y******e 发帖数: 277 | 1 手上有1000多个RNA-Seq reads,75bp,请问用啥软件把它们连起来?以前没有做过。
谢谢大家建议!=)
找到Cufflinks可以做,不过好像要Unix系统。请问有没有windows底下就能用的?多谢
啦! | l*****c 发帖数: 17 | 2 你的描述太少,
(1)1000多个RNA-Seq reads,有些难以想象,RNA-seq都是以M来计算的啊,是1000M
Reads?
(2)是测序的有参考基因组序列的,比如human还是完全新的?有很多软件完成不同的
任务,比如abyss,soapdenovo,velvet,cufflinks,scripture等等。 | s*********x 发帖数: 1923 | 3 typo? 1000 reads is nothing. According to my experience, you need to have
more than 10 Million reads. | y******e 发帖数: 277 | 4 谢谢楼上两位大侠! =)
不好意思,顶楼没有说清楚 >_<
是有2G多的reads,75bp each。没有参考的genes,不过是和果蝇相近的
fly。之前手动检查了一些同源基因,和果蝇的蛋白序列基本一样,cDNA有很多
synonymous substitutions。
我的想法是,先把所有的reads当成新的序列做assembly,之后再用blast against果蝇的基因做annotation。因为不太清楚直接用75bp RNA-seq reads match果蝇的transcripts 成不。。。
没有经验,多谢大家帮忙啦! |
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