S***J
发帖数: 1210 | 1 Nature top10果然选了电镜，选MRC那个哥们也不算过分，不过窃以为yifan chen的贡
献也不在其下吧。
做x-ray的都知道，膜蛋白比水溶蛋白更高大上，更容易找工作，更哗众取宠一些。感
觉膜蛋白x-ray领域是把结构生物学技术工人的特点发挥到了极致，根本就不需要做什
么biology就能发好文章。不像搞水溶蛋白的，要补不少功能试验才能说个好的故事。
现在电镜出来，跟周围膜蛋白的同行们聊天，真的是都很有危机感，怨声载道。那些个
大膜蛋白，大膜蛋白复合物10几年拿不到好的晶体。现在尼玛电镜半年搞定，而且分辨
率还很高。x-ray的领地以后看来还是回归到各种水溶蛋白复合物，及各种需要高分辨
率结构的药物靶点蛋白。毕竟搞功能的同志们经常能鉴定出一些新的相互作用，x-ray
仍然可以大展身手。膜蛋白x-ray领域真的是兴盛了很短的时间就要退出舞台了，感慨
啊。。。 |
c********9
发帖数: 562 | 2 那个哥们有个自己的软件，顺着新的DDD camera 出现的大势。成功了。
ray
【在 S***J 的大作中提到】
: Nature top10果然选了电镜，选MRC那个哥们也不算过分，不过窃以为yifan chen的贡
: 献也不在其下吧。
: 做x-ray的都知道，膜蛋白比水溶蛋白更高大上，更容易找工作，更哗众取宠一些。感
: 觉膜蛋白x-ray领域是把结构生物学技术工人的特点发挥到了极致，根本就不需要做什
: 么biology就能发好文章。不像搞水溶蛋白的，要补不少功能试验才能说个好的故事。
: 现在电镜出来，跟周围膜蛋白的同行们聊天，真的是都很有危机感，怨声载道。那些个
: 大膜蛋白，大膜蛋白复合物10几年拿不到好的晶体。现在尼玛电镜半年搞定，而且分辨
: 率还很高。x-ray的领地以后看来还是回归到各种水溶蛋白复合物，及各种需要高分辨
: 率结构的药物靶点蛋白。毕竟搞功能的同志们经常能鉴定出一些新的相互作用，x-ray
: 仍然可以大展身手。膜蛋白x-ray领域真的是兴盛了很短的时间就要退出舞台了，感慨
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S***J
发帖数: 1210 | 3 yifan cheng也有自己的算法啊
【在 c********9 的大作中提到】
: 那个哥们有个自己的软件，顺着新的DDD camera 出现的大势。成功了。
:
: ray
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c********9
发帖数: 562 | 4 Yifang的那个只是处理其中的一步，Sjors的那个可以说解决了整套。虽然里面的算法原
创性不高，但他整理出一个来，然后命名，解析出几个代表性的结构，再加以推广。
【在 S***J 的大作中提到】
: yifan cheng也有自己的算法啊
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S***J
发帖数: 1210 | 5 多谢内行解释，那top10是这个小伙的，yifan也没啥遗憾了
法原
【在 c********9 的大作中提到】
: Yifang的那个只是处理其中的一步，Sjors的那个可以说解决了整套。虽然里面的算法原
: 创性不高，但他整理出一个来，然后命名，解析出几个代表性的结构，再加以推广。
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F*Q
发帖数: 3259 | 6 没人能整出普适的膜蛋白快速结晶技术吗？如果能成功的话，那还有什么可以和X-ray
比的呢？
ray
【在 S***J 的大作中提到】
: Nature top10果然选了电镜，选MRC那个哥们也不算过分，不过窃以为yifan chen的贡
: 献也不在其下吧。
: 做x-ray的都知道，膜蛋白比水溶蛋白更高大上，更容易找工作，更哗众取宠一些。感
: 觉膜蛋白x-ray领域是把结构生物学技术工人的特点发挥到了极致，根本就不需要做什
: 么biology就能发好文章。不像搞水溶蛋白的，要补不少功能试验才能说个好的故事。
: 现在电镜出来，跟周围膜蛋白的同行们聊天，真的是都很有危机感，怨声载道。那些个
: 大膜蛋白，大膜蛋白复合物10几年拿不到好的晶体。现在尼玛电镜半年搞定，而且分辨
: 率还很高。x-ray的领地以后看来还是回归到各种水溶蛋白复合物，及各种需要高分辨
: 率结构的药物靶点蛋白。毕竟搞功能的同志们经常能鉴定出一些新的相互作用，x-ray
: 仍然可以大展身手。膜蛋白x-ray领域真的是兴盛了很短的时间就要退出舞台了，感慨
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S***J
发帖数: 1210 | 7 没人
ray
【在 F*Q 的大作中提到】
: 没人能整出普适的膜蛋白快速结晶技术吗？如果能成功的话，那还有什么可以和X-ray
: 比的呢？
:
: ray
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E******g
发帖数: 170 | 8 2015电镜时代来临，跟x-ray说声goodbye. |
F*Q
发帖数: 3259 | 9 等拿了几个诺奖再说吧。
【在 E******g 的大作中提到】
: 2015电镜时代来临，跟x-ray说声goodbye.
