A******u
发帖数: 61 | 1 我有一个mouse ChIPseq的测序结果，我做了FASTQC之后，quality是好的，20million
reads，duplication只有10%，各种打分评价都是好的。
然后我用Map with Bowtie for Illumina，看到只有6%的reads 能map到mm10上。很奇
怪，然后我试着map到hg19上，有67%能map到hg19.
很诡异。这是怎么回事？是不是实际这个是人的DNA序列？但是测序之前的，从养细胞
到ChIP、建库，实验污染的可能绝对排除。我又担心是测序中心给错了文件，看了一下
这个文件序列里面每条reads的index，的确是我用的index。求问大牛觉得是怎么回事
？会是数据本身有问题，还是其它低级错误的可能（比如测序中心给错了文件，恰好
index也一样）、测序中心测错了样品／有污染等等？（不了解测序的具体实验过程）。
非常感谢！！ |
F*****d
发帖数: 23 | 2 八成是测序中心测错了样品或给错了文件。你要还有library,去重测一下。 |
A******u
发帖数: 61 | 3 有没有可能是其它的原因？
数据本身的？
【在 F*****d 的大作中提到】
: 八成是测序中心测错了样品或给错了文件。你要还有library,去重测一下。
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t*****w
发帖数: 254 | 4 do real time PCR to validate your sample.
20million
）。
【在 A******u 的大作中提到】
: 我有一个mouse ChIPseq的测序结果，我做了FASTQC之后，quality是好的，20million
: reads，duplication只有10%，各种打分评价都是好的。
: 然后我用Map with Bowtie for Illumina，看到只有6%的reads 能map到mm10上。很奇
: 怪，然后我试着map到hg19上，有67%能map到hg19.
: 很诡异。这是怎么回事？是不是实际这个是人的DNA序列？但是测序之前的，从养细胞
: 到ChIP、建库，实验污染的可能绝对排除。我又担心是测序中心给错了文件，看了一下
: 这个文件序列里面每条reads的index，的确是我用的index。求问大牛觉得是怎么回事
: ？会是数据本身有问题，还是其它低级错误的可能（比如测序中心给错了文件，恰好
: index也一样）、测序中心测错了样品／有污染等等？（不了解测序的具体实验过程）。
: 非常感谢！！
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