C***U
发帖数: 2406 | 1 最近跑了几个例子，用的是blastn做nuc-nuc对比。发现一个很奇怪的现象。
如果我用word size 11跑和用default word size跑，两个的运行时间差距很大！word
size 11的那个2个小时都没做完，default的那个只要30分钟。
但是根据文档说明，blastn的default word size是11.
有没有哪个大牛可以解释一下？谢谢了！！ |
b****r
发帖数: 17995 | |
C***U
发帖数: 2406 | 3 没得比较。因为我第一次提交1小时，没跑完就被kill了。因为超时。后来提交提交2小
时任务，结果还是超时。所以现在不知道该提交几个小时就还没跑新的。所以只有
default的结果。
【在 b****r 的大作中提到】
: 结果是不是一样
|
b****r
发帖数: 17995 | 4 blastn我常用啊，怎么会要这么久，一般5分钟了不起了 |
C***U
发帖数: 2406 | 5 哦。。。
我的情况是这样的
我把BLAST装在我们学校的HPC上了，然后用自己的数据建立了数据库，然后我有数据和
这个数据库比较。
【在 b****r 的大作中提到】
: blastn我常用啊，怎么会要这么久，一般5分钟了不起了
|
g**********t
发帖数: 475 | 6 which version and which command are you using? by default, blastn might use
the megablast method, in which the word size is 28. please check the
document.
word
【在 C***U 的大作中提到】
: 最近跑了几个例子，用的是blastn做nuc-nuc对比。发现一个很奇怪的现象。
: 如果我用word size 11跑和用default word size跑，两个的运行时间差距很大！word
: size 11的那个2个小时都没做完，default的那个只要30分钟。
: 但是根据文档说明，blastn的default word size是11.
: 有没有哪个大牛可以解释一下？谢谢了！！
|
C***U
发帖数: 2406 | 7 I am using NCBI BLAST, here it is
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
in the document, it says it takes 11 as default value for word size.
Thanks.
use
【在 g**********t 的大作中提到】
: which version and which command are you using? by default, blastn might use
: the megablast method, in which the word size is 28. please check the
: document.
:
: word
|
n******7
发帖数: 12463 | 8 你没明白他问的什么
-W Word size, default if zero (blastn 11, megablast 28, all others 3) [
Integer]
default = 0
blastn 和 megablast 的default不一样
【在 C***U 的大作中提到】
: I am using NCBI BLAST, here it is
: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
: in the document, it says it takes 11 as default value for word size.
: Thanks.
:
: use
|
C***U
发帖数: 2406 | 9 我用的是blastn
【在 n******7 的大作中提到】
: 你没明白他问的什么
: -W Word size, default if zero (blastn 11, megablast 28, all others 3) [
: Integer]
: default = 0
: blastn 和 megablast 的default不一样
|
C***U
发帖数: 2406 | 10 我想我明白了他的问题，所以我才说我用的NCBI的版本，然后给了那个链接。
然后用的命令是blastn。
【在 n******7 的大作中提到】
: 你没明白他问的什么
: -W Word size, default if zero (blastn 11, megablast 28, all others 3) [
: Integer]
: default = 0
: blastn 和 megablast 的default不一样
|
|
|
g*********3
发帖数: 177 | |
g**********t
发帖数: 475 | 12 I am a little bit confused. you said you used the local blast but the link
is the online version. anyway the default nucleotide blast (online) is
optimized for highly similar sequences (megablast) . be sure you used the
correct setting.
【在 C***U 的大作中提到】
: I am using NCBI BLAST, here it is
: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
: in the document, it says it takes 11 as default value for word size.
: Thanks.
:
: use
|
C***U
发帖数: 2406 | 13 不好意思
我是从那个网页下载的
更细的链接是这个
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
那个网页确实是网上的blast
是我没说清楚
【在 g**********t 的大作中提到】
: I am a little bit confused. you said you used the local blast but the link
: is the online version. anyway the default nucleotide blast (online) is
: optimized for highly similar sequences (megablast) . be sure you used the
: correct setting.
|
g**********t
发帖数: 475 | 14 I checked the help document of blastn (version 2.2.23+). there's a flag, -
task,and its default value is megablast. so by default you use megablast.
change it to blastn.
word
【在 C***U 的大作中提到】
: 最近跑了几个例子，用的是blastn做nuc-nuc对比。发现一个很奇怪的现象。
: 如果我用word size 11跑和用default word size跑，两个的运行时间差距很大！word
: size 11的那个2个小时都没做完，default的那个只要30分钟。
: 但是根据文档说明，blastn的default word size是11.
: 有没有哪个大牛可以解释一下？谢谢了！！
|
C***U
发帖数: 2406 | 15 我用的命令是
blastn -query ***.fa -db *** -out ***.out -num_threads 200 -outfmt 'std' -
word_size 11
blastn -query ***.fa -db *** -out ***.out -num_threads 200 -outfmt 'std'
所以说他其实用的是megablast,那么他的default word_size是28 而不是document上的
blastn的default word_size是11.
【在 g**********t 的大作中提到】
: I checked the help document of blastn (version 2.2.23+). there's a flag, -
: task,and its default value is megablast. so by default you use megablast.
: change it to blastn.
:
: word
|
C***U
发帖数: 2406 | 16 恩
我在机器上看了一下blastn -help
确实是你说的那样
大牛 太感谢你了。。。。我的老板问我咋回事 我都没找出来原因
拜谢了！！！
【在 g**********t 的大作中提到】
: I checked the help document of blastn (version 2.2.23+). there's a flag, -
: task,and its default value is megablast. so by default you use megablast.
: change it to blastn.
:
: word
|