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i*******8
发帖数: 6 | 10 没人能整出普适的球差矫正器和相位板吗？如果能成功的话，那还有什么可以和CryoEM
比的呢？
：没人能整出普适的膜蛋白快速结晶技术吗？如果能成功的话，那还有什么可以和X-
ray
：比的呢？ |
|
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F*Q
发帖数: 3259 | 11 呵呵，哈哈
CryoEM
【在 i*******8 的大作中提到】
: 没人能整出普适的球差矫正器和相位板吗？如果能成功的话，那还有什么可以和CryoEM
: 比的呢？
:
: ：没人能整出普适的膜蛋白快速结晶技术吗？如果能成功的话，那还有什么可以和X-
: ray
: ：比的呢？
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b******k
发帖数: 2321 | 12 据说陈一凡的博后都被各大名校book到2017年了。。
ray
【在 S***J 的大作中提到】
: Nature top10果然选了电镜，选MRC那个哥们也不算过分，不过窃以为yifan chen的贡
: 献也不在其下吧。
: 做x-ray的都知道，膜蛋白比水溶蛋白更高大上，更容易找工作，更哗众取宠一些。感
: 觉膜蛋白x-ray领域是把结构生物学技术工人的特点发挥到了极致，根本就不需要做什
: 么biology就能发好文章。不像搞水溶蛋白的，要补不少功能试验才能说个好的故事。
: 现在电镜出来，跟周围膜蛋白的同行们聊天，真的是都很有危机感，怨声载道。那些个
: 大膜蛋白，大膜蛋白复合物10几年拿不到好的晶体。现在尼玛电镜半年搞定，而且分辨
: 率还很高。x-ray的领地以后看来还是回归到各种水溶蛋白复合物，及各种需要高分辨
: 率结构的药物靶点蛋白。毕竟搞功能的同志们经常能鉴定出一些新的相互作用，x-ray
: 仍然可以大展身手。膜蛋白x-ray领域真的是兴盛了很短的时间就要退出舞台了，感慨
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b*******0
发帖数: 125 | 13 附个例子，哈佛医学院
http://liao.hms.harvard.edu/
【在 b******k 的大作中提到】
: 据说陈一凡的博后都被各大名校book到2017年了。。
:
: ray
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S***J
发帖数: 1210 | 14 这么夸张啊，做电镜的人很多啊，新DED和相关算法听说不难上手啊，关键是要有钱买硬
件。
【在 b******k 的大作中提到】
: 据说陈一凡的博后都被各大名校book到2017年了。。
:
: ray
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s******c
发帖数: 331 | 15 这个，首先水溶蛋白和膜蛋白并没有本质上不同，膜蛋白结构容易发好文章也是因为膜
蛋白结构很少，重要功能的或者说直接跟疾病药物相关的膜蛋白80%以上都没有结构信
息，就像早期可容蛋白的结构也容易发好文章一样，另外，膜蛋白如果可以去用EM做，
那么没有任何理由水溶蛋白不行，还是因为膜蛋白的结构信息少，所以EM的技术手段有
突破就很快用到膜蛋白上，还有，用EM去做膜蛋白结构还有很多壁垒，分子量小的（低
于100kd）没有对称性的膜蛋白仍然没有高分辨率em结构，而且对于小的membrane
protein，detergent对于电镜密度仍然影响很大，不是每个膜蛋白都可以适应amphipol
，最后，即便再过很多年em最后可以做很多膜蛋白结构，基于电子衍射的局限，仍然不
肯能到达x ray的极限分辨率，这点对于很多需要高分辨率的结构比如阐明小分子药物
结合的科学问题还是很大的不足，当然如果你的工作是paper oriented不是question
oriented可能不care，反正这个结构不行就做另外一个结构。
实际上单纯追求膜蛋白结构数量的实验室也不多见，各种结构技术手段的突破对于多数
