l*******i
发帖数: 153 | 1 请问版里做bioinfo的牛人：
RNA-seq数据做QC时通用的标准是怎样的？因课题需要，我们在重新分析GEO里的一批数
据，用FastQC评估该批数据，发现几乎所有read后半部分的score偏低（见下图）。像
这种情况，应该怎样处理比较合理？
1）Filter by quality: quality cut-off设定为20，90%，结果一半左右的reads会被
扔掉。而文章中宣称其可保留85%以上的read。是我这种filter设定参数有问题吗？一
般的标准是怎样的？
2）Trim：把每个read后30碱基去掉。这样做可行否？理由是什么？
3）针对这种情况，更合理、准确的的方法是什么？
谢谢！ |
c********e
发帖数: 598 | 2
1)If the quality score is 20, what is the average read length?
Can you show us the original sra files?
【在 l*******i 的大作中提到】
: 请问版里做bioinfo的牛人：
: RNA-seq数据做QC时通用的标准是怎样的？因课题需要，我们在重新分析GEO里的一批数
: 据，用FastQC评估该批数据，发现几乎所有read后半部分的score偏低（见下图）。像
: 这种情况，应该怎样处理比较合理？
: 1）Filter by quality: quality cut-off设定为20，90%，结果一半左右的reads会被
: 扔掉。而文章中宣称其可保留85%以上的read。是我这种filter设定参数有问题吗？一
: 般的标准是怎样的？
: 2）Trim：把每个read后30碱基去掉。这样做可行否？理由是什么？
: 3）针对这种情况，更合理、准确的的方法是什么？
: 谢谢！
|
l*******i
发帖数: 153 | 3 谢谢回复！
read length is 100.
【在 c********e 的大作中提到】
:
: 1)If the quality score is 20, what is the average read length?
: Can you show us the original sra files?
|
M*P
发帖数: 6456 | 4 直接切掉后面30bp试试吧，这个数据貌似很老吧，illumina新一些的机器都没这么差了。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
【在 l*******i 的大作中提到】
: 请问版里做bioinfo的牛人：
: RNA-seq数据做QC时通用的标准是怎样的？因课题需要，我们在重新分析GEO里的一批数
: 据，用FastQC评估该批数据，发现几乎所有read后半部分的score偏低（见下图）。像
: 这种情况，应该怎样处理比较合理？
: 1）Filter by quality: quality cut-off设定为20，90%，结果一半左右的reads会被
: 扔掉。而文章中宣称其可保留85%以上的read。是我这种filter设定参数有问题吗？一
: 般的标准是怎样的？
: 2）Trim：把每个read后30碱基去掉。这样做可行否？理由是什么？
: 3）针对这种情况，更合理、准确的的方法是什么？
: 谢谢！
|
