到
: faculty的位置，他实验室最近发的关于冰冻电镜的paper可以达到3.3A的分辨率！而且
: 听说最近和David Julius合作把TRPV1的结构给解了，两篇nature article马上就要出
: 来了！这根本是改变结构生物学界，尤其是膜蛋白的游戏规则了吧，以后是不是只要能
: 拿到高纯度的蛋白，解析高分辨率结构的机会就很大了
: 实验室主页
: http://cryoem.ucsf.edu/index.html
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U**l
发帖数: 153 | 36 冰冻电镜如何做不同温度的结构？
【在 t********n 的大作中提到】
: 问题是很多全长膜蛋白以目前的条件几乎结晶不出来。。。他的这个技术至少对ion
: channel来说这个是巨大的突破，对整个领域都是一个很大的冲击，他马上要出来的两
: 篇nature是和TRP的大牛David Julius合作的，David负责提供纯化的蛋白（在293s里表
: 达的，rat TRPV1，稍作截短），他负责照电镜，据说三个月两篇nature的工作就出来
: 了，刚开始圈内的其他大牛听说是冰冻电镜也很不屑，后来看来结果就震惊了，据说连
: mackinnon都有点坐不住了。TRPV1这个通道David Julius一直想说胞外孔区turret那块
: 也是个gate，这次的结构出来也显示确实有两个gate，据说他现在正在打算拿到不同温
: 度条件下的结构来找到TRPV1温度的sensor
|
s******y
发帖数: 28562 | 37 应该就是把不同温度下的样品急速冷冻后用来分析吧。
【在 U**l 的大作中提到】
: 冰冻电镜如何做不同温度的结构？
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t********n
发帖数: 64 | 38 冰冻电镜急速冷却，蛋白构象应该还是维持在前一刻的
【在 U**l 的大作中提到】
: 冰冻电镜如何做不同温度的结构？
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o****d
发帖数: 5454 | 39 X射线衍射比这个分辨高的多
【在 t********n 的大作中提到】
: Yifan Cheng，82年武大本科毕业，91年中科院物理所PhD毕业，2006年在UCSF拿到
: faculty的位置，他实验室最近发的关于冰冻电镜的paper可以达到3.3A的分辨率！而且
: 听说最近和David Julius合作把TRPV1的结构给解了，两篇nature article马上就要出
: 来了！这根本是改变结构生物学界，尤其是膜蛋白的游戏规则了吧，以后是不是只要能
: 拿到高纯度的蛋白，解析高分辨率结构的机会就很大了
: 实验室主页
: http://cryoem.ucsf.edu/index.html
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g*****p
发帖数: 451 | 40 我求求各位讨论的热火朝天的、或是热衷于搞科普的同志们
先把名字叫对了，冷冻电镜
别老是冰冻电镜冰冻电镜的，看着眼睛涩得慌
【在 t********n 的大作中提到】
: 冰冻电镜急速冷却，蛋白构象应该还是维持在前一刻的
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d********l
发帖数: 293 | 41 这么严重，滴点眼药水吧。。。
【在 g*****p 的大作中提到】
: 我求求各位讨论的热火朝天的、或是热衷于搞科普的同志们
: 先把名字叫对了，冷冻电镜
: 别老是冰冻电镜冰冻电镜的，看着眼睛涩得慌
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r*********n
发帖数: 49 | 42 我不能相信TRP的cryo-EM结构能到3.3A,如果说2D crystal diffraction还有可能。
希望早日看到paper and released pdb
BTW: 上周我还在RCSB能看到这个结构在unreleased里面，今天一看怎么什么没有了，
在released里面也没找到。哪位有PDB code么？
3x!
【在 t********n 的大作中提到】
: Yifan Cheng，82年武大本科毕业，91年中科院物理所PhD毕业，2006年在UCSF拿到
: faculty的位置，他实验室最近发的关于冰冻电镜的paper可以达到3.3A的分辨率！而且
: 听说最近和David Julius合作把TRPV1的结构给解了，两篇nature article马上就要出
: 来了！这根本是改变结构生物学界，尤其是膜蛋白的游戏规则了吧，以后是不是只要能
: 拿到高纯度的蛋白，解析高分辨率结构的机会就很大了
: 实验室主页
: http://cryoem.ucsf.edu/index.html
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a****n
发帖数: 3082 | 43 两个问题,我是做中子溶液散射的
在快速冷冻条件下，蛋白结构会不会改变
蛋白质结晶后和native结构相差大吗
谢谢
【在 r*********n 的大作中提到】
: 我不能相信TRP的cryo-EM结构能到3.3A,如果说2D crystal diffraction还有可能。
: 希望早日看到paper and released pdb
: BTW: 上周我还在RCSB能看到这个结构在unreleased里面，今天一看怎么什么没有了，
: 在released里面也没找到。哪位有PDB code么？
: 3x!