研究膜蛋白结构和分子机制的实验室来说是好事，一个很浅显的道理就是对于一类重要
膜蛋白，一个结构是不能说明很多问题的，有低分辨率的点睛结构可以指导去做不同状
态不同components的高分辨率晶体结构以及做各类不同的biophysics的实验（比如site
directed labeling）。另外，跟很多人想象的不同，做膜蛋白结构的哪怕你发了ncs
，但是如果你的技能没有什么特别，仅仅是靠大工作量的random screening，那在美国
也是很难找到工作的，哪怕有多篇ncs。 |
S***J
发帖数: 1210 | 16 分子量小的膜蛋白可以上抗体，然后电镜搞定，这个已经证明可行了。
水溶蛋白之所以不用电镜，还是因为x-ray优势更大，很多时候x-ray做得更快，分辨率
更高。当然，水溶蛋白不如膜蛋白好发文章也是一个原因。
目前看来，膜蛋白结构领域有更多lab是paper oriented，水溶蛋白结构圈要好不少，
估计是水溶蛋白lab如果不focus，那真的是很难生存了。
amphipol
【在 s******c 的大作中提到】
: 这个，首先水溶蛋白和膜蛋白并没有本质上不同，膜蛋白结构容易发好文章也是因为膜
: 蛋白结构很少，重要功能的或者说直接跟疾病药物相关的膜蛋白80%以上都没有结构信
: 息，就像早期可容蛋白的结构也容易发好文章一样，另外，膜蛋白如果可以去用EM做，
: 那么没有任何理由水溶蛋白不行，还是因为膜蛋白的结构信息少，所以EM的技术手段有
: 突破就很快用到膜蛋白上，还有，用EM去做膜蛋白结构还有很多壁垒，分子量小的（低
: 于100kd）没有对称性的膜蛋白仍然没有高分辨率em结构，而且对于小的membrane
: protein，detergent对于电镜密度仍然影响很大，不是每个膜蛋白都可以适应amphipol
: ，最后，即便再过很多年em最后可以做很多膜蛋白结构，基于电子衍射的局限，仍然不
: 肯能到达x ray的极限分辨率，这点对于很多需要高分辨率的结构比如阐明小分子药物
: 结合的科学问题还是很大的不足，当然如果你的工作是paper oriented不是question
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s******c
发帖数: 331 | 17 你是指yifan今年发的那个ABC transporter的结构？那个大概7-10A的分辨率，是可行
，但是离晶体结构分辨率还差很远，原因就是低分子量（<200KD)以及low symmetry，
哪怕用上了抗体。而且上抗体这个是做结晶的发展起来的技术，水溶蛋白也可以搞抗体
，这个不是随便搞个抗体就行，还得知道抗体bind的大致位置以及抗体结合要稳定，否
则随便结合一段flexible peptide的抗体只会让情况更worse。这个听起来很容易，但
是实际上抗体的screening和generation也很耗时，严格说起来如果找到抗体可以结合
到合适位置上稳定蛋白的flexible的部分，没有任何理由蛋白不会结晶，但实际上做起
来就很难。
大型的水溶蛋白比如ribosome和各种其它的somes也不是容易结晶的，我相信这方面肯
定也有人在做看能不能得到EM的高分辨率的结构。其实这种技术的发展是好事，可以让
人更focus在科学问题上。做结构的很牛的实验室，要么就是用一系列手段去解决一些
问题，要么有技术方法上的突破，仅仅用别人的方法拼人力财力发paper并不是很值得
推广的做法，否则还不如投钱投人力去测所有物种的基因组，肯定也能发nature
science，但是对于整个科研的导向是很有坏影响的。
【在 S***J 的大作中提到】
: 分子量小的膜蛋白可以上抗体，然后电镜搞定，这个已经证明可行了。
: 水溶蛋白之所以不用电镜，还是因为x-ray优势更大，很多时候x-ray做得更快，分辨率
: 更高。当然，水溶蛋白不如膜蛋白好发文章也是一个原因。
: 目前看来，膜蛋白结构领域有更多lab是paper oriented，水溶蛋白结构圈要好不少，
: 估计是水溶蛋白lab如果不focus，那真的是很难生存了。
:
: amphipol
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