n******7
发帖数: 12463 | 1 你没明白他问的什么
-W Word size, default if zero (blastn 11, megablast 28, all others 3) [
Integer]
default = 0
blastn 和 megablast 的default不一样 |
|
g**********t
发帖数: 475 | 2 I checked the help document of blastn (version 2.2.23+). there's a flag, -
task,and its default value is megablast. so by default you use megablast.
change it to blastn.
word |
|
|
b******n
发帖数: 4225 | 4 “最离谱的是在这里面（新基因全部的基因序列）尽然找不到我的PCR引物序列”
你看看两端跟你的引物有没有部分相似性
其实PCR引物如果3'末端有13个左右碱基相同就有可能P出来的（Tm值不够高的话）
另外你使用BLAST中间的Somewhat similar sequences (blastn)选项
而不是缺省选项megablast |
|
t*****z
发帖数: 1598 | 5 我有个6.6kb的DNA序列，是某个细菌基因组中的一段。我想知道还有哪些别的细菌含有
这个片段，就做megablast，但是找到的除了自身，就再也没有有意义的hit了。但是我
知道别的基因组里确实有整段的同源序列的。想来6.6kb也不是很大，那该怎么做好呢
？多谢！ |
|
g**********t
发帖数: 475 | 6 which version and which command are you using? by default, blastn might use
the megablast method, in which the word size is 28. please check the
document.
word |
|
g**********t
发帖数: 475 | 7 I am a little bit confused. you said you used the local blast but the link
is the online version. anyway the default nucleotide blast (online) is
optimized for highly similar sequences (megablast) . be sure you used the
correct setting. |
|
C***U
发帖数: 2406 | 8 我用的命令是
blastn -query ***.fa -db *** -out ***.out -num_threads 200 -outfmt 'std' -
word_size 11
blastn -query ***.fa -db *** -out ***.out -num_threads 200 -outfmt 'std'
所以说他其实用的是megablast,那么他的default word_size是28 而不是document上的
blastn的default word_size是11. |
|
i*********0
发帖数: 915 | 9 你比对的时候，是不是选择了megablast，你试试另外两个选项试试？
理论上片段越小，结合的非特异性就高。 |
|