|
r*********n
发帖数: 49 | 44 1.会变，一般来说变化不大
2.Native的构象可能有成百上千，结晶是选择了特定的一种构象
BTW:我听过中子晶体衍射，这个溶液散射是做什么的？和SAXS差不多么？
【在 a****n 的大作中提到】
: 两个问题,我是做中子溶液散射的
: 在快速冷冻条件下，蛋白结构会不会改变
: 蛋白质结晶后和native结构相差大吗
: 谢谢
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a****n
发帖数: 3082 | 45 中子不会有radiation damage, 还可以做contrast match. 如果你有multiple
component,你可以选择性地match不同的component只得到其中的一种结构
【在 r*********n 的大作中提到】
: 1.会变，一般来说变化不大
: 2.Native的构象可能有成百上千，结晶是选择了特定的一种构象
: BTW:我听过中子晶体衍射，这个溶液散射是做什么的？和SAXS差不多么？
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a****n
发帖数: 3082 | 46 谢谢，我不是做生物的，但是很想做点蛋白质结构方面的研究
我知道这个很难，
【在 r*********n 的大作中提到】
: 1.会变，一般来说变化不大
: 2.Native的构象可能有成百上千，结晶是选择了特定的一种构象
: BTW:我听过中子晶体衍射，这个溶液散射是做什么的？和SAXS差不多么？
|
m*b
发帖数: 1421 | |
U**l
发帖数: 153 | 48 看到了。两片nature，一座貌似都是中国人。。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.5
【在 m*b 的大作中提到】
: 出来了
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d*******w
发帖数: 45 | 49 没错。这就是EM领域的single particle了。
【在 s******y 的大作中提到】
: 这么看来，其实就是劈里啪啦的对着同个体拍上一堆照片，然后再进行平均处理？
: 这个倒是个好主意。因为如果对不同个体进行平均，有一个风险就是会把不同状态的结
: 构进行平均了。
:
: the
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d*******w
发帖数: 45 | 50 看到大家说的这么热烈，对这个领域的一些东西有点了解，补充几句。
cheng的发迹主要得益于最新的camera，DDD，K2系列。cheng属于前几批和这个仪器打
交到的组了，貌似是因为开发这个camera的公司需要UCSF有人帮他们测试这个仪器。
DDD这种camera的精度和敏感性都比现在通常采用的CCD要高了不知道多少楼。通俗来说
，CCD可能需要1-2秒左右的曝光时间才能得到比较好的图像，但是DDD可以一秒内得到
40-50张的图像。Cheng之前在Nature methods上发了一篇文章就是关于用DDD可以提高
质量的文章。之前，在用cryo－EM照相的时候，人们对于电子光束是否会导致物体的
drift是很有争议的。DDD出来以后，cheng和一个MRC的组就发现了，电子光束确实能够
导致drift，他们通过把一定时间内同一区域的照片进行修正，发现能够在很大程度上
提高图像的质量。在DDD出现之前，主要是通过CCD来收集相片，然后从中挑出几万个蛋
白particle进行平均，得到3D，这种方法极其枯燥，也非常耗时。但是DDD出现后，得
出一个3D就只需要几千个particle。英国的MRC有个组也在报道了这个，比如前几期的
elife，他们用3万个particle就重构了ribosome的结构。前几期的science 也发表了用
5000 个particle重构除了translational initiation complexe的3D。
Cheng这两篇nature在于选择了非常好的实验对象。首先这个蛋白在生物系统来说很重
要。其次，膜蛋白的结构对结晶和EM都是很难得。cheng他们做的这个蛋白有个优势在
于没有了detergent，这个蛋白的conformation不会变化。如果在detergent存在的情况
下，EM也是很难能够得到有用的信息。
但是现在cryo－EM的领域所采用的particle 平均法对rigid body的蛋白才有效，如果
蛋白的dynamic非常强，会导致flexible region被average out，并且由于EM对于蛋白
大小有比较大的要求。之前认为100 KD左右的蛋白都是属于小蛋白,小于70kD的蛋白基
本没人碰。所以大家都在做比较大的东西比如病毒和蛋白complex 。最近Nature
chemical biology有篇文章通过一个tomography的方法重构除了一个大小56kD的蛋白，
同时翻了一下这个组其他的文章，提到了用tomography来做protein dynamics。讲到这
里顺便八卦一下，用tomography重构蛋白在上世界70年代左右的时候英国有人提出来过
，由于条件所限，尤其是电脑硬件和软件的问题（那个时候还是洗胶片时代），碰到了
很大的困难。结果他的学生就发明了single particle的方法去平均蛋白，后来到美国
来了，成为EM领域的泰山北斗（名字忘了）。
EM领域门槛很高，对于仪器的好坏要求也很高，所以圈子很小，听很多人说，比较排外
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s******y
发帖数: 28562 | 51 谢谢深入浅出的牛介绍!
