关于RNA-seq的问题 - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 关于RNA-seq的问题

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f*****h 发帖数: 228	1 大家好，我有一些RNA-seq的数据，是bacteria的，所以没有alternative-splicing这些东西，是single-ended，不是strand-specific，现在我用cufflinks找了一些 transcript，我先在想知道这些所谓“transcript”中某一段的expression level，应该用什么方法计算呢？谢了
c***3 发帖数: 251	2 第一步是map到reference genome 我估计你已经做了第二步就是计算一下每个gene的counts作为表达量需要用到第一步的结果，软件的话可以用HTSeq
f*****h 发帖数: 228	3 只是预测transcript的一段也可以吗？另外我还考虑用fpkm。不知道合不合理。【在 c***3 的大作中提到】 : 第一步是map到reference genome : 我估计你已经做了 : 第二步就是计算一下每个gene的counts作为表达量 : 需要用到第一步的结果，软件的话可以用HTSeq

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