【在 d*******w 的大作中提到】
: 看到大家说的这么热烈，对这个领域的一些东西有点了解，补充几句。
: cheng的发迹主要得益于最新的camera，DDD，K2系列。cheng属于前几批和这个仪器打
: 交到的组了，貌似是因为开发这个camera的公司需要UCSF有人帮他们测试这个仪器。
: DDD这种camera的精度和敏感性都比现在通常采用的CCD要高了不知道多少楼。通俗来说
: ，CCD可能需要1-2秒左右的曝光时间才能得到比较好的图像，但是DDD可以一秒内得到
: 40-50张的图像。Cheng之前在Nature methods上发了一篇文章就是关于用DDD可以提高
: 质量的文章。之前，在用cryo－EM照相的时候，人们对于电子光束是否会导致物体的
: drift是很有争议的。DDD出来以后，cheng和一个MRC的组就发现了，电子光束确实能够
: 导致drift，他们通过把一定时间内同一区域的照片进行修正，发现能够在很大程度上
: 提高图像的质量。在DDD出现之前，主要是通过CCD来收集相片，然后从中挑出几万个蛋
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y********o
发帖数: 138 | 52 3.3A是指两个点（理想点）距离3.3A以上能被区别开，距离小于3.3A就被看成一个点
了。知之为知之，不知google知，不要误导大家
【在 M********r 的大作中提到】
: 分辨率3.3，意思是3.3A大小显示的是一个点。
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s*******7
发帖数: 399 | 53 3.3A有多大呢？苯环C-C键长有1.39A，以此推之，苯环直径为2.8A，再加上环上C和H的
原子半径啥的，估计视野下的一个苯环大概直径就是这个3.3A左右的圆点。 |
f**e
发帖数: 2160 | 54 回帖太不靠谱了
做EM的中国人很多，你们不怕被熟人看到了丢人么 |
y********o
发帖数: 138 | 55 sigh~~ 去温习一下电子密度吧
【在 s*******7 的大作中提到】
: 3.3A有多大呢？苯环C-C键长有1.39A，以此推之，苯环直径为2.8A，再加上环上C和H的
: 原子半径啥的，估计视野下的一个苯环大概直径就是这个3.3A左右的圆点。
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s*******7
发帖数: 399 | 56 楼上见笑，哈哈；俺纯粹一做临床的背景，对物理是外行，EM啥的更是一点不懂。
其实说这个的本意只是想象一下3.3A的微观长度大概是个什么概念，并没有要扯上EM技
术的意思。 |
l**********1
发帖数: 5204 | 57 MRC Henderson R
is that in 1970s argued tomography of EM
his CV,
http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/rh15/CV.html
and his PD in 1990s established single particle Cyro-EM
that is Grigorieff N
http://grigoriefflab.janelia.org/publications
HTTP double dot//grigoriefflab.janelia.org/sites/default/files/CV_March2013.
pdf |
b****r
发帖数: 17995 | 58 我看他比你强，起码他愿意把他脑子里的说出来
倒胃口的就是你和54楼这种帖子。比别人多知道点没什么奇怪的，要是你所有知道的大
家都知道，估计你也不会在这里了对不对
【在 y********o 的大作中提到】
: sigh~~ 去温习一下电子密度吧
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t********n
发帖数: 64 | 59 有的人就是优越感太强了，或者就是时刻需要找优越感
【在 b****r 的大作中提到】
: 我看他比你强，起码他愿意把他脑子里的说出来
: 倒胃口的就是你和54楼这种帖子。比别人多知道点没什么奇怪的，要是你所有知道的大
: 家都知道，估计你也不会在这里了对不对
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e******e
发帖数: 364 | 60 解结构是为了回答功能问题，如果这方法可以，当然可以算。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
【在 y***i 的大作中提到】
: 对，所以要用低能量成像，这同时降低了信号强度。一个片子只能照一个或者几个角
: 度，用很多张片子来重构结构。不同篇子上的蛋白质个体，他们各自的角度还要根据照
: 片和模型去估计，这又引入误差。总之是个超级吃力又不讨好的活。还要胆战心惊的担
: 心被x-ray抢了生意， 核糖体都被人结晶了的时代还有人干这个，我觉得简直是脑袋被
: 门夹了 :)
:
: 邪恶
: 怎么
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